जीएमएक्स-एनर्जी - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

जीएमएक्स-एनर्जी - xvg फ़ाइलों में ऊर्जा लिखता है और औसत प्रदर्शित करता है

SYNOPSIS

जीएमएक्स ऊर्जा [-f [<.edr>]] [-2 [<.edr>]] [-s [<.tpr>]] [-o [<.xvg>]]
[-उल्लंघन [<.xvg>]] [-जोड़े [<.xvg>]] [-ओरा [<.xvg>]]
[-ओर्ट [<.xvg>]] [-ओडा [<.xvg>]] [-ओडीआर [<.xvg>]]
[-odt [<.xvg>]] [-ओटेन [<.xvg>]] [-सही [<.xvg>]]
[-विसो [<.xvg>]] [-रवग [<.xvg>]] [-ओध [<.xvg>]]
[-b ] [-e ] [-[अभी] [-xvg ] [-[शुल्क नहीं]
[-fetemp ] [शून्य ] [-[नहीं]योग] [-[नहीं]डीपी]
[-एनबीमिन ] [-एनबीमैक्स ] [-[नहीं]मुटोट] [-छोड़ें ]
[-[नहीं]एवर] [-नमोल ] [-[नहीं]fluct_props]
[-[नहीं]ड्रिफ्टकोर] [-[नहीं]फ्लूक] [-[नहीं]ओरिनस्ट] [-[नहीं]ओवेक]
[-एकफ्लेन ] [- [नहीं] सामान्य करें] [-P ]
[-फिटफ़एन ] [-बेगिनफिट ] [-एंडफिट ]

वर्णन

GMX ऊर्जा किसी ऊर्जा फ़ाइल से ऊर्जा घटक या दूरी अवरोध डेटा निकालता है।
उपयोगकर्ता को अंतःक्रियात्मक रूप से वांछित ऊर्जा शर्तों का चयन करने के लिए प्रेरित किया जाता है।

औसत, आरएमएसडी और बहाव की गणना सिमुलेशन से पूरी सटीकता के साथ की जाती है (देखें)।
मुद्रित मैनुअल)। बहाव की गणना डेटा को न्यूनतम-वर्ग फिट करके की जाती है
सरल रेखा। रिपोर्ट किया गया कुल बहाव पहले और आखिरी में फिट का अंतर है
बिंदु। औसत का त्रुटि अनुमान 5 ब्लॉकों के ब्लॉक औसत के आधार पर दिया गया है
पूर्ण-सटीक औसत का उपयोग करना। त्रुटि अनुमान एकाधिक ब्लॉक पर किया जा सकता है
विकल्पों के साथ लंबाई -एनबीमिन और -एनबीमैक्स. नोट अधिकांश मामलों में ऊर्जा फ़ाइलें
इसमें सभी एमडी चरणों का औसत शामिल है, या फ्रेम की संख्या की तुलना में कई अधिक बिंदु शामिल हैं
ऊर्जा फ़ाइल. यह बनाता है GMX ऊर्जा सांख्यिकी आउटपुट की तुलना में अधिक सटीक .xvg
आउटपुट. जब ऊर्जा फ़ाइल में सटीक औसत मौजूद नहीं होते हैं, तो आँकड़ों का उल्लेख किया जाता है
उपरोक्त केवल एकल, प्रति-फ़्रेम ऊर्जा मान हैं।

उतार-चढ़ाव शब्द आरएमएसडी को न्यूनतम-वर्ग फिट के आसपास देता है।

कुछ उतार-चढ़ाव-निर्भर गुणों की गणना सही ऊर्जा शर्तों के साथ की जा सकती है
चयनित हैं, और वह कमांड लाइन विकल्प -fluct_props दिया हुआ है। निम्नलिखित
संपत्तियों की गणना की जाएगी:

┌─────────────────────────────────── ────────── ─────┐
│संपत्ति │ ऊर्जा शर्तें आवश्यक │
├──────────────────────────────────── ────────── ─────┤
│ ताप क्षमता C_p (एनपीटी सिम्स): │ एन्थैल्पी, तापमान │
├──────────────────────────────────── ────────── ─────┤
│हीट क्षमता C_v (एनवीटी सिम्स): │ Etot, Temp │
├──────────────────────────────────── ────────── ─────┤
│थर्मल विस्तार गुणांक। (एनपीटी): │ एन्थैल्पी, वॉल्यूम, तापमान │
├──────────────────────────────────── ────────── ─────┤
│इज़ोथर्मल संपीड़ितता: │ वॉल्यूम, तापमान │
├──────────────────────────────────── ────────── ─────┤
│एडियाबेटिक थोक मापांक: │ वॉल्यूम, तापमान │
└─────────────────────────────────── ────────── ─────┘

आपको हमेशा अणुओं की संख्या निर्धारित करने की आवश्यकता होती है -नमोल. C_p/C_v गणनाएँ करती हैं नहीं
क्वांटम प्रभावों के लिए कोई भी सुधार शामिल करें। उपयोग GMX डॉस कार्यक्रम यदि आपको इसकी आवश्यकता है (और
आप कर)।

जब -उल्लंघन विकल्प सेट किया गया है, समय का औसत उल्लंघन प्लॉट किया गया है और चल रहा है
उल्लंघनों के समय-औसत और तात्कालिक योग की पुनर्गणना की जाती है। इसके अतिरिक्त चल रहा है
चयनित जोड़ियों के बीच समय-औसत और तात्कालिक दूरी को प्लॉट किया जा सकता है
-जोड़े विकल्प.

