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आईपीडीसारांश - क्लाउड में ऑनलाइन

उबंटू ऑनलाइन, फेडोरा ऑनलाइन, विंडोज ऑनलाइन एमुलेटर या मैक ओएस ऑनलाइन एमुलेटर पर ऑनवर्क्स मुफ्त होस्टिंग प्रदाता में आईपीडीएस सारांश चलाएं

यह कमांड ipdSummary है जिसे हमारे कई मुफ्त ऑनलाइन वर्कस्टेशन जैसे कि उबंटू ऑनलाइन, फेडोरा ऑनलाइन, विंडोज ऑनलाइन एमुलेटर या मैक ओएस ऑनलाइन एमुलेटर का उपयोग करके ऑनवर्क्स फ्री होस्टिंग प्रदाता में चलाया जा सकता है।

कार्यक्रम:

नाम


आईपीडीसारांश - गतिज हस्ताक्षरों से डीएनए आधार-संशोधनों का पता लगाएं।

वर्णन


कैनेटीक्सटूल जीनोम में प्रत्येक स्थिति में देखे गए आईपीडी को लोड करता है, और उन आईपीडी की तुलना करता है
असंशोधित डीएनए के लिए अपेक्षित मूल्य, और इस सांख्यिकीय परीक्षण के परिणाम को आउटपुट करता है।
असंशोधित डीएनए के लिए अपेक्षित आईपीडी मान इनमें से किसी एक से आ सकता है सिलिको में नियंत्रण या एक
प्रवर्धित नियंत्रण. इन सिलिको नियंत्रण को PacBio द्वारा प्रशिक्षित किया जाता है और इसके साथ भेजा जाता है
पैकेट। यह वर्तमान के आसपास स्थानीय अनुक्रम संदर्भ का उपयोग करके आईपीडी की भविष्यवाणी करता है
पद। असंशोधित डीएनए को अनुक्रमित करके एक प्रवर्धित नियंत्रण डेटासेट तैयार किया जाता है
परीक्षण नमूने के समान क्रम। एक प्रवर्धित नियंत्रण नमूना आमतौर पर उत्पन्न होता है
मूल नमूने का संपूर्ण-जीनोम प्रवर्धन।

परिवर्तन खोज
कैनेटीक्सटूल्स का मूल मोड प्रत्येक स्थिति पर आईपीडी की एक स्वतंत्र तुलना करता है
प्रत्येक स्ट्रैंड के लिए जीनोम, और सीएसवी और जीएफएफ के लिए विभिन्न आँकड़े उत्सर्जित करता है (ए लागू करने के बाद)।
महत्व फ़िल्टर).

संशोधनों पहचान
कैनेटीक्सटूल्स भी है a परिवर्तन पहचान मोड कि कर सकते हैं व्याख्या करना बहु-साइट आईपीडी
'उंगलियों के निशान' में a कम हो सेट of कॉल of विशिष्ट बदल जाता है। इस सुविधा है la
निम्नलिखित लाभ:

· एक ही आधार पर होने वाले विभिन्न संशोधनों को अलग किया जा सकता है (के लिए)।
उदाहरण m5C और m4C)

· एक संशोधन से संकेत को एक आंकड़े में संयोजित किया जाता है, जिससे सुधार होता है
संवेदनशीलता, अतिरिक्त चोटियाँ हटाना, और कॉल को सही ढंग से केन्द्रित करना

विकल्प


कृपया इस प्रोग्राम को कॉल करें --मदद उपलब्ध विकल्पों को देखने के लिए.

कलन विधि


कृत्रिम नियंत्रण
आईपीडी और अनुक्रम संदर्भ के बीच संबंधों के अध्ययन से पता चलता है कि अधिकांश
एक जीनोम में माध्य आईपीडी में भिन्नता का अनुमान 12-आधार अनुक्रम संदर्भ से लगाया जा सकता है
डीएनए पोलीमरेज़ की सक्रिय साइट के आसपास। प्रासंगिक संदर्भ की सीमाएँ
विंडो पोलीमरेज़ के संपर्क में डीएनए की विंडो से मेल खाती है, जैसा कि इसमें देखा गया है
डीएनए/पोलीमरेज़ क्रिस्टल संरचनाएं। डीएनए संशोधनों को खोजने की प्रक्रिया को सरल बनाना
PacBio डेटा के साथ, टूल में 12-मेर डीएनए मैपिंग के लिए एक पूर्व-प्रशिक्षित लुकअप टेबल शामिल है
C2 रसायन विज्ञान में देखे गए आईपीडी का मतलब अनुक्रम।

