autodocktools - Online di Cloud

PROGRAM:

NAMA

adt - AutoDockTools, front-end grafis untuk AutoDock

RINGKASAN

jalankanAdt [Pilihan]

DESKRIPSI

Halaman manual ini adalah terjemahan hampir literal dari output yang disediakan oleh jalankanAdt -h
perintah.

PILIHAN

Ringkasan opsi disertakan di bawah ini. Untuk deskripsi lengkap, lihat
tutorial dan dokumentasi yang tersedia secara online.

-H, --membantu
Tampilkan ringkasan opsi.

-a or --lagi
putar ulang file lastlog

--timpaLog
timpa file log

--unikLog
buat file log dengan nama unik

--tidak adaLog
matikan logging

--tidak ada percikan
matikan Layar Splash

--mati jangan memulai loop acara GUI

--penyesuai fillet
jalankan file yang ditentukan pengguna

--lib nama paket
tambahkan perpustakaan perintah

-v r, --penglihatan menjalankan
jalankan jaringan visi di baris perintah

-v o, --penglihatan sekali
jalankan jaringan visi dan keluar dari ADT

-d or --mode d mode
tentukan mode tampilan
mode dapat berupa kombinasi mode tampilan
'cpk' : cpk
'garis': garis
'ss' : pita struktur sekunder
'sb' : tongkat dan bola
'lic': licorice
'ms' : permukaan molekul
'ca': jejak C-alpha
'bt' : jejak tulang punggung
'sp' : CA-spline
'sssb' : struktur sekunder untuk protein, tongkat dan bola untuk
residu lain dengan garis ikatan untuk residu lain tanpa ikatan

-c or --mode cm mode
tentukan skema warna mode tampilan:
'ca' : warna berdasarkan atom
'cr' : warna berdasarkan residu (skema RASMOL)
'cc' : warna demi rantai
'cm' : warna menurut molekul
'cdg': warna menggunakan skema David Goodsell
'cs' : residu warna menggunakan skema Shapely
'css': warna dengan elemen struktur sekunder

CONTOH:

menampilkan protein sebagai pita, non protein sebagai tongkat dan bola dan warna berdasarkan jenis atom

adt -i --dmode sssb --cmode cr myprot.pdb

adt -i -m sssb -c cr myprot.pdb

Gunakan autodocktools online menggunakan layanan onworks.net