Ini adalah perintah bp_load_gffp yang dapat dijalankan di penyedia hosting gratis OnWorks menggunakan salah satu dari beberapa workstation online gratis kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows atau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NAMA
bp_load_gff.pl - Muat database Bio::DB::GFF dari file GFF.
RINGKASAN
% bp_load_gff.pl -d testdb -u pengguna -p pw
--dsn 'dbi:mysql:database=dmel_r5_1;host=myhost;port=myport'
dna1.fa fitur dna2.fa fitur1.gff2.gff ...
DESKRIPSI
Script ini memuat database Bio::DB::GFF dengan fitur-fitur yang terdapat dalam daftar GFF
file dan/atau file urutan FASTA. Anda harus menggunakan varian yang tepat dari GFF yang dijelaskan di
Bio::DB::GFF. Berbagai opsi baris perintah memungkinkan Anda mengontrol database mana yang akan dimuat
dan apakah akan mengizinkan database yang ada untuk ditimpa.
Skrip ini menggunakan antarmuka Bio::DB::GFF, dan berfungsi dengan semua adaptor basis data
saat ini didukung oleh modul itu (MySQL, Oracle, PostgreSQL segera). Namun, itu lambat.
Untuk memuat lebih cepat, lihat bp_bulk_load_gff.pl khusus MySQL dan bp_fast_load_gff.pl
script.
CATATAN
Jika nama file diberikan sebagai "-" maka input diambil dari input standar. Terkompresi
file (.gz, .Z, .bz2) secara otomatis tidak terkompresi.
File format FASTA dibedakan dari file GFF berdasarkan ekstensi nama filenya. File
diakhiri dengan .fa, .fasta, .fast, .seq, .dna dan varian huruf besar mereka diperlakukan sebagai FASTA
file. Segala sesuatu yang lain diperlakukan sebagai file GFF. Jika Anda ingin memuat file -fasta dari
STDIN, lalu gunakan -f baris perintah swith dengan argumen '-', seperti pada
gunzip my_data.fa.gz | bp_fast_load_gff.pl -d tes -f -
Pada pemuatan pertama database, Anda akan melihat sejumlah kesalahan "tabel tidak dikenal". Ini adalah
Normal.
Tentang maxfeature: nilai default adalah 100,000,000 basis. Jika Anda memiliki fitur yang
mendekati atau lebih besar dari 100Mb, maka nilai maxfeature harus ditingkatkan
sampai 1,000,000,000, atau kekuatan lain dari 10.
GARIS KOMANDO PILIHAN
Opsi baris perintah dapat disingkat menjadi opsi satu huruf. misalnya -d bukannya
--basis data.
--dsn Sumber data (dbi default: mysql: tes)
--adaptor Adaptor skema (dbi::mysqlopt default)
--pengguna Nama pengguna untuk otentikasi mysql
--lulus Kata sandi untuk otentikasi mysql
--fasta File atau direktori Fasta yang berisi file fasta untuk DNA
--buat Pembuatan paksa dan inisialisasi basis data
--maxfeature Mengatur nilai ukuran fitur maksimum (default 100 Mb; harus pangkat 10)
--group Daftar satu atau lebih nama tag (dipisahkan dengan koma atau spasi)
yang akan digunakan untuk pengelompokan di kolom ke-9.
--upgrade Tingkatkan basis data yang ada ke skema saat ini
--gff3_munge Aktifkan munging nama GFF3 (lihat Bio::DB::GFF)
--tenang Tidak ada laporan kemajuan
--summary Menghasilkan ringkasan statistik untuk menggambar histogram cakupan.
Ini dapat dijalankan pada database yang dimuat sebelumnya atau selama
muatan.
Gunakan bp_load_gffp online menggunakan layanan onworks.net
