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एमएक्यू - क्लाउड में ऑनलाइन

उबंटू ऑनलाइन, फेडोरा ऑनलाइन, विंडोज ऑनलाइन एमुलेटर या मैक ओएस ऑनलाइन एमुलेटर पर ऑनवर्क्स मुफ्त होस्टिंग प्रदाता में माक चलाएं

यह कमांड माक है जिसे हमारे कई मुफ्त ऑनलाइन वर्कस्टेशन जैसे उबंटू ऑनलाइन, फेडोरा ऑनलाइन, विंडोज ऑनलाइन एमुलेटर या मैक ओएस ऑनलाइन एमुलेटर में से एक का उपयोग करके ऑनवर्क्स फ्री होस्टिंग प्रदाता में चलाया जा सकता है।

कार्यक्रम:

नाम


माक - गुणों के साथ मानचित्रण और संयोजन

SYNOPSIS


MAQ आदेश [विकल्पों] तर्क

एमएक्यू.पीएल आदेश [विकल्पों] तर्क

वर्णन


माक एक सॉफ्टवेयर है जो अगले द्वारा उत्पन्न लघु पठन से मैपिंग असेंबलियों का निर्माण करता है-
पीढ़ी अनुक्रमण मशीनें। इसे विशेष रूप से Illumina-Solexa 1G Genetic . के लिए डिज़ाइन किया गया है
विश्लेषक, और एबी सॉलिड डेटा को संभालने के लिए प्रारंभिक कार्यक्षमता है।

माक के साथ आप कर सकते हैं:

· इल्लुमिना/सोलिड को तेजी से संरेखित करें संदर्भ जीनोम को पढ़ता है। डिफ़ॉल्ट विकल्पों के साथ, एक
लगभग 10 सीपीयू घंटों में मानव जीनोम में रीड के मिलियन जोड़े को कम से कम के साथ मैप किया जा सकता है
1G मेमोरी की तुलना में।

प्रत्येक पढ़े गए व्यक्ति के संरेखण की त्रुटि संभावना को सटीक रूप से मापें।

समयुग्मजी और विषमयुग्मजी बहुरूपता सहित सर्वसम्मति जीनोटाइप को कॉल करें
प्रत्येक आधार को सौंपा गया एक Phred संभाव्य गुण।

· युग्मित अंत पठन के साथ लघु इंडल्स खोजें।

· युग्मित अंत पठन के साथ सटीक रूप से बड़े पैमाने पर जीनोमिक विलोपन और स्थानान्तरण का पता लगाएं।

· गहराई से पढ़ने की जाँच करके संभावित CNV की खोज करें।

अनुक्रमकों से कच्चे आधार गुणों की सटीकता का मूल्यांकन करें और जांच करने में मदद करें
व्यवस्थित त्रुटियां।

हालांकि, माक कर सकते हैं नहीं:

· कर de नई सभा। (माक केवल एक ज्ञात को पढ़ता है मैपिंग करके सर्वसम्मति को कॉल कर सकता है
संदर्भ।)

· नक्शा शॉर्ट्स खुद के खिलाफ पढ़ता है। (माक केवल पढ़ने के बीच पूर्ण ओवरलैप ढूंढ सकता है।)

· कैशिलरी रीड्स को संरेखित करें या संदर्भ के लिए 454 रीड्स करें। (Maq से अधिक समय तक पढ़ने को संरेखित नहीं कर सकता
63bp।)

MAQ कमानों


कुंजी कमानों

Fasta2bfa MAQ Fasta2bfa in.ref.fasta out.ref.bfa

FASTA प्रारूप में अनुक्रमों को Maq के BFA (बाइनरी FASTA) प्रारूप में बदलें।

Fastq2bfq MAQ Fastq2bfq [-n nreads] in.read.fastq आउट.रीड.बीएफक्यूआउट.उपसर्ग

FASTQ फॉर्मेट में रीड को Maq के BFQ (बाइनरी FASTQ) फॉर्मेट में कनवर्ट करें।

विकल्प:

-n INT प्रति फ़ाइल पढ़ने की संख्या [निर्दिष्ट नहीं]

नक्शा MAQ नक्शा [-n निमि] [-a मैक्सिन्स] [-c] [-1 len1] [-2 len2] [-d अनुकूलन3] [-m उत्परिवर्तित करना]
[-u तुच्छ] [-इ मैक्सर] [-M सीएजी] [-N] [-H ऑलहिट्स] [-C मैक्सहिट्स] out.aln.map
in.ref.bfa in.read1.bfq [in.read2.bfq] 2> out.map.log

मानचित्र संदर्भ अनुक्रमों को पढ़ता है।

विकल्प:

-n INT अधिकतम बेमेल की संख्या जो हमेशा पाई जा सकती है [2]

-a INT सही पठन जोड़ी के लिए अधिकतम बाहरी दूरी [250]

-A INT दो आरएफ पेड रीड की अधिकतम बाहरी दूरी (अक्षम के लिए 0) [0]

-c मानचित्र रंग स्थान में पढ़ता है (केवल SOLiD के लिए)

-1 INT पहले पढ़ने के लिए लंबाई पढ़ें, ऑटो के लिए 0 [0]

-2 INT दूसरे पढ़ने के लिए लंबाई पढ़ें, ऑटो के लिए 0 [0]

-m फ्लोट संदर्भ अनुक्रमों और रीड्स के बीच उत्परिवर्तन दर [0.001]

-d फ़ाइल 3'-अडैप्टर अनुक्रम की एकल पंक्ति वाली फ़ाइल निर्दिष्ट करें
[शून्य]

-u फ़ाइल डंप अनमैप्ड पढ़ता है और पढ़ता है जिसमें से अधिक होता है निमि बेमेल
एक अलग फ़ाइल [शून्य]

-e INT बेमेल आधार गुणों के योग की सीमा [70]

-H फ़ाइल एकाधिक/सभी 01-बेमेल हिट को डंप करें फ़ाइल [शून्य]

-C INT आउटपुट पर हिट की अधिकतम संख्या। असीमित अगर 512 से बड़ा है। [250]

-M c⎪g मेथिलिकरण संरेखण मोड। फॉरवर्ड स्ट्रैंड पर सभी C (या G) होंगे
टी (या ए) में बदल गया। यह विकल्प केवल परीक्षण के लिए है।

