рдпрд╣ рдХрдорд╛рдВрдб рдорд┐рд░рд╛рдмреЗрдЯ рд╣реИ рдЬрд┐рд╕реЗ рд╣рдорд╛рд░реЗ рдХрдИ рдореБрдлреНрдд рдСрдирд▓рд╛рдЗрди рд╡рд░реНрдХрд╕реНрдЯреЗрд╢рди рдЬреИрд╕реЗ рдХрд┐ рдЙрдмрдВрдЯреВ рдСрдирд▓рд╛рдЗрди, рдлреЗрдбреЛрд░рд╛ рдСрдирд▓рд╛рдЗрди, рд╡рд┐рдВрдбреЛрдЬ рдСрдирд▓рд╛рдЗрди рдПрдореБрд▓реЗрдЯрд░ рдпрд╛ рдореИрдХ рдУрдПрд╕ рдСрдирд▓рд╛рдЗрди рдПрдореБрд▓реЗрдЯрд░ рдХрд╛ рдЙрдкрдпреЛрдЧ рдХрд░рдХреЗ рдСрдирд╡рд░реНрдХреНрд╕ рдлреНрд░реА рд╣реЛрд╕реНрдЯрд┐рдВрдЧ рдкреНрд░рджрд╛рддрд╛ рдореЗрдВ рдЪрд▓рд╛рдпрд╛ рдЬрд╛ рд╕рдХрддрд╛ рд╣реИред
рдХрд╛рд░реНрдпрдХреНрд░рдо:
рдирд╛рдо
рдорд┐рд░рд╛рдмреИрдд - рдкрдврд╝реЗ рдЧрдП рд╕рдВрдЧреНрд░рд╣ рд╕реЗ рдкрдарди рдХрд╛ рдЪрдпрди рдХрд░реЗрдВ
SYNOPSIS
рдореАрд░рд╛рдмреИрдд [-f ] [-t [-рдЯреА ...]] [-рдЗрдХреНрд▓реЛрд░] рдмреИрдЯрдлрд╝рд╛рдЗрд▓ рдЗрдирдлрд╝рд╛рдЗрд▓
рд╡рд░реНрдгрди
рдореАрд░рд╛рдмреИрдд рдПрдХ рдкрдврд╝реЗ рдЧрдП рд╕рдВрдЧреНрд░рд╣ рд╕реЗ рдЙрди рдкрд╛рдареЛрдВ рдХрд╛ рдЪрдпрди рдХрд░рддрд╛ рд╣реИ рдЬреЛ рдЖрдВрд╢рд┐рдХ рд░реВрдк рд╕реЗ рд╕рдорд╛рди рдпрд╛ рдмрд░рд╛рдмрд░ рд╣реЛрддреЗ рд╣реИрдВ
рдЕрдиреБрдХреНрд░рдореЛрдВ рдХреЛ рд▓рдХреНрд╖реНрдп рдЪрд╛рд░рд╛ рдХреЗ рд░реВрдк рдореЗрдВ рдкрд░рд┐рднрд╛рд╖рд┐рдд рдХрд┐рдпрд╛ рдЧрдпрд╛ рд╣реИред рд╕рдорд╛рдирддрд╛ рдХреЛ рдЙрдкрдпреЛрдЧрдХрд░реНрддрд╛-рд╕рдорд╛рдпреЛрдЬреНрдп рдвреВрдВрдврдХрд░ рдкрд░рд┐рднрд╛рд╖рд┐рдд рдХрд┐рдпрд╛ рдЧрдпрд╛ рд╣реИ
рд╕рд╛рдорд╛рдиреНрдп k-mers рдХреА рд╕рдВрдЦреНрдпрд╛ (k рд▓рдЧрд╛рддрд╛рд░ рдЖрдзрд╛рд░реЛрдВ рдХрд╛ рдХреНрд░рдо) рдЬреЛ рдЪрд╛рд░рд╛ рдореЗрдВ рд╕рдорд╛рди рд╣реИрдВ
рдЕрдиреБрдХреНрд░рдо рдФрд░ рд╕реНрдХреНрд░реАрди рдХрд┐рдП рдЧрдП рдЕрдиреБрдХреНрд░рдореЛрдВ рдХрд╛ рдЪрдпрди рдХрд┐рдпрд╛ рдЬрд╛рдирд╛ рд╣реИ, рдпрд╛ рддреЛ рдЖрдЧреЗ рдпрд╛ рдкреАрдЫреЗ
рдкреВрд░рдХ рджрд┐рд╢рд╛.
