जीएमएक्स-एमएसडी - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

जीएमएक्स-एमएसडी - माध्य वर्ग विस्थापन की गणना करता है

SYNOPSIS

जीएमएक्स एमएसडी [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-मोली [<.xvg>]] [-पीडीबी [<.pdb>]] [-b ]
[-e ] [-आप ] [-[अभी] [-xvg ]
[प्रकार ] [-पार्श्व ] [-[कोई दस] [-एनग्रुप ]
[- [नहीं] एमडब्ल्यू] [-[नहीं]आरएमकॉम] [-tpdb ] [-ट्रेस्टार्ट ]
[-बेगिनफिट ] [-एंडफिट ]

वर्णन

GMX एमएसडी आरंभिक सेट से परमाणुओं के माध्य वर्ग विस्थापन (एमएसडी) की गणना करता है
पद. यह आइंस्टीन का उपयोग करके प्रसार स्थिरांक की गणना करने का एक आसान तरीका प्रदान करता है
रिश्ता। एमएसडी गणना के लिए संदर्भ बिंदुओं के बीच का समय निर्धारित किया गया है
-ट्रेस्टार्ट. प्रसार स्थिरांक की गणना एक सीधी रेखा में फिट होने वाले न्यूनतम वर्गों द्वारा की जाती है
(डी*टी + सी) एमएसडी(टी) के माध्यम से -बेगिनफिट सेवा मेरे -एंडफिट (ध्यान दें कि t से समय है
संदर्भ स्थिति, अनुकरण समय नहीं)। एक त्रुटि अनुमान दिया गया है, जो है
फिट के दो हिस्सों पर फिट से प्राप्त प्रसार गुणांक का अंतर
मध्यान्तर।

विभिन्न प्रकार के माध्य वर्ग निर्धारित करने के लिए परस्पर अनन्य तीन विकल्प हैं
विस्थापन: प्रकार, -पार्श्व और -तीन. विकल्प -तीन प्रत्येक के लिए पूर्ण MSD टेंसर लिखता है
समूह, आउटपुट में क्रम है: ट्रेस xx yy zz yx zx zy।

If -मोली सेट है, GMX एमएसडी व्यक्तिगत अणुओं के लिए एमएसडी प्लॉट करता है (अणु बनाने सहित)।
संपूर्ण आवधिक सीमाओं के पार): प्रत्येक व्यक्तिगत अणु के लिए एक प्रसार स्थिरांक होता है
इसके द्रव्यमान के केंद्र के लिए गणना की गई। चुने गए सूचकांक समूह को अणुओं में विभाजित किया जाएगा।

एमएसडी की गणना करने का डिफ़ॉल्ट तरीका द्रव्यमान-भारित औसत का उपयोग करना है। इसे पलटा जा सकता है
समय बाद -nomw.

विकल्प के साथ -rmcomm, किसी विशिष्ट समूह के द्रव्यमान गति के केंद्र को हटाया जा सकता है। के लिए
GROMACS के साथ निर्मित प्रक्षेप पथ यह आमतौर पर आवश्यक नहीं है, क्योंकि GMX मद्रुन आमतौर पर
जन गति के केंद्र को पहले ही हटा देता है। जब आप इस विकल्प का उपयोग करें तो सुनिश्चित करें कि
संपूर्ण सिस्टम प्रक्षेपवक्र फ़ाइल में संग्रहीत है।

प्रसार गुणांक एमएसडी के रैखिक प्रतिगमन द्वारा निर्धारित किया जाता है, जहां, इसके विपरीत
डी के सामान्य आउटपुट में, समय को संदर्भ की संख्या के अनुसार भारित किया जाता है
अंक, यानी कम समय का अधिक महत्व होता है। वो भी कब -beginfit``=-1,फिटिंग शुरू होता है at
10% तक और कब ``-एंडफिट``=-1, फिटिंग चला जाता है सेवा मेरे 90%. का प्रयोग इसका विकल्प एक भी हो जाता है an
सही त्रुटि आकलन आधारित on la आँकड़े के बीच व्यक्ति अणुओं। नोट कि
इसका प्रसार गुणांक और त्रुटि आकलन रहे केवल सही कब la एमएसडी is पूरी तरह से
रैखिक के बीच ``-beginfit और -एंडफिट.

विकल्प -पीडीबी ए लिखता है .पीडीबी समय पर फ़्रेम के निर्देशांक के साथ फ़ाइल करें -tpdb के अंदर
बी-कारक क्षेत्र अणु के प्रसार गुणांक का वर्गमूल। इस विकल्प
विकल्प का तात्पर्य है -मोली.

विकल्प

इनपुट फ़ाइलों को निर्दिष्ट करने के विकल्प:

-f [<.xtc/.trr/...>] (ट्रेज.एक्सटीसी)
प्रक्षेपवक्र: परमानंद ट्र्र CPT gro g96 पीडीबी TNG

-s [<.tpr/.gro/...>] (टॉपोल.टीपीआर)
संरचना + द्रव्यमान (डीबी): TPR gro g96 पीडीबी बीआरके ENT

-n [<.ndx>] (index.ndx) (वैकल्पिक)
अनुक्रमणिका फ़ाइल

आउटपुट फ़ाइलों को निर्दिष्ट करने के विकल्प:

-o [<.xvg>] (msd.xvg)
xvgr/xmgr फ़ाइल

-मोली [<.xvg>] (diff_mol.xvg) (वैकल्पिक)
xvgr/xmgr फ़ाइल

-पीडीबी [<.pdb>] (diff_mol.pdb) (वैकल्पिक)
प्रोटीन डेटा बैंक फ़ाइल

अन्य विकल्प:

-b (0)
प्रक्षेपवक्र से पढ़ने के लिए पहला फ्रेम (पीएस)

-e (0)
प्रक्षेपवक्र से पढ़ने के लिए अंतिम फ्रेम (पीएस)

-आप (पीएस)
समय मानों की इकाई: fs, ps, ns, us, ms, s

-[अभी (नहीं)
आउटपुट देखें .xvg, .एक्सपीएम, ईपीएस और .पीडीबी फ़ाइलों

-xvg
xvg प्लॉट स्वरूपण: xmgrace, xmgr, कोई नहीं

प्रकार (नहीं)
एक दिशा में प्रसार गुणांक की गणना करें: नहीं, x, y, z

-पार्श्व (नहीं)
किसी समतल में पार्श्व प्रसार की गणना करें: नहीं, x, y, z

-[कोई दस (नहीं)
पूर्ण टेंसर की गणना करें

-एनग्रुप (1)
एमएसडी की गणना करने के लिए समूहों की संख्या

- [नहीं] एमडब्ल्यू (हाँ)
मास भारित एमएसडी

-[नहीं]आरएमकॉम (नहीं)
जन गति का केंद्र हटाएँ

-tpdb (0)
विकल्प के लिए उपयोग किया जाने वाला फ़्रेम -पीडीबी (पीएस)

-ट्रेस्टार्ट (10)
प्रक्षेप पथ में पुनः प्रारंभ बिंदुओं के बीच का समय (पीएस)

-बेगिनफिट (-1)
एमएसडी (पीएस) फिट करने के लिए प्रारंभ समय, -1 10% है

-एंडफिट (-1)
एमएसडी (पीएस) फिट करने का अंतिम समय, -1 90% है

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