рдпрд╣ rRNAFinder рдирд╛рдо рдХрд╛ Linux рдРрдк рд╣реИ рдЬрд┐рд╕рдХреА рдирд╡реАрдирддрдо рд░рд┐рд▓реАрдЬрд╝ рдХреЛ rRNAFinder-v1.1.1.zip рдХреЗ рд░реВрдк рдореЗрдВ рдбрд╛рдЙрдирд▓реЛрдб рдХрд┐рдпрд╛ рдЬрд╛ рд╕рдХрддрд╛ рд╣реИред рдЗрд╕реЗ рд╡рд░реНрдХрд╕реНрдЯреЗрд╢рди рдХреЗ рд▓рд┐рдП рдореБрдлреНрдд рд╣реЛрд╕реНрдЯрд┐рдВрдЧ рдкреНрд░рджрд╛рддрд╛ рдСрдирд╡рд░реНрдХреНрд╕ рдореЗрдВ рдСрдирд▓рд╛рдЗрди рдЪрд▓рд╛рдпрд╛ рдЬрд╛ рд╕рдХрддрд╛ рд╣реИред
rRNAFinder рдирд╛рдо рдХреЗ рдЗрд╕ рдРрдк рдХреЛ OnWorks рдХреЗ рд╕рд╛рде рдореБрдлреНрдд рдореЗрдВ рдСрдирд▓рд╛рдЗрди рдбрд╛рдЙрдирд▓реЛрдб рдХрд░реЗрдВ рдФрд░ рдЪрд▓рд╛рдПрдВред
рдЗрд╕ рдРрдк рдХреЛ рдЪрд▓рд╛рдиреЗ рдХреЗ рд▓рд┐рдП рдЗрди рдирд┐рд░реНрджреЗрд╢реЛрдВ рдХрд╛ рдкрд╛рд▓рди рдХрд░реЗрдВ:
- 1. рдЗрд╕ рдПрдкреНрд▓рд┐рдХреЗрд╢рди рдХреЛ рдЕрдкрдиреЗ рдкреАрд╕реА рдореЗрдВ рдбрд╛рдЙрдирд▓реЛрдб рдХрд░реЗрдВред
- 2. рд╣рдорд╛рд░реЗ рдлрд╝рд╛рдЗрд▓ рдкреНрд░рдмрдВрдзрдХ рдореЗрдВ https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX рдЙрд╕ рдЙрдкрдпреЛрдЧрдХрд░реНрддрд╛ рдирд╛рдо рдХреЗ рд╕рд╛рде рджрд░реНрдЬ рдХрд░реЗрдВ рдЬреЛ рдЖрдк рдЪрд╛рд╣рддреЗ рд╣реИрдВред
- 3. рдЗрд╕ рдПрдкреНрд▓рд┐рдХреЗрд╢рди рдХреЛ рдРрд╕реЗ рдлрд╛рдЗрд▓ рдореИрдиреЗрдЬрд░ рдореЗрдВ рдЕрдкрд▓реЛрдб рдХрд░реЗрдВред
- 4. рдЗрд╕ рд╡реЗрдмрд╕рд╛рдЗрдЯ рд╕реЗ рдСрдирд╡рд░реНрдХреНрд╕ рд▓рд┐рдирдХреНрд╕ рдСрдирд▓рд╛рдЗрди рдпрд╛ рд╡рд┐рдВрдбреЛрдЬ рдСрдирд▓рд╛рдЗрди рдПрдореБрд▓реЗрдЯрд░ рдпрд╛ рдореИрдХреЛрдЬрд╝ рдСрдирд▓рд╛рдЗрди рдПрдореБрд▓реЗрдЯрд░ рд╢реБрд░реВ рдХрд░реЗрдВред
- 5. рдСрдирд╡рд░реНрдХреНрд╕ рд▓рд┐рдирдХреНрд╕ рдУрдПрд╕ рд╕реЗ рдЖрдкрдиреЗ рдЕрднреА рд╢реБрд░реБрдЖрдд рдХреА рд╣реИ, рд╣рдорд╛рд░реЗ рдлрд╛рдЗрд▓ рдореИрдиреЗрдЬрд░ рдХреЛ https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX рдЙрд╕ рдпреВрдЬрд░рдиреЗрдо рдХреЗ рд╕рд╛рде рдЬрд╛рдПрдВ рдЬреЛ рдЖрдк рдЪрд╛рд╣рддреЗ рд╣реИрдВред
- 6. рдПрдкреНрд▓рд┐рдХреЗрд╢рди рдбрд╛рдЙрдирд▓реЛрдб рдХрд░реЗрдВ, рдЗрд╕реЗ рдЗрдВрд╕реНрдЯреЙрд▓ рдХрд░реЗрдВ рдФрд░ рдЗрд╕реЗ рдЪрд▓рд╛рдПрдВред