-N आउटपुट फ़ाइल में बेमेल स्थिति संग्रहीत करें out.aln.map। जब यह
विकल्प उपयोग में है, पढ़ने की अधिकतम अनुमत लंबाई 55bp है।

नोट:

* युग्मित अंत पठन दो फाइलों में तैयार किया जाना चाहिए, प्रत्येक छोर के लिए एक, के साथ
पठन को उसी क्रम में क्रमबद्ध किया जाता है। इसका मतलब k-th पहले में पढ़ा गया
फ़ाइल को k-th के साथ दूसरी फ़ाइल में पढ़ा जाता है। संबंधित पढ़ें
नाम पूंछ वाले `/1' या `/2' के समान होने चाहिए। उदाहरण के लिए, ऐसे
पढ़े गए नामों की जोड़ी की अनुमति है: `EAS1_1_5_100_200/1' और
`ईएएस1_1_5_100_200/2'। पूंछ `/[12]' आमतौर पर द्वारा उत्पन्न होती है
एक जोड़ी में दो सिरों को अलग करने के लिए GAPipeline।

* आउटपुट एक संपीड़ित बाइनरी फ़ाइल है। यह अंतहीनता से प्रभावित है।

* इस कमांड को चलाने का सबसे अच्छा तरीका यह है कि लगभग 1 से 3 मिलियन रीड्स इस प्रकार उपलब्ध कराए जाएं
इनपुट। अधिक पढ़ने से अधिक मेमोरी की खपत होती है।

* विकल्प -n संरेखण की संवेदनशीलता को नियंत्रित करता है। डिफ़ॉल्ट रूप से, के साथ एक हिट
2 बेमेल तक हमेशा पाया जा सकता है। उच्चतर -n अधिक हिट पाता है और भी
मानचित्रण गुणों की सटीकता में सुधार करता है। हालाँकि, यह कीमत पर किया जाता है
गति का।

* कई उच्च-गुणवत्ता वाले बेमेल वाले संरेखण को असत्य के रूप में त्याग दिया जाना चाहिए
संरेखण या संभावित संदूषण। यह व्यवहार विकल्प द्वारा नियंत्रित होता है
-e-e थ्रेशोल्ड की गणना केवल इसलिए की जाती है क्योंकि आधार गुण
संरेखण के एक निश्चित चरण में 10 से विभाजित होते हैं। NS -Q में विकल्प
इकट्ठा आदेश ठीक दहलीज निर्धारित करता है।

* पठन की एक जोड़ी को सही ढंग से जोड़ा गया कहा जाता है यदि और केवल यदि
अभिविन्यास है FR और जोड़ी की बाहरी दूरी . से बड़ी नहीं है
मैक्सिन्स. न्यूनतम सम्मिलित आकार की कोई सीमा नहीं है। यह सेटिंग है
Maq में प्रयुक्त युग्मित अंत संरेखण एल्गोरिथ्म द्वारा निर्धारित किया जाता है। आवश्यकता है a
न्यूनतम सम्मिलित आकार अत्यधिक के साथ कुछ गलत संरेखण की ओर ले जाएगा
मानचित्रण गुणों को कम करके आंका।

* वर्तमान में, Illumina/Solexa लांग-इन्सर्ट लाइब्रेरी से पढ़े गए युग्मों में RF पढ़ा गया है
अभिविन्यास। अधिकतम सम्मिलित आकार विकल्प द्वारा निर्धारित किया जाता है -A. हालांकि, लंबा-
इन्सर्ट लाइब्रेरी को शॉर्ट-इंसर्ट रीड के एक छोटे से अंश के साथ भी मिलाया जाता है
जोड़े। -a भी सही ढंग से सेट किया जाना चाहिए।

* कभी-कभी 5'-अंत या यहां तक ​​कि संपूर्ण 3'-अडैप्टर अनुक्रम अनुक्रमित किया जा सकता है।
प्रदान करना -d एडेप्टर संदूषण को खत्म करने के लिए माक को प्रस्तुत करता है।

* दिए गए 2 मिलियन इनपुट के रूप में पढ़े जाते हैं, MAQ आमतौर पर 800MB मेमोरी लेता है।

मैपमर्ज MAQ मैपमर्ज out.aln.map in.aln1.map in.aln2.map [...]

पठन संरेखण के एक बैच को एक साथ मर्ज करें।

नोट:

* सिद्धांत रूप में, यह आदेश असीमित संख्या में संरेखण को मिला सकता है। हालांकि, जैसा
मैपमर्ज एक ही समय में सभी इनपुट पढ़ रहा होगा, यह हिट हो सकता है
OS द्वारा निर्धारित ओपनिंग फाइल्स की अधिकतम संख्या की सीमा। वर्तमान में, यह
एंड्यूसर द्वारा मैन्युअल रूप से हल किया जाना है।

*कमांड मैपमर्ज संरेखण फ़ाइलों को अलग-अलग पढ़ने के साथ मर्ज करने के लिए इस्तेमाल किया जा सकता है
लंबाई। बाद के सभी विश्लेषण अब निश्चित लंबाई नहीं मानते हैं।

आरएमडीयूपी MAQ आरएमडीयूपी out.rmdup.map in.ori.map

समान बाहरी निर्देशांक वाले जोड़े निकालें। सिद्धांत रूप में, के साथ जोड़े
समान बाहरी निर्देशांक शायद ही कभी होने चाहिए। हालांकि, के कारण
नमूना तैयार करने में प्रवर्धन, यह की तुलना में बहुत अधिक बार होता है
मोका। व्यावहारिक विश्लेषण से पता चलता है कि डुप्लिकेट को हटाने से बेहतर करने में मदद मिलती है
एसएनपी कॉलिंग की समग्र सटीकता।

इकट्ठा MAQ इकट्ठा [-एसपी] [-m मैक्समिस] [-Q मैक्सर] [-r हेट्रेट] [-t कोएफ़] [-q न्यूनतम क्यू] [-N
nHap] आउट.सीएनएस in.ref.bfa in.aln.map 2> out.cns.log

रीडिंग मैपिंग से सर्वसम्मति अनुक्रमों को कॉल करें।

विकल्प:

-t फ्लोट त्रुटि निर्भरता गुणांक [0.93]

-r फ्लोट सभी साइटों के बीच विषमयुग्मजी का अंश [0.001]

-s अंतिम मैपिंग गुणवत्ता के रूप में सिंगल एंड मैपिंग गुणवत्ता लें;
अन्यथा युग्मित अंत मानचित्रण गुणवत्ता का उपयोग किया जाएगा

