एमएचएपी - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

एमएचएपी - संभाव्य अनुक्रम ओवरलैपिंग

वर्णन

कृपया सेट करें -s या -p विकल्प. नीचे विकल्प देखें: एमएचएपी: मिनहैश एलाइनमेंट प्रोटोकॉल।
लंबे समय से पढ़े गए अनुक्रमों (जैसे कि PacBio या Nanopore) के ओवरलैप्स को खोजने के लिए एक उपकरण
जैव सूचना विज्ञान।

संस्करण: 1.6, निर्माण समय: 09/12/2015 11:46 अपराह्न उपयोग 1 (प्रत्यक्ष निष्पादन): जावा
-विशेषज्ञ -एक्सएमएक्स जार -s[-क्यू
फ़ाइल>] [-f ] उपयोग 2 (पूर्व-गणना उत्पन्न करें
बायनेरिज़): java -विशेषज्ञ -एक्सएमएक्स जार -p
-q [-एफ ]

--संरेखण, डिफ़ॉल्ट = गलत
प्रायोगिक विकल्प.

--संरेखण-ऑफ़सेट, डिफ़ॉल्ट = -0535.
संरेखण मिलान स्कोर में भिन्नता को ध्यान में रखने के लिए ऑफसेट।

--संरेखण-स्कोर, डिफ़ॉल्ट = 1.0ई-6
संरेखण के लिए कटऑफ स्कोर मेल खाता है।

--फ़िल्टर-दहलीज, डिफ़ॉल्ट = 1.0ई-5
[डबल], वह कटऑफ़ जिस पर के-मेर फ़िल्टर फ़ाइल में के-मेर पर विचार किया जाता है
बार - बार आने वाला। किसी विशिष्ट k-mer के लिए यह मान दूसरे कॉलम में निर्दिष्ट है
फ़िल्टर फ़ाइल. यदि कोई फ़िल्टर फ़ाइल प्रदान नहीं की गई है, तो इस विकल्प को अनदेखा कर दिया जाता है।

--मदद, डिफ़ॉल्ट = गलत
सहायता मेनू प्रदर्शित करता है.

--अधिकतम-शिफ्ट, डिफ़ॉल्ट = 0.2
[डबल], अनुमानित ओवरलैप के बाईं और दाईं ओर क्षेत्र का आकार, जैसा कि व्युत्पन्न है
माध्यिका बदलाव और अनुक्रम लंबाई से, जहां एक के-मेर मिलान अभी भी हैं
वैध माना जाता है. केवल दूसरे चरण का फ़िल्टर.

--न्यूनतम-स्टोर-लंबाई, डिफ़ॉल्ट = 0
[int], बॉक्स में संग्रहीत रीड की न्यूनतम लंबाई। फ़िल्टर करने के लिए उपयोग किया जाता है
FASTA फ़ाइल से संक्षिप्त पाठ।

--नैनोपोर-फास्ट, डिफ़ॉल्ट = गलत
नैनोपोर फास्ट सेटिंग्स के लिए सभी पैरामीटर सेट करें। यह वर्तमान में सर्वश्रेष्ठ है
मार्गदर्शन, और बिना किसी चेतावनी के किसी भी समय बदल सकता है।

--नहीं-स्वयं, डिफ़ॉल्ट = गलत
किसी बॉक्स के अंदर अनुक्रमों के बीच ओवरलैप की गणना न करें। का उपयोग तब किया जाना चाहिए जब
अलग-अलग फ़ाइलों से आने और जाने के क्रम आ रहे हैं।

--संख्या-हैश, डिफ़ॉल्ट = 512
[int], मिनहैशिंग में उपयोग किए जाने वाले मिन-मर्स की संख्या।

--संख्या-न्यूनतम-मैच, डिफ़ॉल्ट = 3
[int], न्यूनतम # मिनट-मेर जिसे दूसरे चरण के फ़िल्टर की गणना करने से पहले साझा किया जाना चाहिए।
उस मान से नीचे के किसी भी अनुक्रम को गैर-अतिव्यापी माना जाता है।

