प्रोफेसर - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

प्रोफेसर - माध्यमिक संरचना और विलायक अभिगम्यता भविष्यवक्ता

SYNOPSIS

प्रोफेसर [इनपुट फ़ाइल+] [विकल्प]

वर्णन

माध्यमिक संरचना की भविष्यवाणी तंत्रिका नेटवर्क रेटिंग की एक प्रणाली द्वारा अपेक्षित पर की जाती है
औसत सटीकता> तीन राज्यों हेलिक्स, स्ट्रैंड और लूप के लिए 72% (रोस्ट एंड सैंडर, पीएनएएस,
1993, 90, 7558-7562; रोस्ट एंड सैंडर, जेएमबी, 1993, 232, 584-599; और रोस्ट एंड सैंडर,
प्रोटीन, 1994, 19, 55-72; सटीकता का मूल्यांकन)। उसी डेटा सेट पर मूल्यांकन किया गया,
PROFsec को उपयोग करने वाले तरीकों की तुलना में दस प्रतिशत अंक अधिक तीन-राज्य सटीकता पर रेट किया गया है
केवल एकल अनुक्रम जानकारी, और छह प्रतिशत से अधिक अंक से अधिक पर,
उदाहरण के लिए, आंकड़ों के आधार पर संरेखण जानकारी का उपयोग करने वाली एक विधि (लेविन, पास्करेला, आर्गोस और
गार्नियर, प्रो. इंजी।, 6, 849-54, 1993)। PHDsec भविष्यवाणियों की तीन मुख्य विशेषताएं हैं:

1. कई अनुक्रम संरेखण से विकासवादी जानकारी के माध्यम से बेहतर सटीकता
2. संतुलित प्रशिक्षण प्रक्रिया के माध्यम से बेहतर बीटा-स्ट्रैंड भविष्यवाणी
3. बहु-स्तरीय प्रणाली का उपयोग करके माध्यमिक संरचना खंडों की अधिक सटीक भविष्यवाणी

सॉल्वेंट एक्सेसिबिलिटी का अनुमान एक तंत्रिका नेटवर्क विधि रेटिंग द्वारा एक सहसंबंध पर लगाया जाता है
गुणांक (प्रयोगात्मक रूप से देखे गए और अनुमानित सापेक्ष विलायक के बीच संबंध)
0.54 गोलाकार प्रोटीन (रोस्ट एंड सैंडर,
प्रोटीन, 1994, 20, 216-226; सटीकता का मूल्यांकन)। तंत्रिका नेटवर्क का आउटपुट
सापेक्ष पहुंच के 10 राज्यों के लिए कोड। अंतर की इकाइयों में व्यक्त किया गया
होमोलॉजी मॉडलिंग (सर्वोत्तम विधि) द्वारा भविष्यवाणी और यादृच्छिक पर भविष्यवाणी (सबसे खराब) के बीच
विधि), PROFacc तुलनीय तंत्रिका नेटवर्क से कुछ 26 प्रतिशत बेहतर है
तीन आउटपुट स्टेट्स (दफन, इंटरमीडिएट, एक्सपोज़्ड) का उपयोग करना और बिना किसी जानकारी का उपयोग करना
एकाधिक संरेखण।

इंटीग्रल मेम्ब्रेन प्रोटीन में ट्रांसमेम्ब्रेन हेलिकॉप्टर का अनुमान तंत्रिका तंत्र द्वारा लगाया जाता है
नेटवर्क। नेटवर्क सिस्टम की कमी यह है कि अक्सर बहुत लंबे हेलिकॉप्टर होते हैं
भविष्यवाणी की। इन्हें एक अनुभवजन्य फिल्टर द्वारा काटा जाता है। अंतिम भविष्यवाणी (रोस्ट एट अल।,
प्रोटीन विज्ञान, 1995, 4, 521-533; सटीकता का मूल्यांकन) एक अपेक्षित प्रति-अवशेष है
लगभग 95% की सटीकता। झूठी सकारात्मक संख्या, यानी, ट्रांसमेम्ब्रेन हेलिकॉप्टर
गोलाकार प्रोटीन में अनुमानित, लगभग 2% है। तंत्रिका नेटवर्क की भविष्यवाणी
ट्रांसमेम्ब्रेन हेलिकॉप्टर (PHDhtm) एक गतिशील प्रोग्रामिंग-जैसे एल्गोरिथ्म द्वारा परिष्कृत किया जाता है। इस
विधि के परिणामस्वरूप 89 . में से 131% के लिए सभी ट्रांसमेम्ब्रेन हेलिकॉप्टरों की सही भविष्यवाणियां हुईं
क्रॉस-सत्यापन परीक्षण में प्रयुक्त प्रोटीन; 98% से अधिक ट्रांसमेम्ब्रेन हेलिकॉप्टर थे
सही भविष्यवाणी की। इस पद्धति के आउटपुट का उपयोग टोपोलॉजी की भविष्यवाणी करने के लिए किया जाता है, अर्थात,
झिल्ली के संबंध में एन-टर्म का उन्मुखीकरण। की अपेक्षित सटीकता
टोपोलॉजी भविष्यवाणी> 86% है। यूकेरियोटिक के लिए भविष्यवाणी की सटीकता औसत से अधिक है
प्रोकैरियोट्स के लिए प्रोटीन और औसत से कम। PHD टोपोलॉजी सभी से अधिक सटीक है
समान डेटा सेट पर परीक्षण किए गए अन्य तरीके।