-p जोड़े गए अंत को छोड़ दें जो सही जोड़े में मैप नहीं किए गए हैं

-m INT में उपयोग किए जाने वाले पठन के लिए अनुमत बेमेल की अधिकतम संख्या
आम सहमति बुलाना [7]

-Q INT बेमेल आधारों के गुणवत्ता मूल्यों का अधिकतम अनुमत योग [60]

-q INT सर्वसम्मति में उपयोग किए जाने वाले पढ़ने के लिए न्यूनतम मानचित्रण गुणवत्ता की अनुमति है
कॉलिंग [0]

-N INT पूल में हैप्लोटाइप की संख्या (>=2) [2]

नोट:

* विकल्प -Q बेमेल आधार गुणों के अधिकतम योग पर एक सीमा निर्धारित करता है।
कई उच्च-गुणवत्ता वाले बेमेल वाले पठन को त्याग दिया जाना चाहिए।

* विकल्प -N एक पूल में हैप्लोटाइप की संख्या निर्धारित करता है। इसके लिए डिज़ाइन किया गया है
कई स्ट्रेन/व्यक्तियों को एक साथ पूल करके नमूनों का पुनर्अनुक्रमण। के लिये
द्विगुणित जीनोम पुनरुत्पादन, यह विकल्प 2 के बराबर होता है।

ग्लफजेन MAQ ग्लफजेन [-एसपी] [-m मैक्समिस] [-Q मैक्सर] [-r हेट्रेट] [-t कोएफ़] [-q न्यूनतम क्यू] [-N
nHap] आउट.सीएनएस in.ref.bfa in.aln.map 2> out.cns.log

सभी जीनोटाइप के लिए लॉग-संभावना की गणना करें और परिणामों को GLF प्रारूप में संग्रहीत करें
(जीनोटाइपिंग संभावना प्रारूप)। विस्तृत के लिए कृपया MAQ वेबसाइट देखें
फ़ाइल स्वरूप और संबंधित उपयोगिताओं का विवरण।

इंडेलपे MAQ इंडेलपे in.ref.bfa in.aln.map > आउट.इंडेलपे

युग्मित अंत से लगातार इंडल्स को कॉल करें पढ़ता है। आउटपुट TAB के साथ सीमांकित है
गुणसूत्र से युक्त प्रत्येक पंक्ति, प्रारंभ स्थिति, इंडेल का प्रकार, संख्या
इंडेल भर में पढ़ता है, इंडेल का आकार और सम्मिलित/हटाए गए न्यूक्लियोटाइड्स
(बृहदान्त्र से अलग), रिवर्स स्ट्रैंड पर इंडल्स की संख्या, इंडल्स की संख्या
फॉरवर्ड स्ट्रैंड पर, 5' अनुक्रम इंडेल से आगे, 3' अनुक्रम निम्नलिखित
इंडेल, इंडल्स के बिना संरेखित रीड्स की संख्या और तीन अतिरिक्त कॉलम
फिल्टर के लिए।

तीसरे कॉलम में, इंडेल का प्रकार, एक तारा इंगित करता है कि इंडेल की पुष्टि हो गई है
दोनों किस्में से पढ़ता है, एक प्लस का मतलब है कि इंडेल कम से कम दो पढ़ता है
लेकिन एक ही स्ट्रैंड से, एक माइनस दिखाता है कि इंडेल केवल एक रीड पर पाया जाता है,
और एक बिंदु का मतलब है कि इंडेल दूसरे इंडेल के बहुत करीब है और फ़िल्टर किया गया है।

उपयोगकर्ताओं को की संख्या को सही करने के लिए `maq.pl indelpe' के माध्यम से चलाने की सिफारिश की जाती है
इंडल्स के बिना मैप किया गया पढ़ता है। अधिक जानकारी के लिए, `maq.pl indelpe' देखें।
अनुभाग।

इंडेलसोआ MAQ इंडेलसोआ in.ref.bfa in.aln.map > आउट.इंडेलसोआ

संभावित समयुग्मजी इंडल्स को कॉल करें और असामान्य का पता लगाकर ब्रेक पॉइंट्स
इंडल्स और ब्रेक पॉइंट के चारों ओर संरेखण पैटर्न। आउटपुट भी TAB . है
गुणसूत्र से युक्त प्रत्येक पंक्ति के साथ सीमांकित, अनुमानित समन्वय,
असामान्य क्षेत्र की लंबाई, स्थिति में मैप किए गए रीड्स की संख्या,
स्थिति के बाईं ओर पढ़ने की संख्या और पढ़ने की संख्या
दाहिने हाथ की ओर। अंतिम कॉलम को नजरअंदाज किया जा सकता है।

आउटपुट में कई झूठी सकारात्मकताएं हैं। एक अनुशंसित फ़िल्टर हो सकता है:

awk '$5+$6-$4 >= 3 && $4 <= 1' in.indelsoa

ध्यान दें कि यह कमांड सटीक इंडेल डिटेक्टर बनने का लक्ष्य नहीं रखता है, लेकिन
मुख्य रूप से प्रतिस्थापन कॉलिंग में कुछ झूठी सकारात्मकता से बचने में मदद करता है। में
इसके अलावा, यह केवल गहरी गहराई को देखते हुए अच्छी तरह से काम करता है (उदाहरण के लिए ~ 40X); अन्यथा
झूठी नकारात्मक दर बहुत अधिक होगी।

का गठन परिवर्तित

sol2sanger MAQ sol2sanger in.sol.fastq आउट.सेंगर.फास्टक्यू

Solexa FASTQ को मानक/सेंगर FASTQ प्रारूप में बदलें।

bfq2fastq MAQ bfq2fastq in.read.bfq आउट.रीड.फास्टक्यू

माक के बीएफक्यू प्रारूप को मानक फास्टक्यू प्रारूप में बदलें।

मैपस2एमएक्यू MAQ मैपस2एमएक्यू in.mapass2.map out.maq.map

अप्रचलित mapas2 के मानचित्र प्रारूप को Maq के मानचित्र प्रारूप में कनवर्ट करें। पुराना प्रारूप करता है
पढ़े गए नाम शामिल नहीं हैं।