рд╡рд┐рдХрд▓реНрдк
-f
рдЗрд╕ рдкреНрд░рдХрд╛рд░ рдХреА рдкреНрд░реЛрдЬреЗрдХреНрдЯ рдлрд╛рдЗрд▓реЛрдВ рдХреЛ рд▓реЛрдб рдХрд░реЗрдВ, рдЬрд╣рд╛рдВ рд╕реЗ рдЯрд╛рдЗрдк рд╣реИ:
рд╕реАрдПрдПрдл рд╕реЗ рд╕реАрдПрдПрдл рдЕрдиреБрдХреНрд░рдо
рдПрдордПрдПрдл рд╕реЗ рдорд╛рдл рдЕрдиреБрдХреНрд░рдо
PHD рд╕реЗ рдкреАрдПрдЪрдбреА рдЕрдиреБрдХреНрд░рдо
рдЬреАрдмреАрдПрдл рд╕реЗ рдЬреАрдмреАрдПрдл рдЕрдиреБрдХреНрд░рдо
FASTA рд╕реЗ fasta рдЕрдиреБрдХреНрд░рдо
FASTQ рд╕реЗ fastq рдЕрдиреБрдХреНрд░рдо
-t
рдЗрд╕ рдкреНрд░рдХрд╛рд░ рдХреЗ рдЕрдиреБрдХреНрд░рдо рд▓рд┐рдЦреЗрдВ (рдПрдХрд╛рдзрд┐рдХ рдЙрд▓реНрд▓реЗрдЦ)ред -t рдЕрдиреБрдорддрд┐ рджреА рдЬрд╛рддреА рд╣реИ):
рдлрд╛рд╕реНрдЯрд╛ рд╕реЗ рдлрд╛рд╕реНрдЯрд╛ рдЕрдиреБрдХреНрд░рдо
FASTQ рдХреЗ рд▓рд┐рдП fastq рдЕрдиреБрдХреНрд░рдо
рд╕реАрдПрдПрдл рдХреЗ рд▓рд┐рдП рд╕реАрдПрдПрдл рдЕрдиреБрдХреНрд░рдо
рдПрдордПрдПрдл рдХреЗ рд▓рд┐рдП рдПрдордПрдПрдл рдЕрдиреБрдХреНрд░рдо
рдЯреЗрдХреНрд╕реНрдЯ рдлрд╝рд╛рдЗрд▓ рдореЗрдВ txt рдЕрдиреБрдХреНрд░рдо рдирд╛рдо
-k рдХреЗ-рдореЗрд░, рдЖрдзрд╛рд░реЛрдВ рдореЗрдВ рдЪрд╛рд░реЗ рдХреА рд▓рдВрдмрд╛рдИ (<32, рдбрд┐рдлрд╝реЙрд▓реНрдЯ=31)
-n рдиреНрдпреВрдирддрдо. рдЖрд╡рд╢реНрдпрдХ рдХреЗ-рдореЗрд░ рдЪрд╛рд░рд╛ рдХреА рд╕рдВрдЦреНрдпрд╛ (рдбрд┐рдлрд╝реЙрд▓реНрдЯ=1)
-i рдЙрд▓рдЯрд╛ рд╣рд┐рдЯ: рдХреЗрд╡рд▓ рдРрд╕реЗ рдЕрдиреБрдХреНрд░рдо рд▓рд┐рдЦрддрд╛ рд╣реИ рдЬреЛ рдЪрд╛рд░рд╛ рдирд╣реАрдВ рдорд╛рд░рддреЗ
-r рд╡рд┐рдкрд░реАрдд рдкреВрд░рдХ рджрд┐рд╢рд╛ рдХреА рдХреЛрдИ рдЬрд╛рдБрдЪ рдирд╣реАрдВ
-o Fastq рдЧреБрдгрд╡рддреНрддрд╛ рдСрдлрд╝рд╕реЗрдЯ (рдХреЗрд╡рд▓ рдХреЗ рд▓рд┐рдП) -f = 'рдлрд╛рд╕реНрдЯрдХ') FASTQ рдореЗрдВ рдЧреБрдгрд╡рддреНрддрд╛ рдореВрд▓реНрдпреЛрдВ рдХреА рдСрдлрд╕реЗрдЯ
рдлрд╝рд╛рдЗрд▓ред рдбрд┐рдлрд╝реЙрд▓реНрдЯ: 33 0 рдХрд╛ рдорд╛рди рд╕реНрд╡рдЪрд╛рд▓рд┐рдд рд░реВрдк рд╕реЗ рдкрд╣рдЪрд╛рдирдиреЗ рдХрд╛ рдкреНрд░рдпрд╛рд╕ рдХрд░рддрд╛ рд╣реИред
-f
