जीएमएक्स-इंसर्ट-अणु - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

जीएमएक्स-इंसर्ट-अणु - मौजूदा रिक्तियों में अणु डालें

SYNOPSIS

जीएमएक्स इंसर्ट-अणु [-f [<.gro/.g96/...>]] [-सीआई [<.gro/.g96/...>]]
[-आईपी [<.डेट>]] [-o [<.gro/.g96/...>]] [-डिब्बा ]
[-नमोल ] [-प्रयत्न ] [बीज ]
[-त्रिज्या ] [-काले ] [-डॉ ]
[-रोट ]

वर्णन

GMX सम्मिलित-अणु आवेषण -नमोल में निर्दिष्ट सिस्टम की प्रतियां -सीआई इनपुट फ़ाइल।
सम्मिलन या तो दिए गए विलेय संरचना में रिक्त स्थान में होता है
-f, या द्वारा दिए गए खाली डिब्बे में -डिब्बा. दोनों को निर्दिष्ट करना -f और -डिब्बा जैसा व्यवहार करता है -f, परंतु
सम्मिलन से पहले विलेय के चारों ओर एक नया बॉक्स रखता है। कोई भी वेग मौजूद हैं
बाहर किया हुआ।

डिफ़ॉल्ट रूप से, प्रविष्टि स्थिति यादृच्छिक होती है (प्रारंभिक बीज द्वारा निर्दिष्ट के साथ)। बीज).
प्रोग्राम तब तक पुनरावृत्त होता है -नमोल बॉक्स में अणु डाले गए हैं. अणु नहीं हैं
वहां डाला गया जहां किसी भी मौजूदा परमाणु और डाले गए किसी भी परमाणु के बीच की दूरी हो
अणु दोनों परमाणुओं की वैन डेर वाल्स त्रिज्या के आधार पर योग से कम है। एक डेटाबेस
(vdwradii.dat) वैन डेर वाल्स रेडी को प्रोग्राम और परिणामी रेडी द्वारा पढ़ा जाता है
द्वारा स्केल किया गया -काले. यदि रेडी डेटाबेस में नहीं पाई जाती है, तो उन परमाणुओं को सौंपा गया है
(पूर्व मापी गई) दूरी -त्रिज्या.

कुल -नमोल * -प्रयत्न हार मानने से पहले सम्मिलन प्रयास किए जाते हैं। बढ़ोतरी -प्रयत्न आप अगर
भरने के लिए कई छोटे-छोटे छेद हैं। विकल्प -रोट निर्दिष्ट करता है कि क्या सम्मिलन अणु हैं
सम्मिलन प्रयासों से पहले यादृच्छिक रूप से उन्मुख होते हैं।

वैकल्पिक रूप से, अणुओं को केवल पदों में परिभाषित स्थानों पर ही डाला जा सकता है
(-आईपी). उस फ़ाइल में 3 कॉलम (x,y,z) होने चाहिए, जो तुलना में विस्थापन बताते हैं
इनपुट अणु स्थिति (-सीआई). इसलिए, यदि उस फ़ाइल में संपूर्ण होना चाहिए
स्थितियों में, उपयोग करने से पहले अणु को (0,0,0) पर केन्द्रित होना चाहिए GMX सम्मिलित-अणु
(जैसे से GMX editconf -center). उस फ़ाइल में # से शुरू होने वाली टिप्पणियों को अनदेखा कर दिया जाता है।
विकल्प -डॉ सम्मिलन परीक्षणों के दौरान अधिकतम अनुमत विस्थापन को परिभाषित करता है। -प्रयत्न और
-रोट डिफ़ॉल्ट मोड की तरह काम करें (ऊपर देखें)।

विकल्प

इनपुट फ़ाइलों को निर्दिष्ट करने के विकल्प:

-f [<.gro/.g96/...>] (प्रोटीन.ग्रो) (वैकल्पिक)
सम्मिलित करने के लिए मौजूदा कॉन्फ़िगरेशन: gro g96 पीडीबी बीआरके ईएनटी विशेष TPR

-सीआई [<.gro/.g96/...>] (डालें.gro)
सम्मिलित करने के लिए कॉन्फ़िगरेशन: gro g96 पीडीबी बीआरके ईएनटी विशेष TPR

-आईपी [<.डेट>] (स्थितियां) (वैकल्पिक)
पूर्वनिर्धारित सम्मिलन परीक्षण स्थिति

आउटपुट फ़ाइलों को निर्दिष्ट करने के विकल्प:

-o [<.gro/.g96/...>] (आउट.ग्रो)
प्रविष्टि के बाद आउटपुट कॉन्फ़िगरेशन: gro g96 पीडीबी बीआरके ईएनटी विशेष

अन्य विकल्प:

-डिब्बा (0 0 0)
बॉक्स का आकार (एनएम में)

-नमोल (0)
सम्मिलित करने के लिए अतिरिक्त अणुओं की संख्या

-प्रयत्न (10)
डालने का प्रयास करें -नमोल बार -प्रयत्न बार

बीज (1997)
यादृच्छिक जनरेटर बीज

-त्रिज्या (0.105)
डिफ़ॉल्ट वैन डेर वाल्स दूरी

-काले (0.57)
डेटाबेस से वान डेर वाल्स त्रिज्या को गुणा करने के लिए स्केल कारक
शेयर/ग्रोमैक/टॉप/vdwradii.dat. 0.57 का डिफ़ॉल्ट मान घनत्व को करीब लाता है
पानी में प्रोटीन के लिए 1000 ग्राम/ली.

-डॉ (0 0 0)
में स्थितियों से x/y/z में विस्थापन की अनुमति है -आईपी पट्टिका

-रोट
डाले गए अणुओं को बेतरतीब ढंग से घुमाएँ: xyz, z, कोई नहीं

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