यह SOAP3-DP नाम का Linux ऐप है जिसकी नवीनतम रिलीज़ को साबुन3-dp-2.3.172-cuda4.2-linux-AmazonEC2.tar.gz के रूप में डाउनलोड किया जा सकता है। इसे वर्कस्टेशन के लिए मुफ्त होस्टिंग प्रदाता ऑनवर्क्स में ऑनलाइन चलाया जा सकता है।
ऑनवर्क्स के साथ SOAP3-DP नाम के इस ऐप को ऑनलाइन डाउनलोड करें और चलाएं।
इस ऐप को चलाने के लिए इन निर्देशों का पालन करें:
- 1. इस एप्लिकेशन को अपने पीसी में डाउनलोड करें।
- 2. हमारे फ़ाइल प्रबंधक में https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX उस उपयोगकर्ता नाम के साथ दर्ज करें जो आप चाहते हैं।
- 3. इस एप्लिकेशन को ऐसे फाइल मैनेजर में अपलोड करें।
- 4. इस वेबसाइट से ऑनवर्क्स लिनक्स ऑनलाइन या विंडोज ऑनलाइन एमुलेटर या मैकोज़ ऑनलाइन एमुलेटर शुरू करें।
- 5. ऑनवर्क्स लिनक्स ओएस से आपने अभी शुरुआत की है, हमारे फाइल मैनेजर को https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX उस यूजरनेम के साथ जाएं जो आप चाहते हैं।
- 6. एप्लिकेशन डाउनलोड करें, इसे इंस्टॉल करें और इसे चलाएं।
स्क्रीनशॉट
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SOAP3-डीपी
वर्णन
GitHub पर नवीनतम कोड:
https://github.com/aquaskyline/SOAP3-dp
SOAP3-dp, अनुकूलित एल्गोरिदम के साथ CPU और GPU दोनों की कम्प्यूटेशनल शक्ति का लाभ उठाते हुए, एक साथ उच्च गति और संवेदनशीलता प्रदान करता है। BWA, Bowtie2, SeqAlto, CUSHAW2, GEM और GPU-आधारित संरेखकों BarraCUDA और CUSHAW सहित व्यापक रूप से अपनाए गए संरेखकों की तुलना में, SOAP3-dp उच्चतम संवेदनशीलता और निम्नतम झूठी खोज दर (FDR) को बनाए रखते हुए दो से दस गुना तेज पाया गया। ) इलुमिना पर अलग-अलग लंबाई के साथ पढ़ता है। SOAP3-dp मूल रूप से BAM फ़ाइल स्वरूप का समर्थन करता है और BWA के समान स्कोरिंग योजना प्रदान करता है, जो इसे मौजूदा विश्लेषण पाइपलाइनों में एकीकृत करने में सक्षम बनाता है।
प्रशस्ति पत्र: लुओ आर, वोंग टी, झू जे, लियू सीएम, झू एक्स, एट अल। (2013) SOAP3-dp: तेज़, सटीक और संवेदनशील GPU-आधारित लघु रीड एलाइनर। प्लस वन 8(5): e65632. डीओआई: 10.1371/journal.pone.0065632
दर्शक
विज्ञान/अनुसंधान
यूजर इंटरफेस
कंसोल/टर्मिनल
प्रोग्रामिंग भाषा
सी ++, सी
श्रेणियाँ
यह एक ऐसा एप्लिकेशन है जिसे https://sourceforge.net/projects/soap3dp/ से भी प्राप्त किया जा सकता है। इसे ऑनवर्क्स में होस्ट किया गया है ताकि इसे हमारे एक फ्री ऑपरेटिव सिस्टम से सबसे आसान तरीके से ऑनलाइन चलाया जा सके।