--संख्या-धागे, डिफ़ॉल्ट = 12
[int], गणना के लिए उपयोग किए जाने वाले धागों की संख्या। आमतौर पर 2 x #कोर पर सेट किया जाता है।

--पैकबियो-फास्ट, डिफ़ॉल्ट = गलत
PacBio फास्ट सेटिंग के लिए सभी पैरामीटर सेट करें। यह वर्तमान में सर्वश्रेष्ठ है
मार्गदर्शन, और बिना किसी चेतावनी के किसी भी समय बदल सकता है।

--पैकबियो-संवेदनशील, डिफ़ॉल्ट = गलत
PacBio संवेदनशील सेटिंग्स के लिए सभी पैरामीटर सेट करें। यह वर्तमान में सर्वश्रेष्ठ है
मार्गदर्शन, और बिना किसी चेतावनी के किसी भी समय बदल सकता है।

--स्टोर-पूर्ण-आईडी, डिफ़ॉल्ट = गलत
केवल अनुक्रम संग्रहीत करने के बजाय, FASTA फ़ाइल में देखे गए अनुसार पूर्ण आईडी संग्रहीत करें
फ़ाइल में स्थिति. कुछ FASTA फ़ाइलों में लंबी IDS होती हैं, जिससे परिणामों का आउटपुट धीमा हो जाता है।
संपीड़ित फ़ाइल स्वरूप का उपयोग करते समय इस विकल्प को अनदेखा कर दिया जाता है।

--सीमा, डिफ़ॉल्ट = 0.04
[डबल], दूसरे चरण के सॉर्ट-मर्ज के लिए थ्रेशोल्ड समानता स्कोर कटऑफ
फ़िल्टर. यह ओवरलैपिंग में मेल खाने वाले k-mers की औसत संख्या पर आधारित है
क्षेत्र।

--संस्करण, डिफ़ॉल्ट = गलत
संस्करण और निर्माण समय प्रदर्शित करता है।

-- भारित, डिफ़ॉल्ट = गलत
भारित मिनहैशिंग करें।

-f, डिफ़ॉल्ट = ""
k-mer फ़िल्टर फ़ाइल का उपयोग अत्यधिक दोहराव वाले k-mers को फ़िल्टर करने के लिए किया जाता है। क्रमबद्ध होना चाहिए
आवृत्ति के अवरोही क्रम में (दूसरा कॉलम)।

-h, डिफ़ॉल्ट = गलत
सहायता मेनू प्रदर्शित करता है.

-k, डिफ़ॉल्ट = 16
[int], k-mer आकार MinHashing के लिए उपयोग किया जाता है। दूसरे चरण के फ़िल्टर के लिए k-mer आकार है
अलग, और संशोधित नहीं किया जा सकता.

-p, डिफ़ॉल्ट = ""
केवल उपयोग 2. वह निर्देशिका जिसमें FASTA फ़ाइलें हैं जिन्हें परिवर्तित किया जाना चाहिए
भंडारण के लिए बाइनरी प्रारूप।

-q, डिफ़ॉल्ट = ""
उपयोग 1: पढ़ने की FASTA फ़ाइल, या फ़ाइलों की एक निर्देशिका, जिसकी तुलना की जाएगी
बॉक्स में पढ़ने का सेट (देखें) -s). उपयोग 2: बाइनरी के लिए आउटपुट निर्देशिका
स्वरूपित डेटा फ़ाइलें।

-s, डिफ़ॉल्ट = ""
केवल उपयोग 1. पढ़ने की FASTA या बाइनरी डेटा फ़ाइल (उपयोग 2 देखें) होगी
एक बॉक्स में संग्रहीत किया जाएगा, और बाद में पढ़ी गई सभी सामग्री की तुलना की जाएगी।

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