ऑप्शंस -ओरा, -ओर्ट, -ओडा, -ओडीआर और -odt अभिविन्यास संयम डेटा का विश्लेषण करने के लिए उपयोग किया जाता है।
पहले दो विकल्प अभिविन्यास को दर्शाते हैं, अंतिम तीन विकल्प विचलन को दर्शाते हैं
प्रयोगात्मक मूल्यों से अभिविन्यास. वे विकल्प जो 'ए' पर समाप्त होते हैं, प्लॉट करते हैं
संयम के कार्य के रूप में समय के साथ औसत। वे विकल्प जो 't' पर समाप्त होते हैं, संकेत देते हैं
उपयोगकर्ता संयम लेबल संख्याओं के लिए और समय के एक फ़ंक्शन के रूप में डेटा को प्लॉट करता है। विकल्प -ओडीआर
आरएमएस विचलन को संयम के कार्य के रूप में प्लॉट करता है। जब रन में समय या संयोजन का उपयोग किया गया
औसत अभिविन्यास प्रतिबंध, विकल्प -ओरिंस्ट तात्कालिक विश्लेषण के लिए इस्तेमाल किया जा सकता है,
समय और समूह के बजाय संयोजन-औसत अभिविन्यास और विचलन नहीं
औसत।

विकल्प -ओटेन प्रत्येक अभिविन्यास के लिए आणविक क्रम टेंसर के eigenvalues ​​​​को प्लॉट करता है
संयम प्रयोग. विकल्प के साथ -ओवेक eigenvectors भी प्लॉट किए गए हैं।

विकल्प -ओध मुक्त ऊर्जा डेटा (हैमिल्टोइयन अंतर और/या) को निकालता और प्लॉट करता है
हैमिल्टनियन व्युत्पन्न डीएचडीएल) से ener.edr फ़ाइल.

- -शुल्क एक आदर्श गैस के साथ मुक्त-ऊर्जा अंतर के लिए एक अनुमान की गणना की जाती है
राज्य:

डेल्टा ए = ए(एन,वी,टी) - ए_आदर्शगैस(एन,वी,टी) = केटी एलएन( )
डेल्टा G = G(N,p,T) - G_idealgas(N,p,T) = kT ln( )

जहां k बोल्ट्ज़मैन का स्थिरांक है, T द्वारा निर्धारित किया गया है -fetemp और औसत समूह से ऊपर है
(या प्रक्षेपवक्र में समय)। ध्यान दें कि यह सैद्धांतिक रूप से केवल औसत होने पर ही सही है
संपूर्ण (बोल्ट्ज़मैन) समूह पर और स्थितिज ऊर्जा का उपयोग करते हुए। यह भी अनुमति देता है
एक एन्ट्रापी अनुमान का उपयोग करते हुए:

डेल्टा S(N,V,T) = S(N,V,T) - S_idealgas(N,V,T) = ( - डेल्टा ए)/टी
डेल्टा S(N,p,T) = S(N,p,T) - S_idealgas(N,p,T) = ( + पीवी - डेल्टा जी)/टी

जब दूसरी ऊर्जा फ़ाइल निर्दिष्ट की जाती है (-2), एक मुक्त ऊर्जा अंतर की गणना की जाती है:

dF = -kT ln( _ए) ,

जहां E_A और E_B पहली और दूसरी ऊर्जा फ़ाइलों से ऊर्जा और औसत हैं
समुच्चय A के ऊपर है। मुक्त ऊर्जा अंतर का रनिंग औसत a पर मुद्रित होता है
द्वारा निर्दिष्ट फ़ाइल -रवग. नोट कि दोनों ऊर्जाओं की गणना एक ही से की जानी चाहिए
प्रक्षेपवक्र।

विकल्प

इनपुट फ़ाइलों को निर्दिष्ट करने के विकल्प:

-f [<.edr>] (ener.edr)
ऊर्जा फ़ाइल

-2 [<.edr>] (ener.edr) (वैकल्पिक)
ऊर्जा फ़ाइल

-s [<.tpr>] (टॉपोल.टीपीआर) (वैकल्पिक)
पोर्टेबल xdr रन इनपुट फ़ाइल

आउटपुट फ़ाइलों को निर्दिष्ट करने के विकल्प:

