wiggle2gff3p - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

wiggle2gff3.pl - UCSC WIG प्रारूप फ़ाइलों को gff3 फ़ाइलों में परिवर्तित करता है

SYNOPSIS

wiggle2gff3.pl [विकल्प] WIG_FILE >load_data.gff3

UCSC WIG प्रारूप फ़ाइलों को GBrowse में लोड करने के लिए उपयुक्त gff3 फ़ाइलों में परिवर्तित करता है
डेटाबेस। इसका उपयोग सीएनवी, एसएनपी और अभिव्यक्ति जैसे उच्च-घनत्व मात्रात्मक डेटा के लिए किया जाता है
सरणियों।

वर्णन

जब आपके पास xyplot का उपयोग करके प्रदर्शित करने के लिए सघन मात्रात्मक डेटा हो तो इस कनवर्टर का उपयोग करें,
घनत्व, या हीटमैप ग्लिफ़, और GBrowse में लोड करने के लिए बहुत सारे डेटा आइटम (हजारों)। यह
मात्रात्मक डेटा युक्त एक या अधिक स्थान-कुशल बाइनरी फ़ाइलें बनाता है
साथ ही एक छोटी GFF3 फ़ाइल जिसे चाडो या अन्य GBrowse डेटाबेस में लोड किया जा सकता है।

विशिष्ट उपयोग इस प्रकार है:

% wiggle2gff3.pl --method=microarray_oligo my_data.wig > my_data.gff3

ऑप्शंस
निम्नलिखित विकल्प स्वीकार किए जाते हैं:

--विधि= प्रतिनिधित्व करने वाली GFF3 पंक्तियों के लिए विधि सेट करें
ट्रैक में प्रत्येक मात्रात्मक डेटा बिंदु।
डिफ़ॉल्ट "microarray_oligo" है।

--स्रोत= GFF3 फ़ाइल के लिए स्रोत फ़ील्ड सेट करें। डिफ़ॉल्ट है
कोई नहीं।

--gff3 एक GFF3-प्रारूप फ़ाइल बनाएं (डिफ़ॉल्ट)

--फीचरफाइल एक "फीचरफाइल" प्रारूप फ़ाइल बनाएं - यह है
GBrowse अपलोड के लिए सरलीकृत प्रारूप का उपयोग किया जाता है। यह
विकल्प --gff3 विकल्प के साथ असंगत है।

--नमूना यदि सत्य है, तो बहुत बड़ी फ़ाइलों (>5 एमबी) का नमूना लिया जाएगा
न्यूनतम, अधिकतम और मानक विचलन प्राप्त करने के लिए; अन्यथा
इन आँकड़ों को प्राप्त करने के लिए पूरी फ़ाइल को स्कैन किया जाएगा।
इससे फ़ाइलें तेज़ी से संसाधित हो जाएंगी, लेकिन बाहरी रूप से चूक सकती हैं
मूल्यों.

--पथ= वह निर्देशिका निर्दिष्ट करें जिसमें बाइनरी विगल को रखा जाए
फ़ाइलें. डिफ़ॉल्ट वर्तमान अस्थायी निर्देशिका है
(/ Tmp या जो भी आपके ऑपरेटिंग सिस्टम के लिए उपयुक्त हो)।

--आधार= "--पथ" के समान।

--trackname विगफ़ाइल निर्माण के लिए ट्रैकनाम आधार निर्दिष्ट करें

--सहायता यह दस्तावेज़।

यह स्क्रिप्ट संक्षिप्त विकल्पों सहित विभिन्न प्रकार की विकल्प शैलियों को स्वीकार करेगी
("--meth=foo"), एकल वर्ण विकल्प ("-m foo"), और अन्य सामान्य रूप।

द्विचर लचीलापन देता है फ़ाइलों
इस उपयोगिता द्वारा बनाई गई बाइनरी "विगल" फ़ाइलें इसका उपयोग करके पढ़ने योग्य हैं
बायो::ग्राफिक्स::विगल मॉड्यूल। मात्रात्मक डेटा को 1-255 की सीमा तक स्केल किया गया है
(बहुत सारी सटीकता खो रही है, लेकिन डेटा विज़ुअलाइज़ेशन के लिए अभी भी पर्याप्त से अधिक है), और संग्रहीत
एक पैक्ड प्रारूप में जिसमें प्रत्येक फ़ाइल एक एकल गुणसूत्र की लंबाई से मेल खाती है
संपर्क

एक बार बन जाने के बाद, बाइनरी फ़ाइलों को स्थानांतरित नहीं किया जाना चाहिए या उनका नाम नहीं बदला जाना चाहिए, जब तक कि आप सावधान न हों
GFF3 में "विगफ़ाइल" विशेषता द्वारा दिए गए पथनामों में संगत परिवर्तन करें
फ़ाइल सुविधा पंक्तियाँ। आपको कॉपी करने के लिए सीपी कमांड का उपयोग करने में भी सावधानी बरतनी चाहिए
बाइनरी फ़ाइलें; उन्हें "छेद" के साथ इस तरह से स्वरूपित किया जाता है कि डेटा गायब न हो
डिस्क पर कोई भी स्थान लें। यदि आप उन्हें सीपी करते हैं, तो छेद शून्य और से भर जाएंगे
जगह की बचत ख़त्म हो जाएगी. इसके --sparse विकल्प के साथ "टार" कमांड का उपयोग करना बेहतर है
फ़ाइलों को एक स्थान से दूसरे स्थान पर ले जाएँ।

