Ini adalah perintah bp_search2alnblocksp yang dapat dijalankan di penyedia hosting gratis OnWorks menggunakan salah satu dari beberapa workstation online gratis kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows atau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NAMA
bp_search2alnblocks - Ubah laporan yang dapat diurai SearchIO menjadi satu set blok yang selaras
RINGKASAN
bp_search2alnblocks --minid PERCENTID --minlen LEN --minevalue EVALUE file1.
blast file2.blast ...> out.fas
DESKRIPSI
Skrip ini akan mem-parsing dan memfilter keluaran BLAST (atau format lain Bio::SearchIO dapat menguraikan)
dan memformat alinyemen sebagai blok alinyemen berdasarkan HSP. Perhatikan ini hanya bisa
berfungsi jika file input yang diuraikan berisi yang diperlukan.
Biasanya ini dapat digunakan untuk mengubah output BLAST menjadi format penyelarasan FASTA untuk input
ke dalam pencari gen komparatif QRNA untuk gen RNA (E.Rivas).
PILIHAN
--maxevalue Maksimum E-nilai untuk HSP
--minevalue Nilai-E Minimum untuk HSP
--minlen Panjang minimum HSP [default 0]
--maxid Id Persen Maksimum [default 100]
(untuk membantu menghapus urutan yang benar-benar dekat)
--minid Identitas Persen Minimum untuk HSP [default 0]
-i/--input Nama file input opsional (mengharapkan input pada STDIN secara default)
-o/--output Nama file output opsional (diekspor ke STDOUT secara default)
-f/--format Tentukan format Penyelarasan Pencarian yang berbeda-
{fasta, axt, waba, blast, blastxml} semuanya diizinkan
meskipun formatnya harus memiliki keselarasan yang sebenarnya
urutan agar skrip ini berfungsi
Lihat L untuk informasi lebih lanjut.
-of/--outformat Format output untuk blok penyelarasan, apa saja
L mendukung.
-v/--verbose Aktifkan debugging
PENULIS - Jason Stajichu
Jason Stajich, jason-at-bioperl-dot-org.
Gunakan bp_search2alnblocksp online menggunakan layanan onworks.net
