कलिग्न - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

कलिग्न - जैविक अनुक्रमों का एकाधिक संरेखण करता है।

SYNOPSIS

कलिन [infile.fasta] [आउटफ़ाइल.फास्टा] [विकल्प]

कलिन [-मैं infile.fasta] [-ओ आउटफ़ाइल.फास्टा] [विकल्प]

कलिन [< infile.fasta] [> आउटफ़ाइल.फास्टा] [विकल्प]

वर्णन

कलिग्न जैविक अनुक्रमों के एकाधिक संरेखण को निष्पादित करने के लिए एक कमांड लाइन उपकरण है। यह
सटीकता और गति दोनों को बेहतर बनाने के लिए मुथ? मैनबर स्ट्रिंग-मैचिंग एल्गोरिदम का उपयोग करता है
संरेखण का. यह वैश्विक, प्रगतिशील संरेखण दृष्टिकोण का उपयोग करता है, जिसे नियोजित करके समृद्ध किया जाता है
अनुक्रम दूरियों की गणना करने और शामिल करने के लिए अनुमानित स्ट्रिंग-मिलान एल्गोरिदम
स्थानीय अन्यथा वैश्विक संरेखण में मेल खाता है।

विकल्प

-s -जीपीओ -गैपोपेन -गैप_ओपन x
गैप ओपन पेनाल्टी.

-e -जीपीई -gap_ext -gapextension x
गैप एक्सटेंशन पेनल्टी.

-t -tgpe -टर्मिनल_गैप_एक्सटेंशन_पेनल्टी x
टर्मिनल गैप दंड.

-m -बक्शीश -मैट्रिक्स_बोनस x
प्रतिस्थापन मैट्रिक्स में एक स्थिरांक जोड़ा गया।

-c -सॉर्ट <इनपुट, पेड़, अंतराल.>
वह क्रम जिसमें अनुक्रम आउटपुट संरेखण में दिखाई देते हैं।

-g -बचाना
फीचर मोड का चयन करता है और निर्दिष्ट करता है कि किन सुविधाओं का उपयोग किया जाना है: उदाहरण के लिए सभी, मैक्सपीएलपी,
संरचना, पीएफएएम-ए?

-समान_फ़ीचर_स्कोर
समान सुविधाओं को संरेखित करने के लिए स्कोर.

-diff_feature_score
विभिन्न विशेषताओं को संरेखित करने के लिए जुर्माना.

-d -दूरी <वू, जोड़ा>
दूरी विधि

-b पेड़ -गाइड-वृक्ष <एनजे, upgma>
मार्गदर्शक वृक्ष विधि.

-z -zcutoff
वू-मैनबर आधारित दूरी गणना में प्रयुक्त पैरामीटर।

-i -इन -इनपुट
इनपुट फ़ाइल का नाम.

-o -बाहर आउटपुट
आउटपुट फ़ाइल का नाम.

-a -gap_inc
मौजूदा अंतरालों की संख्या के आधार पर अंतराल दंड बढ़ाता है।

-f -परिवर्तन <फास्टा, एमएसएफ, एलन, क्लू, मैक्सीम>
आउटपुट स्वरूप.

-q -शांत
STDERR पर कुछ भी प्रिंट न करें. STDIN से कुछ भी न पढ़ें.

संदर्भ

· टिमो लैसमैन और एरिक एलएल सोनहैमर (2005) कलिग्न - एक सटीक और तेज़ गुणक
अनुक्रम संरेखण एल्गोरिदम। बीएमसी जैव सूचना विज्ञान 6:298

· टिमो लैसमैन, ओलिवर फ्रिंज और एरिक एलएल सोनहैमर (2009) कलिग्न2:
प्रोटीन और न्यूक्लियोटाइड अनुक्रमों के उच्च-प्रदर्शन एकाधिक संरेखण की अनुमति
बाहरी रूप - रंग। न्यूक्लिक एसिड अनुसंधान 3:858?865।

लेखक

अजवायन के फूल लैसमैन <[ईमेल संरक्षित]>
कलिग्न के अपस्ट्रीम लेखक।

चार्ल्स प्लेसी <[ईमेल संरक्षित]>
मैनपेज लिखा.

कॉपीराइट

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