यदि कोई आउटपुट फ़ाइल विकल्प नहीं है (जैसे --फ़ाइलआरडीबी or --बाहर निकलना) RDB स्वरूपित दिया गया है
आउटपुट में लिखा जाता है ./INputFILENAME.prof जहां 'प्रोफेसर' के विस्तार की जगह लेता है
इनपुट फ़ाइल। एक्सटेंशन के अभाव में '.prof' इनपुट फ़ाइल नाम में जोड़ा जाता है।

उत्पादन प्रारूप
आरडीबी प्रारूप स्व-एनोटेटिंग है, उदाहरण आउटपुट देखें /शेयर/प्रोफएचडी/प्रोफेसर/एक्सए.

संदर्भ

रोस्ट, बी. और सैंडर, सी. (1994ए)। विकासवादी जानकारी और तंत्रिका नेटवर्क का संयोजन
प्रोटीन माध्यमिक संरचना की भविष्यवाणी करें। प्रोटीन, 19(1), 55-72.
रोस्ट, बी. और सैंडर, सी. (1994बी)। सॉल्वेंट एक्सेसिबिलिटी का संरक्षण और भविष्यवाणी
प्रोटीन परिवार। प्रोटीन, 20(3), 216-26.
रोस्ट, बी।, कैसाडियो, आर।, फरीसेली, पी।, और सैंडर, सी। (1995)। ट्रांसमेम्ब्रेन हेलिकॉप्टर
95% सटीकता की भविष्यवाणी की। प्रोटीन विज्ञान, 4(3), 521-33.

विकल्प

अधिक सहायता के लिए प्रत्येक कीवर्ड देखें। इनमें से अधिकांश के टूटने की संभावना है।

एक वैकल्पिक कनेक्टिविटी पैटर्न (डिफ़ॉल्ट = 3)

3 भविष्यवाणी सेकंड + एसीसी + एचटीएम

एसीसी सॉल्वेंट एक्सेसिबिलिटी की भविष्यवाणी करता है, केवल

अली 'मानव-पठनीय' PROF आउटपुट फ़ाइल में संरेखण जोड़ें

मेहराब
सिस्टम आर्किटेक्चर (जैसे: SGI64|SGI5|SGI32|SUNMP|ALPHA)

ASCII
'मानव-पठनीय' PROF आउटपुट फ़ाइल लिखें

सबसे अच्छा
सर्वोत्तम सटीकता और सबसे लंबे समय तक चलने वाले PROF

के छात्रों
माध्यमिक संरचना और विलायक पहुंच की भविष्यवाणी करें

तिथि
डेटा = HTML आउट के लिए: भविष्यवाणियों के केवल वे भाग लिखे गए हैं

डिबग
अधिकांश मध्यवर्ती फ़ाइलें रखें, डिबगिंग संदेशों को प्रिंट करें

दिरवर्क
कार्य निर्देशिका, डिफ़ॉल्ट: फ़ाइल :: Temp :: tempdir से एक अस्थायी निर्देशिका। पूरी तरह से होना चाहिए
योग्य पथ।

काम करने के लिए जाना जाता है।

doEval
सूची के लिए मूल्यांकन करें (केवल ज्ञात संरचनाओं और सूचियों के लिए)

doFilterHssp
इनपुट HSSP फ़ाइल फ़िल्टर करें (कुछ जोड़े को छोड़कर)

डीओएचटीएमफिल
झिल्ली भविष्यवाणी को फ़िल्टर करें (डिफ़ॉल्ट)

