जीएमएक्स-डेंसऑर्डर - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

जीएमएक्स-डेंसऑर्डर - सतह के उतार-चढ़ाव की गणना करें

SYNOPSIS

जीएमएक्स डेंसऑर्डर [-s [<.tpr>]] [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.डेट>]] [या [<.बाहर> [...]]] [-ओजी [<.xpm> [...]]]
[-स्पेक्ट [<.बाहर> [...]]] [-b ] [-e ]
[-डीटी ] [-[अभी] [-[नहीं]1डी] [-बस ]
[-बीडब्ल्यूएन ] [-गण ] [-एक्सिस ]
[-तरीका ] [-डी 1 ] [-डी 2 ]
[-टीब्लॉक ] [-nlevel ]

वर्णन

GMX densorder एक एमडी पर गणना की गई धुरी के साथ दो-चरण घनत्व वितरण को कम करता है
प्रक्षेपवक्र, समय में उतार-चढ़ाव वाली 2डी सतहों के लिए, एक कार्यात्मक प्रोफ़ाइल के लिए फिट द्वारा
अंतरफलकीय घनत्व. इंटरफेस का एक समय-औसत स्थानिक प्रतिनिधित्व हो सकता है
विकल्प के साथ आउटपुट -tavg.

विकल्प

इनपुट फ़ाइलों को निर्दिष्ट करने के विकल्प:

-s [<.tpr>] (टॉपोल.टीपीआर)
पोर्टेबल xdr रन इनपुट फ़ाइल

-f [<.xtc/.trr/...>] (ट्रेज.एक्सटीसी)
प्रक्षेपवक्र: परमानंद ट्र्र CPT gro g96 पीडीबी TNG

-n [<.ndx>] (index.ndx)
अनुक्रमणिका फ़ाइल

आउटपुट फ़ाइलों को निर्दिष्ट करने के विकल्प:

-o [<.डेट>] (घनत्व4D.dat) (वैकल्पिक)
सामान्य डेटा फ़ाइल

या [<.बाहर> [...]] (हैलो.बाहर) (वैकल्पिक)
सामान्य आउटपुट फ़ाइल

-ओजी [<.xpm> [...]] (इंटरफ़ेस.xpm) (वैकल्पिक)
एक्स पिक्समैप संगत मैट्रिक्स फ़ाइल

-स्पेक्ट [<.बाहर> [...]] (intfspect.out) (वैकल्पिक)
सामान्य आउटपुट फ़ाइल

अन्य विकल्प:

-b (0)
प्रक्षेपवक्र से पढ़ने के लिए पहला फ्रेम (पीएस)

-e (0)
प्रक्षेपवक्र से पढ़ने के लिए अंतिम फ्रेम (पीएस)

-डीटी (0)
केवल फ्रेम का उपयोग करें जब टी एमओडी डीटी = पहली बार (पीएस)

-[अभी (नहीं)
आउटपुट देखें .xvg, .एक्सपीएम, ईपीएस और .पीडीबी फ़ाइलों

-[नहीं]1डी (नहीं)
छद्म-1डी इंटरफ़ेस ज्यामिति

-बस (0.2)
इंटरफ़ेस के स्पर्शरेखीय घनत्व वितरण की बिनविड्थ

-बीडब्ल्यूएन (0.05)
इंटरफ़ेस के लिए सामान्य घनत्व वितरण की बिनविड्थ

-गण (0)
गॉसियन फ़िल्टर का क्रम, ऑर्डर 0 NO फ़िल्टरिंग के बराबर है

-एक्सिस (जेड)
अक्ष दिशा - X, Y या Z

-तरीका (द्विभाजित)
इंटरफ़ेस स्थान विधि: द्विभाजित, कार्यात्मक

-डी 1 (0)
थोक घनत्व चरण 1 (छोटे z पर)

-डी 2 (1000)
थोक घनत्व चरण 2 (बड़े z पर)

-टीब्लॉक (100)
एक टाइम-ब्लॉक औसत में फ़्रेम की संख्या

-nlevel (100)
2डी में ऊंचाई स्तरों की संख्या - XPixMaps

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