sreformat - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

sreformat - अनुक्रम फ़ाइल को भिन्न प्रारूप में कनवर्ट करें

SYNOPSIS

sreformat [विकल्प] प्रारूप सेक्फ़ाइल

वर्णन

sreformat अनुक्रम फ़ाइल पढ़ता है सेक्फ़ाइल किसी भी समर्थित प्रारूप में, इसे एक नए में पुन: स्वरूपित करता है
द्वारा निर्दिष्ट प्रारूप प्रारूप, फिर रिफॉर्मेटेड टेक्स्ट को प्रिंट करता है।

समर्थित इनपुट स्वरूपों में शामिल हैं (लेकिन इन्हीं तक सीमित नहीं हैं) असंरेखित प्रारूप FASTA,
जेनबैंक, ईएमबीएल, स्विस-प्रोट, पीआईआर, और जीसीजी, और संरेखित प्रारूप स्टॉकहोम, क्लस्टल, जीसीजी
एमएसएफ, और फिलिप।

उपलब्ध असंरेखित आउटपुट फ़ाइल स्वरूप कोड में शामिल हैं व्रत (फास्टा प्रारूप); प्रतीक चिन्ह
(ईएमबीएल/स्विसप्रोट प्रारूप); GenBank (जेनबैंक प्रारूप); GCG (जीसीजी एकल अनुक्रम प्रारूप);
जीसीजीडेटा (जीसीजी फ्लैटफाइल डेटाबेस प्रारूप); पीर (पीआईआर/कोडाटा फ्लैटफाइल प्रारूप); कच्चा (कच्चा
अनुक्रम, कोई अन्य जानकारी नहीं)।

उपलब्ध संरेखित आउटपुट फ़ाइल स्वरूप कोड में शामिल हैं स्टॉकहोल्म (पीएफएएम/स्टॉकहोम प्रारूप);
एमएसएफ (जीसीजी एमएसएफ प्रारूप); a2m (एक संरेखित FASTA प्रारूप); फ़िलिप (फेल्सनस्टीन का PHYLIP प्रारूप);
और समूह (क्लस्टल वी/डब्ल्यू/एक्स प्रारूप); तथा सेलेक्स (पुराना SELEX/HMMER/Pfam एनोटेट किया गया
संरेखण प्रारूप);

आपके सभी कोड केस-असंवेदनशील रूप से व्याख्या किए गए हैं (उदाहरण के लिए एमएसएफ, एमएसएफ, या एमएसएफ सभी काम करते हैं)।

असंरेखित प्रारूप फ़ाइलों को संरेखित स्वरूपों में पुन: स्वरूपित नहीं किया जा सकता है। हालांकि, संरेखित प्रारूप
असंरेखित स्वरूपों में पुन: स्वरूपित किया जा सकता है - अंतर वर्णों को आसानी से हटा दिया जाता है।

इस कार्यक्रम का मूल नाम था सुधार, लेकिन वह नाम GCG प्रोग्राम के साथ टकराता है
वही नाम।

विकल्प

-d डीएनए; यू को टी में परिवर्तित करें, यह सुनिश्चित करने के लिए कि एक न्यूक्लिक एसिड अनुक्रम को डीएनए के रूप में दिखाया गया है
आरएनए। देखो -आर।

-h संक्षिप्त सहायता प्रिंट करें; संस्करण संख्या और सभी विकल्पों का सारांश शामिल है, जिसमें शामिल हैं
विशेषज्ञ विकल्प।

-l लोअरकेस; सभी अनुक्रम अवशेषों को लोअर केस में बदलें। देखो -यू.

