आईपीक्रेस - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

आईपीक्रेस - इन-सिलिको पीसीआर प्रयोग सिमुलेशन प्रणाली

SYNOPSIS

ipcres [ विकल्पों ] <प्राइमर फ़ाइल> <क्रम पथ>

वर्णन

ipcres विश्व का सबसे लोकप्रिय एंव In-सिलिको पीसीआर Eप्रयोग Sअनुकरण System।

यह पीसीआर प्रयोगों के अनुकरण के लिए एक उपकरण है। आप प्राइमर युक्त फ़ाइल प्रदान करते हैं
और अनुक्रमों का एक सेट, और यह पीसीआर उत्पादों की भविष्यवाणी करता है।

आईपीसीरेस एनसीबीआई के ई-पीसीआर कार्यक्रम के समान है, लेकिन यह बहुत तेज़ है, और ऐसा नहीं है
प्राइमर के निकट अस्पष्टता चिह्न होने पर मिलान की पहचान करने में समस्याओं का सामना करना पड़ता है
समाप्त होता है.

यदि आप एक साथ कई प्राइमर जोड़े प्रदान करते हैं, तो आईपीक्रेस पीसीआर प्रयोगों का अनुकरण करेगा
समानांतर, बड़ी संख्या में प्रयोगों के जीनोम व्यापक अनुकरण की अनुमति देता है। यह कई प्रयोग करता है
पुस्तकालयों से हक़ बहाल करना अनुक्रम तुलना उपकरण.

इनपुट FORMAT

IPcress के लिए इनपुट एक सरल व्हाइट-स्पेस सीमांकित फ़ाइल है जो एक प्रयोग का वर्णन करती है
पंक्ति। प्रत्येक पंक्ति में निम्नलिखित 5 फ़ील्ड हैं:

id इस प्रयोग के लिए एक पहचानकर्ता
प्राइमर_ए पहले प्राइमर के लिए अनुक्रम
प्राइमर_बी दूसरे प्राइमर के लिए अनुक्रम
min_product_len रिपोर्ट करने के लिए न्यूनतम उत्पाद लंबाई
max_product_len रिपोर्ट करने के लिए अधिकतम उत्पाद लंबाई

यहाँ इस प्रारूप में एक उदाहरण पंक्ति है:

ID0001 CATGCATGCATGC CGATGCANGCATGCT 900 1100

आउटपुट FORMAT

आउटपुट स्वरूप प्रति पंक्ति एक पीसीआर उत्पाद का वर्णन करता है,
और इसके पहले "ipcress:" लगा है, इसके बाद निम्नलिखित 11 फ़ील्ड हैं:

अनुक्रम_आईडी अनुक्रम पहचानकर्ता
प्रयोग_आईडी पीसीआर प्रयोग आईडी
उत्पाद_लंबाई पीसीआर उत्पाद की लंबाई
प्राइमर_5 5' प्राइमर (या तो ए या बी)
स्थिति_5 5' प्राइमर की स्थिति
बेमेल_5 5' प्राइमर पर बेमेल की संख्या
प्राइमर_3 |
स्थिति_3 | 3' प्राइमर के लिए समान फ़ील्ड
बेमेल_3 |
विवरण पीसीआर उत्पाद का विवरण

विवरण फ़ील्ड निम्नलिखित 4 स्ट्रिंग्स में से एक है:

आगे सामान्य उत्पाद, प्राइमर ए के बाद बी
रेवकॉम्प सामान्य उत्पाद, प्राइमर बी के बाद ए
सिंगल_ए केवल प्राइमर_ए द्वारा उत्पन्न ख़राब उत्पाद
सिंगल_बी केवल प्राइमर_बी द्वारा उत्पन्न ख़राब उत्पाद

इसमें एक मानव-पठनीय आउटपुट भी प्रदर्शित किया गया है, जिसे पार्सिंग के लिए डिज़ाइन नहीं किया गया है (देखें:
--सुंदर नीचे)।

सामान्य विकल्प

अधिकांश तर्कों के छोटे और लंबे रूप होते हैं। लंबे रूप
समय के साथ स्थिर होने की अधिक संभावना है, और इसलिए लिपियों में उपयोग किया जाना चाहिए जो
IPcress को कॉल करें.

