gmx_d - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

जीएमएक्स - आणविक गतिशीलता सिमुलेशन सूट

SYNOPSIS

जीएमएक्स [-[नहीं]ज] [-[नहीं]शांत] [-[नहीं]संस्करण] [-[नहीं]कॉपीराइट] [-नहीं ]
[-[नहीं]बैकअप]

वर्णन

GROMACS आणविक गतिशीलता सिमुलेशन करने के लिए कार्यक्रमों का एक पूर्ण-विशेषताओं वाला सूट है,
यानी, सैकड़ों से लाखों कणों का उपयोग करके सिस्टम के व्यवहार का अनुकरण करना
गति के न्यूटोनियन समीकरण. इसका उपयोग मुख्य रूप से प्रोटीन, लिपिड और पर शोध के लिए किया जाता है
पॉलिमर, लेकिन इसे विभिन्न प्रकार के रासायनिक और जैविक अनुसंधान में लागू किया जा सकता है
सवाल।

विकल्प

अन्य विकल्प:

-[नहीं]ज (नहीं)
सहायता प्रिंट करें और छोड़ें

-[नहीं]शांत (नहीं)
सामान्य स्टार्टअप जानकारी या उद्धरण न छापें

-[नहीं]संस्करण (नहीं)
विस्तारित संस्करण जानकारी प्रिंट करें और छोड़ें

-[नहीं]कॉपीराइट (हाँ)
स्टार्टअप पर कॉपीराइट जानकारी प्रिंट करें

-नहीं (19)
नाइसलेवल सेट करें (डिफ़ॉल्ट कमांड पर निर्भर करता है)

-[नहीं]बैकअप (हाँ)
यदि आउटपुट फ़ाइलें मौजूद हैं तो बैकअप लिखें

GMX कमानों

निम्नलिखित आदेश उपलब्ध हैं. कृपया उनके व्यक्तिगत मैन पेज देखें या GMX
मदद द्वारा संपर्क करे।

प्रक्षेपवक्र विश्लेषण
जीएमएक्स-गैंगल(1)
कोणों की गणना करें

जीएमएक्स-दूरी(1)
पदों के युग्मों के बीच की दूरी की गणना करें

जीएमएक्स-फ्रीवॉल्यूम(1)
मुक्त मात्रा की गणना करें

जीएमएक्स-पेयरडिस्ट(1)
पदों के समूहों के बीच जोड़ीवार दूरियों की गणना करें

जीएमएक्स-आरडीएफ(1)
रेडियल वितरण कार्यों की गणना करें

जीएमएक्स-सासा(1)
विलायक सुलभ सतह क्षेत्र की गणना करें

जीएमएक्स-चयन(1)
चयनों के बारे में सामान्य जानकारी प्रिंट करें

उत्पादक टोपोलोजी और निर्देशांक
gmx-editconf(1)
बॉक्स संपादित करें और उपसमूह लिखें

जीएमएक्स-x2top(1)
निर्देशांक से एक आदिम टोपोलॉजी उत्पन्न करें

जीएमएक्स-सॉल्वेट(1)
एक प्रणाली को हल करें

जीएमएक्स-सम्मिलित-अणु(1)
मौजूदा रिक्तियों में अणु डालें

gmx-genconf(1)
'यादृच्छिक' अभिविन्यासों में एक रचना को गुणा करें

जीएमएक्स-जीनियन(1)
ऊर्जावान रूप से अनुकूल स्थितियों पर मोनोआटोमिक आयन उत्पन्न करें

जीएमएक्स-जेनरेस्ट्र(1)
सूचकांक समूहों के लिए स्थिति प्रतिबंध या दूरी प्रतिबंध उत्पन्न करें

जीएमएक्स-पीडीबी2जीएमएक्स(1)
समन्वय फ़ाइलों को टोपोलॉजी और एफएफ-संगत समन्वय फ़ाइलों में कनवर्ट करें

रनिंग a अनुकार
gmx-gromp(1)
एक रन इनपुट फ़ाइल बनाएं

gmx-mdrun(1)
एक अनुकरण करें, एक सामान्य मोड विश्लेषण करें या ऊर्जा न्यूनीकरण करें

जीएमएक्स-कन्वर्ट-टीपीआर(1)
एक संशोधित रन-इनपुट फ़ाइल बनाएं

देखना ट्रेजेकटोरीज़
जीएमएक्स-एनएमटीराज(1)
एक आइजेनवेक्टर से एक आभासी दोलन प्रक्षेप पथ उत्पन्न करें

