जीटी-जीनोमेडिफ़ - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

gt-genomediff - Kr की गणना करता है: जीनोम के बीच जोड़ीदार दूरी।

SYNOPSIS

gt जीनोमेडिफ़ [विकल्प ...] (सूचकांक | -सूचकांक नाम नाम सेकफ़ाइल सेकफ़ाइल [...])

वर्णन

-सूचकांकप्रकार [...]
सूचकांक का प्रकार निर्दिष्ट करें, इनमें से एक: esa|pck|encseq। जहां encseq एक एन्कोडेड अनुक्रम है और
एक उन्नत प्रत्यय सरणी का निर्माण केवल मेमोरी में किया जाएगा। (डिफ़ॉल्ट: encseq)

-सूचकांकनाम [स्ट्रिंग]
निर्माण के लिए encseq का बेसनाम। (डिफ़ॉल्ट: अपरिभाषित)

-यूनिटफ़ाइल [फ़ाइल का नाम]
जीनोमिक इकाइयों को निर्दिष्ट करता है, विवरण के लिए नीचे देखें। (डिफ़ॉल्ट: अपरिभाषित)

-प्रतिबिंबित [हाँ|नहीं]
वस्तुतः प्रत्येक अनुक्रम के विपरीत पूरक को जोड़ें (डिफ़ॉल्ट: नहीं)

-पीएलई [मूल्य]
बकेट सॉर्ट अनुशंसा के लिए उपसर्ग लंबाई निर्दिष्ट करें: बिना तर्क के उपयोग करें; फिर एक
उचित उपसर्ग लंबाई स्वचालित रूप से निर्धारित होती है। (डिफ़ॉल्ट: 0)

-DC [मूल्य]
अंतर कवर मान निर्दिष्ट करें (डिफ़ॉल्ट: 0)

-memlimit [स्ट्रिंग]
इंडेक्स निर्माण के दौरान उपयोग की जाने वाली मेमोरी की अधिकतम मात्रा निर्दिष्ट करें (बाइट्स में,)।
खोजशब्दों MB और GB अनुमति है) (डिफ़ॉल्ट: अपरिभाषित)

स्कैन [हाँ|नहीं]
ईएसए इंडेक्स को लोड न करें बल्कि इसे क्रमिक रूप से स्कैन करें। (डिफ़ॉल्ट: हाँ)

-थ्र [मूल्य]
विचलन गणना में अंतर (डीयू, डीएल) के लिए सीमा। डिफ़ॉल्ट: 1e-9

-abs_err [मूल्य]
अपेक्षित शुलेन गणना के लिए पूर्ण त्रुटि। डिफ़ॉल्ट: 1e-5

-rel_err [मूल्य]
अपेक्षित शुलेन गणना के लिए सापेक्ष त्रुटि। डिफ़ॉल्ट: 1e-3

-M [मूल्य]
न्यूनतम लघुगणक के लिए सीमा. डिफ़ॉल्ट: DBL_MIN

-v [हाँ|नहीं]
वर्बोज़ बनें (डिफ़ॉल्ट: नहीं)

-मदद
बुनियादी विकल्पों के लिए सहायता प्रदर्शित करें और बाहर निकलें

-सहायता+
सभी विकल्पों के लिए सहायता प्रदर्शित करें और बाहर निकलें

-संस्करण
संस्करण की जानकारी प्रदर्शित करें और बाहर निकलें

जीनोमेडिफ़ टूल केवल डीएनए इनपुट स्वीकार करता है।

जब अनुक्रम फ़ाइलों या encseq के साथ उपयोग किया जाता है, तो मेमोरी में एक उन्नत प्रत्यय सरणी बनाई जाएगी।
ईएसए पूरी तरह से नहीं बनाया जाएगा, लेकिन निर्माण में इसका उपयोग किया जाएगा -memlimit एक सीमा के रूप में
और प्रत्येक भाग के लिए शू-लंबाई की गणना करते हुए, इसे भागवार बनाएं।

विकल्प के लिए फ़ाइल स्वरूप -यूनिटफ़ाइल (लुआ सिंटैक्स में):

इकाइयाँ = {
जीनोम1 = { "पथ/फाइल1.एफए", "फाइल2.एफए" },
जीनोम2 = { "फ़ाइल3.एफए", "पथ/फ़ाइल4.एफए" }
}

फ़ाइलों को पथ वैसे ही दें जैसे वे encseq टूल को दिए गए थे! आप उपयोग कर सकते हैं

$ gt encseq जानकारी INDEXNAME

एन्कोडेड अनुक्रम में फ़ाइलों की एक सूची प्राप्त करने के लिए।

लुआ में टिप्पणी पंक्तियाँ शुरू होती हैं -- और नजरअंदाज कर दिया जाएगा.

उदाहरण के लिए GTDIR/testdata/genomediff/unitfile1.lua देखें।

ऑप्शंस -पीएलई, -DC और -memlimit ईएसए निर्माण को प्रभावित करने के विकल्प हैं।

रिपोर्टिंग बग

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