जीएमटी-संगीत-उत्तरजीविता - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

जीएमटी म्यूजिक सर्वाइवल - क्लिनिकल और म्यूटेशनल के लिए सर्वाइवल प्लॉट और पी-वैल्यू बनाएं
फेनोटाइप्स

VERSION

यह दस्तावेज़ जीएमटी संगीत अस्तित्व संस्करण 0.04 (2016-01-01 23:10:19) का वर्णन करता है

SYNOPSIS

जीएमटी संगीत अस्तित्व --bam-सूची=? --आउटपुट-dir=? [--maf-file=?] [-स्किप-साइलेंट]
[--जेनेटिक-डेटा-प्रकार=?] [--न्यूमेरिक-क्लिनिकल-डेटा-फ़ाइल=?]
[--श्रेणीबद्ध-क्लिनिकल-डेटा-फ़ाइल=?] [--जीएलएम-क्लिनिकल-डेटा-फ़ाइल=?]
[--फेनोटाइप्स-टू-इनक्लूड=?] [--लीजेंड-प्लेसमेंट=?] [-स्किप-नॉन-कोडिंग]

... संगीत अस्तित्व \
--bam-सूची /path/myBamList.tsv \
--maf-फ़ाइल /पथ/myMAF.tsv \
--न्यूमेरिक-क्लिनिकल-डेटा-फ़ाइल /path/myNumericData.tsv \
--श्रेणीबद्ध-नैदानिक-डेटा-फ़ाइल /path/myClassData.tsv \
--आउटपुट-डीआईआर /पथ/आउटपुट_निर्देशिका

... संगीत अस्तित्व \
--bam-सूची /path/myBamList.tsv \
--maf-फ़ाइल /पथ/myMAF.tsv \
--glm-क्लिनिकल-डेटा-फ़ाइल /path/myGLMClinicalData.tsv \
--आउटपुट-डीआईआर /पथ/आउटपुट_निर्देशिका

... संगीत अस्तित्व \
--bam-सूची /path/myBamList.tsv \
--maf-फ़ाइल /पथ/myMAF.tsv \
--जेनेटिक-डेटा-प्रकार 'जीन' \
--glm-क्लिनिकल-डेटा-फ़ाइल /path/myGlmClinicalData.tsv \
--फेनोटाइप्स-टू-इनक्लूड 'रेस, जेंडर, टीपी53' \
--आउटपुट-डीआईआर /पथ/आउटपुट_निर्देशिका

आवश्यक बहस

बेम-सूची टेक्स्ट
विश्लेषण में शामिल किए जाने वाले नमूना नामों की सूची। (विवरण देखे)

आउटपुट-डीआईआर टेक्स्ट
निर्देशिका जहां आउटपुट फ़ाइलें लिखी जाएंगी

वैकल्पिक बहस

माफ़-फ़ाइल टेक्स्ट
एमएएफ प्रारूप में उत्परिवर्तन की सूची

स्किप-साइलेंट बूलियन
प्रदान की गई MAF फ़ाइल से मौन उत्परिवर्तन छोड़ें

डिफ़ॉल्ट मान 'सत्य' यदि निर्दिष्ट नहीं है

नोस्किप-साइलेंट बूलियन
स्किप-साइलेंट 'झूठा' बनाएं

आनुवंशिक-डेटा-प्रकार टेक्स्ट
नैदानिक ​​​​डेटा को "जीन" या "संस्करण" स्तर के डेटा से संबंधित करें

डिफ़ॉल्ट मान 'जीन' यदि निर्दिष्ट नहीं है

संख्यात्मक-नैदानिक-डेटा-फ़ाइल टेक्स्ट
नमूनों की तालिका (y) बनाम संख्यात्मक नैदानिक ​​डेटा श्रेणी (x)

श्रेणीबद्ध-नैदानिक-डेटा-फ़ाइल टेक्स्ट
नमूनों की तालिका (y) बनाम श्रेणीबद्ध नैदानिक ​​डेटा श्रेणी (x)

ग्लैम-नैदानिक-डेटा-फ़ाइल टेक्स्ट
नैदानिक ​​लक्षण, उत्परिवर्तनीय प्रोफाइल, अन्य मिश्रित नैदानिक ​​डेटा (विवरण देखें)।

फेनोटाइप-टू-शामिल टेक्स्ट
विश्लेषण में केवल इन जीनों और/या फेनोटाइप को शामिल करें। (अल्पविराम सीमांकित)

लीजेंड-प्लेसमेंट टेक्स्ट
'नीचे बाएँ', 'ऊपर बाएँ', 'ऊपर दाएँ', या 'नीचे दाएँ' में से एक चुनें।

