जीएमएक्स-मॉर्फ़ - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

जीएमएक्स-मॉर्फ़ - अनुरूपताओं के बीच रैखिक रूप से अंतरण करें

SYNOPSIS

जीएमएक्स मॉर्फ [-1 [<.gro/.g96/...>]] [-2 [<.gro/.g96/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xtc/.trr/...>]] [या [<.xvg>]] [-[अभी]
[-xvg ] [-निनटर्म ] [-प्रथम ]
[-अंतिम ] [-[कोई फिट नहीं]

वर्णन

GMX morph मध्यवर्ती बनाने के लिए अनुरूपताओं का एक रैखिक प्रक्षेप करता है।
बेशक ये पूरी तरह से अभौतिक हैं, लेकिन आप खुद को सही ठहराने की कोशिश कर सकते हैं।
आउटपुट एक सामान्य प्रक्षेपवक्र के रूप में है। मध्यवर्ती की संख्या हो सकती है
के साथ नियंत्रित किया गया -निनटर्म झंडा। पहला और आखिरी झंडा के तरीके से मेल खाता है
प्रक्षेप: 0 इनपुट संरचना 1 से मेल खाता है जबकि 1 इनपुट संरचना से मेल खाता है
2. यदि आप निर्दिष्ट करते हैं -प्रथम <0 या -अंतिम > 1 एक्सट्रपलेशन इनपुट से पथ पर होगा
संरचना x_1 से x_2. सामान्य तौर पर, N कुल में से मध्यवर्ती x(i) के निर्देशांक
मध्यवर्ती इसके अनुरूप हैं:

x(i) = x_1 + (प्रथम+(i/(N-1))*(अंतिम-प्रथम))*(x_2-x_1)

अंततः दोनों इनपुट संरचनाओं के संबंध में आरएमएसडी की गणना स्पष्ट रूप से की जा सकती है
चयनित (या विकल्प)। उस स्थिति में, समूह का चयन करने के लिए एक इंडेक्स फ़ाइल को पढ़ा जा सकता है
जिसमें आरएमएस की गणना की जाती है।

विकल्प

इनपुट फ़ाइलों को निर्दिष्ट करने के विकल्प:

-1 [<.gro/.g96/...>] (conf1.gro)
संरचना फ़ाइल: gro g96 पीडीबी बीआरके ईएनटी विशेष TPR

-2 [<.gro/.g96/...>] (conf2.gro)
संरचना फ़ाइल: gro g96 पीडीबी बीआरके ईएनटी विशेष TPR

-n [<.ndx>] (index.ndx) (वैकल्पिक)
अनुक्रमणिका फ़ाइल

आउटपुट फ़ाइलों को निर्दिष्ट करने के विकल्प:

-o [<.xtc/.trr/...>] (interm.xtc)
प्रक्षेपवक्र: परमानंद ट्र्र CPT gro g96 पीडीबी TNG

या [<.xvg>] (rms-interm.xvg) (वैकल्पिक)
xvgr/xmgr फ़ाइल

अन्य विकल्प:

-[अभी (नहीं)
आउटपुट देखें .xvg, .एक्सपीएम, ईपीएस और .पीडीबी फ़ाइलों

-xvg
xvg प्लॉट स्वरूपण: xmgrace, xmgr, कोई नहीं

-निनटर्म (11)
मध्यवर्ती की संख्या

-प्रथम (0)
पहली बार उत्पन्न संरचना के अनुरूप (0 इनपुट x_1 है, ऊपर देखें)

-अंतिम (1)
अंतिम उत्पन्न संरचना के अनुरूप है (1 इनपुट x_2 है, ऊपर देखें)

-[कोई फिट नहीं (हाँ)
प्रक्षेप करने से पहले दूसरी से पहली संरचना के कम से कम वर्ग फिट करें

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