bowtie2-align-s - Online di Cloud

PROGRAM:

NAMA

bowtie2-align-s - alat backend yang sangat cepat dan hemat memori untuk menyelaraskan pengurutan
membaca urutan referensi yang panjang

DESKRIPSI

Bowtie 2 versi 2.2.6 oleh Ben Langmead ([email dilindungi], www.cs.jhu.edu/~langmea)

PENGGUNAAN

bowtie2-align [opsi]* -x {-2 -2 | -U } [-S ]


Indeks nama file awalan (minus trailing .X.bt2). CATATAN: Indeks Bowtie 1 dan Bowtie 2
tidak kompatibel.

File dengan teman #1, dipasangkan dengan file di .

File dengan teman #2, dipasangkan dengan file di .

File dengan bacaan yang tidak berpasangan.

File untuk keluaran SAM (default: stdout)

, , dapat berupa daftar yang dipisahkan koma (tanpa spasi) dan dapat ditentukan
berkali-kali. Misalnya '-U file1.fq, file2.fq -U file3.fq'.

PILIHAN (default in tanda kurung)

Memasukkan:
-q file input kueri adalah FASTQ .fq/.fastq (default)

--qseq file input kueri dalam format qseq Illumina

-f file input kueri adalah (multi-)FASTA .fa/.mfa

-r file input kueri adalah satu-urutan-per-baris mentah

-c , , adalah urutan itu sendiri, bukan file

-s/--melewati
lewati dulu membaca/memasangkan di input (tidak ada)

-u//-sampai
berhenti dulu membaca/pasangan (tidak ada batas)

-5//-trim5
memangkas basis dari 5'/ujung kiri bacaan (0)

-3//-trim3
memangkas basis dari 3'/ujung kanan bacaan (0)

--phred33
kualitas adalah Phred+33 (default)

--phred64
kualitasnya adalah Phred+64

--int-quals
kualitas yang dikodekan sebagai bilangan bulat yang dibatasi ruang

Preset:
Sama dengan:

Untuk --ujung ke ujung:

--sangat cepat -D 5 -R 1 -N 0 -L 22 -i S,0,2.50

--cepat -D 10 -R 2 -N 0 -L 22 -i S,0,2.50

--peka -D 15 -R 2 -N 0 -L 22 -i S,1,1.15 (default)

--sangat sensitif -D 20 -R 3 -N 0 -L 20 -i S,1,0.50

Untuk --lokal:

--sangat-cepat-lokal -D 5 -R 1 -N 0 -L 25 -i S,1,2.00

--cepat-lokal -D 10 -R 2 -N 0 -L 22 -i S,1,1.75

--sensitif-lokal -D 15 -R 2 -N 0 -L 20 -i S,1,0.75 (default)

--sangat-sensitif-lokal -D 20 -R 3 -N 0 -L 20 -i S,1,0.50

Penjajaran:
-N
maks # ketidakcocokan dalam penyelarasan benih; bisa 0 atau 1 (0)

-L
panjang substring benih; harus >3, <32 (22)

-i
interval antara substring seed w/r/t read len (S,1,1.15)

--n-langit-langit
fungsi untuk maks # non-A/C/G/Ts yang diizinkan dalam aln (L,0,0.15)

--dpad
termasuk karakter ref tambahan di sisi tabel DP (15)

--gbar
larang celah di dalam inti dari membaca ekstrem (4)

--abaikan-kualifikasi
perlakukan semua nilai kualitas sebagai 30 pada skala Phred (mati)

--sekarang jangan sejajarkan ke depan (asli) versi baca (mati)

--norc jangan sejajarkan versi pelengkap-balik dari baca (mati)

--tidak-1mm-muka
jangan izinkan 1 ketidakcocokan keberpihakan sebelum mencoba memindai unggulan yang optimal
keberpihakan

--ujung ke ujung
seluruh bacaan harus sejajar; tidak ada kliping (aktif)

OR

--lokal
keselarasan lokal; ujungnya mungkin terpotong lembut (mati)

Mencetak:
--ma
bonus pertandingan (0 untuk --ujung ke ujung, 2 untuk --lokal)

--mp
penalti maksimal untuk ketidakcocokan; kualitas yang lebih rendah = penalti yang lebih rendah (6)

--np
penalti untuk non-A/C/G/Ts di read/ref (1)

--rdg ,
baca celah terbuka, perpanjang penalti (5,3)

--rfg ,
celah referensi terbuka, perpanjangan penalti (5,3)

--skor-min min skor keselarasan yang dapat diterima dengan panjang baca
(G,20,8 untuk lokal, L,-0.6,-0.6 untuk ujung ke ujung)

Pelaporan:
(Default)
cari banyak perataan, laporkan yang terbaik, dengan MAPQ

OR

-k
laporkan sampai alns per membaca; MAPQ tidak berarti

OR

-a/--semua
laporkan semua keberpihakan; sangat lambat, MAPQ tidak berarti

Upaya:
-D
menyerah memperpanjang setelah gagal memanjang berturut-turut (15)

-R
untuk membaca dengan biji berulang, coba set benih (2)

Berpasangan-akhir:

-I//--minin
panjang fragmen minimum (0)

-X//-maksin
panjang fragmen maksimum (500)

--NS//-rf/--ff -1, -2 sobat sejajarkan fw/rev, rev/fw, fw/fw (--NS)

--tanpa campuran
menekan keberpihakan yang tidak berpasangan untuk pembacaan berpasangan

--tidak sumbang
menekan keberpihakan sumbang untuk bacaan berpasangan

--tidak pas
tidak sesuai ketika pasangan saling memanjangkan

--tidak mengandung
tidak serasi bila salah satu kesejajaran pasangan mengandung yang lain

--tidak tumpang tindih
tidak sesuai ketika pasangan tumpang tindih sama sekali

Keluaran:
-t/--waktu
cetak waktu jam dinding yang diambil oleh fase pencarian

--diam
tidak mencetak apa pun ke stderr kecuali kesalahan serius

--bertemu-file
kirim metrik ke file di (mati)

--bertemu-stderr
kirim metrik ke stderr (nonaktif)

--bertemu
laporkan penghitung & metrik internal setiap detik (1)

--tidak-unal
menekan catatan SAM untuk pembacaan yang tidak selaras

--tanpa kepala
menekan baris header, yaitu baris yang dimulai dengan @

--tidak-persegi
tekan baris header @SQ

--rg-id
atur id grup baca, tercermin dalam baris @RG dan RG:Z: bidang opt

--rg
Menambahkan ("lab:nilai") ke baris @RG dari header SAM. Catatan: @RG line hanya dicetak
ketika --rg-id diatur.

--omit-detik-seq
letakkan '*' di bidang SEQ dan QUAL untuk perataan sekunder.

Kinerja:
-p//-utas jumlah utas penyelarasan untuk diluncurkan (1)

--urutkan ulang
paksa urutan keluaran SAM agar sesuai dengan urutan pembacaan input

--mm gunakan I/O yang dipetakan memori untuk indeks; banyak 'dasi kupu-kupu' yang bisa dibagikan

Lain:
--qc-filter
menyaring bacaan yang buruk menurut filter QSEQ

--benih
benih untuk generator nomor acak (0)

--non-deterministik rand benih. gen. sewenang-wenang alih-alih menggunakan atribut baca

--Versi: kapan
informasi versi cetak dan keluar

-h/--Tolong
cetak pesan penggunaan ini

Gunakan bowtie2-align-s online menggunakan layanan onworks.net