gt-ltrharvest - क्लाउड में ऑनलाइन

उबंटू ऑनलाइन, फेडोरा ऑनलाइन, विंडोज ऑनलाइन एमुलेटर या मैक ओएस ऑनलाइन एमुलेटर पर ऑनवर्क्स मुफ्त होस्टिंग प्रदाता में gt-ltrharvest चलाएं।

यह कमांड gt-ltrharvest है जिसे हमारे कई मुफ्त ऑनलाइन वर्कस्टेशन जैसे कि उबंटू ऑनलाइन, फेडोरा ऑनलाइन, विंडोज ऑनलाइन एमुलेटर या मैक ओएस ऑनलाइन एमुलेटर में से एक का उपयोग करके ऑनवर्क्स फ्री होस्टिंग प्रदाता में चलाया जा सकता है।

उबंटू में चलाएं फेडोरा में दौड़ें विंडोज सिम में चलाएं मैकोज़ सिम में चलाएं

कार्यक्रम:

नाम

gt-ltrharvest - LTR रेट्रोट्रांसपोज़न की भविष्यवाणी करें।

SYNOPSIS

gt फसल कटाई [विकल्प ...] -सूचकांक

वर्णन

-सूचकांक [स्ट्रिंग]
एन्हांस्ड प्रत्यय सरणी अनुक्रमणिका का नाम निर्दिष्ट करें (अनिवार्य) (डिफ़ॉल्ट: अपरिभाषित)

-सुविधा [प्रारंभ समाप्त]
इनपुट अनुक्रम में श्रेणी निर्दिष्ट करें जिसमें एलटीआर जोड़े खोजे जाते हैं (डिफ़ॉल्ट:
[0..0])

बीज [मूल्य]
सटीक दोहराव के लिए न्यूनतम बीज लंबाई निर्दिष्ट करें (डिफ़ॉल्ट: 30)

-मिनलेनल्त्र [मूल्य]
प्रत्येक एलटीआर के लिए न्यूनतम लंबाई निर्दिष्ट करें (डिफ़ॉल्ट: 100)

-मैक्सलेनलट्र [मूल्य]
प्रत्येक एलटीआर के लिए अधिकतम लंबाई निर्दिष्ट करें (डिफ़ॉल्ट: 1000)

-मनविद्यार्थी [मूल्य]
एलटीआर स्टार्ट पोजीशन की न्यूनतम दूरी निर्दिष्ट करें (डिफ़ॉल्ट: 1000)

-मैक्सडिस्टलटीआर [मूल्य]
एलटीआर स्टार्टपोजीशन की अधिकतम दूरी निर्दिष्ट करें (डिफ़ॉल्ट: 15000)

-समान [मूल्य]
सीमा में समानता सीमा निर्दिष्ट करें [1..100%] (डिफ़ॉल्ट: 85.000000)

-मिंट्सडी [मूल्य]
प्रत्येक टीएसडी के लिए न्यूनतम लंबाई निर्दिष्ट करें (डिफ़ॉल्ट: 4)

-मैक्सट्सडी [मूल्य]
प्रत्येक टीएसडी के लिए अधिकतम लंबाई निर्दिष्ट करें (डिफ़ॉल्ट: 20)

-मोटिफ [स्ट्रिंग]
2 न्यूक्लियोटाइड्स स्टार्टमोटिफ + 2 न्यूक्लियोटाइड्स एंडमोटिफ निर्दिष्ट करें: ** (डिफ़ॉल्ट: अपरिभाषित)

-मोटिफमिस [मूल्य]
मोटिफ [0,3] में बेमेल की अधिकतम संख्या निर्दिष्ट करें (डिफ़ॉल्ट: 4)

-विकी [मूल्य]
खोजे जाने वाले न्यूक्लियोटाइड्स (बाएं और दाएं) की संख्या निर्दिष्ट करें
टीएसडी और/या रूपांकनों के लिए अनुमानित एलटीआर रेट्रोट्रांस्पोन्स की 5' और 3' सीमा के आसपास
(डिफ़ॉल्ट: 60)

-ओवरलैप्स [...]
निर्दिष्ट करें नहीं|सर्वोत्तम|सभी (डिफ़ॉल्ट: सर्वोत्तम)

-एक्सड्रॉप [मूल्य]
एक्सटेंशन-संरेखण के लिए xdropbelowscore निर्दिष्ट करें (डिफ़ॉल्ट: 5)

-माटी [मूल्य]
एक्सटेंशन-संरेखण के लिए मैचस्कोर निर्दिष्ट करें (डिफ़ॉल्ट: 2)

-मिसो [मूल्य]
एक्सटेंशन-संरेखण के लिए बेमेल स्कोर निर्दिष्ट करें (डिफ़ॉल्ट: -2)

-इंसान [मूल्य]
एक्सटेंशन-संरेखण के लिए इंसर्शनकोर निर्दिष्ट करें (डिफ़ॉल्ट: -3)

-डेली [मूल्य]
एक्सटेंशन-एलाइनमेंट के लिए डिलीशनस्कोर निर्दिष्ट करें (डिफ़ॉल्ट: -3)

-v [हाँ|नहीं]
वर्बोज़ मोड (डिफ़ॉल्ट: नहीं)

-तबाउट [हाँ|नहीं]
दिखाना पुराना स्टडआउट पर GFF3 के बजाय सारणीबद्ध आउटपुट (डिफ़ॉल्ट: हाँ)

-सीकिड्स [हाँ|नहीं]
GFF3 आउटपुट में अनुक्रम संख्याओं के बजाय अनुक्रम विवरण का उपयोग करें (डिफ़ॉल्ट: नहीं)

-एमडी5 [हाँ|नहीं]
GFF5 आउटपुट में seqids में MD3 हैश जोड़ें (डिफ़ॉल्ट: नहीं)

-लॉन्गआउटपुट [हाँ|नहीं]
अतिरिक्त मूल भाव/TSD आउटपुट (डिफ़ॉल्ट: नहीं)

-बाहर [स्ट्रिंग]
FASTA आउटपुटफाइलनाम निर्दिष्ट करें (डिफ़ॉल्ट: अपरिभाषित)

-बाहरी [स्ट्रिंग]
आंतरिक क्षेत्रों के लिए FASTA आउटपुटफाइलनाम निर्दिष्ट करें (डिफ़ॉल्ट: अपरिभाषित)

-gff3 [स्ट्रिंग]
GFF3 आउटपुट फ़ाइल नाम निर्दिष्ट करें (डिफ़ॉल्ट: अपरिभाषित)

-ऑफसेट [मूल्य]
ऑफसेट GFF3 निर्देशांक में जोड़ा गया (डिफ़ॉल्ट: 0)

स्कैन [हाँ|नहीं]
इंडेक्स को पूरी तरह से मेमोरी में मैप करने के बजाय क्रमिक रूप से स्कैन करें (डिफ़ॉल्ट: हाँ)

-मदद
बुनियादी विकल्पों के लिए सहायता प्रदर्शित करें और बाहर निकलें

-सहायता+
सभी विकल्पों के लिए सहायता प्रदर्शित करें और बाहर निकलें

-संस्करण
संस्करण की जानकारी प्रदर्शित करें और बाहर निकलें

अतिरिक्त जानकारी

विस्तृत जानकारी के लिए, कृपया ltrharvest के मैनुअल को देखें।

रिपोर्टिंग बग

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