gmx-घनत्व - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

gmx-घनत्व - प्रणाली के घनत्व की गणना करें

SYNOPSIS

जीएमएक्स घनत्व [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]] [-s [<.tpr>]]
[-ईआई [<.डेट>]] [-o [<.xvg>]] [-b ] [-e ]
[-डीटी ] [-[अभी] [-xvg ] [-d ]
[-एसएल ] [-घन ] [-एनजीओ ] [- [नहीं] केंद्र]
[- [नहीं] सिम्म] [-[नहीं]रिश्तेदार]

वर्णन

GMX घनत्व एक अनुक्रमणिका फ़ाइल का उपयोग करके पूरे बॉक्स में आंशिक घनत्व की गणना करता है।

एनपीटी सिमुलेशन के कुल घनत्व के लिए, उपयोग करें GMX ऊर्जा बजाय.

विकल्प -center एक मनमानी के केंद्र के सापेक्ष हिस्टोग्राम बिनिंग करता है
समूह, निरपेक्ष बॉक्स निर्देशांक में। यदि आप Z अक्ष बॉक्स के साथ प्रोफाइल की गणना कर रहे हैं
आयाम bZ, आउटपुट -bZ/2 से bZ/2 तक होगा यदि आप पूरे सिस्टम पर आधारित हैं।
ध्यान दें कि GROMACS 5.0 में यह व्यवहार बदल गया है; पहले के संस्करणों ने केवल प्रदर्शन किया
(0,bZ) में स्थिर बिनिंग और आउटपुट को स्थानांतरित कर दिया। अब हम प्रत्येक फ्रेम के लिए केंद्र की गणना करते हैं
और बिन (-bZ/2,bZ/2) में।

विकल्प -सिम्म केंद्र के चारों ओर आउटपुट को सममित करता है। यह अपने आप चालू हो जाएगा
-center बहुत। विकल्प -रिश्तेदार निरपेक्ष बॉक्स के बजाय सापेक्ष में बिनिंग करता है
निर्देशांक, और आउटपुट के साथ औसत बॉक्स आयाम के साथ अंतिम आउटपुट को मापता है
एक्सिस। इसका उपयोग के संयोजन में किया जा सकता है -center.

घनत्व किलो/एम^3 में हैं, और संख्या घनत्व या इलेक्ट्रॉन घनत्व भी हो सकते हैं
परिकलित। इलेक्ट्रॉन घनत्व के लिए, प्रत्येक के लिए इलेक्ट्रॉनों की संख्या का वर्णन करने वाली एक फ़ाइल
परमाणु का प्रकार प्रदान किया जाना चाहिए -ईआई. यह दिखना चाहिए:

2
परमाणु नाम = nreelectrons
परमाणु नाम = nreelectrons

पहली पंक्ति में फ़ाइल से पढ़ने के लिए पंक्तियों की संख्या होती है। एक होना चाहिए
आपके सिस्टम में प्रत्येक अद्वितीय परमाणु नाम के लिए लाइन। प्रत्येक परमाणु के लिए इलेक्ट्रॉनों की संख्या है
इसके परमाणु आंशिक आवेश द्वारा संशोधित।

बिलयर्स के लिए महत्वपूर्ण विचार

सबसे आम उपयोग परिदृश्यों में से एक विभिन्न समूहों के घनत्व की गणना करना है
एक लिपिड बाईलेयर के पार, आमतौर पर z अक्ष सामान्य दिशा होने के साथ। छोटे के लिए
सिमुलेशन, छोटे सिस्टम और निश्चित बॉक्स आकार यह ठीक काम करेगा, लेकिन अधिक के लिए
सामान्य स्थिति में लिपिड बाईलेयर्स जटिल हो सकते हैं। पहली समस्या है कि जबकि दोनों
प्रोटीन और लिपिड में कम मात्रा में संपीड्यता होती है, लिपिड का क्षेत्रफल काफी अधिक होता है
संपीड्यता। इसका मतलब है कि बॉक्स के आकार (मोटाई और क्षेत्र/लिपिड) में उतार-चढ़ाव होगा
पूरी तरह से आराम से प्रणाली के लिए भी। चूंकि GROMACS बॉक्स को के बीच में रखता है
मूल और सकारात्मक निर्देशांक, इसका अर्थ है कि बॉक्स में केंद्रित एक बाइलेयर
इन उतार-चढ़ावों के कारण थोड़ा ऊपर/नीचे होगा, और आपकी प्रोफ़ाइल को धुंधला कर देगा। सबसे सरल
इसे ठीक करने का तरीका (यदि आप दबाव युग्मन चाहते हैं) का उपयोग करना है -center विकल्प है कि
बॉक्स के केंद्र के संबंध में घनत्व प्रोफ़ाइल की गणना करता है। ध्यान दें कि आप कर सकते हैं
अभी भी बिलीयर भाग पर केंद्र है, भले ही आपके पास एक जटिल गैर-सममित प्रणाली हो a
बाइलेयर और, कहते हैं, झिल्ली प्रोटीन - तो हमारे आउटपुट में बस एक पर अधिक मूल्य होंगे
(केंद्र) मूल संदर्भ के पक्ष में।