छनन और ट्रिमिंग
कैनेटीक्सटूल्स BLASR द्वारा उत्पन्न मैपिंग QV का उपयोग करता है और इसे cmp.h5 फ़ाइल में संग्रहीत करता है
उन पठन को अनदेखा करें जो आत्मविश्वास से मैप नहीं किए गए हैं। डिफ़ॉल्ट न्यूनतम मैपिंग QV आवश्यक है
10, जिसका अर्थ है कि BLASR के पास है 90\% विश्वास है कि पढ़ा गया सही ढंग से मैप किया गया है। के कारण
PacBio डेटा में निहित रीडलेंथ की सीमा को इसका उपयोग करके बदला जा सकता है
--mapQvThreshold कमांड लाइन तर्क, या SMRTPortal कॉन्फ़िगरेशन संवाद के माध्यम से
संशोधन का पता लगाना।

PacBio डेटा की कुछ विशेषताएं हैं जिन्हें प्राप्त करने के लिए विशेष ध्यान देने की आवश्यकता है
अच्छा संशोधन पता लगाने का प्रदर्शन। कैनेटीक्सटूल्स के बीच संरेखण का निरीक्षण करता है
अवलोकन किए गए आधार और संदर्भ अनुक्रम - एक आईपीडी माप के लिए
विश्लेषण में शामिल, PacBio पढ़ने का क्रम संदर्भ अनुक्रम से मेल खाना चाहिए k
सजातीय आधार के आसपास. वर्तमान मॉड्यूल में कश्मीर = 1 कुछ स्थानों पर आईपीडी वितरण हो
इसे 'सामान्य' निगमन प्रक्रिया आईपीडी के बीच एक मिश्रण के रूप में माना जाता है, जो संवेदनशील है
स्थानीय अनुक्रम संदर्भ और डीएनए संशोधनों और एक दूषित 'विराम' प्रक्रिया के लिए
आईपीडी जिसकी अवधि बहुत लंबी होती है (मतलब सामान्य से 10 गुना अधिक), लेकिन ऐसा कम ही होता है
(~आईपीडी का 1%)। नोट: हमारी वर्तमान समझ यह है कि विराम उपयोगी नहीं होता
डीएनए की मिथाइलेशन स्थिति के बारे में जानकारी, हालांकि अधिक सावधानीपूर्वक विश्लेषण किया जा सकता है
वारंट. यह भी ध्यान दें कि ऐसे संशोधन जो मोटे तौर पर 1% की वृद्धि करते हैं
देखी गई आईपीडी ठहराव की घटनाओं से उत्पन्न होती हैं। कैपिंग ने आईपीडी को वैश्विक 99वें स्थान पर देखा
प्रतिशतक मजबूत परिकल्पना परीक्षण के सिद्धांत से प्रेरित है। कुछ अनुक्रम प्रसंग
उन संदर्भों में बहुत अधिक डेटा कैप करने से बचने के लिए, स्वाभाविक रूप से लंबे आईपीडी हो सकते हैं
सीमा को प्रति संदर्भ इस प्रकार समायोजित किया जाता है: कैपथ्रेशोल्ड = अधिकतम(ग्लोबल99,
5*मॉडलभविष्यवाणी, प्रतिशतक(आईपीडीअवलोकन, 75))

सांख्यिकीय परीक्षण
हम इस परिकल्पना का परीक्षण करते हैं कि नमूने में किसी विशेष स्थान पर देखे गए आईपीडी में एक है
असंशोधित डीएनए में एक ही स्थान पर देखे गए आईपीडी की तुलना में लंबे समय तक इसका मतलब है। यदि हमने उत्पन्न किया है
एक संपूर्ण जीनोम प्रवर्धित डेटासेट, जो डीएनए संशोधनों को हटा देता है, हम एक केस-कंट्रोल का उपयोग करते हैं,
दो-नमूना टी-परीक्षण। यह उपकरण एक पूर्व-कैलिब्रेटेड 'सिंथेटिक नियंत्रण' मॉडल भी प्रदान करता है
जो 12 आधार अनुक्रम संदर्भ को देखते हुए असंशोधित आईपीडी की भविष्यवाणी करता है। सिंथेटिक में
नियंत्रण मामले में हम एक-नमूना टी-परीक्षण का उपयोग करते हैं, जिसमें त्रुटि को ध्यान में रखते हुए समायोजन किया जाता है
सिंथेटिक नियंत्रण मॉडल.