दोहत्मिसिट
अनुमानित झिल्ली हेलिक्स की ताकत की जांच करें (डिफ़ॉल्ट)

doHtmref
झिल्ली भविष्यवाणी को परिष्कृत करें (डिफ़ॉल्ट)

डीओएचटीएमटॉप
डीओ मेम्ब्रेन हेलिक्स टोपोलॉजी (डिफ़ॉल्ट)

डीएसएसपी
PROF को DSSP फॉर्मेट में बदलें

विस्तार
आउटपुट को एमएसएफ प्रारूप में कनवर्ट करते समय सम्मिलन का विस्तार करें

तेज
सबसे कम सटीकता और उच्चतम गति के साथ PROF

फ़ाइलकैस्प
CASP प्रारूप में PROF आउटपुट का नाम (file.caspProf)

फ़ाइल डीएसपी
DSSP प्रारूप में PROF आउटपुट का नाम (file.dsspProf)

फ़ाइलएचटीएमएल
HTML स्वरूप में PROF आउटपुट का नाम (file.htmlProf)

फ़ाइल एमएसएफ
एमएसएफ प्रारूप में PROF आउटपुट का नाम (file.msfProf)

फ़ाइलनहींएचटीएम
फ़ाइल फ़्लैगिंग का नाम जिसमें कोई झिल्ली हेलिक्स नहीं मिला था

बाहर निकलना
RDB प्रारूप में PROF आउटपुट का नाम (file.rdbProf)

काम करने के लिए जाना जाता है।

फाइलप्रोफ
मानव पठनीय प्रारूप में PROF आउटपुट का नाम (file.prof)

टूटा हुआ।

फाइलआरडीबी
RDB प्रारूप में PROF आउटपुट का नाम (file.rdbProf)

काम करने के लिए जाना जाता है।

फ़ाइलसाफ
SAF प्रारूप में PROF आउटपुट का नाम (file.safProf)

फ़िल्टर
इनपुट HSSP फ़ाइल फ़िल्टर करें (कुछ जोड़े को छोड़कर)

अच्छा
अच्छी सटीकता और मध्यम गति के साथ PROF

ग्राफ
'मानव-पठनीय' PROF आउटपुट फ़ाइल में ASCII ग्राफ़ जोड़ें

एचटीएम उपयोग: 'एचटीएम = ' न्यूनतम ट्रांसमेम्ब्रेन हेलिक्स देता है डिफ़ॉल्ट रूप से पता चला है 'htm = 0'
(resp. htm=0.8) छोटी संख्या अधिक झूठी सकारात्मक और कम झूठी नकारात्मक!

एचटीएमएल तर्क
'एचएमटीएल' या 'एचटीएमएल= ' भविष्यवाणी का एचटीएमएल प्रारूप लिखें 'एचटीएमएल' का परिणाम होगा
कि PROF आउटपुट HTML में परिवर्तित हो जाता है 'html=body' HTML फ़ाइल को प्रतिबंधित करता है
HTML_BODY टैग भाग 'html=head' HTML फ़ाइल को HTML_HEADER टैग भाग तक सीमित करता है
'html=all' हेडर और बॉडी दोनों देता है

