bp_seqfeature_loadp - Online di Cloud

PROGRAM:

NAMA

bp_seqfeature_load.pl - Muat GFF ke dalam database SeqFeature

DESKRIPSI

Lewati sejumlah file format GFF atau fasta (atau GFF dengan fasta tertanam) untuk memuat
fitur dan urutan ke dalam database SeqFeature. Basis data (dan adaptor) yang digunakan adalah
ditentukan pada baris perintah. Gunakan flag --create untuk membuat database SeqFeature baru.

RINGKASAN

bp_seqfeature_load.pl [opsi] gff_or_fasta_file1 [gff_or_fasta_file2 [...]]

Coba 'bp_seqfeature_load.pl --help' atau '--man' untuk informasi lebih lanjut.

PILIHAN

-d, --dsn
Sumber data DBI (dbi default: mysql: tes)

-n, --ruangnama
Awalan tabel untuk digunakan (default undef) Memungkinkan beberapa fitur urutan independen
database untuk disimpan dalam satu database

-s, --seqfitur
Jenis SeqFeature yang akan dibuat... RTSC (Bio default::DB::SeqFeature)

-a, --adaptor
Adaptor penyimpanan (kelas) yang akan digunakan (DBI default::mysql)

-v, --bertele-tele
Aktifkan pelaporan kemajuan verbose (default benar) Gunakan --noverbose untuk menonaktifkan ini.

-f, --cepat
Aktifkan pemuatan cepat. (default 0) Hanya tersedia untuk beberapa adaptor.

-T, --direktori-sementara
Tentukan direktori sementara untuk pemuatan cepat (File default::Spec->tmpdir())

-i, --abaikan-seqregion
Jika benar, abaikan ##sequence-region di dalam file GFF3 (default, buat
fitur untuk setiap wilayah)

-c, --buat
Buat database dan inisialisasi ulang (default salah) Catatan, ini akan menghapus sebelumnya
isi database, jika ada.

-u, --pengguna
Pengguna untuk terhubung ke database sebagai

-p, --sandi
Kata sandi yang digunakan untuk terhubung ke database

-z, --zip
Kompres tabel database untuk menghemat ruang (default salah)

-S, --subfitur
Aktifkan pengindeksan subfitur (default true) Gunakan --nosubfeatures untuk menonaktifkannya.

--Ringkasan
Hasilkan statistik ringkasan untuk grafik cakupan (default salah) Ini dapat dijalankan pada
database yang dimuat sebelumnya atau selama pemuatan. Ini akan default ke true jika --create is
bekas.

-N, --nosummary
Jangan membuat statistik ringkasan untuk menghemat ruang dan waktu muat (default jika
--create tidak ditentukan, gunakan opsi ini untuk secara eksplisit mematikan statistik ringkasan
ketika --create ditentukan)

--noalias-target
Jangan membuat atribut Alias ​​​​yang nilainya adalah target_id dalam atribut Target (jika
fitur tersebut berisi atribut Target, defaultnya adalah membuat atribut Alias ​​​​
yang nilainya adalah target_id di atribut Target)

Silakan lihat http://www.sequenceontology.org/gff3.shtml untuk informasi tentang GFF3
format. BioPerl sedikit memperluas format dengan menambahkan ##index-subfeatures directive. Mengatur
ini ke nilai sebenarnya jika Anda ingin database dapat mengambil fitur
bagian individu (seperti ekson transkrip) secara independen dari tingkat atas
Fitur:

##indeks-subfitur 1

Dimungkinkan juga untuk mengontrol pengindeksan subfitur berdasarkan kasus per kasus dengan:
menambahkan "index=1" atau "index=0" ke daftar atribut fitur. Ini hanya boleh digunakan
untuk subfitur.

Pengindeksan subfitur benar secara default. Setel ke false (0) untuk menghemat banyak ruang basis data
dan kinerja kecepatan. Anda dapat menggunakan --nosubfeatures untuk memaksa ini.

Gunakan bp_seqfeature_loadp online menggunakan layanan onworks.net