рдЗрд╕ рдкреНрд░рдХрд╛рд░ рдХреА рдкреНрд░реЛрдЬреЗрдХреНрдЯ рдлрд╛рдЗрд▓реЛрдВ рдХреЛ рд▓реЛрдб рдХрд░реЗрдВ, рдЬрд╣рд╛рдВ рд╕реЗ рдЯрд╛рдЗрдк рд╣реИ:
рд╕реАрдПрдПрдл рд╕реЗ рд╕реАрдПрдПрдл рдЕрдиреБрдХреНрд░рдо
рдПрдордПрдПрдл рд╕реЗ рдорд╛рдл рдЕрдиреБрдХреНрд░рдо
PHD рд╕реЗ рдкреАрдПрдЪрдбреА рдЕрдиреБрдХреНрд░рдо
рдЬреАрдмреАрдПрдл рд╕реЗ рдЬреАрдмреАрдПрдл рдЕрдиреБрдХреНрд░рдо
FASTA рд╕реЗ fasta рдЕрдиреБрдХреНрд░рдо
FASTQ рд╕реЗ fastq рдЕрдиреБрдХреНрд░рдо
-t
рдЗрд╕ рдкреНрд░рдХрд╛рд░ рдХреЗ рдЕрдиреБрдХреНрд░рдо рд▓рд┐рдЦреЗрдВ (рдПрдХрд╛рдзрд┐рдХ рдЙрд▓реНрд▓реЗрдЦ)ред -t рдЕрдиреБрдорддрд┐ рджреА рдЬрд╛рддреА рд╣реИ):
рдлрд╛рд╕реНрдЯрд╛ рд╕реЗ рдлрд╛рд╕реНрдЯрд╛ рдЕрдиреБрдХреНрд░рдо
FASTQ рдХреЗ рд▓рд┐рдП fastq рдЕрдиреБрдХреНрд░рдо
рд╕реАрдПрдПрдл рдХреЗ рд▓рд┐рдП рд╕реАрдПрдПрдл рдЕрдиреБрдХреНрд░рдо
рдПрдордПрдПрдл рдХреЗ рд▓рд┐рдП рдПрдордПрдПрдл рдЕрдиреБрдХреНрд░рдо
рдЯреЗрдХреНрд╕реНрдЯ рдлрд╝рд╛рдЗрд▓ рдореЗрдВ txt рдЕрдиреБрдХреНрд░рдо рдирд╛рдо
-k рдХреЗ-рдореЗрд░, рдЖрдзрд╛рд░реЛрдВ рдореЗрдВ рдЪрд╛рд░реЗ рдХреА рд▓рдВрдмрд╛рдИ (<32, рдбрд┐рдлрд╝реЙрд▓реНрдЯ=31)
-n рдиреНрдпреВрдирддрдо. рдЖрд╡рд╢реНрдпрдХ рдХреЗ-рдореЗрд░ рдЪрд╛рд░рд╛ рдХреА рд╕рдВрдЦреНрдпрд╛ (рдбрд┐рдлрд╝реЙрд▓реНрдЯ=1)
-i рдЙрд▓рдЯрд╛ рд╣рд┐рдЯ: рдХреЗрд╡рд▓ рдРрд╕реЗ рдЕрдиреБрдХреНрд░рдо рд▓рд┐рдЦрддрд╛ рд╣реИ рдЬреЛ рдЪрд╛рд░рд╛ рдирд╣реАрдВ рдорд╛рд░рддреЗ
-r рд╡рд┐рдкрд░реАрдд рдкреВрд░рдХ рджрд┐рд╢рд╛ рдХреА рдХреЛрдИ рдЬрд╛рдБрдЪ рдирд╣реАрдВ
-o Fastq рдЧреБрдгрд╡рддреНрддрд╛ рдСрдлрд╝рд╕реЗрдЯ (рдХреЗрд╡рд▓ рдХреЗ рд▓рд┐рдП) -f = 'рдлрд╛рд╕реНрдЯрдХ') FASTQ рдореЗрдВ рдЧреБрдгрд╡рддреНрддрд╛ рдореВрд▓реНрдпреЛрдВ рдХреА рдСрдлрд╕реЗрдЯ
рдлрд╝рд╛рдЗрд▓ред рдбрд┐рдлрд╝реЙрд▓реНрдЯ: 33 0 рдХрд╛ рдорд╛рди рд╕реНрд╡рдЪрд╛рд▓рд┐рдд рд░реВрдк рд╕реЗ рдкрд╣рдЪрд╛рдирдиреЗ рдХрд╛ рдкреНрд░рдпрд╛рд╕ рдХрд░рддрд╛ рд╣реИред
onworks.net рд╕реЗрд╡рд╛рдУрдВ рдХрд╛ рдЙрдкрдпреЛрдЧ рдХрд░рдХреЗ рдСрдирд▓рд╛рдЗрди рдореАрд░рд╛рдмреЗрдЯ рдХрд╛ рдЙрдкрдпреЛрдЧ рдХрд░реЗрдВ