asn2all - Online di Cloud

PROGRAM:

NAMA

asn2all - menghasilkan laporan dari data biologis ASN.1

RINGKASAN

asn2all [-] [-A acc] [-F nama file] [-G] [-J n] [-K n] [-M] [-T] [-X] [-a mengetik] [-b] [-c]
[-d path] [-f format] [-h] [-i nama file] [-k] [-l] [-n kebijaksanaan] [-o nama file] [-p path]
[-r] [-v nama file] [-x ext]

DESKRIPSI

asn2all terutama ditujukan untuk menghasilkan laporan dari biner ASN.1 Bioseq-set
rilis file yang diunduh dari situs ftp NCBI (direktori ncbi-asn1). Itu bisa menghasilkan
Flatfile GenBank dan GenPept, file urutan FASTA, XML terstruktur INSDSet, TinySeq XML,
dan tabel fitur 5 kolom bergaya payet.

File rilis (yang memiliki ekstensi .aso.gz) harus dikompresi dengan
gunzip(1), menghasilkan file dengan ekstensi .aso. Sebagai contoh, gbpri1.aso adalah
file pertama di divisi primata, dan perintah

gunzip gbpri1.aso.gz

akan menghasilkan gbpri1.aso sedang dibuat. Asli gbpri1.aso.gz file dihapus setelah
dekompresi yang berhasil.

In asn2all, nama file yang akan diproses ditentukan oleh -i command line
argumen. Menggunakan -a t untuk menunjukkan bahwa itu adalah file rilis dan -b untuk menunjukkan bahwa itu adalah
biner ASN.1. File teks ASN.1 yang diperoleh dari Entrez dapat diproses dengan menggunakan -a a
alih-alih -a t -b.

Catatan nukleotida dan protein dapat diproses secara bersamaan. Menggunakan -o argumen untuk
menunjukkan file keluaran nukleotida, dan -v argumen untuk file keluaran protein.

The -f argumen menentukan format yang akan dihasilkan, dan didokumentasikan secara lebih rinci
(bersama dengan opsi lain) di bagian berikut.

PILIHAN

Ringkasan opsi disertakan di bawah ini.

- Cetak pesan penggunaan

-A pencapaian
Aksesi untuk diambil; dapat mengambil bentuk pencapaian,kompleksitas,bendera dimana kompleksitas
biasanya harus 0 dan bendera nilai -1 memungkinkan pengambilan fitur eksternal

-F nama file
File Filter Aksesi

-G Pemetaan Genom Santai

-J n Seq-loc dari

-K n Seq-loc ke

-M Seq-loc Minus untai

-T Gunakan Utas

-X Output kualifikasi diperpanjang

-a mengetik
Masukkan jenis ASN.1:
a Otomatis (default)
c Terikat
z Apa saja
e Seq-entri
b Bioseq
s Bioseq-set
m Seq-kirim
t pemrosesan batch (cocok untuk rilis resmi; mendeteksi tipe tertentu secara otomatis)

-b Bioseq-set adalah Biner

-c Bioseq-set Terkompresi

-d path
Jalur ke Data ASN.1 biner yang diindeks

-f format
Format output:
g GenBank/GenPept (default)
m Gaya Master GenBank
f CEPAT
d CDS CEPAT
e Gen CEPAT
t Tabel fitur 5-kolom bergaya payet
y TinySet XML (mirip dengan FASTA)
s INSDSet XML (mirip dengan GenBank/GenPept)
teks ASN.1 yang setara secara struktural
x XML yang setara secara struktural
c komponen cache

-h Tampilkan pesan Bantuan ekstra

-i nama file
Masukkan nama file (input standar secara default)

-k Aktifkan pengambilan lokal

-l Kunci komponen terlebih dahulu

-n kebijaksanaan
Dekat kebijakan FASTA:
a Semua
n Dekat saja (default)
f Jauh saja

-o nama file
Nama file Keluaran Nukleotida

-p path
Jalur ke file

-r Aktifkan Pengambilan jarak jauh

-v nama file
Nama file keluaran protein

-x ext Akhiran pemilihan file saat bekerja dengan seluruh direktori. (defaultnya adalah .aso)

CONTOH

Perintah

asn2all -i gbpri1.aso -at -b -fg -o gbpri1.nuc -v gbpri1.prt

akan menghasilkan laporan GenBank dan GenPept dari gbpri1.aso.

Gunakan asn2all online menggunakan layanan onworks.net