जानकारी निकाला जा रहा है

नक्शा देखें MAQ नक्शा देखें [-बीएन] in.aln.map > out.aln.txt

सादे पाठ में पठन संरेखण प्रदर्शित करें। स्मिथ से पहले संरेखित पढ़ने के लिए-
वाटरमैन संरेखण, प्रत्येक पंक्ति में पढ़ा हुआ नाम, गुणसूत्र, स्थिति,
स्ट्रैंड, एक जोड़ी के बाहरी कोर्नियेट्स से आकार सम्मिलित करें, युग्मित ध्वज, मानचित्रण
गुणवत्ता, एकल-अंत मानचित्रण गुणवत्ता, वैकल्पिक मानचित्रण गुणवत्ता, की संख्या
सर्वश्रेष्ठ हिट का बेमेल, सर्वश्रेष्ठ के बेमेल आधारों के गुणों का योग
हिट, पहले 0bp के 24-बेमेल हिट की संख्या, के 1-बेमेल हिट की संख्या
संदर्भ पर पहला 24bp, पढ़ने की लंबाई, पढ़ने का क्रम और उसका
गुणवत्ता। वैकल्पिक मानचित्रण गुणवत्ता हमेशा मानचित्रण गुणवत्ता के बराबर होती है यदि:
पठन युग्मित नहीं हैं। यदि रीड को जोड़ा जाता है, तो यह छोटी मैपिंग के बराबर होता है
दो सिरों की गुणवत्ता। यह वैकल्पिक मानचित्रण गुणवत्ता वास्तव में है
एक असामान्य जोड़ी की मैपिंग गुणवत्ता।

पाँचवाँ स्तंभ, युग्मित ध्वज, थोड़ा सा ध्वज है। इसके निचले 4 बिट देते हैं
अभिविन्यास: 1 एफएफ के लिए, 2 एफआर के लिए, 4 आरएफ के लिए, और 8 आरआर के लिए है, जहां एफआर का अर्थ है
कि छोटे निर्देशांक के साथ पठन आगे की ओर है, और इसका साथी है
रिवर्स स्ट्रैंड पर। एक सही जोड़ी के लिए केवल FR की अनुमति है। उच्च बिट्स
इस ध्वज के बारे में और जानकारी दें। यदि युग्म युग्मित सिरे से मिलता है
आवश्यकता, 16 सेट किया जाएगा। यदि दो रीड को अलग-अलग मैप किया जाता है
गुणसूत्र, 32 सेट हो जाएंगे। यदि दो में से एक रीड को बिल्कुल भी मैप नहीं किया जा सकता है,
64 सेट किया जाएगा। एक सही जोड़ी का झंडा हमेशा 18 के बराबर होता है।

बाद में स्मिथ-वाटरमैन संरेखण द्वारा संरेखित पठन के लिए, ध्वज है
हमेशा 130. एक लाइन में रीड नेम, क्रोमोसोम, पोजीशन, स्ट्रैंड, इंसर्ट होता है
आकार, ध्वज (हमेशा 130), पढ़ने पर इंडेल की स्थिति (0 यदि कोई इंडेल नहीं है),
इंडल्स की लंबाई (सम्मिलन के लिए सकारात्मक और विलोपन के लिए नकारात्मक),
इसके साथी की मैपिंग गुणवत्ता, सर्वश्रेष्ठ हिट के बेमेल की संख्या, का योग
सर्वश्रेष्ठ हिट के बेमेल आधारों के गुण, दो शून्य, पढ़ने की लंबाई,
अनुक्रम और इसकी गुणवत्ता पढ़ें। 130-ध्वजांकित पठन के साथी को हमेशा एक मिलता है
झंडा 18.

ध्वज 192 इंगित करता है कि पठन मैप नहीं किया गया है लेकिन इसके साथी को मैप किया गया है। इस तरह के लिए
एक पठन जोड़ी, एक पठन का ध्वज 64 है और दूसरे में 192 है।

विकल्प:

-b पढ़ने का क्रम और गुणवत्ता प्रदर्शित न करें

-N उन स्थितियों को प्रदर्शित करें जहां बेमेल होते हैं। यह झंडा ही काम करता है
'maq map -N' द्वारा उत्पन्न .map फ़ाइल के साथ।

मैपचेक MAQ मैपचेक [-s] [-m मैक्समिस] [-q न्यूनतम क्यू] in.ref.bfa in.aln.map > आउट.मैपचेक

गुणवत्ता जांच पढ़ें। मैपचेक सबसे पहले . की संरचना और गहराई की रिपोर्ट करता है
संदर्भ। उसके बाद एक फॉर्म है। पहला कॉलम इंगित करता है
पढ़ने पर स्थिति। निम्नलिखित चार कॉलम जो न्यूक्लियोटाइड दिखाते हैं
संदर्भ और पठन के बीच संरचना, प्रतिस्थापन दर दी जाएगी।
ये दरें और निम्नलिखित कॉलम में संख्या को 999 तक बढ़ाया गया है और
निकटतम पूर्णांक के लिए गोल। स्तंभों का अगला समूह का वितरण दर्शाता है
आधार गुण 10 के गुणवत्ता अंतराल पर पढ़े जाते हैं। गुणवत्ता में गिरावट
आमतौर पर देखा जा सकता है, जिसका अर्थ है कि पढ़ने के अंत में आधार कम हैं
शुद्ध। स्तंभों का अंतिम समूह प्रतिस्थापन के अंश को प्रस्तुत करता है
गुणवत्ता अंतराल पर आधार पढ़ें। यह आधार गुणवत्ता की सटीकता को मापता है
अनुमान। आदर्श रूप से, हम 1 में से 3 देखने की उम्मीद करते हैं? कॉलम, 10 में 2? स्तंभ
और 100 में 1? स्तंभ।

विकल्प:

-s अंतिम मैपिंग गुणवत्ता के रूप में सिंगल एंड मैपिंग गुणवत्ता लें

-m INT पढ़ने के लिए अनुमत अधिकतम विसंगतियों की संख्या की गणना की जा सकती है [4]

-q INT रीडिंग की गणना के लिए न्यूनतम मैपिंग गुणवत्ता की अनुमति है [30]

ढेर लगाना MAQ ढेर लगाना [-एसपीवीपी] [-m मैक्समिस] [-Q मैक्सर] [-q न्यूनतम क्यू] [-l साइटफ़ाइल] in.ref.bfa
in.aln.map > आउट.पाइलअप