KeepConv
इनपुट फ़ाइल का रूपांतरण HSSP प्रारूप में रखें

फ़िल्टर तर्क रखें
<*|doKeepFilter=1> फ़िल्टर की गई HSSP फ़ाइल रखें

KeepHssp तर्क
<*|doKeepHssp=1> इंटरमीडिएट HSSP फ़ाइल रखें

KeepNetDb तर्क
<*|doKeepNetDb=1> इंटरमीडिएट DbNet फ़ाइल (फ़ाइलें) रखें

सूची तर्क
<*|isList=1> इनपुट फाइल फाइलों की सूची है

msf PROF को MSF फॉर्मेट में बदलें

अच्छा
नौकरी का अच्छा मूल्य (प्राथमिकता) निर्धारित करने के लिए 'अच्छा-डी' दें

नोप्रोफहेड
तालिका के साथ फ़ाइल को स्थानीय निर्देशिका में कॉपी न करें

कोई खोज नहीं
doSearchFile = 0 के लिए छोटा, यानी डीबी फाइलों की कोई खोज नहीं

नोआस्की
एएससीआईआई (यानी मानव पठनीय) परिणाम फाइलों को लिखना सर्प्रेस करें

nohtml
HTML परिणाम फ़ाइलों को लिखने के लिए सरप्राइज़ करें

कोई अच्छा नहीं
नौकरी अच्छी नहीं लगेगी, यानी कम प्राथमिकता से नहीं चलेंगे

नहीं मूल्यांकन
ज्ञात संरचना होने पर भी सटीकता की जांच न करें

एचटीएमएल नहीं
झिल्ली भविष्यवाणी को फ़िल्टर न करें

नहींHtmisit
जाँच न करें कि झिल्ली हेलिक्स पर्याप्त रूप से मजबूत है या नहीं

नहींएचटीएमरेफ
झिल्ली भविष्यवाणी को परिष्कृत न करें

नहीं एचटीएमटॉप
झिल्ली हेलिक्स टोपोलॉजी न करें

nresPerLineAli
MSF फ़ाइल के लिए प्रयुक्त वर्णों की संख्या। डिफ़ॉल्ट: 50.

अंक न्यूनतम
नेटवर्क चलाने के लिए अवशेषों की न्यूनतम संख्या, अन्यथा prd=symbolPrdShort. डिफ़ॉल्ट: 9.

ऑप्ट जूरी
PHD को जूरी में जोड़ता है। डिफ़ॉल्ट: `सामान्य, यूज़पीएचडी'।

कई अन्य पैरामीटर इसके लिए डिफ़ॉल्ट को साइड-इफ़ेक्ट के रूप में बदलते हैं, सूची है
व्यापक नहीं:

पीएचडी, एनओपीएचडी, /^पैरा(3|दोनों|सेक|एसीसी|एचटीएम|कैपएच|कैपई|कैपएचई)/, /^पैरा?/, जेसीटी

para3
सेकंड + एसीसी + एचटीएम के लिए पैरामीटर फ़ाइल। डिफ़ॉल्ट: ` /नेट/PROFboth_best.par'।

पैराएसीसी
एसीसी के लिए पैरामीटर फ़ाइल। डिफ़ॉल्ट: ` /नेट/PROFacc_best.par'।

पैराबोथ
सेकंड + एसीसी के लिए पैरामीटर फ़ाइल। डिफ़ॉल्ट: ` /नेट/PROFboth_best.par'।

पैरासेक
सेकंड के लिए पैरामीटर फ़ाइल। डिफ़ॉल्ट: ` /नेट/PROFsec_best.par'।

riSubAcc
सबसेट PROFacc के लिए न्यूनतम विश्वसनीयता सूचकांक (RI)। डिफ़ॉल्ट: 4.

रीसबसेक
सबसेट PROFsec के लिए न्यूनतम विश्वसनीयता सूचकांक (RI)। डिफ़ॉल्ट: 5.

riSubSym
RI <riSubSec/Acc के साथ पूर्वानुमानित अवशेषों के लिए प्रतीक। डिफ़ॉल्ट: `.'।

छोड़ें
समस्याएं, मैनुअल, संकेत, संकेतन, txt, ज्ञात, पूर्ण, दिनांक, दिनांक, आ, Lhssp, numaa,
कोड

PROF को SAF फॉर्मेट में बदलें

स्क्रऐडहेल्प
स्क्रूगोल
तंत्रिका नेटवर्क स्विचिंग

स्क्रहेल्पटेक्स्ट
इनपुट फ़ाइल स्वरूप स्वीकार किए जाते हैं:
एचएसपी, डीएसपी, एमएसएफ, सैफ, फास्टामूल, पिरमूल, फास्टा, पीर, जीसीजी, स्विस

स्क्रिन
list_of_files (या एकल फ़ाइल) पैरामीटर_फ़ाइल

स्क्रूनाम
रखने की

स्क्रनार्ग
2

सेकंड माध्यमिक संरचना की भविष्यवाणी, केवल

मूक
स्क्रीन पर कोई जानकारी नहीं लिखी गई - यह डिफ़ॉल्ट है

स्किप मिसिंग
अगर इनपुट फ़ाइल गुम है तो निरस्त न करें!

स्रोत दस्तावेज
रखने की

परीक्षण
सिर्फ एक परीक्षण है (तेज)

अनुवाद-जॉबिड-इन-परम-मान
स्ट्रिंग 'जॉबिड' को $par{jobid} से बदल दिया जाता है

कार्यक्रम के माध्यम से टीएसटी त्वरित रन, कम सटीकता

उपयोगकर्ता
उपयोगकर्ता नाम

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प्रिंट संस्करण

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