-n डीएनए/आरएनए अनुक्रमों के लिए, ऐसे किसी भी वर्ण को रूपांतरित करता है जो स्पष्ट आरएनए/डीएनए नहीं है (उदा.
ACGTU/acgtu) से N. सॉफ्टवेयर के लिए IUPAC अस्पष्टता कोड को N में बदलने के लिए उपयोग किया जाता है
जो सभी IUPAC कोड (उदाहरण के लिए, कुछ सार्वजनिक RNA फोल्डिंग कोड) को हैंडल नहीं कर सकता है। अगर
फ़ाइल एक संरेखण है, अंतराल वर्ण भी अपरिवर्तित छोड़ दिए जाते हैं। यदि अनुक्रम हैं
न्यूक्लिक एसिड अनुक्रम नहीं, यह विकल्प डेटा को अनुमानित रूप से दूषित कर देगा
फैशन।

-r आरएनए; यह सुनिश्चित करने के लिए कि एक न्यूक्लिक एसिड अनुक्रम आरएनए के रूप में दिखाया गया है, टी को यू में परिवर्तित करें
डीएनए। देखो -घ.

-u अपरकेस; सभी अनुक्रम अवशेषों को अपर केस में बदलें। देखो -एल.

-x डीएनए अनुक्रमों के लिए, गैर-आईयूपीएसी वर्णों (जैसे एक्स के) को एन में कनवर्ट करें। यह इसके लिए है
वंचित लोगों के साथ संगतता जो IUPAC के बजाय X का उपयोग करने पर जोर देते हैं
अस्पष्टता वर्ण N. (X अमीनो एसिड अवशेषों में अस्पष्टता के लिए है)।

चेतावनी: जैसे -n विकल्प, कोड यह जांच नहीं करता है कि आप वास्तव में इसे दे रहे हैं
डीएनए। यह केवल शाब्दिक रूप से गैर-आईयूपीएसी डीएनए प्रतीकों को एन में परिवर्तित करता है। तो यदि आप
गलती से इसे प्रोटीन अनुक्रम दें, यह खुशी-खुशी हर अमीनो को बदल देगा
एक एन के लिए एसिड अवशेष।

विशेषज्ञ विकल्प

--गैप्सिम
सभी गैप वर्णों को में बदलें . कार्यक्रमों के लिए संरेखण फाइल तैयार करने के लिए प्रयुक्त
अंतराल प्रतीकों के लिए सख्त आवश्यकताओं के साथ। केवल तभी समझ में आता है जब इनपुट सेक्फ़ाइल is
एक संरेखण।

--सूचना
निर्दिष्ट करें कि अनुक्रम फ़ाइल प्रारूप में है , कार्यक्रम की अनुमति देने के बजाय
फ़ाइल स्वरूप स्वत: पता लगाने के लिए। सामान्य उदाहरणों में जेनबैंक, ईएमबीएल, जीसीजी, पीआईआर,
स्टॉकहोम, Clustal, MSF, या PHYLIP; पूर्ण के लिए मुद्रित दस्तावेज़ देखें
स्वीकृत प्रारूप नामों की सूची।

--मिंगापी
If सेक्फ़ाइल एक संरेखण है, किसी भी कॉलम को हटा दें जिसमें 100% गैप वर्ण हों,
संरेखण की समग्र लंबाई को कम करना। (अक्सर उपयोगी अगर आपने निकाला है
एक बड़े संरेखण से संरेखित अनुक्रमों का एक सबसेट।)

--अंतर नहीं
किसी भी संरेखित कॉलम को हटा दें जिसमें कोई भी गैप सिंबल हो। प्रस्तावना के रूप में उपयोगी
फ़ाइलोजेनेटिक विश्लेषण के लिए, जहां आप केवल 100% वाले कॉलम का विश्लेषण करना चाहते हैं
अवशेष, इसलिए आप किसी भी कॉलम को अंतराल के साथ अलग करना चाहते हैं। केवल समझ में आता है
अगर फ़ाइल एक संरेखण फ़ाइल है।

--pfam केवल SELEX संरेखण आउटपुट स्वरूप के लिए, संपूर्ण संरेखण को एक ब्लॉक में रखें
(एकाधिक ब्लॉक में लपेटो मत)। यह आंतरिक रूप से उपयोग किए जाने वाले प्रारूप के करीब है
स्टॉकहोम और कैम्ब्रिज में Pfam।