संरेखण को 'पाइलअप' टेक्स्ट प्रारूप में प्रदर्शित करें। प्रत्येक पंक्ति के होते हैं
गुणसूत्र, स्थिति, संदर्भ आधार, गहराई और आधार उस आवरण को पढ़ता है
यह स्थिति। अगर -v कमांड लाइन, आधार गुण और मानचित्रण पर जोड़ा जाता है
गुणों को क्रम से छठे और सातवें कॉलम में प्रस्तुत किया जाएगा।

पाँचवाँ कॉलम हमेशा `@' से शुरू होता है। इस कॉलम में, समान आधार पढ़ें
संदर्भ के लिए अल्पविराम `,' या बिंदु `.' में दिखाया गया है, और आधारों को अलग-अलग पढ़ें
पत्रों में संदर्भ से। अल्पविराम या अपर केस इंगित करता है कि आधार
फॉरवर्ड स्ट्रैंड पर संरेखित रीड से आता है, जबकि डॉट या लोअर केस ऑन
रिवर्स स्ट्रैंड।

यह आदेश उन उपयोगकर्ताओं के लिए है जो अपने स्वयं के एसएनपी कॉलर्स विकसित करना चाहते हैं।

विकल्प:

-s अंतिम मैपिंग गुणवत्ता के रूप में सिंगल एंड मैपिंग गुणवत्ता लें

-p जोड़े गए अंत को छोड़ दें जो सही जोड़े के रूप में मैप नहीं किए गए हैं

-v मूल गुणों और मानचित्रण सहित आउटपुट वर्बोज़ जानकारी
गुण

-m INT उपयोग किए जाने वाले पठन के लिए अनुमत बेमेल की अधिकतम संख्या [7]

-Q INT बेमेल के गुणवत्ता मूल्यों की अधिकतम अनुमत संख्या [60]

-q INT पढ़ने के लिए उपयोग की जाने वाली न्यूनतम मैपिंग गुणवत्ता [0]

-l फ़ाइल जिन साइटों पर पाइलअप का प्रिंट आउट लिया जाएगा, उनकी फ़ाइल। इसमें
फ़ाइल पहला कॉलम संदर्भ के नाम देता है और दूसरा
निर्देशांक। अतिरिक्त कॉलम पर ध्यान नहीं दिया जाएगा। [शून्य]

-P रीड पर बेस पोजीशन भी आउटपुट करें

सीएनएस2एफक्यू MAQ सीएनएस2एफक्यू [-Q मिनमैपक्यू] [-n मिननेईक्यू] [-d मिनीडेप] [-D अधिकतम गहराई] in.cns >
out.cns.fastq

FASTQ प्रारूप में सर्वसम्मति अनुक्रम निकालें। अनुक्रम पंक्तियों में, आधार
निचले मामले में अनिवार्य रूप से दोहराए जाते हैं या पर्याप्त कवरेज नहीं है; अड्डों
ऊपरी मामले में उन क्षेत्रों को इंगित करें जहां एसएनपी को विश्वसनीय रूप से बुलाया जा सकता है। में
गुणवत्ता रेखाएं, एक वर्ण माइनस 33 का ASCII PHRED गुणवत्ता देता है।

विकल्प:

-Q INT न्यूनतम मानचित्रण गुणवत्ता [40]

-d INT न्यूनतम पढ़ने की गहराई [3]

-n INT न्यूनतम पड़ोसी गुणवत्ता [20]

-D INT अधिकतम पढ़ा dpeth. >=255 असीमित के लिए। [255]

सीएनएस2एसएनपी MAQ सीएनएस2एसएनपी in.cns > आउट.एसएनपी

एसएनपी साइटों को निकालें। प्रत्येक पंक्ति में गुणसूत्र, स्थिति, संदर्भ आधार,
आम सहमति आधार, फ़्रेड जैसी आम सहमति गुणवत्ता, गहराई पढ़ें, औसत संख्या
इस स्थिति को कवर करने वाले पठन के हिट, पठन की उच्चतम मानचित्रण गुणवत्ता
स्थिति को कवर करते हुए, 3bp फ़्लैंकिंग में न्यूनतम आम सहमति गुणवत्ता
साइट के प्रत्येक पक्ष पर क्षेत्र (कुल 6bp), दूसरा सबसे अच्छा कॉल, लॉग
दूसरी सर्वश्रेष्ठ और तीसरी सर्वश्रेष्ठ कॉल की संभावना अनुपात, और तीसरी सर्वश्रेष्ठ
पु का र ना।

जब आप किसी एसएनपी की विश्वसनीयता को आंकते हैं तो 5वां कॉलम महत्वपूर्ण मानदंड होता है।
हालांकि, चूंकि इस गुणवत्ता की गणना केवल साइट की स्वतंत्रता को मानकर की जाती है, आप
अधिक सटीक एसएनपी कॉल प्राप्त करने के लिए अन्य कॉलमों पर भी विचार करना चाहिए। लिपि
आदेश `एमएक्यू.पीएल एसएनपीफिल्टर' इसके लिए डिज़ाइन किया गया है (नीचे देखें)।

7वें कॉलम का तात्पर्य है कि क्या साइट दोहराव वाले क्षेत्र में आती है। अगर नहीं
साइट को कवर करने वाले पठन को उच्च मानचित्रण गुणवत्ता, फ़्लैंकिंग के साथ मैप किया जा सकता है
क्षेत्र संभवतः दोहराव वाला है या अच्छे पढ़ने की कमी है। ऐसी साइट पर एक एसएनपी
आमतौर पर विश्वसनीय नहीं होता है।

8वां कॉलम मोटे तौर पर फ़्लैंकिंग क्षेत्र की प्रतिलिपि संख्या देता है
संदर्भ जीनोम। ज्यादातर मामलों में, यह संख्या 1.00 के करीब पहुंचती है, जिसका अर्थ है
क्षेत्र अद्वितीय के बारे में है। कभी-कभी आप गैर-शून्य पढ़ने की गहराई देख सकते हैं लेकिन 0.00 बजे
7 वां स्तंभ। यह इंगित करता है कि स्थिति को कवर करने वाले सभी रीड्स में
कम से कम दो बेमेल। माक केवल 0- और 1-बेमेल हिट की संख्या की गणना करता है
संदर्भ। यह एक जटिल तकनीकी समस्या के कारण है।

नौवां स्तंभ पड़ोसी की गुणवत्ता देता है। इस कॉलम पर फ़िल्टरिंग भी है
विश्वसनीय एसएनपी प्राप्त करने के लिए आवश्यक है। यह विचार NQS से प्रेरित है, हालाँकि NQS है
शुरुआत में आम सहमति के बजाय एक बार पढ़ने के लिए डिज़ाइन किया गया।

