प्रोटीनऑर्थो5 - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

प्रोटीनऑर्थो5 - ऑर्थोलॉजी डिटेक्शन टूल

SYNOPSIS

प्रोटीनऑर्थो5 [विकल्प] फास्टा1 फास्टा2 [FASTA...]

वर्णन

प्रोटीनऑर्थो एक स्टैंड-अलोन टूल है जो बड़े डेटासेट के लिए तैयार है और इसका उपयोग करता है
मल्टी-कोर हार्डवेयर पर चलने पर वितरित कंप्यूटिंग तकनीकें। यह एक लागू करता है
पारस्परिक सर्वोत्तम संरेखण अनुमानी का विस्तारित संस्करण। प्रोटीनोर्थो को लागू किया गया था
उपलब्ध सभी 717 यूबैक्टीरियल जीनोम के पूर्ण सेट में ऑर्थोलॉगस प्रोटीन की गणना करें
2009 की शुरुआत में एनसीबीआई में। लेखक इसमें मौजूद तीस प्रोटीन की पहचान करने में सफल रहे
सभी जीवाणु प्रोटीओम का 99%।

विकल्प

-इ= विस्फोट के लिए ई-मूल्य [डिफ़ॉल्ट: 1e-05]

-पी = ब्लास्ट प्रोग्राम {ब्लास्टएन|ब्लास्टपी|ब्लास्टएन+|ब्लास्टपी+} [डिफ़ॉल्ट: ब्लास्टपी+]

-प्रोजेक्ट =
सभी परिणाम फ़ाइल नामों के लिए उपसर्ग [डिफ़ॉल्ट: myproject]

-सिंटेनी
प्रासंगिक आसन्नताओं द्वारा समान अनुक्रमों को अलग करने के लिए PoFF एक्सटेंशन सक्रिय करें
(प्रत्येक .fasta के लिए .gff की आवश्यकता है)

-डुप्स= पीओएफएफ: डुप्लिकेट निर्धारित करने के लिए अनुमानित आसन्नताओं के लिए पुनरावृत्ति की संख्या
क्षेत्र (डिफ़ॉल्ट: 0)

-सीएस= पीओएफएफ: आसन्न मिलान के लिए अधिकतम सामान्य सबस्ट्रिंग (एमसीएस) का आकार (डिफ़ॉल्ट: 3)

-अल्फा=
PoFF: आसन्नताओं का भार बनाम अनुक्रम समानता (डिफ़ॉल्ट: 0.5)

-desc विवरण फ़ाइलें लिखें (केवल एनसीबीआई फास्टा इनपुट के लिए)

-रखना पुन: उपयोग के लिए अस्थायी विस्फोट परिणामों को संग्रहीत करता है

फोर्स किसी भी स्थिति में विस्फोट के परिणामों की पुनर्गणना करने के लिए बाध्य करता है

-सीपीयूएस= उपयोग करने के लिए प्रोसेसर की संख्या [डिफ़ॉल्ट: ऑटो]

-स्वयंविस्फोट
सेल्फब्लास्ट लागू करें, ऑर्थोलॉग के बिना पैरालॉग का पता लगाता है

-एकल
बिना किसी हिट के सिंगलटन जीन की रिपोर्ट करें

-पहचान=
मि. सर्वश्रेष्ठ ब्लास्ट हिट्स की प्रतिशत पहचान [डिफ़ॉल्ट: 25]

-कोव= मि. % में सर्वश्रेष्ठ विस्फोट संरेखण का कवरेज [डिफ़ॉल्ट: 50]

-कॉन= मि. बीजगणितीय कनेक्टिविटी [डिफ़ॉल्ट: 0.1]

-सिम= मि. अतिरिक्त हिट के लिए समानता (0..1) [डिफ़ॉल्ट: 0.95]

-चरण= 1 -> सूचकांक उत्पन्न करें 2 -> ब्लास्ट चलाएँ (और ff-adj, यदि -सिंटेनी सेट है) 3 ->
क्लस्टरिंग 0 -> सभी (डिफ़ॉल्ट)

-विस्फोटपथ=
आपके स्थानीय विस्फोट का पथ (यदि विश्व स्तर पर स्थापित नहीं है)

-कहना
आपको प्रगति के बारे में सूचित रखता है

-स्वच्छ प्रसंस्करण के बाद सभी अनावश्यक फ़ाइलें हटा दें

-ग्राफ .ग्राफ फ़ाइलें उत्पन्न करें (जोड़ीवार ऑर्थोलॉजी संबंध)

-डीबग बग ट्रैकिंग के लिए विस्तृत जानकारी देता है

अधिक विशिष्ट ब्लास्ट मापदंडों को इसके द्वारा परिभाषित किया जा सकता है

-ब्लास्ट पैरामीटर्स ='[पैरामीटर]' (उदा -ब्लास्ट पैरामीटर्स ='-सेग नं')

यदि नौकरियों को कई मशीनों पर वितरित किया जाना है, तो उपयोग करें

-स्टार्टेट= आरंभ करने के लिए फ़ाइल संख्या (डिफ़ॉल्ट: 0)

-स्टॉपैट= फ़ाइल संख्या जिसके साथ समाप्त होनी है (डिफ़ॉल्ट: -1)

onworks.net सेवाओं का उपयोग करके प्रोटीनऑर्थो5 का ऑनलाइन उपयोग करें