एसएसके - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

एसएसके - लाखों बहुत छोटे डीएनए अनुक्रमों को इकट्ठा करना

SYNOPSIS

एक उपसर्ग के माध्यम से के-मेर खोज द्वारा लाखों छोटे डीएनए अनुक्रमों का प्रगतिशील संयोजन
पेड़ और 3' विस्तार.

विकल्प

-f फास्टा फ़ाइल जिसमें सभी [युग्मित (-पी 1) / अयुग्मित (-पी 0)] रीड्स शामिल हैं (आवश्यक)
बनती पढ़ता चाहिए अभी be अलग by ""

-एस फास्टा फ़ाइल में विशेष रूप से बीज के रूप में उपयोग करने के लिए अनुक्रम शामिल हैं (केवल तभी निर्दिष्ट करें)।
रीड सेट से भिन्न, वैकल्पिक)

-एम ओवरहैंग सर्वसम्मति के दौरान बीज/कंटिग के साथ अतिव्यापी आधारों की न्यूनतम संख्या
बिल्ड अप (डिफ़ॉल्ट -एम 16)

-o किसी एक्सटेंशन के दौरान आधार को कॉल करने के लिए आवश्यक रीड्स की न्यूनतम संख्या (डिफ़ॉल्ट -o 3)

-r ओवरहैंग सर्वसम्मति आधार को स्वीकार करने के लिए न्यूनतम आधार अनुपात का उपयोग किया जाता है (डिफ़ॉल्ट -r 0.7)

-t जब सभी संभावनाएं समाप्त हो जाएं तो कॉन्टिग सिरे पर -t बेस तक ट्रिम करें
एक एक्सटेंशन के लिए (डिफ़ॉल्ट -t 0)>

-p युग्मित-अंत रीड्स का उपयोग किया गया? (-पी 1=हाँ, -पी 0=नहीं, डिफ़ॉल्ट -पी 0)

-v वर्बोज़ मोड में चलता है (-v 1=हाँ, -v 0=नहीं, डिफ़ॉल्ट -v 0, वैकल्पिक)

-बी आपकी आउटपुट फ़ाइलों के लिए आधार नाम (वैकल्पिक)

============ नीचे दिए गए विकल्पों पर केवल -पी 1 के साथ विचार किया जाता है ============

-डी युग्मित-अंत रीड्स के बीच अपेक्षित/अवलोकित औसत दूरी (डिफ़ॉल्ट -डी 200, वैकल्पिक)

-ई औसत दूरी पर त्रुटि (%) की अनुमति है। -ई 0.75 == दूरी +/- 75% (डिफ़ॉल्ट -ई
0.75, वैकल्पिक)

-k मचान की गणना करने के लिए लिंक की न्यूनतम संख्या (जोड़े पढ़ें) (डिफ़ॉल्ट -k 2, वैकल्पिक)

-ए दो सर्वोत्तम कॉन्टिग जोड़ियों के बीच अधिकतम लिंक अनुपात *उच्च मान न्यूनतम की ओर ले जाते हैं
सटीक मचान* (डिफ़ॉल्ट -ए 0.70, वैकल्पिक)

-z युग्मित-अंत रीड्स को ट्रैक करने के लिए न्यूनतम कॉन्टिग आकार (डिफ़ॉल्ट -z 50, वैकल्पिक)

-जी फास्टा फ़ाइल जिसमें अयुग्मित अनुक्रम पढ़ा जाता है (वैकल्पिक)

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