рдЖрд░рдЖрд░рдПрдирдПрдлрд╛рдЗрдВрдбрд░
Ad
рд╡рд░реНрдгрди
рдЖрд░рдЖрд░рдПрдирдПрдлрд╛рдЗрдВрдбрд░ рдПрдХ рдЫреЛрдЯрд╛ рдкрд░реНрд▓ рд╕реЙрдлреНрдЯрд╡реЗрдпрд░ рдкреИрдХреЗрдЬ рд╣реИ, рдЬрд┐рд╕рдХрд╛ рдЙрдкрдпреЛрдЧ рдЗрдирдкреБрдЯ рдХреЗ рд░реВрдк рдореЗрдВ рдЗрдХрдЯреНрдареЗ рдЬреАрдиреЛрдо/рдореЗрдЯрд╛рдЧреЗрдиреЛрдо рдХреЙрдиреНрдЯрд┐рдЧреНрд╕ рдХрд╛ рдЙрдкрдпреЛрдЧ рдХрд░рдХреЗ рд╕реНрд╡рдЪрд╛рд▓рд┐рдд рд░реВрдк рд╕реЗ рд░рд╛рдЗрдмреЛрд╕реЛрдо рдЖрд░рдПрдирдП рдЬреАрди рдХреА рднрд╡рд┐рд╖реНрдпрд╡рд╛рдгреА рдФрд░ рд╡рд░реНрдЧреАрдХрд░рдг рдХрд░рдиреЗ рдХреЗ рд▓рд┐рдП рдХрд┐рдпрд╛ рдЬрд╛ рд╕рдХрддрд╛ рд╣реИред рд╕реЙрдлрд╝реНрдЯрд╡реЗрдпрд░ рдХрд╛ рдкрд░реАрдХреНрд╖рдг рдХреЗрд╡рд▓ рд▓рд┐рдирдХреНрд╕ рдСрдкрд░реЗрдЯрд┐рдВрдЧ рд╕рд┐рд╕реНрдЯрдо рдкрд░ рдХрд┐рдпрд╛ рдЧрдпрд╛ рдерд╛ред
рдкреИрдХреЗрдЬ рдореЗрдВ рд╢рд╛рдорд┐рд▓ "rRNAFinder.pl" рдкреНрд░реЛрдЧреНрд░рд╛рдо рдЗрдирдкреБрдЯ рдХреЙрдиреНрдЯрд┐рдЧреНрд╕ рд╕реЗ rRNA рдЬреАрди рдХреА рдкрд╣рдЪрд╛рди рдХрд░рдиреЗ рдХреЗ рд▓рд┐рдП arc.hmm, bac.hmm, рдФрд░ euk.hmm рдбреЗрдЯрд╛рдмреЗрд╕ рдХреЗ рд╡рд┐рд░реБрджреНрдз рдЦреЛрдЬ рдХрд░рдиреЗ рд╡рд╛рд▓реЗ nhmmer рдкреНрд░реЛрдЧреНрд░рд╛рдо рдХрд╛ рдЙрдкрдпреЛрдЧ рдХрд░рддрд╛ рд╣реИред рдЕрдиреБрдорд╛рдирд┐рдд рдЖрд░рдЖрд░рдПрдирдП рдЬреАрди рдореЗрдВ 16рдПрд╕, 18рдПрд╕, 23рдПрд╕, 28рдПрд╕, 5рдПрд╕ рдФрд░ 5.8рдПрд╕ рдЖрд░рдЖрд░рдПрдирдП рдЬреАрди рд╢рд╛рдорд┐рд▓ рд╣реИрдВред
"rna2taxon.pl" рдкреНрд░реЛрдЧреНрд░рд╛рдо рдЗрдирдкреБрдЯ рдЬреАрди рдХреЗ рд▓рд┐рдП рдЯреИрдХреНрд╕реЛрдиреЛрдорд┐рдХ рдЕрд╕рд╛рдЗрдирдореЗрдВрдЯ рдХрд╛ рдЙрддреНрдкрд╛рджрди рдХрд░рдиреЗ рдХреЗ рд▓рд┐рдП рдЗрдирдкреБрдЯ рдХреЗ рд░реВрдк рдореЗрдВ рдЙрдкрд░реЛрдХреНрдд рдЬреЗрдирд░реЗрдЯ рдХрд┐рдП рдЧрдП рдлрд╛рд╕реНрдЯрд╛ рдкреНрд░рд╛рд░реВрдк рдЖрд░рдЖрд░рдПрдирдП рдЬреАрди рдЕрдиреБрдХреНрд░рдореЛрдВ рдХреЛ рд╕реНрд╡реАрдХрд╛рд░ рдХрд░рддрд╛ рд╣реИред рдЗрдирдкреБрдЯ рдЖрд░рдЖрд░рдПрдирдП рдЬреАрди рдЕрдиреБрдХреНрд░рдореЛрдВ рдХреЛ рдмреНрд▓рд╛рд╕реНрдЯрдПрди рдХрд╛ рдЙрдкрдпреЛрдЧ рдХрд░рдХреЗ рдбрд╛рдЙрдирд▓реЛрдб рдФрд░ рдкреБрди: рд╕реНрд╡рд░реВрдкрд┐рдд рд╕рд┐рд▓реНрд╡рд╛ рдПрд╕рдПрд╕рдпреВ рдФрд░ рдПрд▓рдПрд╕рдпреВ рдбреЗрдЯрд╛рдмреЗрд╕ рдХреЗ рд╡рд┐рд░реБрджреНрдз рдЦреЛрдЬрд╛ рдЬрд╛рддрд╛ рд╣реИред
рдХреГрдкрдпрд╛ рдпрд╣рд╛рдВ рд╕реНрдерд┐рдд rRNAFinder GitHub рд░рд┐рдкреЙрдЬрд┐рдЯрд░реА рд╕реЗ README.md рдлрд╝рд╛рдЗрд▓ рджреЗрдЦреЗрдВ https://github.com/xiaoli-dong/rRNAFinder rRNAFinder рдХреЛ рдХреЙрдиреНрдлрд╝рд┐рдЧрд░ рдХрд░рдиреЗ рдФрд░ рдЪрд▓рд╛рдиреЗ рдХреЗ рдирд┐рд░реНрджреЗрд╢реЛрдВ рдХреЗ рд▓рд┐рдП
рд╡рд┐рд╢реЗрд╖рддрд╛рдПрдВ
- рдЖрд░рдЖрд░рдПрдирдП рдЬреАрди рдХреА рднрд╡рд┐рд╖реНрдпрд╡рд╛рдгреА рдХрд░реЗрдВ (5рдПрд╕, 5.8рдПрд╕, 16рдПрд╕, 18рдПрд╕, 23рдПрд╕, 28рдПрд╕ рдЖрд░рдЖрд░рдПрдирдП рдЬреАрди)
- рд╕рд┐рд▓реНрд╡рд╛ рдПрд╕рдПрд╕рдпреВ рдФрд░ рдПрд▓рдПрд╕рдпреВ рдбреЗрдЯрд╛рдмреЗрд╕ рдХреЗ рд╡рд┐рд░реБрджреНрдз рдмреНрд▓рд╛рд╕реНрдЯрди рдЦреЛрдЬ рдХрд╛ рдЙрдкрдпреЛрдЧ рдХрд░рдХреЗ рдЕрдиреБрдорд╛рдирд┐рдд рдЖрд░рдЖрд░рдПрдирдП рдЬреАрди рдХрд╛ рд╡рд░реНрдЧреАрдХрд░рдг рдЕрд╕рд╛рдЗрдирдореЗрдВрдЯ
- рддреЗрдЬрд╝ рдФрд░ рдПрдХрд╛рдзрд┐рдХ рд╕реАрдкреАрдпреВ рдереНрд░реЗрдб рдХрд╛ рдЙрдкрдпреЛрдЧ рдХрд░ рд╕рдХрддрд╛ рд╣реИ
рджрд░реНрд╢рдХ
рд╡рд┐рдЬреНрдЮрд╛рди/рдЕрдиреБрд╕рдВрдзрд╛рди
рдпреВрдЬрд░ рдЗрдВрдЯрд░рдлреЗрд╕
рдХрдорд╛рдВрдб рд▓рд╛рдЗрди
рд╢реНрд░реЗрдгрд┐рдпрд╛рдБ
рдпрд╣ рдПрдХ рдПрдкреНрд▓рд┐рдХреЗрд╢рди рд╣реИ рдЬрд┐рд╕реЗ https://sourceforge.net/projects/rrnafinder/ рд╕реЗ рднреА рдкреНрд░рд╛рдкреНрдд рдХрд┐рдпрд╛ рдЬрд╛ рд╕рдХрддрд╛ рд╣реИред рд╣рдорд╛рд░реЗ рдирд┐рдГрд╢реБрд▓реНрдХ рдСрдкрд░реЗрдЯрд┐рд╡ рд╕рд┐рд╕реНрдЯрдореЛрдВ рдореЗрдВ рд╕реЗ рдПрдХ рд╕реЗ рд╕рдмрд╕реЗ рдЖрд╕рд╛рди рддрд░реАрдХреЗ рд╕реЗ рдСрдирд▓рд╛рдЗрди рдЪрд▓рд╛рдиреЗ рдХреЗ рд▓рд┐рдП рдЗрд╕реЗ рдСрдирд╡рд░реНрдХреНрд╕ рдореЗрдВ рд╣реЛрд╕реНрдЯ рдХрд┐рдпрд╛ рдЧрдпрд╛ рд╣реИред