सीएनएस2व्यू MAQ सीएनएस2व्यू in.cns > आउट.व्यू

सभी साइटों पर विस्तृत जानकारी दिखाएं। आउटपुट स्वरूप के समान है
सीएनएस2एसएनपी रिपोर्ट.

cns2ref MAQ cns2ref in.cns > out.ref.fasta

संदर्भ अनुक्रम निकालें।

सीएनएस2विन MAQ सीएनएस2विन [-w जीतना] [-c chr] [-b शुरू करना] [-e समाप्त] [-q न्यूनतम क्यू] in.cns >
आउट.विन

एक टिलिंग विंडो में औसत जानकारी निकालें। आउटपुट TAB सीमांकित है,
जिसमें संदर्भ नाम होता है, 1,000,000 से विभाजित समन्वय, एसएनपी दर,
गर्मी दर, कच्ची पठन गहराई, लगभग अद्वितीय क्षेत्रों में गहराई पढ़ें,
विंडो में पढ़ने के हिट की औसत संख्या और प्रतिशत GC.

विकल्प:

-w INT एक खिड़की का आकार [1000]

-c एसटीआर नियत संदर्भ अनुक्रम; अन्यथा सभी संदर्भों का उपयोग किया जाएगा
[शून्य]

-b INT प्रारंभ स्थिति, 0 बिना किसी बाधा के [0]

-e INT अंत स्थिति, 0 बिना किसी बाधा के [0]

-q INT उपयोग की जाने वाली साइटों की न्यूनतम आम सहमति गुणवत्ता [0]

सिमुलेशन सम्बंधित

नकलीमुट MAQ नकलीमुट [-r उत्परिवर्तित करना] [-R इंडेल्फ़्रैक] in.ref.fasta > out.fakeref.fasta 2>
बाहर.नकली.snp

संदर्भ के लिए यादृच्छिक रूप से प्रतिस्थापन और इंडल्स का परिचय दें। प्रतिस्थापन और
सिंगल बेस-पेयर इंडल्स को जोड़ा जा सकता है।

विकल्प:

-r फ्लोट उत्परिवर्तन दर [0.001]

-R फ्लोट उत्परिवर्तनों का भिन्न होना [0.1]

सिमुट्रेन MAQ सिमुट्रेन out.simupars.dat in.read.fastq

रीड सिमुलेशन के लिए अनुमान/ट्रेन पैरामीटर।

अनुकरण करना MAQ अनुकरण करना [-d आकार में] [-s एसटीदेव] [-N nपढ़ना] [-1 पढ़ें लेन1] [-2 पढ़ें लेन2] [-r
उत्परिवर्तन दर] [-R इंडेलफ्रैक] [-h] out.read1.fastq out.read2.fastq in.ref.fasta
in.simupars.dat

युग्मित अंत पठन अनुकरण करें। फ़ाइल in.simupars.dat पढ़ने की लंबाई निर्धारित करता है और
गुणवत्ता वितरण। यह से उत्पन्न होता है सिमुट्रेन, या से डाउनलोड किया जा सकता है
माक वेबसाइट। आउटपुट रीड फाइलों में, एक रीड नाम में संदर्भ होता है
अनुक्रम नाम और नकली पठन की जोड़ी के बाहरी निर्देशांक। द्वारा
चूक, अनुकरण करना मान लेता है कि पढ़ता है एक द्विगुणित अनुक्रम से आता है जो उत्पन्न होता है
उत्परिवर्तन के दो अलग-अलग सेट जोड़कर, एक बेस-पेयर इंडल्स सहित, to
in.ref.fasta.

विकल्प:

-d INT सम्मिलित आकारों की बाहरी दूरी का माध्य [170]

-s INT डालने के आकार का मानक विचलन [20]

-N INT उत्पन्न होने वाले पठन के जोड़े की संख्या [1000000]

-1 INT पहले पढ़ने की लंबाई [द्वारा निर्धारित] in.simupars.dat]

-2 INT दूसरे पढ़ने की लंबाई [द्वारा निर्धारित in.simupars.dat]

-r फ्लोट उत्परिवर्तन दर [0.001]

-R फ्लोट 1bp indels का अंश [0.1]

-h सभी उत्परिवर्तन जोड़ें in.ref.fasta और सिंगल से पठन उत्पन्न करें
उत्परिवर्तित अनुक्रम (अगुणित मोड)

नोट:

* इस कमांड से उत्पन्न रीड्स स्वतंत्र होते हैं, जो से विचलित होते हैं
सच। जबकि संरेखण मूल्यांकन इससे कम प्रभावित होता है, मूल्यांकन पर
एसएनपी कॉलिंग सावधानी के साथ की जानी चाहिए। त्रुटि निर्भरता इनमें से एक हो सकती है
गलत एसएनपी कॉल के प्रमुख कारण।

सिमस्टैट MAQ सिमस्टैट in.simu-aln.map > out.simusstat

नकली पठन से मानचित्रण गुणों का मूल्यांकन करें।

ठोस सम्बंधित

Fasta2csfa MAQ Fasta2csfa in.nucl-ref.fasta > out.color-ref.fasta

न्यूक्लियोटाइड FASTA को कलर-कोडेड FASTA में बदलें। झंडा -c तब लागू किया जाना चाहिए
सेवा मेरे नक्शा आदेश। आउटपुट में, अक्षर 'ए' रंग 0 के लिए है, 'सी' 1 के लिए है, 'जी'
2 के लिए और 'T' 3 के लिए। आउटपुट में प्रत्येक क्रम इनपुट से 1bp छोटा है।

csmap2nt MAQ csmap2nt आउट.एनटी.मैप in.ref.nt.bfa in.cs.map

रंग संरेखण को न्यूक्लियोटाइड संरेखण में बदलें। इनपुट in.ref.nt.bfa विश्व का सबसे लोकप्रिय एंव
न्यूक्लियोटाइड बाइनरी FASTA संदर्भ फ़ाइल। यह मूल फ़ाइल के अनुरूप होना चाहिए
जिसमें से रंग संदर्भ परिवर्तित किया जाता है। न्यूक्लियोटाइड सर्वसम्मति को कहा जा सकता है
परिणामी संरेखण से।

विविध/उन्नत कमानों

सबमैप MAQ सबमैप [-q मिनमैपक्यू] [-Q मैक्ससमएर्र] [-m मैक्सएमएम] [-p] आउट.मैप in.map