यदि निर्दिष्ट नहीं है तो डिफ़ॉल्ट मान 'बॉटमलेफ्ट'

स्किप-नॉन-कोडिंग बूलियन
प्रदान की गई MAF फ़ाइल से गैर-कोडिंग उत्परिवर्तन छोड़ें

डिफ़ॉल्ट मान 'सत्य' यदि निर्दिष्ट नहीं है

नोस्किप-नॉन-कोडिंग बूलियन
स्किप-नॉन-कोडिंग को 'गलत' बनाएं

वर्णन

यह कमांड उत्तरजीविता विश्लेषण करता है और उत्परिवर्ती डेटा के लिए उत्तरजीविता वक्र प्लॉट करता है
साथ ही --फ़ेनोटाइप्स-टू-इनक्लूड इनपुट के माध्यम से निर्दिष्ट रुचि के किसी भी नैदानिक ​​लक्षण
पैरामीटर. किए गए विश्लेषणों में कॉक्स के बाद कपलान-मायर अनुमानक शामिल है
आनुपातिक ख़तरे मॉडल. विश्लेषण किए गए प्रत्येक जीन/नैदानिक ​​लक्षण के आउटपुट में उत्तरजीविता शामिल है
वक्र, एक जोखिम अनुपात (विश्वास अंतराल के साथ), और पी-मूल्य और एफडीआर का वर्णन करते हैं
उत्तरजीवियों और गैर-जीवितों के बीच अंतर का महत्व।

सभी नैदानिक ​​डेटा फ़ाइलें आवश्यक (केस असंवेदनशील) "vital_status" के लिए खोजी जाती हैं
और "days_to_last_followup" कॉलम जो नमूना आईडी के माध्यम से फेनोटाइप से जोड़े जाते हैं
उत्तरजीविता विश्लेषण. सभी क्लिनिकल डेटा फ़ाइलों के पहले कॉलम में नमूना अवश्य होना चाहिए
आईडी, अन्य MuSiC टूल के समान। डिफ़ॉल्ट रूप से, विश्लेषण मौजूद प्रत्येक जीन पर किया जाता है
एमएएफ में. वैकल्पिक रूप से, विश्लेषण को केवल विशिष्ट जीनों को सूचीबद्ध करके सीमित किया जा सकता है
(अल्पविराम सीमांकित) --फेनोटाइप्स-टू-इनक्लूड इनपुट पैरामीटर के बाद। उत्तरजीविता विश्लेषण हो सकता है
कॉलम हेडर जोड़कर क्लिनिकल डेटा फ़ाइल में अन्य कॉलमों पर भी प्रदर्शन किया जा सकता है
-फ़ेनोटाइप्स-टू-इनक्लूड इनपुट पैरामीटर के बाद निर्दिष्ट प्रविष्टियों की सूची में।

क्लिनिकल डेटा इनपुट फ़ाइलें बनाने के लिए यहां कुछ सामान्य दिशानिर्देश दिए गए हैं:

· हेडर आवश्यक हैं.

· प्रत्येक क्लिनिकल डेटा फ़ाइल के पहले कॉलम में नमूना आईडी होनी चाहिए जो उनसे मेल खाती हो
--bam-सूची और MAF वैरिएंट सूची दोनों में (MAF में, यह है
ट्यूमर_सैंपल_बारकोड कॉलम, विशेष रूप से)।

· क्लिनिकल डेटा फ़ाइल इनपुट में से कम से कम एक में, हेडर "vital_status" वाले कॉलम
और "days_to_last_followup" (केस असंवेदनशील) मौजूद होना चाहिए। "vital_status" अवश्य होना चाहिए
1 और 0 द्वारा चित्रित, जहां 0 'जीवित' को दर्शाता है, और 1 'मृतक' को दर्शाता है।

ध्यान दें कि सभी इनपुट फ़ाइलें टैब से अलग होनी चाहिए।

बहस

--बम-सूची
प्रत्येक के लिए नमूना नाम और सामान्य/ट्यूमर BAM स्थानों वाली एक फ़ाइल प्रदान करें। उपयोग
टैब- सीमांकित प्रारूप [नमूना_नाम सामान्य_बाम ट्यूमर_बाम] प्रति पंक्ति। केवल यह उपकरण
नमूना_नाम की आवश्यकता है, इसलिए अन्य सभी कॉलम छोड़े जा सकते हैं। नमूना_नाम होना चाहिए
एमएएफ फ़ाइल में प्रयुक्त ट्यूमर नमूना नामों के समान (16वां कॉलम, हेडर के साथ
Tumor_Sample_Barcode)।

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