WigeoN - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

विजियन - पिंटेल 16एस डीएनए विसंगति का पता लगाने वाली उपयोगिता का पुन: कार्यान्वयन

वर्णन

WigeoN एक क्वेरी और एक विश्वसनीय संदर्भ के बीच अनुक्रम संरक्षण की जांच करता है
अनुक्रम, दोनों NAST संरेखण प्रारूप में। क्वेरी के बीच अनुक्रम पहचान के आधार पर
और संदर्भ अनुक्रम, संरेखण के बीच अपेक्षित भिन्नता है।
यदि देखी गई भिन्नता वितरण की 95% मात्रा से अधिक है
गैर-विसंगति अनुक्रमों के बीच भिन्नता देखी जाती है, तो इसे एक विसंगति के रूप में चिह्नित किया जाता है।

WigeoN पिंटेल एल्गोरिथम Appl का एक लचीला कमांड-लाइन आधारित पुन: कार्यान्वयन है
एनवायरन माइक्रोबायोल। 2005 दिसम्बर;7112:7724-36.

WigeoN केवल पूर्ण-लंबाई 16S rRNA में चिमेरा और विसंगतियों को चिह्नित करने के लिए उपयोगी है
क्रम. WigeoN में 1000 बीपी से कम अनुक्रमों के साथ संवेदनशीलता का अभाव है।

WigeoN को चलाने के लिए, आपको nast-ier उपयोगिता द्वारा उत्पन्न NAST-स्वरूपित अनुक्रमों की आवश्यकता है।

WigeoN माइक्रोबायोम्यूटिल सुइट का हिस्सा है।

विकल्प

आवश्यक:
--query_NAST
मल्टी-फ़ास्टा फ़ाइल जिसमें संरेखण प्रारूप में क्वेरी अनुक्रम शामिल हैं

वैकल्पिक:
--db_NAST
NAST प्रारूप में db

--db_FASTA
फास्टा प्रारूप में डीबी (मेगाब्लास्ट स्वरूपित)

--num_top_hits
डिफ़ॉल्ट 1: केवल एकल सर्वोत्तम मिलान का उपयोग करता है।

--भूखंड

--डीबग

--exec_dir
चलाने से पहले cd को exec_dir पर भेजें

onworks.net सेवाओं का उपयोग करके WigeoN का ऑनलाइन उपयोग करें