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ऑनवर्क्स फ़ेविकॉन

WigeoN - क्लाउड में ऑनलाइन

उबंटू ऑनलाइन, फेडोरा ऑनलाइन, विंडोज ऑनलाइन एमुलेटर या मैक ओएस ऑनलाइन एमुलेटर पर ऑनवर्क्स मुफ्त होस्टिंग प्रदाता में विजोएन चलाएं।

यह WigeoN कमांड है जिसे हमारे कई मुफ्त ऑनलाइन वर्कस्टेशन जैसे कि उबंटू ऑनलाइन, फेडोरा ऑनलाइन, विंडोज ऑनलाइन एमुलेटर या मैक ओएस ऑनलाइन एमुलेटर में से एक का उपयोग करके ऑनवर्क्स फ्री होस्टिंग प्रदाता में चलाया जा सकता है।

कार्यक्रम:

नाम


कबूतर - पिंटेल 16S डीएनए विसंगति का पता लगाने की उपयोगिता का पुन: कार्यान्वयन

वर्णन


WigeoN एक क्वेरी और एक विश्वसनीय संदर्भ के बीच अनुक्रम संरक्षण की जांच करता है
अनुक्रम, दोनों NAST संरेखण प्रारूप में। क्वेरी के बीच अनुक्रम पहचान के आधार पर
और संदर्भ अनुक्रम, संरेखण के बीच भिन्नता की अपेक्षित मात्रा है।
यदि देखी गई भिन्नता के वितरण के 95% मात्रा से अधिक है
गैर-विसंगति अनुक्रमों के बीच भिन्नता देखी जाती है, तो इसे एक विसंगति के रूप में चिह्नित किया जाता है।

WigeoN पिंटेल एल्गोरिथम का एक लचीला कमांड-लाइन आधारित पुन: कार्यान्वयन है
एनवायरन माइक्रोबायोल। 2005 दिसंबर;7112:7724-36।

WigeoN केवल पूर्ण-लंबाई वाले 16S rRNA में काइमेरा और विसंगतियों को फ़्लैग करने के लिए उपयोगी है
क्रम WigeoN में 1000 bp से कम अनुक्रमों के साथ संवेदनशीलता का अभाव है।

WigeoN को चलाने के लिए, आपको nast-ier उपयोगिता द्वारा उत्पन्न NAST-स्वरूपित अनुक्रमों की आवश्यकता होती है।

WigeoN माइक्रोबायोमटिल सूट का हिस्सा है।

विकल्प


आवश्यक:
--query_NAST
संरेखण प्रारूप में क्वेरी अनुक्रम युक्त बहु-फास्टा फ़ाइल

वैकल्पिक:
--db_NAST
एनएएसटी प्रारूप में डीबी

--db_FASTA
फास्टा प्रारूप में डीबी (मेगाब्लास्ट स्वरूपित)

--num_top_hits
डिफ़ॉल्ट 1: केवल एकल सर्वश्रेष्ठ मिलान का उपयोग करता है।

--भूखंड

--डीबग

--exec_dir
चलने से पहले cd to exec_dir

onworks.net सेवाओं का उपयोग करके ऑनलाइन WigeoN का उपयोग करें


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