-o [<.xvg>] (ऊर्जा.xvg)
xvgr/xmgr फ़ाइल

-उल्लंघन [<.xvg>] (violaver.xvg) (वैकल्पिक)
xvgr/xmgr फ़ाइल

-जोड़े [<.xvg>] (जोड़े.xvg) (वैकल्पिक)
xvgr/xmgr फ़ाइल

-ओरा [<.xvg>] (ओरिएंटा.xvg) (वैकल्पिक)
xvgr/xmgr फ़ाइल

-ओर्ट [<.xvg>] (ओरिएंट.xvg) (वैकल्पिक)
xvgr/xmgr फ़ाइल

-ओडा [<.xvg>] (orideva.xvg) (वैकल्पिक)
xvgr/xmgr फ़ाइल

-ओडीआर [<.xvg>] (ओरिडेवर.एक्सवीजी) (वैकल्पिक)
xvgr/xmgr फ़ाइल

-odt [<.xvg>] (ओरिडेवेट.एक्सवीजी) (वैकल्पिक)
xvgr/xmgr फ़ाइल

-ओटेन [<.xvg>] (ओरिटेन.xvg) (वैकल्पिक)
xvgr/xmgr फ़ाइल

-सही [<.xvg>] (enecorr.xvg) (वैकल्पिक)
xvgr/xmgr फ़ाइल

-विसो [<.xvg>] (विस्को.xvg) (वैकल्पिक)
xvgr/xmgr फ़ाइल

-रवग [<.xvg>] (runavgdf.xvg) (वैकल्पिक)
xvgr/xmgr फ़ाइल

-ओध [<.xvg>] (डीएचडीएल.एक्सवीजी) (वैकल्पिक)
xvgr/xmgr फ़ाइल

अन्य विकल्प:

-b (0)
प्रक्षेपवक्र से पढ़ने के लिए पहला फ्रेम (पीएस)

-e (0)
प्रक्षेपवक्र से पढ़ने के लिए अंतिम फ्रेम (पीएस)

-[अभी (नहीं)
आउटपुट देखें .xvg, .एक्सपीएम, ईपीएस और .पीडीबी फ़ाइलों

-xvg
xvg प्लॉट स्वरूपण: xmgrace, xmgr, कोई नहीं

-[शुल्क नहीं (नहीं)
निःशुल्क ऊर्जा अनुमान लगाएं

-fetemp (300)
निःशुल्क ऊर्जा गणना के लिए संदर्भ तापमान

शून्य (0)
शून्य-बिंदु ऊर्जा घटाएँ

-[नहीं]योग (नहीं)
सभी को प्रदर्शित करने के बजाय चयनित ऊर्जा शब्दों का योग करें

-[नहीं]डीपी (नहीं)
उच्च परिशुद्धता में ऊर्जा प्रिंट करें

-एनबीमिन (5)
त्रुटि अनुमान के लिए ब्लॉकों की न्यूनतम संख्या

-एनबीमैक्स (5)
त्रुटि अनुमान के लिए ब्लॉकों की अधिकतम संख्या

-[नहीं]मुटोट (नहीं)
घटकों से कुल द्विध्रुव आघूर्ण की गणना करें

-छोड़ें (0)
डेटा बिंदुओं के बीच फ़्रेम की संख्या छोड़ें

-[नहीं]एवर (नहीं)
ऊर्जा फ़्रेमों में संग्रहीत सटीक औसत और आरएमएसडी भी प्रिंट करें (केवल जब 1 अवधि
अनुरोध है)

-नमोल (1)
आपके नमूने में अणुओं की संख्या: ऊर्जाओं को इस संख्या से विभाजित किया जाता है

-[नहीं]fluct_props (नहीं)
ऊष्मा क्षमता जैसे ऊर्जा के उतार-चढ़ाव के आधार पर गुणों की गणना करें

-[नहीं]ड्रिफ्टकोर (नहीं)
केवल उतार-चढ़ाव गुणों की गणना के लिए उपयोगी है। में बहाव
उतार-चढ़ाव गुणों की गणना करने से पहले अवलोकन योग्य वस्तुओं को घटाया जाएगा।

-[नहीं]फ्लूक (नहीं)
ऊर्जा के बजाय ऊर्जा के उतार-चढ़ाव के स्वत: सहसंबंध की गणना करें

-[नहीं]ओरिनस्ट (नहीं)
तात्कालिक अभिविन्यास डेटा का विश्लेषण करें

-[नहीं]ओवेक (नहीं)
साथ ही eigenvectors को भी प्लॉट करें -ओटेन

-एकफ्लेन (-1)
ACF की लंबाई, डिफ़ॉल्ट रूप से फ़्रेम की संख्या का आधा है

- [नहीं] सामान्य करें (हाँ)
एसीएफ को सामान्य करें

-P (0)
एसीएफ के लिए लीजेंड्रे बहुपद का क्रम (0 इंगित नहीं करता है): 0, 1, 2, 3

-फिटफ़एन (कोई नहीं)
फ़िट फ़ंक्शन: कोई नहीं, क्स्प, aexp, exp_exp, exp5, exp7, exp9

-बेगिनफिट (0)
समय जहां सहसंबंध समारोह के घातीय फिट शुरू करने के लिए

-एंडफिट (-1)
सहसम्बन्ध फलन के घातांकीय फिट को समाप्त करने का समय, -1 तब तक है जब तक
समाप्त

onworks.net सेवाओं का उपयोग करके जीएमएक्स-एनर्जी का ऑनलाइन उपयोग करें