GWAMA - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

GWAMA - जीनोम-वाइड एसोसिएशन मेटा विश्लेषण

SYNOPSIS

ग्वामा [विकल्पों]

वर्णन

GWAMA (जीनोम-वाइड एसोसिएशन मेटा एनालिसिस) सॉफ्टवेयर मेटा-विश्लेषण करता है
बाइनरी या मात्रात्मक फेनोटाइप के GWA अध्ययन के परिणाम। निश्चित- और यादृच्छिक-प्रभाव
अनुमानों का उपयोग करके सीधे जीनोटाइप किए गए और आरोपित एसएनपी दोनों के लिए मेटा-विश्लेषण किया जाता है
बाइनरी लक्षणों के लिए एलील ऑड्स अनुपात और 95% विश्वास अंतराल, और अनुमान
मात्रात्मक फेनोटाइप के लिए एलीलिक प्रभाव आकार और मानक त्रुटि। GWAMA का उपयोग किया जा सकता है
सभी विभिन्न आनुवंशिक मॉडलों (गुणात्मक, योगात्मक,) के परिणामों का विश्लेषण करने के लिए
प्रमुख, अप्रभावी)। सॉफ़्टवेयर में पहचान करने के लिए त्रुटि ट्रैपिंग सुविधाएं शामिल हैं
स्ट्रैंड संरेखण त्रुटियां और एलील फ़्लिपिंग, और विविधता का परीक्षण करता है
पढ़ाई के बीच प्रभाव.

विकल्प

-i, --फ़ाइलसूची=फ़ाइल का नाम
अध्ययन की परिणाम फ़ाइलें निर्दिष्ट करें. डिफ़ॉल्ट = gwama.in

-o, --आउटपुट=फाइलरूट
विश्लेषण के आउटपुट के लिए फ़ाइल रूट निर्दिष्ट करें। डिफ़ॉल्ट = ग्वामा (ग्वामा.आउट, ग्वामा.जीसी.आउट)

-r, --यादृच्छिक रूप से
यादृच्छिक प्रभाव सुधार का प्रयोग करें. डिफ़ॉल्ट = अक्षम

-जीसी, --जीनोमिक_कंट्रोल
अध्ययन की परिणाम फ़ाइलों को समायोजित करने के लिए जीनोमिक नियंत्रण का उपयोग करें। डिफ़ॉल्ट = अक्षम

-जीसीओ, --जीनोमिक_कंट्रोल_आउटपुट
मेटा-विश्लेषण सारांश पर जीनोमिक नियंत्रण का उपयोग करें (यानी मेटा-विश्लेषण के परिणाम हैं
जीसी के लिए सही किया गया)। डिफ़ॉल्ट = अक्षम

-क्यूटी, --मात्रात्मक
मात्रात्मक विशेषता संस्करण (बीटा और एसई कॉलम) का चयन करें। डिफ़ॉल्ट = द्विआधारी विशेषता

-m, --नक्शा=फ़ाइल का नाम
मार्कर मानचित्र के लिए फ़ाइल नाम चुनें.

-t, --सीमा=0-1
सारांश प्रभाव दिशाओं में दिशा दिखाने के लिए पी-मूल्य सीमा। डिफ़ॉल्ट =
1

--no_alleles
कोई एलील जानकारी नहीं दी गई है. सदैव समान ईए की अपेक्षा करना।

--indel_alleles
एलील लैब्स में एक से अधिक अक्षर हो सकते हैं। कोई स्ट्रैंड जाँच नहीं.

--लिंग लिंग-विभेदित और लिंग-विषमता विश्लेषण चलाएँ (विधि में वर्णित है)।
पेपर मैगी, लिंडग्रेन और मॉरिस 2010)। फ़ाइल सूची फ़ाइल में लिंग की जानकारी प्रदान की जानी चाहिए।
(फ़ाइल नाम के बाद दूसरा कॉलम या तो एम या एफ है)।

--नाम_मार्कर
मार्कर नाम कॉलम के लिए वैकल्पिक हेडर।

--नाम_स्ट्रैंड
स्ट्रैंड कॉलम के लिए वैकल्पिक हेडर।

--नाम_एन
नमूना आकार कॉलम के लिए वैकल्पिक शीर्षलेख।

--name_ea
एलील कॉलम को प्रभावित करने के लिए वैकल्पिक हेडर।

--नाम_निया
गैर-प्रभाव एलील कॉलम के लिए वैकल्पिक हेडर।

--name_eaf
एलील फ़्रीक्वेंसी कॉलम को प्रभावित करने के लिए वैकल्पिक हेडर।

--नाम_बीटा
बीटा कॉलम के लिए वैकल्पिक हेडर.

--नाम_से
एसटीडी के लिए वैकल्पिक हेडर. ग़लती कर्नल

--नाम_या
OR कॉलम का वैकल्पिक हेडर.

--नाम_या_95एल
OR 95L कॉलम का वैकल्पिक हेडर।

--नाम_या_95यू
OR 95U कॉलम का वैकल्पिक हेडर।

-h, --मदद
इस सहायता को प्रिंट करें।

-v, --संस्करण
GWAMA संस्करण संख्या प्रिंट करें। यह मैनुअल पेज अपर्याप्त होना चाहिए. कृपया इसका उपयोग करें
ग्वामा के विकल्पों के त्वरित अनुस्मारक के लिए सहायता विकल्प या इसके होम पेज पर जाएँ
ऑनलाइन दस्तावेज़ीकरण या डाउनलोड करने योग्य मैनुअल के साथ।

onworks.net सेवाओं का उपयोग करके GWAMA का ऑनलाइन उपयोग करें