bowtie-debug - Online di Cloud

PROGRAM:

NAMA

bowtie - pelurus baca pendek hemat memori ultracepat

DESKRIPSI

Penggunaan: dasi kupu-kupu [opsi]* {-1 -2 | ---12 | } [ ]

Daftar file yang dipisahkan koma yang berisi pasangan upstream (atau urutannya
sendiri, jika -c diatur) dipasangkan dengan pasangan di

Daftar file yang dipisahkan koma yang berisi pasangan hilir (atau urutannya
sendiri jika -c diatur) dipasangkan dengan pasangan di

Daftar file yang dipisahkan koma yang berisi pembacaan gaya Crossbow. Bisa campuran
berpasangan dan tidak berpasangan. Tentukan "-" untuk stdin.

Daftar file yang dipisahkan koma yang berisi bacaan yang tidak berpasangan, atau urutannya
sendiri, jika -c diatur. Tentukan "-" untuk stdin.

File untuk menulis hit (default: stdout)

Memasukkan:
-q file input kueri adalah FASTQ .fq/.fastq (default)

-f file input kueri adalah (multi-)FASTA .fa/.mfa

-r file input kueri adalah satu-urutan-per-baris mentah

-c urutan kueri yang diberikan pada baris cmd (sebagai , )

-C bacaan dan indeks ada di ruang warna

-Q//-sama dengan
file QV yang sesuai dengan input CSFASTA; Gunakan dengan -f -C

--Q1//-Q2
sama seperti -Q, tetapi untuk file mate masing-masing 1 dan 2

-s/--melewati
lewati dulu membaca / memasangkan di input

-u//-qupto
berhenti dulu membaca/memasangkan (tidak termasuk bacaan yang dilewati)

-5//-trim5
memangkas basis dari 5' (kiri) akhir bacaan

-3//-trim3
memangkas basis dari 3' (kanan) akhir bacaan

--phred33-kualifikasi
kualitas input adalah Phred+33 (default)

--phred64-kualifikasi
kualitas input adalah Phred+64 (sama seperti --solexa1.3-kual)

--solexa-quals
kualitas input berasal dari GA Pipeline ver. < 1.3

--solexa1.3-qual
kualitas input berasal dari GA Pipeline ver. >= 1.3

--bilangan bulat-quals
kualitas diberikan sebagai bilangan bulat yang dipisahkan oleh ruang (bukan ASCII)

--indeks-besar
paksa penggunaan indeks 'besar', bahkan jika ada indeks kecil

Penjajaran:
-v
laporkan hit ujung ke ujung dengan <=v ketidakcocokan; mengabaikan kualitas

or

-n//seedmms ketidakcocokan maks dalam seed (bisa 0-3, default: -n 2)

-e//--maqerr
jumlah maksimum ketidakcocokan quals di keselarasan untuk -n (definisi: 70)

-l//-benih panjang biji untuk -n (bawaan: 28)

--nomaqround
nonaktifkan pembulatan kualitas seperti Maq untuk -n (10 terdekat <= 30)

-I//--minin
ukuran sisipan minimum untuk perataan ujung berpasangan (default: 0)

-X//-maksin
ukuran sisipan maksimum untuk perataan ujung berpasangan (default: 250)

--NS//-rf/--ff -1, -2 pasangan menyelaraskan fw/rev, rev/fw, fw/fw (default: --NS)

--sekarang//-norc
jangan sejajarkan dengan untai referensi pelengkap-maju/mundur

--maxbts
maks # mundur untuk -n 2/3 (default: 125, 800 untuk --terbaik)

--berpasangan
maks # upaya untuk menemukan pasangan untuk hit jangkar (default: 100)

-y/--berusaha keras
berusaha keras untuk menemukan keberpihakan yang valid, dengan mengorbankan kecepatan

--potongan
max megabyte RAM untuk frame pencarian pertama terbaik (def: 64)

Pelaporan:
-k
laporkan sampai perataan yang baik per baca (default: 1)

-a/--semua
laporkan semua keberpihakan per baca (jauh lebih lambat daripada rendah -k)

-m
tekan semua keberpihakan jika > ada (def: tidak ada batas)

-M
'like' -m, tetapi melaporkan 1 klik acak (MAPQ=0); memerlukan --terbaik

--terbaik hit dijamin strata terbaik; ikatan putus karena kualitas

--lapisan
hit di strata sub-optimal tidak dilaporkan (memerlukan --terbaik)

Keluaran:
-t/--waktu
cetak waktu jam dinding yang diambil oleh fase pencarian

-B//-offbase offset ref paling kiri = dalam keluaran bowtie (default: 0)

--diam
cetak apa-apa selain keberpihakan

--menyangkal
tulis perataan ke file refXXXX.map, 1 peta per referensi

--refidx
merujuk ke ref. seqs dengan indeks berbasis 0 daripada nama

--Al
tulis bacaan/pasangan yang selaras ke file

--tidak
tulis pembacaan/pasangan yang tidak selaras ke file

--maks
tulis baca/pasangkan -m batas untuk file

--menekan
menekan kolom yang diberikan (dibatasi koma) dalam output default

--fullref
tulis seluruh nama ref (default: hanya hingga spasi 1)

ruang warna:
--snpfred
Penalti Phred untuk SNP saat mendekode ruang warna (def: 30)

or

--snpfrac
kira-kira fraksi basa SNP (misalnya 0.001); set --snpfred

--col-cseq
cetak seqs colorspace selaras sebagai warna, bukan basis yang didekodekan

--col-cqual
cetak quals colorspace asli, bukan quals yang diterjemahkan

--col-teruskan
pertahankan nukleotida pada ujung ekstrim dari keselarasan yang didekodekan

sama:
-S//-sama
tulis hits dalam format SAM

--petaq
kualitas pemetaan default (MAPQ) untuk mencetak penyelarasan SAM

--sam-tidak ada kepala
tekan baris header (dimulai dengan @) untuk output SAM

--sam-nosq
tekan baris header @SQ untuk output SAM

--sam-RG
Menambahkan (biasanya "lab = nilai") ke baris @RG dari header SAM

Kinerja:
-o//-offrate override offrate indeks; harus >= offrate indeks

-p//-benang jumlah utas penyelarasan untuk diluncurkan (default: 1)

--mm gunakan I/O yang dipetakan memori untuk indeks; banyak 'dasi kupu-kupu' yang bisa dibagikan

--sialan
gunakan mem bersama untuk indeks; banyak 'dasi kupu-kupu' yang bisa dibagikan

Lain:
--benih
benih untuk generator nomor acak

--bertele-tele
keluaran verbose (untuk debugging)

--Versi: kapan
informasi versi cetak dan keluar

-h/--Tolong
cetak pesan penggunaan ini

64-bit Dibangun pada lgw01-11 Kam 26 Nov 11:11:48 UTC 2015 Kompilator: gcc versi 5.2.1 20151123
(Ubuntu 5.2.1-25ubuntu1) Opsi: -O3 -Wl,--hash-style=keduanya -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2
-fstack-pelindung-kuat -format -Kesalahan=format-keamanan -g -O2 -fstack-pelindung-kuat
-format -Kesalahan=format-keamanan -Wl,-Bsimbol-fungsi -Wl,-z,relro Ukuran {int, panjang,
panjang panjang, batal*, size_t, off_t}: {4, 8, 8, 8, 8, 8}

Gunakan bowtie-debug online menggunakan layanan onworks.net