जीएमएक्स-व्यू(1)
एक्स-विंडोज टर्मिनल पर एक प्रक्षेपवक्र देखें

प्रसंस्करण ऊर्जा
जीएमएक्स-एनेमैट(1)
एक ऊर्जा फ़ाइल से एक ऊर्जा मैट्रिक्स निकालें

जीएमएक्स-ऊर्जा(1)
xvg फ़ाइलों में ऊर्जाएँ लिखता है और औसत प्रदर्शित करता है

gmx-mdrun(1)
(पुनः) -रेरन के साथ प्रक्षेपवक्र फ्रेम के लिए ऊर्जा की गणना करें

परिवर्तित फ़ाइलों
gmx-editconf(1)
संरचना फ़ाइलों को परिवर्तित और प्रबंधित करें

gmx-eneconv(1)
ऊर्जा फ़ाइलें कनवर्ट करें

जीएमएक्स-सिगेप्स(1)
c6/12 या c6/cn संयोजनों को सिग्मा/एप्सिलॉन में परिवर्तित करें

gmx-trjcat(1)
प्रक्षेपवक्र फ़ाइलों को संयोजित करें

gmx-trjconv(1)
प्रक्षेपवक्र फ़ाइलों को परिवर्तित और प्रबंधित करें

जीएमएक्स-xpm2ps(1)
XPM (XPixelMap) मैट्रिसेस को पोस्टस्क्रिप्ट या XPM में कनवर्ट करें

टूल्स
जीएमएक्स-विश्लेषण(1)
डेटा सेट का विश्लेषण करें

gmx-dyndom(1)
इंटरपोलेट और एक्सट्रपोलेट संरचना घुमाव

जीएमएक्स-फ़िल्टर(1)
फ़्रीक्वेंसी फ़िल्टर प्रक्षेप पथ, सुचारू फ़िल्में बनाने के लिए उपयोगी

जीएमएक्स-झूठ(1)
रैखिक संयोजनों से मुक्त ऊर्जा का अनुमान लगाएं

जीएमएक्स-मॉर्फ(1)
अनुरूपताओं के बीच रैखिक रूप से अंतर्वेशन करें

जीएमएक्स-पीएमई_त्रुटि(1)
किसी दिए गए इनपुट फ़ाइल के साथ पीएमई का उपयोग करने में त्रुटि का अनुमान लगाएं

जीएमएक्स-शाम(1)
हिस्टोग्राम से मुक्त ऊर्जा या अन्य हिस्टोग्राम की गणना करें

जीएमएक्स-स्थानिक(1)
स्थानिक वितरण फलन की गणना करें

जीएमएक्स-ट्रैज(1)
प्रक्षेप पथ से x, v, f, बॉक्स, तापमान और घूर्णी ऊर्जा प्लॉट करें

जीएमएक्स-ट्यून_पीएमई(1)
सेटिंग्स को अनुकूलित करने के लिए पीएमई रैंक के एक फ़ंक्शन के रूप में टाइम एमड्रन

जीएमएक्स-व्हाम(1)
छाता नमूनाकरण के बाद भारित हिस्टोग्राम विश्लेषण करें

जीएमएक्स-चेक(1)
फ़ाइलों की जाँच करें और तुलना करें

जीएमएक्स-डंप(1)
बाइनरी फ़ाइलों को मानव पठनीय बनाएं

जीएमएक्स-मेक_एनडीएक्स(1)
अनुक्रमणिका फ़ाइलें बनाएं

gmx-mk_angndx(1)
'जीएमएक्स एंगल' के लिए इंडेक्स फ़ाइलें जेनरेट करें

जीएमएक्स-ट्रजॉर्डर(1)
अणुओं को एक समूह से उनकी दूरी के अनुसार क्रमबद्ध करें

जीएमएक्स-xpm2ps(1)
XPM (XPixelMap) मैट्रिसेस को पोस्टस्क्रिप्ट या XPM में कनवर्ट करें

दूरियां के बीच संरचनाओं
जीएमएक्स-क्लस्टर(1)
क्लस्टर संरचनाएँ

gmx-confrms(1)
दो संरचनाओं को फिट करें और आरएमएसडी की गणना करें

जीएमएक्स-आरएमएस(1)
संदर्भ संरचना और आरएमएसडी मैट्रिक्स के साथ आरएमएसडी की गणना करें

जीएमएक्स-आरएमएसएफ(1)
परमाणु उतार-चढ़ाव की गणना करें

दूरियां in संरचनाओं के ऊपर पहर
जीएमएक्स-माइंडिस्ट(1)
दो समूहों के बीच न्यूनतम दूरी की गणना करें