किए गए इनपुट


संरेखित_रीड्स.cmp.h5
एक मानक cmp.h5 फ़ाइल में संरेखण और IPD जानकारी होती है जो गतिज डेटा प्रदान करती है
संशोधन का पता लगाने के लिए उपयोग किया जाता है। SMRTportal जॉब्स की मानक cmp.h5 फ़ाइल है
डेटा/संरेखित_read.cmp.h5.

संदर्भ अनुक्रम
उपकरण को संरेखण करने के लिए उपयोग किए जाने वाले संदर्भ अनुक्रम की आवश्यकता होती है। वर्तमान में यह होना ही चाहिए
SMRTportal संदर्भ रिपॉजिटरी प्रविष्टि के पथ के माध्यम से आपूर्ति की जाएगी।

OUTPUTS


संशोधन का पता लगाने वाला उपकरण उपयुक्त विभिन्न स्वरूपों में परिणाम प्रदान करता है
गहन सांख्यिकीय विश्लेषण, त्वरित संदर्भ, और विज़ुअलाइज़ेशन टूल द्वारा उपभोग
जैसे कि PacBio SMRTView। परिणाम आम तौर पर संदर्भ स्थिति द्वारा अनुक्रमित होते हैं
संदर्भ स्ट्रैंड. सभी मामलों में स्ट्रैंड का मूल्य उस स्ट्रैंड को संदर्भित करता है जो ले जाता है
डीएनए नमूने में संशोधन. याद रखें कि संशोधन का गतिज प्रभाव है
पढ़ने के क्रम में विपरीत स्ट्रैंड से संरेखित होते हुए देखा गया। तो से संरेखित पढ़ता है
सकारात्मक स्ट्रैंड नकारात्मक स्ट्रैंड और वाइस पर संशोधन के बारे में जानकारी रखता है
इसके विपरीत, लेकिन इस टूलकिट में हम हमेशा कल्पित वाले स्ट्रैंड की रिपोर्ट करते हैं
संशोधन।

संशोधन.सीएसवी
Modifications.csv फ़ाइल में प्रत्येक (संदर्भ स्थिति, स्ट्रैंड) जोड़ी के लिए एक पंक्ति होती है
जो कम से कम x कवरेज के साथ डेटासेट में दिखाई दिया। x डिफ़ॉल्ट रूप से 3 है, लेकिन है
'--minCoverage' ध्वज के साथ ipdSummary.py पर कॉन्फ़िगर करने योग्य। संदर्भ स्थिति सूचकांक है
जीएफएफ फ़ाइल आर वातावरण के साथ संगतता के लिए 1-आधारित।

उत्पादन कॉलम
सिलिको में नियंत्रण मोड

┌────────────────┬───────────────── ────────── ──┐
│कॉलम │ विवरण │
├────────────────┼───────────────── ────────── ──┤
│refId │ इस │ का संदर्भ अनुक्रम आईडी
│ │ अवलोकन │
├────────────────┼───────────────── ────────── ──┤
│tpl │ 1-आधारित टेम्पलेट स्थिति │
├────────────────┼───────────────── ────────── ──┤
│स्ट्रैंड │ मूल नमूना स्ट्रैंड जहां │
│ │ गतिकी उत्पन्न हुई। '0' │ है
│ │ मूल का किनारा │
│ │ FASTA, '1' विपरीत स्ट्रैंड है │
│ │ FASTA से │
├────────────────┼───────────────── ────────── ──┤
│आधार │ इस पर सजातीय आधार │
│ │ संदर्भ में स्थिति │
├────────────────┼───────────────── ────────── ──┤
│score │ Phred-रूपांतरित pvalue कि एक │
│ │ इस │ पर गतिज विचलन मौजूद है
│ │ स्थिति │
└────────────────┴───────────────── ────────── ──┘