खराब संरेखण को इसमें फ़िल्टर करें in.map. कमांड-लाइन विकल्प में वर्णित हैं
`इकट्ठा' आदेश।

eland2maq MAQ eland2maq [-q अयोग्य] आउट.मैप सूची में in.eland

eland संरेखण को maq के .map प्रारूप में बदलें। फ़ाइल सूची में के होते हैं
अनुक्रम नाम जो एलैंड संरेखण फ़ाइल के सातवें कॉलम में दिखाई देते हैं
in.eland और वह नाम जिसे आप एमएक्यू संरेखण में देखना चाहते हैं। निम्नलिखित एक है
उदाहरण:

cX.fa chrX
c1.fa chr1
c2.fa chr2

यदि आप eland का उपयोग करके कई बैचों में रीड को संरेखित कर रहे हैं, तो यह महत्वपूर्ण है:
उसी का उपयोग करें सूची में रूपांतरण के लिए। इसके अलावा, एमएक्यू सभी को लोड करेगा
संरेखण और उन्हें स्मृति में क्रमबद्ध करें। यदि आपने कई इलाक़ों को संयोजित किया है
एक विशाल फ़ाइल में आउटपुट, आपको इसे छोटी फ़ाइलों में अलग करना चाहिए
मैक को अपनी सारी मशीन मेमोरी खाने से रोकें।

यह आदेश वास्तव में मैकव्यू में एलैंड संरेखण दिखाने का लक्ष्य रखता है। गुणवत्ता नहीं के रूप में
जानकारी उपलब्ध है, परिणामी एमएक्यू संरेखण फ़ाइल का उपयोग नहीं किया जाना चाहिए
सर्वसम्मति जीनोटाइप कॉल करने के लिए।

Export2maq MAQ Export2maq [-1 पढ़ें1लेन] [-2 पढ़ें2लेन] [-a मैक्सडिस्ट] [-n] आउट.मैप सूची में
इन.निर्यात

Illumina के निर्यात प्रारूप को Maq's . में बदलें ।नक्शा प्रारूप। निर्यात प्रारूप एक नया है
SolexaPipeline-0.3.0 के बाद से संरेखण प्रारूप जो मैपिंग की गणना भी करता है
maq जैसे गुण। परिणामी फ़ाइल का उपयोग सर्वसम्मति जीनोटाइप को कॉल करने के लिए किया जा सकता है
क्योंकि इसे सटीक रूप से करने के लिए एमएक्यू के लिए अधिकांश आवश्यक जानकारी उपलब्ध है।

विकल्प:

-1 INT पहले पढ़ने की लंबाई [0]

-2 INT दूसरे पढ़ने की लंबाई [0]

-a INT सही पठन जोड़ी के लिए अधिकतम बाहरी दूरी [250]

-n फ़िल्टर किए गए पठन को बनाए रखें

एमएक्यू-पर्ली कमानों


डेमो एमएक्यू.पीएल डेमो [-h] [-s] [-N nजोड़े] [-d आउटडिरो] in.fasta in.simudat

का उपयोग प्रदर्शित करें MAQ और उसके साथी स्क्रिप्ट। यह आदेश होगा
FASTA फ़ाइल से अनुकरण पढ़ता है in.fasta. अनुक्रम की लंबाई और गुण
द्वारा निर्धारित किया जाता है in.simudat जो से उत्पन्न होता है MAQ सिमुट्रेन या हो सकता है
मैक वेबसाइट से डाउनलोड किया गया। सिम्युलेटेड रीड्स को इसके साथ मैप किया जाएगा
एमएक्यू.पीएल आसान. संरेखण सटीकता का मूल्यांकन द्वारा किया जाता है MAQ सिमस्टैट,
सर्वसम्मति सटीकता MAQ सिमुकन्स, और एसएनपी सटीकता mq_eval.pl.

डिफ़ॉल्ट रूप से, युग्मित अंत पठन को सिम्युलेटेड किया जाएगा और एक द्विगुणित अनुक्रम होगा
या तो अगुणित प्रकार में उत्परिवर्तन जोड़कर इनपुट से उत्पन्न होता है। सम्मिलित करें
आकार और उत्परिवर्तन दर द्वारा नियंत्रित किया जाता है MAQ अनुकरण करना.

विकल्प:

-h द्विगुणित अनुक्रम के बजाय एक अगुणित अनुक्रम का अनुकरण करें

-s युग्मित-अंत मोड के बजाय रीड्स को संरेखित करने के लिए सिंगल-एंड मोड का उपयोग करें

-N INT सिम्युलेटेड किए जाने वाले रीड्स के जोड़े की संख्या [1000000]

-d डीआईआर आउटपुट निर्देशिका [maqdemo]

नोट:

* से आउटपुट फ़ाइलें mq_eval.pl दस्तावेज नहीं किया गया है, लेकिन आप कर सकते हैं
इनमें से कुछ फाइलों पर एक अच्छा अनुमान है।

* यह आदेश केवल एमएक्यू सूट के उपयोग को प्रदर्शित करता है। वास्तविक पर सटीकता
डेटा शुद्ध सिमुलेशन से आप जो देखते हैं उससे लगभग हमेशा कम होता है।

आसान एमएक्यू.पीएल आसान [-1 पढ़ें1लेन] [-d out.dir] [-n nपढ़ना] [-A 3 अनुकूलक] [-e मिनडिप]
[-q मिनसीएनएसक्यू] [-p] [-2 पढ़ें2लेन] [-a मैक्सइंस] [-S] [-N] in.ref.fasta in1.fastq
[in2.fastq]

छोटे जीनोम के लिए पाइपलाइन का विश्लेषण करता है। Easyrun कमांड अधिकांश विश्लेषण चलाएगा
में लागू किया गया MAQ। डिफ़ॉल्ट रूप से, आसान सभी इनपुट रीड सीक्वेंस को मानता है
फाइलें सिंगल-एंड और स्वतंत्र हैं; कब -p निर्दिष्ट है, दो पठन अनुक्रम
फ़ाइलों की आवश्यकता है, प्रत्येक छोर के लिए एक।

कई फाइलें उत्पन्न होंगी out.dir, जिनमें से निम्न फ़ाइलें हैं:
मुख्य आउटपुट:

