рдпрд╣ рдХрдорд╛рдВрдб рдорд╛рд╕реНрдХрдПрд▓рд╛рдЗрдиреЗрдбрд░реАрдбреНрд╕ рд╣реИ рдЬрд┐рд╕реЗ рд╣рдорд╛рд░реЗ рдХрдИ рдореБрдлреНрдд рдСрдирд▓рд╛рдЗрди рд╡рд░реНрдХрд╕реНрдЯреЗрд╢рди рдЬреИрд╕реЗ рдЙрдмрдВрдЯреВ рдСрдирд▓рд╛рдЗрди, рдлреЗрдбреЛрд░рд╛ рдСрдирд▓рд╛рдЗрди, рд╡рд┐рдВрдбреЛрдЬ рдСрдирд▓рд╛рдЗрди рдПрдореБрд▓реЗрдЯрд░ рдпрд╛ рдореИрдХ рдУрдПрд╕ рдСрдирд▓рд╛рдЗрди рдПрдореБрд▓реЗрдЯрд░ рдореЗрдВ рд╕реЗ рдПрдХ рдХрд╛ рдЙрдкрдпреЛрдЧ рдХрд░рдХреЗ рдСрдирд╡рд░реНрдХреНрд╕ рдлреНрд░реА рд╣реЛрд╕реНрдЯрд┐рдВрдЧ рдкреНрд░рджрд╛рддрд╛ рдореЗрдВ рдЪрд▓рд╛рдпрд╛ рдЬрд╛ рд╕рдХрддрд╛ рд╣реИред
рдХрд╛рд░реНрдпрдХреНрд░рдо:
рдирд╛рдо
maskAlignedReads.py - рдорд╛рд╕реНрдХ рд╕рдВрд░реЗрдЦрд┐рдд рдХреНрд╖реЗрддреНрд░ рдлрд╝рд╛рдЗрд▓ рдореЗрдВ рдкрдврд╝рддрд╛ рд╣реИ
рд╡рд░реНрдгрди
рдЙрдкрдпреЛрдЧ: maskAlignedReads.py [-h] [-v] [-l рд▓реЙрдЧрдлрд╛рдЗрд▓] [-d] [-i]
inCmpрдлрд╝рд╛рдЗрд▓ inRgnFofn outRgnFofn
in.rgn.h5 рдореЗрдВ рдлрд╝рд╛рдЗрд▓реЛрдВ рдХреЗ рд╕рдВрдмрдВрдзрд┐рдд рдХреНрд╖реЗрддреНрд░реЛрдВ рдХреЛ рдорд╛рд╕реНрдХ рдХрд░рдиреЗ рдХреЗ рд▓рд┐рдП in.cmp.h5 рдХрд╛ рдЙрдкрдпреЛрдЧ рдХрд░реЗрдВ, рдЖрдЙрдЯрдкреБрдЯ рдХреЛ рдПрдХ рдирдпрд╛ рд▓рд┐рдЦреЗрдВ
рдЖрд░ рдЬреА рдПрди. рдПрдл рдУ рдПрдл рдПрди
рдЕрд╡рд╕реНрдерд╛ рдХрд╛ рддрд░реНрдХ:
inCmpрдлрд╝рд╛рдЗрд▓
рдПрдХ рдЗрдирдкреБрдЯ cmp.h5 рдлрд╝рд╛рдЗрд▓ред
inRgnFofn
рдЗрдирдкреБрдЯ рдХреНрд╖реЗрддреНрд░ рддрд╛рд▓рд┐рдХрд╛ рдлрд╝рд╛рдЗрд▓реЛрдВ рдХрд╛ рдПрдХ рдлреЙрдлрд╝рдиред
outRgnFofn
рдЖрдЙрдЯрдкреБрдЯ рдХреНрд╖реЗрддреНрд░ рддрд╛рд▓рд┐рдХрд╛ рдлрд╝рд╛рдЗрд▓реЛрдВ рдХрд╛ рдПрдХ рдлреЙрдлрд╝рдиред
рд╡реИрдХрд▓реНрдкрд┐рдХ рддрд░реНрдХ:
-h, --рдорджрдж
рдпрд╣ рд╕рд╣рд╛рдпрддрд╛ рд╕рдВрджреЗрд╢ рджрд┐рдЦрд╛рдПрдВ рдФрд░ рдмрд╛рд╣рд░ рдирд┐рдХрд▓реЗрдВ
-v, --рд╕рдВрд╕реНрдХрд░рдг
рдХрд╛рд░реНрдпрдХреНрд░рдо рдХрд╛ рд╕рдВрд╕реНрдХрд░рдг рд╕рдВрдЦреНрдпрд╛ рджрд┐рдЦрд╛рдПрдВ рдФрд░ рдмрд╛рд╣рд░ рдирд┐рдХрд▓реЗрдВ
-l рдмреЛрдЯрд╛ рджрд╕реНрддрд╛рд╡реЗрдЬ, --рдмреЛрдЯрд╛ рджрд╕реНрддрд╛рд╡реЗрдЬ рдмреЛрдЯрд╛ рджрд╕реНрддрд╛рд╡реЗрдЬ
рд▓реЙрдЧ рдЗрди рдХрд░рдиреЗ рдХреЗ рд▓рд┐рдП рдПрдХ рдлрд╝рд╛рдЗрд▓ рдирд┐рд░реНрджрд┐рд╖реНрдЯ рдХрд░реЗрдВред Stderr рдХреЗ рд▓рд┐рдП рдбрд┐рдлрд╝реЙрд▓реНрдЯред (рдбрд┐рдлрд╝реЙрд▓реНрдЯ: рдХреЛрдИ рдирд╣реАрдВ)
-d, - рджрд╛рдврд╝
рд▓реЙрдЧрд┐рдВрдЧ рдХреА рд╡рд░реНрдмреЛрд╕рд┐рдЯреА рдмрдврд╝рд╛рддрд╛ рд╣реИ (рдбрд┐рдлрд╝реЙрд▓реНрдЯ: рдЧрд▓рдд)
-i, --рдЬрд╛рдирдХрд╛рд░реА
рд╕реВрдЪрдирд╛рддреНрдордХ рд▓реЙрдЧ рдкреНрд░рд╡рд┐рд╖реНрдЯрд┐рдпрд╛рдБ рдкреНрд░рджрд░реНрд╢рд┐рдд рдХрд░реЗрдВ (рдбрд┐рдлрд╝реЙрд▓реНрдЯ: рдЧрд▓рдд)
onworks.net рд╕реЗрд╡рд╛рдУрдВ рдХрд╛ рдЙрдкрдпреЛрдЧ рдХрд░рдХреЗ рдорд╛рд╕реНрдХрдЕрд▓рд╛рдЗрдирдбрд░реАрдбреНрд╕ рдХрд╛ рдСрдирд▓рд╛рдЗрди рдЙрдкрдпреЛрдЧ рдХрд░реЗрдВ