│tMean │ सामान्यीकृत आईपीडी का कैप्ड माध्य │
│ │ इस स्थिति में मनाया गया │
├────────────────┼───────────────── ────────── ──┤
│tErr │ की मानक त्रुटि सीमित
│ │ इस पर सामान्यीकृत आईपीडी देखी गई │
│ │ स्थिति (मानक विचलन / │
│ │ sqrt(कवरेज) │
├────────────────┼───────────────── ────────── ──┤
│modelPrediction │ द्वारा अनुमानित सामान्यीकृत माध्य IPD
│ │ के लिए सिंथेटिक नियंत्रण मॉडल
│ │ यह क्रम प्रसंग │
├────────────────┼───────────────── ────────── ──┤
│ipdRatio │ tMean / modelPrediction │
├────────────────┼───────────────── ────────── ──┤
│कवरेज │ इस पर वैध आईपीडी की गिनती │
│ │ स्थिति (फ़िल्टरिंग अनुभाग देखें │
│ │ विवरण के लिए) │
├────────────────┼───────────────── ────────── ──┤
│frac │ के अंश का अनुमान
│ │ अणु जो │ को ले जाते हैं
│ │ संशोधन │
├────────────────┼───────────────── ────────── ──┤
│fracLow │ 2.5% विश्वास फ़्रेक से बंधा हुआ │
│ │ अनुमान │
├────────────────┼───────────────── ────────── ──┤
│fracUp │ 97.5% विश्वास फ़्रेक से बंधा हुआ │
│ │ अनुमान │
└────────────────┴───────────────── ────────── ──┘

मुद्दा नियंत्रण मोड

┌────────────────┬───────────────── ────────── ──┐
│कॉलम │ विवरण │
├────────────────┼───────────────── ────────── ──┤
│refId │ इस │ का संदर्भ अनुक्रम आईडी
│ │ अवलोकन │
├────────────────┼───────────────── ────────── ──┤
│tpl │ 1-आधारित टेम्पलेट स्थिति │
├────────────────┼───────────────── ────────── ──┤
│स्ट्रैंड │ मूल नमूना स्ट्रैंड जहां │
│ │ गतिकी उत्पन्न हुई। '0' │ है
│ │ मूल का किनारा │
│ │ FASTA, '1' विपरीत स्ट्रैंड है │
│ │ FASTA से │
├────────────────┼───────────────── ────────── ──┤
│आधार │ इस पर सजातीय आधार │
│ │ संदर्भ में स्थिति │
├────────────────┼───────────────── ────────── ──┤
│score │ Phred-रूपांतरित pvalue कि एक │
│ │ इस │ पर गतिज विचलन मौजूद है
│ │ स्थिति │
├────────────────┼───────────────── ────────── ──┤
│केस मीन │ सामान्यीकृत केस आईपीडी का माध्य │
│ │ इस स्थिति में मनाया गया │
├────────────────┼───────────────── ────────── ──┤
│controlMean │ सामान्यीकृत नियंत्रण IPDs का माध्य │
│ │ इस स्थिति में मनाया गया │
├────────────────┼───────────────── ────────── ──┤
│केसएसटीडी │केस आईपीडी का मानक विचलन │
│ │ इस स्थिति में मनाया गया │
├────────────────┼───────────────── ────────── ──┤
│controlStd │ नियंत्रण का मानक विचलन │
│ │ इस स्थिति में आईपीडी देखी गई │
└────────────────┴───────────────── ────────── ──┘

│ipdRatio │ tMean / modelPrediction │
├────────────────┼───────────────── ────────── ──┤
│टेस्टस्टैटिस्टिक │ टी-टेस्ट स्टेटिस्टिक │
├────────────────┼───────────────── ────────── ──┤
│कवरेज │ केस और नियंत्रण का माध्य │
│ │ कवरेज │
├────────────────┼───────────────── ────────── ──┤
│controlCoverage │ पर वैध नियंत्रण IPD की गिनती
│ │ यह स्थिति (फ़िल्टरिंग │ देखें)।
│ │ विवरण के लिए अनुभाग) │
├────────────────┼───────────────── ────────── ──┤
│केसकवरेज │ इस पर वैध केस आईपीडी की गिनती │
│ │ स्थिति (फ़िल्टरिंग अनुभाग देखें │
│ │ विवरण के लिए) │
└────────────────┴───────────────── ────────── ──┘

संशोधन.gff
संशोधन.जीएफएफ जीएफएफ संस्करण 3 विनिर्देश के अनुरूप है (-
http://www.sequenceontology.org/gff3.shtml). प्रत्येक टेम्पलेट स्थिति / स्ट्रैंड जोड़ी जिसका
पी-वैल्यू, पीवैल्यू सीमा से अधिक होने पर एक पंक्ति के रूप में दिखाई देता है। टेम्पलेट स्थिति 1-आधारित है,
GFF विशिष्टता के अनुसार. स्ट्रैंड कॉलम पता लगाए गए स्ट्रैंड को संदर्भित करता है
संशोधन, जो संशोधन का पता लगाने के लिए उपयोग किए जाने वाले से विपरीत स्ट्रैंड है।
GFF कॉन्फिडेंस कॉलम पहचान का Phred-रूपांतरित pvalue है।