--सामी गैप कैरेक्टर्स को यूसी सांताक्रूज एसएएम स्टाइल में बदलने की कोशिश करें, जहां एक . मतलब एक गैप इन
एक सम्मिलित कॉलम, और ए - का अर्थ है सर्वसम्मति/मिलान कॉलम में हटाना। केवल यही
संरेखित फ़ाइल स्वरूपों को परिवर्तित करने के लिए काम करता है, और केवल अगर संरेखण पहले से ही है
आम सहमति/मैच में अवशेषों के लिए अपर केस के एसएएम सम्मेलन का पालन करता है
कॉलम, और सम्मिलित कॉलम में अवशेषों के लिए निचला मामला। यह सच है, उदाहरण के लिए,
HMMER के पुराने संस्करणों द्वारा निर्मित सभी संरेखण। (HMMER2 संरेखण उत्पन्न करता है
जो गैप कैरेक्टर चॉइस में भी एसएएम की परंपराओं का पालन करता है।) यह विकल्प था
Pfam संरेखण को कुछ अधिक उपयुक्त में पुन: स्वरूपित करने की अनुमति देने के लिए जोड़ा गया
यूसीएससी एसएएम सॉफ्टवेयर का उपयोग कर प्रोफाइल एचएमएम निर्माण।

--सैमफ़्रेक
संरेखण अंतर वर्णों और अवशेषों के मामलों को यूसी सांताक्रूज सैम में बदलने का प्रयास करें
शैली, जहां ए। मतलब एक इन्सर्ट कॉलम में गैप है और a - का मतलब a में डिलीट है
सर्वसम्मति/मिलान कॉलम, और अपर केस का अर्थ है मिलान/सर्वसम्मति अवशेष और निचला
केस का अर्थ है सम्मिलित अवशेष। यह केवल संरेखित फ़ाइल को कनवर्ट करने के लिए कार्य करेगा
प्रारूप, लेकिन इसके विपरीत --सामी विकल्प, यह काम करेगा चाहे फ़ाइल की परवाह किए बिना
अपर/लोअर केस अवशेष परंपरा का पालन करता है। इसके बजाय, कोई भी कॉलम जिसमें
एक अंश से अधिक अंतराल वर्णों की व्याख्या एक सम्मिलित स्तंभ के रूप में की जाती है, और
अन्य सभी कॉलम मिलान कॉलम के रूप में व्याख्या किए जाते हैं। यह विकल्प अनुमति देने के लिए जोड़ा गया था
Pfam संरेखण को प्रोफ़ाइल HMM के लिए अधिक उपयुक्त चीज़ में पुन: स्वरूपित किया जाना है
यूसीएससी एसएएम सॉफ्टवेयर का उपयोग कर निर्माण।

--wussify
आरएनए माध्यमिक संरचना एनोटेशन स्ट्रिंग्स को कनवर्ट करें (सर्वसम्मति और व्यक्तिगत दोनों)
पुराने "KHS" प्रारूप से, <, नए WUSS संकेतन के लिए, <>। यदि संकेतन पहले से ही है
WUSS प्रारूप में, यह विकल्प बिना किसी चेतावनी के इसे खराब कर देगा। केवल SELEX और
स्टॉकहोम प्रारूप फाइलों में वर्तमान में द्वितीयक संरचना मार्कअप है।

--ड्यूस
नए WUSS नोटेशन से RNA सेकेंडरी स्ट्रक्चर एनोटेशन स्ट्रिंग्स कन्वर्ट करें, <>,
पुराने KHS प्रारूप में वापस, <. यदि एनोटेशन पहले से ही केएचएस में है, तो यह विकल्प
बिना किसी चेतावनी के इसे भ्रष्ट कर देगा। केवल SELEX और स्टॉकहोम प्रारूप फाइलों में है
माध्यमिक संरचना मार्कअप।

onworks.net सेवाओं का उपयोग करके ऑनलाइन sreformat का उपयोग करें