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wiggle2gff3p - क्लाउड में ऑनलाइन

उबंटू ऑनलाइन, फेडोरा ऑनलाइन, विंडोज ऑनलाइन एमुलेटर या मैक ओएस ऑनलाइन एमुलेटर पर ऑनवर्क्स मुफ्त होस्टिंग प्रदाता में wiggle2gff3p चलाएं

यह wiggle2gff3p कमांड है जिसे हमारे कई मुफ्त ऑनलाइन वर्कस्टेशन जैसे उबंटू ऑनलाइन, फेडोरा ऑनलाइन, विंडोज ऑनलाइन एमुलेटर या मैक ओएस ऑनलाइन एमुलेटर में से एक का उपयोग करके ऑनवर्क्स फ्री होस्टिंग प्रदाता में चलाया जा सकता है।

कार्यक्रम:

नाम


wiggle2gff3.pl - UCSC WIG प्रारूप फ़ाइलों को gff3 फ़ाइलों में परिवर्तित करता है

SYNOPSIS


wiggle2gff3.pl [विकल्प] WIG_FILE > load_data.gff3

UCSC WIG प्रारूप फ़ाइलों को gff3 फ़ाइलों में परिवर्तित करता है जो GBrowse में लोड करने के लिए उपयुक्त हैं
डेटाबेस। इसका उपयोग सीएनवी, एसएनपी और एक्सप्रेशन जैसे उच्च घनत्व वाले मात्रात्मक डेटा के लिए किया जाता है
सरणियों।

वर्णन


इस कनवर्टर का उपयोग तब करें जब आपके पास xyplot का उपयोग करके प्रदर्शित करने के लिए सघन मात्रात्मक डेटा हो,
घनत्व, या हीटमैप ग्लिफ़, और बहुत अधिक डेटा आइटम (हजारों) GBrowse में लोड करने के लिए। यह
मात्रात्मक डेटा युक्त एक या अधिक स्थान-कुशल बाइनरी फ़ाइलें बनाता है, जैसे
साथ ही एक छोटी GFF3 फ़ाइल जिसे चाडो या अन्य GBrowse डेटाबेस में लोड किया जा सकता है।

विशिष्ट उपयोग इस प्रकार है:

% wiggle2gff3.pl --method=microarray_oligo my_data.wig > my_data.gff3

ऑप्शंस
निम्नलिखित विकल्प स्वीकार किए जाते हैं:

--विधि = प्रतिनिधित्व करने वाली GFF3 लाइनों के लिए विधि सेट करें
ट्रैक में प्रत्येक मात्रात्मक डेटा बिंदु।
डिफ़ॉल्ट "microarray_oligo" है।

--स्रोत= GFF3 फ़ाइल के लिए स्रोत फ़ील्ड सेट करें। डिफ़ॉल्ट है
कोई नहीं।

--gff3 एक GFF3-प्रारूप फ़ाइल बनाएँ (डिफ़ॉल्ट)

--featurefile एक "फ़ीचर फ़ाइल" प्रारूप फ़ाइल बनाएँ -- यह है
GBrowse अपलोड के लिए उपयोग किया जाने वाला सरलीकृत प्रारूप। इस
विकल्प --gff3 विकल्प के साथ असंगत है।

--नमूना यदि सही है, तो बहुत बड़ी फ़ाइलों (>5 एमबी) का नमूना लिया जाएगा
न्यूनतम, अधिकतम और मानक विचलन प्राप्त करने के लिए; अन्यथा
इन आंकड़ों को प्राप्त करने के लिए पूरी फाइल को स्कैन किया जाएगा।
यह फ़ाइलों को तेज़ी से संसाधित करेगा लेकिन अधिक छूट सकता है
मूल्यों.

--पथ= उस निर्देशिका को निर्दिष्ट करें जिसमें बाइनरी विग्गल रखना है
फ़ाइलें। डिफ़ॉल्ट वर्तमान अस्थायी निर्देशिका है
(/ Tmp या जो भी आपके ऑपरेटिंग सिस्टम के लिए उपयुक्त हो)।

--आधार= "--पथ" के समान।

--trackname wigfile निर्माण के लिए ट्रैकनाम आधार निर्दिष्ट करें

--help यह दस्तावेज।

यह स्क्रिप्ट संक्षिप्त विकल्पों सहित विभिन्न विकल्प शैलियों को स्वीकार करेगी
("--meth=foo"), एकल वर्ण विकल्प ("-m foo"), और अन्य सामान्य रूप।

द्विचर लचीलापन देता है फ़ाइलों
इस उपयोगिता द्वारा बनाई गई बाइनरी "विगल" फाइलें का उपयोग करके पठनीय हैं
बायो::ग्राफिक्स::विगल मॉड्यूल। मात्रात्मक डेटा को 1-255 . की सीमा तक बढ़ाया जाता है
(बहुत सारी सटीकता खोना, लेकिन फिर भी डेटा विज़ुअलाइज़ेशन के लिए पर्याप्त से अधिक), और संग्रहीत
एक पैक प्रारूप में जिसमें प्रत्येक फ़ाइल एकल गुणसूत्र की लंबाई से मेल खाती है या
कांटे

