idba_hybrid - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

idba_hybrid - हाइब्रिड अनुक्रमण डेटा के लिए इटरेटिव डी ब्रुइज़न ग्राफ असेंबलर

SYNOPSIS

idba_hybrid -r read.fa -o आउटपुट_दिर [--संदर्भ संदर्भ एफए]

वर्णन

आईडीबीए-ट्रान ट्रांस्क्रिप्टोम के लिए एक पुनरावृत्त डी ब्रूजन ग्राफ डी नोवो शॉर्ट रीड असेंबलर है।
यह पूरी तरह से डी नोवो असेंबलर है जो केवल आरएनए अनुक्रमण रीडिंग पर आधारित है। आईडीबीए-ट्रान स्थानीय का उपयोग करता है
कम-व्यक्त प्रतिलेखों में लापता के-मर्स को फिर से बनाने के लिए असेंबली और फिर नियोजित
ग्राफ़ को घटकों में अलग करने के लिए कॉन्टिग्स पर प्रगतिशील कटऑफ़। प्रत्येक घटक
अधिकांश मामलों में यह एक जीन से मेल खाता है और इसमें कई प्रतिलेख नहीं होते हैं। एक अनुमानी
फिर जोड़ी-अंत रीड्स पर आधारित एल्गोरिदम का उपयोग आइसोफॉर्म खोजने के लिए किया जाता है।

विकल्प

-o, --बाहर तर्क (=बाहर)
उत्पादन निर्देशिका

-r, --पढ़ना arg
फास्टा फ़ाइल पढ़ें (<=128)

--पढ़ें_स्तर_2 arg
दूसरे स्तर के मचानों के लिए युग्मित-छोर फास्टा पढ़ता है

--पढ़ें_स्तर_3 arg
तीसरे स्तर के मचानों के लिए युग्मित-छोर फास्टा पढ़ता है

--पढ़ें_स्तर_4 arg
चौथे स्तर के मचानों के लिए युग्मित-छोर फास्टा पढ़ता है

--पढ़ें_स्तर_5 arg
पांचवें स्तर के मचानों के लिए युग्मित-छोर फास्टा पढ़ता है

-l, --लंबा_पढ़ें arg
फास्टा लंबे समय तक पढ़ी जाने वाली फ़ाइल (>128)

--संदर्भ arg
संदर्भ जीनोम

--मिंक तर्क (=20)
न्यूनतम k मान (<=124)

--मैक्स तर्क (=100)
अधिकतम k मान (<=124)

--कदम तर्क (=20)
प्रत्येक पुनरावृत्ति के k-mer की वृद्धि

--inner_mink तर्क (=10)
आंतरिक न्यूनतम k मान

--आंतरिक_कदम तर्क (=5)
के-मेर की आंतरिक वृद्धि

उपसर्ग तर्क (=3)
उप के-मेर तालिका बनाने के लिए उपसर्ग लंबाई का उपयोग किया जाता है

--min_count तर्क (=2)
ग्राफ़ बनाते समय k-mer को फ़िल्टर करने के लिए न्यूनतम बहुलता

--min_support तर्क (=1)
प्रत्येक पुनरावृत्ति में न्यूनतम समर्थन

--num_threads तर्क (=0)
धागों की संख्या

--seed_kmer तर्क (=30)
संरेखण के लिए बीज किमीर आकार

--min_contig तर्क (=200)
छूत का न्यूनतम आकार

--min_region तर्क (=500)
संदर्भ जीनोम में क्षेत्र का न्यूनतम आकार

--समान तर्क (=0.95)
संरेखण के लिए समानता

--max_mismatch तर्क (=3)
त्रुटि सुधार का अधिकतम बेमेल

--min_जोड़े तर्क (=3)
जोड़े की न्यूनतम संख्या

--max_gap तर्क (=50)
संदर्भ में अधिकतम अंतर

--कोई_स्थानीय नहीं
स्थानीय असेंबली का उपयोग न करें

--कवरंज नहीं
कवरेज पर बार-बार ध्यान न दें

--नहीं_सही
सुधार मत करो

--पूर्व_सुधार
असेंबली से पहले पूर्व-सुधार करें

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