-h | --शॉर्टहेल्प
मदद दिखाएँ। यह उपलब्ध विकल्पों का संक्षिप्त सारांश प्रदर्शित करेगा, डिफ़ॉल्ट
और मान वर्तमान में सेट हैं।

--मदद
यह डिफ़ॉल्ट सहित सभी सहायता विकल्प दिखाता है, वर्तमान में निर्धारित मान,
और पर्यावरण चर जिसका उपयोग प्रत्येक पैरामीटर को सेट करने के लिए किया जा सकता है। वहाँ होगा
इस बात का संकेत हो कि कौन से विकल्प अनिवार्य हैं। अनिवार्य विकल्पों में नहीं है
डिफ़ॉल्ट, और IPcress को चलाने के लिए एक मान प्रदान किया जाना चाहिए। यदि अनिवार्य विकल्प
क्रम में उपयोग किया जाता है, उनके झंडे कमांड लाइन से छोड़े जा सकते हैं (उदाहरण देखें
नीचे)। इस मैन पेज के विपरीत, इस विकल्प की जानकारी हमेशा ऊपर रहेगी
कार्यक्रम के नवीनतम संस्करण के साथ आज तक।

-v | --संस्करण
संस्करण संख्या प्रदर्शित करें। अन्य जानकारी भी प्रदर्शित करता है जैसे कि निर्माण तिथि
और ग्लिब संस्करण का इस्तेमाल किया।

फ़ाइल इनपुट विकल्प

-i | --इनपुट
ऊपर वर्णित आईपीक्रेस फ़ाइल स्वरूप में पीसीआर प्रयोग डेटा।

-s | --अनुक्रम
अनुक्रम निर्दिष्ट करें. यहां एकाधिक फ़ाइलें निर्दिष्ट की जा सकती हैं, जो FSM को कम करती है
ओवरहेड का निर्माण, और प्रक्रिया को चलाने की तुलना में आईपीक्रेस को तेज़ बनाता है
अलग से।

आईपीसीआरईएस पैरामीटर

-m | -- बेमेल
प्रति प्राइमर अनुमत बेमेल की संख्या निर्दिष्ट करें। बेमेल अनुमति देने से कम हो जाती है
एक बड़े प्राइमर पड़ोस के रूप में कार्यक्रम की गति का निर्माण किया जाना चाहिए, और
अनुक्रम के प्रत्येक स्कैन से पहले कम प्रयोगों को मेमोरी में फिट किया जा सकता है
डेटाबेस।

-M | --याद
प्रोग्राम द्वारा उपयोग की जाने वाली मेमोरी की मात्रा निर्दिष्ट करें। जितनी अधिक मेमोरी बनेगी
आईपीक्रेस उपलब्ध होगा, यह उतनी ही तेजी से चलेगा, क्योंकि अधिक पीसीआर प्रयोग किए जा सकेंगे
अनुक्रम डेटाबेस के प्रत्येक स्कैन में। इसमें उपयोग की गई मेमोरी शामिल नहीं है
स्कैन (आंशिक परिणाम और अनुक्रम संग्रहीत करने के लिए), तो की वास्तविक मात्रा
उपयोग की गई मेमोरी थोड़ी अधिक होगी.

-p | --सुंदर हे
परिणामों को मानव-पठनीय प्रारूप में प्रदर्शित करें, जिसे पार्सिंग के लिए डिज़ाइन नहीं किया गया है।

-P | --उत्पाद
पीसीआर उत्पादों को FASTA प्रारूप अनुक्रम के रूप में प्रदर्शित करें।

-S | --बीज
एफएसएम के लिए पड़ोस शब्द के लिए बीज की लंबाई निर्दिष्ट करें। यदि शून्य पर सेट किया जाए,
पूर्ण प्राइमर का उपयोग किया जाता है। छोटे शब्द पड़ोस के आकार को कम करते हैं, लेकिन
गलत सकारात्मक मिलानों को फ़िल्टर करने के लिए ipcress द्वारा लिया गया समय बढ़ाएँ।

वातावरण

अभी तक दस्तावेज नहीं है।

उदाहरण

ipcres test.ipcres अनुक्रम.फास्टा
यह IPcress का उपयोग करने का सबसे सरल तरीका है।
ipcres dbsts_human.ipcres --अनुक्रम ncbi30/*.fasta -- बेमेल 1
फास्टा फ़ाइलों के एक सेट के साथ एक इनपुट फ़ाइल की तुलना करें, प्रत्येक में एक बेमेल की अनुमति दें
प्राइमर।

VERSION

यह दस्तावेज़ एक्सोनरेट पैकेज के संस्करण 2.2.0 के साथ आता है।

onworks.net सेवाओं का उपयोग करके ऑनलाइन ipcress का उपयोग करें