नोट on जीनोम ब्राउज़र अनुकूलता

Modifications.gff फ़ाइल अधिकांश जीनोम ब्राउज़रों के साथ सीधे काम नहीं करेगी। आप करेंगे
संभवतः GFF फ़ाइल की एक प्रतिलिपि बनाने और _seqid_ कॉलम को परिवर्तित करने की आवश्यकता है
मूल में मौजूद FASTA हेडर के लिए PacBio द्वारा उत्पन्न सामान्य 'ref0000x' नाम
संदर्भ FASTA फ़ाइल। मैपिंग तालिका मॉडिफिकेशन.जीएफएफ के हेडर में लिखी गई है
में फाइल #अनुक्रम-शीर्षलेख टैग. इस समस्या का समाधान 1.4 रिलीज़ में किया जाएगा
कैनेटीक्सटूल्स।

GFF फ़ाइल के सहायक डेटा कॉलम में अन्य आँकड़े शामिल हैं जो उपयोगी हो सकते हैं
डाउनस्ट्रीम विश्लेषण या फ़िल्टरिंग। विशेष रूप से उपयोग किए गए रीड्स का कवरेज स्तर
कॉल करें, और साइट के आसपास +/- 20बीपी अनुक्रम संदर्भ।

मैं
│कॉलम │ विवरण │
├───────────┼────────────────────── ───────┤
│seqid │ fasta contig name │
├───────────┼────────────────────── ───────┤
│स्रोत │ टूल का नाम - 'kinModCall' │
├───────────┼────────────────────── ───────┤
│प्रकार │ संशोधन प्रकार -- │ में
│ │ पहचान मोड यह │ होगा
│ │ पहचाने गए │ के लिए m6A, m4C, या m5C
│ │ आधार, या सामान्य टैग │
│ │ 'संशोधित_बेस' यदि एक गतिज │
│ │ ऐसी घटना का पता चला जो │ नहीं है
│ │ एक ज्ञात संशोधन से मेल खाता है │
│ │ हस्ताक्षर │
├───────────┼────────────────────── ───────┤
│प्रारंभ │ संपर्क पर संशोधन स्थिति │
├───────────┼────────────────────── ───────┤
│अंत │ संपर्क पर संशोधन स्थिति │
├───────────┼────────────────────── ───────┤
│स्कोर │ फ्रेड ने │ का पी-वैल्यू बदल दिया
│ │ पता लगाना - यह │ है
│ │ सिंगल-साइट डिटेक्शन पी-वैल्यू │
├───────────┼────────────────────── ───────┤
│स्ट्रैंड │ नमूना स्ट्रैंड जिसमें │ शामिल है
│ │ संशोधन │
मैं

│चरण │ लागू नहीं │
├───────────┼────────────────────── ───────┤
│विशेषताएं │ आधार से संबंधित अतिरिक्त फ़ील्ड │
│ │ मॉड्स। IPDRatio पारंपरिक है │
│ │ आईपीडी अनुपात, संदर्भ │ है
│ │ संदर्भ अनुक्रम -20bp से │
│ │ +20bp संशोधन के आसपास, │
│ │ और कवरेज स्तर संख्या │ है
│ │ के बाद आईपीडी अवलोकनों का उपयोग किया गया
│ │ क्यूवी फ़िल्टरिंग मैपिंग और │
│ │ सटीकता फ़िल्टरिंग। यदि पंक्ति │
│ │ एक पहचाने गए │ से परिणाम
│ │ संशोधन में हम एक │ भी शामिल करते हैं
│ │ के साथ पहचानQv टैग
│ │ संशोधन से │
│ │ पहचान प्रक्रिया। │
│ │ पहचानQv │ है
│ │ │ की फ्रेड-रूपांतरित संभावना
│ │ एक गलत पहचान, │ के लिए
│ │ आधार जिन्हें │ के रूप में पहचाना गया
│ │ एक विशेष │ होना
│ │ संशोधन. फ़्रैक, फ़्रैकलो, │
│ │ fracUp अनुमानित │ हैं
│ │ ले जाने वाले अणुओं का अंश │
│ │ संशोधन, और 5% │
│ │ का आत्मविश्वास अंतराल │
│ │ अनुमान. मिथाइलेटेड │
│ │ भिन्न अनुमान एक │ है
│ │ बीटा-स्तरीय सुविधा, और होनी चाहिए │
│ │ का उपयोग केवल खोजपूर्ण │ के लिए किया जाना चाहिए
│ │ प्रयोजन. │
मैं