एक बार बनाने के बाद, बाइनरी फ़ाइलों को तब तक स्थानांतरित या नाम बदला नहीं जाना चाहिए, जब तक कि आप सावधान न हों
GFF3 में "विगफाइल" विशेषता द्वारा दिए गए पथनामों में संबंधित परिवर्तन करें
फ़ाइल सुविधा लाइनें। आपको कॉपी करने के लिए cp कमांड का उपयोग करने के बारे में भी सावधान रहना चाहिए
बाइनरी फ़ाइलें; वे "छेद" के साथ इस तरह से स्वरूपित होते हैं कि लापता डेटा नहीं होता है
डिस्क पर कोई भी स्थान लें। यदि आप उन्हें सीपी करते हैं, तो छेद शून्य से भर जाएंगे और
अंतरिक्ष की बचत खो जाएगी। इसके --sparse विकल्प के साथ "tar" कमांड का उपयोग करना बेहतर है
फाइलों को एक जगह से दूसरी जगह ले जाना।

उदाहरण विग पट्टिका
यह उदाहरण . का हैhttp://genome.ucsc.edu/goldenPath/help/wiggle.html>:

# फ़ाइल नाम: example.wig
#
# 300 बेस वाइड बार ग्राफ, ऑटोस्केल डिफ़ॉल्ट रूप से चालू है == ग्राफिंग
डेटा की पूरी श्रृंखला हमेशा दिखाने के लिए # सीमाएं गतिशील रूप से बदल जाएंगी
# विंडो देखने में, प्राथमिकता = 20 इसे दूसरे ग्राफ़ के रूप में स्थान देता है
# नोट, बिस्तर प्रारूप के लिए उपयोग में शून्य-सापेक्ष, आधा खुला समन्वय प्रणाली
ट्रैक प्रकार = wiggle_0 नाम = "बिस्तर प्रारूप" विवरण = "बिस्तर प्रारूप" \
दृश्यता=पूर्ण रंग=200,100,0 altColor=0,100,200 प्राथमिकता=20
chr19 59302000 59302300 -1.0
chr19 59302300 59302600 -0.75
chr19 59302600 59302900 -0.50
chr19 59302900 59303200 -0.25
chr19 59303200 59303500 0.0
chr19 59303500 59303800 0.25
chr19 59303800 59304100 0.50
chr19 59304100 59304400 0.75
chr19 59304400 59304700 1.00
# 150 बेस वाइड बार ग्राफ मनमाने ढंग से स्थान पर,
# थ्रेशोल्ड लाइन y=11.76 . पर खींची गई
# ऑटोस्केल ऑफ व्यूइंग रेंज [0:25] पर सेट है
# प्राथमिकता = 10 इसे पहले ग्राफ़ के रूप में रखें
# नोट, इस प्रारूप के लिए उपयोग में एक-सापेक्ष समन्वय प्रणाली
ट्रैक प्रकार = wiggle_0 नाम = "चर चरण" विवरण = "चर चरण प्रारूप" \
दृश्यता=पूर्ण ऑटोस्केल=ऑफ व्यूलिमिट्स=0.0:25.0 रंग=255,200,0 \
yLineMark=11.76 yLineOnOff=प्राथमिकता पर=10
वेरिएबलस्टेप क्रोम=chr19 स्पैन=150
59304701 10.0
59304901 12.5
59305401 15.0
59305601 17.5
59305901 20.0
59306081 17.5
59306301 15.0
59306691 12.5
59307871 10.0
# 200 बेस वाइड पॉइंट ग्राफ हर 300 बेस पर, 50 पिक्सल हाई ग्राफ
# ऑटोस्केल बंद और देखने की सीमा [0:1000] पर सेट है
# प्राथमिकता = 30 इसे तीसरे ग्राफ़ के रूप में स्थान दें
# नोट, इस प्रारूप के लिए उपयोग में एक-सापेक्ष समन्वय प्रणाली
ट्रैक प्रकार = wiggle_0 नाम = "निश्चित चरण" विवरण = "निश्चित चरण" दृश्यता = पूर्ण \
autoScale=off viewLimits=0:1000 color=0,200,100 maxHeightPixels=100:50:20 \
ग्राफ टाइप = अंक प्राथमिकता = 30
फिक्स्डस्टेप क्रोम=chr19 स्टार्ट=59307401 स्टेप=300 स्पैन=200
1000
900
800
700
600
500
400
300
200
100

आप इसे निम्न आदेश के साथ लोड करने योग्य GFF3 फ़ाइल में परिवर्तित कर सकते हैं:

wiggle2gff3.pl --meth=example --so=example --path=/var/gbrowse/db example.wig \
> example.gff3

आउटपुट इस तरह दिखेगा:

##जीएफएफ-संस्करण 3

chr19 उदाहरण उदाहरण 59302001 59304700। . . नाम=बिस्तर प्रारूप;विगफाइल=/var/gbrowse/db/track001.chr19.1199828298.wig
chr19 उदाहरण उदाहरण 59304701 59308020। . . Name=variableStep;wigfile=/var/gbrowse/db/track002.chr19.1199828298.wig
chr19 उदाहरण उदाहरण 59307401 59310400। . . Name=fixedStep;wigfile=/var/gbrowse/db/track003.chr19.1199828298.wig

onworks.net सेवाओं का उपयोग करके ऑनलाइन wiggle2gff3p का उपयोग करें


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