यहां तक ​​​​कि केंद्रित गणना से आउटपुट प्रोफाइल को कुछ धुंधला कर दिया जाएगा, जैसे
लिपिड स्वयं संकुचित और विस्तारित होते हैं। ज्यादातर मामलों में आप शायद यह चाहते हैं (चूंकि
यह मैक्रोस्कोपिक प्रयोगों से मेल खाती है), लेकिन यदि आप आणविक विवरण देखना चाहते हैं
आप उपयोग कर सकते हैं -रिश्तेदार वॉल्यूम के और भी अधिक प्रभावों को दूर करने का प्रयास करने का विकल्प
उतार-चढ़ाव।

अंत में, बड़े बाईलेयर जो सतह तनाव के अधीन नहीं हैं, वे अविरल प्रदर्शित करेंगे
उतार-चढ़ाव, जहां सिस्टम में 'लहरें' बनती हैं। यह एक मौलिक
जैविक प्रणाली की संपत्ति, और यदि आप उन प्रयोगों से तुलना कर रहे हैं जिनकी संभावना है
लहरदार धब्बा प्रभाव को शामिल करना चाहते हैं।

विकल्प

इनपुट फ़ाइलों को निर्दिष्ट करने के विकल्प:

-f [<.xtc/.trr/...>] (ट्रेज.एक्सटीसी)
प्रक्षेपवक्र: परमानंद ट्र्र CPT gro g96 पीडीबी TNG

-n [<.ndx>] (index.ndx) (वैकल्पिक)
अनुक्रमणिका फ़ाइल

-s [<.tpr>] (टॉपोल.टीपीआर)
पोर्टेबल xdr रन इनपुट फ़ाइल

-ईआई [<.डेट>] (इलेक्ट्रॉन्स.डेट) (वैकल्पिक)
सामान्य डेटा फ़ाइल

आउटपुट फ़ाइलों को निर्दिष्ट करने के विकल्प:

-o [<.xvg>] (घनत्व.xvg)
xvgr/xmgr फ़ाइल

अन्य विकल्प:

-b (0)
प्रक्षेपवक्र से पढ़ने के लिए पहला फ्रेम (पीएस)

-e (0)
प्रक्षेपवक्र से पढ़ने के लिए अंतिम फ्रेम (पीएस)

-डीटी (0)
केवल फ्रेम का उपयोग करें जब टी एमओडी डीटी = पहली बार (पीएस)

-[अभी (नहीं)
आउटपुट देखें .xvg, .एक्सपीएम, ईपीएस और .पीडीबी फ़ाइलों

-xvg
xvg प्लॉट स्वरूपण: xmgrace, xmgr, कोई नहीं

-d (जेड)
झिल्ली पर अभिलंब X, Y या Z दिशा में लें।

-एसएल (50)
इस संख्या में स्लाइस में बॉक्स को विभाजित करें।

-घन (द्रव्यमान)
घनत्व: द्रव्यमान, संख्या, आवेश, इलेक्ट्रॉन

-एनजीओ (1)
घनत्व की गणना करने के लिए समूहों की संख्या।

- [नहीं] केंद्र (नहीं)
(बदलते) बॉक्स के केंद्र के सापेक्ष बिनिंग करें। के लिए उपयोगी
बाइलेयर्स

- [नहीं] सिम्म (नहीं)
केंद्र के संबंध में, अक्ष के साथ घनत्व को सममित करें। के लिए उपयोगी
बाइलेयर्स

-[नहीं]रिश्तेदार (नहीं)
बॉक्स बदलने और औसत आयामों द्वारा आउटपुट स्केल करने के लिए सापेक्ष निर्देशांक का उपयोग करें।

ज्ञात मुद्दें

· इलेक्ट्रॉन घनत्व की गणना करते समय, प्रकार के बजाय परमाणु नामों का उपयोग किया जाता है। ये गलत है।

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