रूपांकनों.gff
यदि मोटिफ फाइंडर टूल चलाया जाता है, तो यह मोटिफ्स.जीएफएफ उत्पन्न करेगा, जो एक पुनर्संसाधित संस्करण है
निम्नलिखित परिवर्तनों के साथ संशोधनों.जीएफएफ का। यदि कोई पता लगाया गया संशोधन होता है
मोटिफ खोजक द्वारा मोटिफ का पता लगाया जाता है, संशोधन को मोटिफ डेटा के साथ एनोटेट किया जाता है। एक
विशेषता 'मोटिफ' को मोटिफ स्ट्रिंग के साथ जोड़ा जाता है, और एक विशेषता 'आईडी' को जोड़ा जाता है
जिसमें मोटिफ आईडी शामिल है, जो अयुग्मित रूपांकनों के लिए मोटिफ स्ट्रिंग है या
युग्मित रूपांकनों के लिए 'मोटिफस्ट्रिंग1/मोटिफस्ट्रिंग2'। यदि जीनोम में एक रूपांकन उदाहरण मौजूद है,
लेकिन संशोधनों.जीएफएफ में इसका पता नहीं चला, एक प्रविष्टि को मोटिफ्स.जीएफएफ में जोड़ा गया है, जो दर्शाता है
उस रूपांकन की उपस्थिति और उस स्थल पर देखी गई गतिकी।

motif_summary.csv
यदि मोटिफ फाइंडर टूल चलाया जाता है, तो संशोधित सारांश को संक्षेप में प्रस्तुत करते हुए motif_summary.csv उत्पन्न होता है
उपकरण द्वारा खोजे गए रूपांकन। सीएसवी में प्रत्येक ज्ञात रूपांकन के साथ एक पंक्ति शामिल है
निम्नलिखित कॉलम

┌───────────────────┬─────────────── ────────── ─────┐
│कॉलम │ विवरण │
├───────────────────┼────────────── ────────── ─────┤
│motifString │ पता लगाया गया मोटिफ अनुक्रम │
├───────────────────┼────────────── ────────── ─────┤
│centerPos │ के रूपांकन में स्थिति
│ │ संशोधन (0-आधारित) │
├───────────────────┼────────────── ────────── ─────┤
│अंश │ इस │ के उदाहरणों का अंश
│ │ उपरोक्त संशोधन QV के साथ रूपांकन │
│ │ QV सीमा │
├───────────────────┼────────────── ────────── ─────┤
│nपता लगाया गया │ इसके उदाहरणों की संख्या │
│ │ उपरोक्त सीमा के साथ रूपांकन │
└───────────────────┴────────────── ────────── ─────┘

│nGenome │ इसके उदाहरणों की संख्या │
│ │ संदर्भ अनुक्रम में रूपांकन │
├───────────────────┼────────────── ────────── ─────┤
│groupTag │ रूपांकन को पहचानने वाली एक स्ट्रिंग │
│ │ समूहीकरण। युग्मित रूपांकनों के लिए यह │
│ │ है │
│ │ " / ", │
│ │ अयुग्मित रूपांकनों के लिए यह │ के बराबर है
│ │ मोटिफ़स्ट्रिंग │
├───────────────────┼────────────── ────────── ─────┤
│partnerMotifString │ युग्मित रूपांकन की motifString │
│ │ (│ के साथ मूल भाव)।
│ │ विपरीत-पूरक │
│ │ मोटिफ़स्ट्रिंग) │
├───────────────────┼────────────── ────────── ─────┤
│meanScore │ माध्य संशोधन Qv का पता चला │
│ │ उदाहरण │
├───────────────────┼────────────── ────────── ─────┤
│meanIpdRatio │ माध्य IPD अनुपात का पता चला │
│ │ उदाहरण │
├───────────────────┼────────────── ────────── ─────┤
│meanCoverage │ पता लगाया गया │ का औसत कवरेज
│ │ उदाहरण │
├───────────────────┼────────────── ────────── ─────┤
│ऑब्जेक्टिवस्कोर│इस मोटिफ का ऑब्जेक्टिव स्कोर│
│ │ मोटिफ खोजक एल्गोरिथ्म │
└───────────────────┴────────────── ────────── ─────┘

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