जीएमएक्स-एमडीमैट(1)
अवशेष संपर्क मानचित्रों की गणना करें

जीएमएक्स-पॉलीस्टेट(1)
पॉलिमर के स्थैतिक गुणों की गणना करें

जीएमएक्स-आरएमएसडिस्ट(1)
शक्ति -2, -3 या -6 के साथ औसत परमाणु युग्म दूरियों की गणना करें

सामूहिक वितरण गुण के ऊपर पहर
जीएमएक्स-गाइरेट(1)
परिभ्रमण की त्रिज्या की गणना करें

जीएमएक्स-एमएसडी(1)
माध्य वर्ग विस्थापन की गणना करता है

जीएमएक्स-पॉलीस्टेट(1)
पॉलिमर के स्थैतिक गुणों की गणना करें

जीएमएक्स-आरडीएफ(1)
रेडियल वितरण कार्यों की गणना करें

जीएमएक्स-रोटैकएफ(1)
अणुओं के लिए घूर्णी सहसंबंध फ़ंक्शन की गणना करें

जीएमएक्स-रोटमैट(1)
किसी संदर्भ संरचना में फ़िट करने के लिए रोटेशन मैट्रिक्स को प्लॉट करें

जीएमएक्स-सैन(1)
छोटे कोण न्यूट्रॉन प्रकीर्णन स्पेक्ट्रा की गणना करें

जीएमएक्स-सैक्स(1)
छोटे कोण वाले एक्स-रे प्रकीर्णन स्पेक्ट्रा की गणना करें

जीएमएक्स-ट्रैज(1)
प्रक्षेप पथ से x, v, f, बॉक्स, तापमान और घूर्णी ऊर्जा प्लॉट करें

जीएमएक्स-वान्होवे(1)
वैन होव विस्थापन और सहसंबंध कार्यों की गणना करें

का विश्लेषण बंधुआ बातचीत
जीएमएक्स-कोण(1)
कोणों और डायहेड्रल के लिए वितरण और सहसंबंध की गणना करें

gmx-mk_angndx(1)
'जीएमएक्स एंगल' के लिए इंडेक्स फ़ाइलें जेनरेट करें

संरचनात्मक गुण
जीएमएक्स-एनाडॉक(1)
ऑटोडॉक से क्लस्टर संरचनाएँ चलती हैं

जीएमएक्स-बंडल(1)
कुल्हाड़ियों के बंडलों का विश्लेषण करें, उदाहरण के लिए, हेलिकॉप्टर

जीएमएक्स-क्लस्टसाइज(1)
परमाणु समूहों के आकार वितरण की गणना करें

जीएमएक्स-अव्यवस्था(1)
दूरी प्रतिबंधों का विश्लेषण करें

जीएमएक्स-एचबॉन्ड(1)
हाइड्रोजन बांड की गणना और विश्लेषण करें

जीएमएक्स-ऑर्डर(1)
कार्बन टेल के लिए प्रति परमाणु ऑर्डर पैरामीटर की गणना करें

जीएमएक्स-प्रिंसिपल(1)
परमाणुओं के एक समूह के लिए जड़त्व के प्रमुख अक्षों की गणना करें

जीएमएक्स-आरडीएफ(1)
रेडियल वितरण कार्यों की गणना करें

जीएमएक्स-साल्टब्र(1)
नमक पुलों की गणना करें

जीएमएक्स-सोरिएंट(1)
विलेय के चारों ओर विलायक अभिविन्यास का विश्लेषण करें

जीएमएक्स-स्पॉल(1)
विलेय के चारों ओर विलायक द्विध्रुवीय अभिविन्यास और ध्रुवीकरण का विश्लेषण करें

काइनेटिक गुण
जीएमएक्स-बार(1)
बेनेट के स्वीकृति अनुपात के माध्यम से मुक्त ऊर्जा अंतर अनुमान की गणना करें

जीएमएक्स-वर्तमान(1)
ढांकता हुआ स्थिरांक और वर्तमान ऑटोसहसंबंध फ़ंक्शन की गणना करें

जीएमएक्स-डॉस(1)
उसके आधार पर राज्यों और गुणों के घनत्व का विश्लेषण करें

जीएमएक्स-डाईकपल(1)
प्रक्षेपपथों से डाई गतिशीलता निकालें

जीएमएक्स-प्रिंसिपल(1)
परमाणुओं के एक समूह के लिए जड़त्व के प्रमुख अक्षों की गणना करें