सीएनएस.फाइनल.एसएनपी कम गुणवत्ता वाले अंतिम एसएनपी कॉल फ़िल्टर किए गए

सीएनएस.एफक्यू FASTQ प्रारूप में आम सहमति क्रम और गुण

विकल्प:

-d डीआईआर आउटपुट निर्देशिका [ईज़ीरन]

-n INT संरेखण के एक बैच में पढ़ने/जोड़े की संख्या [2000000]

-S शॉर्ट इंडल्स का स्प्लिट-रीड विश्लेषण लागू करें (शायद बहुत धीमा)

-N INT पूल में हैप्लोटाइप/उपभेदों की संख्या (>=2) [2]

-A फ़ाइल 3'-एडाप्टर के लिए फ़ाइल। फ़ाइल में अनुक्रम की एक पंक्ति होनी चाहिए
[शून्य]

-1 INT पहले पढ़ने की लंबाई, ऑटो के लिए 0 [0]

-e INT एसएनपी (एसएनपीफिल्टर के लिए) को कॉल करने के लिए आवश्यक न्यूनतम रीड डेप्थ [3]

-q INT एसएनपी के लिए न्यूनतम आम सहमति गुणवत्ता सीएनएस.फाइनल.एसएनपी [30]

-p युग्मित अंत संरेखण मोड पर स्विच करें

-2 INT दूसरे पढ़ने की लंबाई जब -p लागू किया जाता है [0]

-a INT अधिकतम सम्मिलित आकार जब -p लागू किया जाता है [250]

नोट:

* पूल किए गए नमूनों पर एसएनपी कॉल करने के लिए, उपयोगकर्ताओं को सही ` . सेट करना चाहिए-N' साथ ही साथ
`-E 0 '।

* इनपुट फ़ाइल एमएक्यू का बाइनरी प्रारूप हो सकता है। एमएक्यू.पीएल स्वचालित रूप से पता लगाएगा
फ़ाइल प्रारूप।

एसएनपीफिल्टर एमएक्यू.पीएल एसएनपीफिल्टर [-d मिनडिप] [-D मैक्सडिप] [-Q मैक्समैपक्यू] [-q मिनसीएनएसक्यू] [-w
indelWinआकार] [-n मिननेईक्यू] [-F in.indelpe] [-f in.indelsoa] [-s मिन्सकोर] [-m
मैक्सएक्रॉस] [-a] [-N मैक्सविनएसएनपी] [-W डेंसविनसाइज] in.cns2snp.snp >
out.filtered.snp

एसएनपी से बाहर निकलें जो कुछ रीड्स द्वारा कवर किए गए हैं (द्वारा निर्दिष्ट) -d), बहुत से
पढ़ता है (द्वारा निर्दिष्ट) -D), निकट (द्वारा निर्दिष्ट) -w) एक संभावित इंडेल के लिए, गिरना
एक संभावित दोहराव क्षेत्र में (द्वारा विशेषता -Q), या निम्न-गुणवत्ता वाले
पड़ोसी ठिकानों (द्वारा निर्दिष्ट) -n)। अगर मैक्सविनएसएनपी या अधिक एसएनपी किसी में दिखाई देते हैं
डेंसविनसाइज खिड़की, उन्हें भी एक साथ फ़िल्टर किया जाएगा।

विकल्प:

-d INT एसएनपी को कॉल करने के लिए आवश्यक न्यूनतम पठन गहराई [3]

-D INT एसएनपी को कॉल करने के लिए आवश्यक अधिकतम पठन गहराई (<255, अन्यथा अनदेखा किया गया)
[256]

-Q INT एसएनपी को कवर करने वाले पठन की आवश्यक अधिकतम मानचित्रण गुणवत्ता [40]

-q INT न्यूनतम आम सहमति गुणवत्ता [20]

-n INT न्यूनतम आसन्न आम सहमति गुणवत्ता [20]

-w INT संभावित इंडल्स के चारों ओर खिड़की का आकार। एसएनपी जो करीब हैं
टू इंडल्स को दबा दिया जाएगा [3]

-F फ़ाइल RSI इंडेलपे आउटपुट [शून्य]

-f फ़ाइल RSI इंडेलसोआ आउटपुट [शून्य]

-s INT एक सोआ-इंडेल के लिए न्यूनतम स्कोर पर विचार किया जाना है [3]

-m INT सोआ-इंडेल में मैप किए जा सकने वाले रीड्स की अधिकतम संख्या [1]

-a एकल अंत संरेखण के लिए वैकल्पिक फ़िल्टर

इंडेलपे एमएक्यू.पीएल इंडेलपे in.indelpe > आउट.इंडेलपे

होमोपोलिमर ट्रैक्ट्स के लिए इंडल्स के बिना मैप किए गए रीड्स की संख्या को ठीक करें। इस
कमांड के चौथे, दसवें और अंतिम तीन कॉलमों को संशोधित करें in.indelpe और
में परिणाम आउटपुट आउट.इंडेलपे. सुधार के बाद, निम्नलिखित awk
कमांड पुटेटिव होमोजीगस इंडल्स देता है:

awk '($3=="*"⎪⎪$3=="+") && $6+$7>=3 && ($6+$7)/$4>=0.75'

और निम्नलिखित विषमयुग्मजी देता है:

awk '($3=="*"⎪⎪$3=="+") && $6+$7>=3 && ($6+$7)/$4<0.75'

कृपया ध्यान दें कि इस इंडेलपे कमांड सिर्फ कई अनुमानी नियम लागू करता है।
यह अशुद्ध होमोपोलिमर रन या डाइ-न्यूक्लियोटाइड/ट्रिपलेट के लिए सही नहीं है
दोहराता है। नतीजतन, दो awk कमांड केवल अनुमानित hom/het . देते हैं
इंडल्स

उदाहरण


· Easyrun स्क्रिप्ट:
maq.pl Easyrun -d easyrun ref.fasta part1.fastq part2.fastq

Easyrun के पीछे मुख्य आदेश:
माक फास्टा2बीएफए रेफरी।फास्टा रेफ.बीएफए;
माक Fastq2bfq part1.fastq part1.bfq;
माक Fastq2bfq part2.fastq part2.bfq;
माक नक्शा part1.map ref.bfa part1.bfq;
माक नक्शा part2.map ref.bfa part2.bfq;
माक मैपमर्ज aln.map part1.map part2.map;
माक असेंबल cns.cns ref.bfa aln.map;

onworks.net सेवाओं का उपयोग करके ऑनलाइन एमएक्यू का उपयोग करें


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