जीएमएक्स-झूठ - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

जीएमएक्स-झूठ - रैखिक संयोजनों से मुक्त ऊर्जा का अनुमान लगाएं

SYNOPSIS

जीएमएक्स झूठ [-f [<.edr>]] [-o [<.xvg>]] [-b ] [-e ] [-डीटी ]
[-[अभी] [-xvg ] [-एलजे ] [-Eqq ]
[-क्लज ] [-Cqq ] [-लिगैंड ]

वर्णन

GMX झूठ नॉनबॉन्डेड से ऊर्जा विश्लेषण के आधार पर एक मुक्त ऊर्जा अनुमान की गणना करता है
ऊर्जा. किसी को निम्नलिखित घटकों के साथ एक ऊर्जा फ़ाइल की आवश्यकता है: कूल-(ए-बी) एलजे-एसआर (ए-बी)
इत्यादि

उपयोग करने के लिए g_झूठ सही ढंग से, दो सिमुलेशन की आवश्यकता है: एक के अणु के साथ
रुचि अपने ग्राही से बंधी होती है और पानी में अणु से जुड़ी होती है। दोनों को उपयोग करने की जरूरत है
ऊर्जाजीआरपी जैसे कि Coul-SR(A-B), LJ-SR(A-B), आदि शब्द लिखे जाते हैं .edr फ़ाइल.
उपयुक्त मूल्यों की आपूर्ति के लिए अणु-इन-वॉटर सिमुलेशन से मूल्य आवश्यक हैं
-Elj और -Eqq के लिए।

विकल्प

इनपुट फ़ाइलों को निर्दिष्ट करने के विकल्प:

-f [<.edr>] (ener.edr)
ऊर्जा फ़ाइल

आउटपुट फ़ाइलों को निर्दिष्ट करने के विकल्प:

-o [<.xvg>] (झूठ.xvg)
xvgr/xmgr फ़ाइल

अन्य विकल्प:

-b (0)
प्रक्षेपवक्र से पढ़ने के लिए पहला फ्रेम (पीएस)

-e (0)
प्रक्षेपवक्र से पढ़ने के लिए अंतिम फ्रेम (पीएस)

-डीटी (0)
केवल फ्रेम का उपयोग करें जब टी एमओडी डीटी = पहली बार (पीएस)

-[अभी (नहीं)
आउटपुट देखें .xvg, .एक्सपीएम, ईपीएस और .पीडीबी फ़ाइलों

-xvg
xvg प्लॉट स्वरूपण: xmgrace, xmgr, कोई नहीं

-एलजे (0)
लिगैंड और विलायक के बीच लेनार्ड-जोन्स परस्पर क्रिया

-Eqq (0)
लिगैंड और विलायक के बीच कूलम्ब अंतःक्रिया

-क्लज (0.181)
ऊर्जा के लेनार्ड-जोन्स घटक के लिए LIE समीकरण में कारक

-Cqq (0.5)
ऊर्जा के कूलम्ब घटक के लिए LIE समीकरण में कारक

-लिगैंड (कोई नहीं)
ऊर्जा फ़ाइल में लिगैंड का नाम

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