जीएमएक्स-टीसीएएफ(1)
तरल पदार्थों की श्यानता की गणना करें

जीएमएक्स-ट्रैज(1)
प्रक्षेप पथ से x, v, f, बॉक्स, तापमान और घूर्णी ऊर्जा प्लॉट करें

जीएमएक्स-वान्होवे(1)
वैन होव विस्थापन और सहसंबंध कार्यों की गणना करें

जीएमएक्स-वेलैक(1)
वेग स्वसहसंबंध कार्यों की गणना करें

इलेक्ट्रोस्टैटिक गुण
जीएमएक्स-वर्तमान(1)
ढांकता हुआ स्थिरांक और वर्तमान ऑटोसहसंबंध फ़ंक्शन की गणना करें

जीएमएक्स-ढांकता हुआ(1)
आवृत्ति पर निर्भर ढांकता हुआ स्थिरांक की गणना करें

जीएमएक्स-द्विध्रुव(1)
कुल द्विध्रुव प्लस उतार-चढ़ाव की गणना करें

जीएमएक्स-पोटेंशियल(1)
बॉक्स में इलेक्ट्रोस्टैटिक क्षमता की गणना करें

जीएमएक्स-स्पॉल(1)
विलेय के चारों ओर विलायक द्विध्रुवीय अभिविन्यास और ध्रुवीकरण का विश्लेषण करें

जीएमएक्स-जीनियन(1)
ऊर्जावान रूप से अनुकूल स्थितियों पर मोनोआटोमिक आयन उत्पन्न करें

प्रोटीन विशेष विश्लेषण
gmx-do_dssp(1)
द्वितीयक संरचना निर्दिष्ट करें और विलायक सुलभ सतह क्षेत्र की गणना करें

जीएमएक्स-ची(1)
ची और अन्य डायहेड्रल के बारे में आप जो कुछ जानना चाहते हैं उसकी गणना करें

जीएमएक्स-हेलिक्स(1)
अल्फा हेलिकॉप्टरों के मूल गुणों की गणना करें

जीएमएक्स-हेलिक्सओरिएंट(1)
हेलिकॉप्टरों के अंदर स्थानीय पिच/झुकने/रोटेशन/अभिविन्यास की गणना करें

जीएमएक्स-रामा(1)
रामचन्द्रन प्लॉट की गणना करें

जीएमएक्स-व्हील(1)
पेचदार पहिये प्लॉट करें

इंटरफेस
जीएमएक्स-बंडल(1)
कुल्हाड़ियों के बंडलों का विश्लेषण करें, उदाहरण के लिए, हेलिकॉप्टर

जीएमएक्स-घनत्व(1)
सिस्टम के घनत्व की गणना करें

जीएमएक्स-डेंसमैप(1)
2डी समतल या अक्षीय-रेडियल घनत्व मानचित्रों की गणना करें

gmx-डेंसऑर्डर(1)
सतह के उतार-चढ़ाव की गणना करें

gmx-h2order(1)
पानी के अणुओं के अभिविन्यास की गणना करें

जीएमएक्स-हाइड्रोर्डर(1)
किसी दिए गए परमाणु के चारों ओर टेट्राहेड्रैलिटी मापदंडों की गणना करें

जीएमएक्स-ऑर्डर(1)
कार्बन टेल के लिए प्रति परमाणु ऑर्डर पैरामीटर की गणना करें

जीएमएक्स-पोटेंशियल(1)
बॉक्स में इलेक्ट्रोस्टैटिक क्षमता की गणना करें

सहप्रसरण विश्लेषण
gmx-anaeig(1)
eigenvectors का विश्लेषण करें

जीएमएक्स-कोवर(1)
सहप्रसरण मैट्रिक्स की गणना और विकर्णीकरण करें

gmx-make_edi(1)
आवश्यक गतिशीलता नमूने के लिए इनपुट फ़ाइलें जेनरेट करें

साधारण मोड
gmx-anaeig(1)
सामान्य मोड का विश्लेषण करें

gmx-nmeig(1)
सामान्य मोड विश्लेषण के लिए हेसियन को विकर्णित करें

जीएमएक्स-एनएमटीराज(1)
एक आइजेनवेक्टर से एक आभासी दोलन प्रक्षेप पथ उत्पन्न करें

जीएमएक्स-एनमेन्स(1)
सामान्य मोड से संरचनाओं का एक समूह तैयार करें

gmx-gromp(1)
एक रन इनपुट फ़ाइल बनाएं

gmx-mdrun(1)
न्यूनतम संभावित ऊर्जा ज्ञात करें और हेसियन की गणना करें

कॉपीराइट

2015, GROMACS विकास टीम

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