उदाहरण विग पट्टिका
यह उदाहरण से हैhttp://genome.ucsc.edu/goldenPath/help/wiggle.html>:

# फ़ाइल नाम: example.wig
#
# 300 बेस वाइड बार ग्राफ़, ऑटोस्केल डिफ़ॉल्ट रूप से चालू है == ग्राफ़िंग
हमेशा डेटा की पूरी श्रृंखला दिखाने के लिए # सीमाएं गतिशील रूप से बदल जाएंगी
# विंडो देखने में, प्राथमिकता = 20 इसे दूसरे ग्राफ़ के रूप में स्थान देता है
# ध्यान दें, बिस्तर प्रारूप के लिए शून्य-सापेक्ष, अर्ध-खुला समन्वय प्रणाली उपयोग में है
ट्रैक प्रकार = wiggle_0 नाम = "बेड प्रारूप" विवरण = "BED प्रारूप" \
दृश्यता=पूर्ण रंग=200,100,0 altरंग=0,100,200 प्राथमिकता=20
chr19 59302000 59302300 -1.0
chr19 59302300 59302600 -0.75
chr19 59302600 59302900 -0.50
chr19 59302900 59303200 -0.25
chr19 59303200 59303500 0.0
chr19 59303500 59303800 0.25
chr19 59303800 59304100 0.50
chr19 59304100 59304400 0.75
chr19 59304400 59304700 1.00
# मनमाने ढंग से दूरी वाले स्थानों पर 150 बेस वाइड बार ग्राफ़,
# दहलीज रेखा y=11.76 पर खींची गई
#ऑटोस्केल ऑफ व्यूइंग रेंज को [0:25] पर सेट किया गया
# प्राथमिकता = 10 इसे पहले ग्राफ़ के रूप में स्थान देता है
# ध्यान दें, इस प्रारूप के लिए एक-सापेक्ष समन्वय प्रणाली उपयोग में है
ट्रैक प्रकार = wiggle_0 नाम = "variableStep" विवरण = "variableStep प्रारूप" \
दृश्यता=पूर्ण ऑटोस्केल=ऑफ व्यूलिमिट्स=0.0:25.0 रंग=255,200,0 \
yLineMark=11.76 yLineOnOff=प्राथमिकता पर=10
वेरिएबलस्टेप क्रोम=chr19 स्पैन=150
59304701 10.0
59304901 12.5
59305401 15.0
59305601 17.5
59305901 20.0
59306081 17.5
59306301 15.0
59306691 12.5
59307871 10.0
# प्रत्येक 200 आधारों पर 300 आधार विस्तृत बिंदु ग्राफ़, 50 पिक्सेल ऊँचा ग्राफ़
# ऑटोस्केल बंद और देखने की सीमा [0:1000] पर सेट है
# प्राथमिकता = 30 इसे तीसरे ग्राफ़ के रूप में स्थान देता है
# ध्यान दें, इस प्रारूप के लिए एक-सापेक्ष समन्वय प्रणाली उपयोग में है
ट्रैक प्रकार = विगल_0 नाम = "निश्चित चरण" विवरण = "निश्चित चरण" दृश्यता = पूर्ण \
ऑटोस्केल=ऑफ व्यूलिमिट्स=0:1000 रंग=0,200,100 अधिकतमहाइटपिक्सेल=100:50:20 \
ग्राफ़ प्रकार=अंक प्राथमिकता=30
फिक्स्डस्टेप क्रोम=chr19 प्रारंभ=59307401 चरण=300 स्पैन=200
1000
900
800
700
600
500
400
300
200
100

आप इसे निम्न आदेश के साथ लोड करने योग्य GFF3 फ़ाइल में परिवर्तित कर सकते हैं:

wiggle2gff3.pl --meth=example --so=example --path=/var/gbrowse/db example.wig \
> example.gff3

आउटपुट इस तरह दिखेगा:

##gff-संस्करण 3

chr19 उदाहरण उदाहरण 59302001 59304700। . . नाम=बिस्तर प्रारूप;विगफ़ाइल=/var/gbrowse/db/track001.chr19.1199828298.wig
chr19 उदाहरण उदाहरण 59304701 59308020। . . नाम=variableStep;wigfile=/var/gbrowse/db/track002.chr19.1199828298.wig
chr19 उदाहरण उदाहरण 59307401 59310400। . . नाम=फ़िक्स्डस्टेप;विगफ़ाइल=/var/gbrowse/db/track003.chr19.1199828298.wig

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