Ini adalah perintah ClonalFrame yang dapat dijalankan di penyedia hosting gratis OnWorks menggunakan salah satu dari beberapa workstation online gratis kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows atau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NAMA
ClonalFrame - inferensi mikroevolusi bakteri menggunakan data urutan multilokus
RINGKASAN
ClonalFrame [OPTIONS] inputfileoutputfile
DESKRIPSI
ClonalFrame mengidentifikasi hubungan klonal antara anggota sampel, sementara
juga memperkirakan posisi kromosom dari peristiwa rekombinasi homolog yang memiliki
mengganggu pewarisan klon.
Pilihan:
-x NUM Mengatur jumlah iterasi setelah burn-in (default adalah 50000)
-y NUM Mengatur jumlah iterasi burn-in (default adalah 50000)
-z NUM Mengatur jumlah iterasi antar sampel (default adalah 100)
-e NUM Mengatur jumlah perpindahan branch-swapping per iterasi (defaultnya adalah setengah dari
waktu yang dihabiskan untuk bertukar cabang)
-m NUM Mengatur nilai awal theta ke NUM (default adalah perkiraan Watterson)
-d NUM Mengatur nilai awal delta ke NUM (default adalah 0.001)
-n NUM Mengatur nilai awal nu ke NUM (default adalah 0.01)
-r NUM Menetapkan nilai awal R ke NUM (default adalah theta awal/10)
-M Perbarui nilai theta
-D Jangan perbarui nilai delta
-N Jangan perbarui nilai nu
-R Jangan perbarui nilai R
-T Jangan perbarui topologi
-A Jangan perbarui usia node
-G Hapus semua celah
-H Hapus semua celah pada posisi non-polimorfik
-t NUM Tunjukkan pohon awal mana yang akan digunakan: 0 untuk pohon nol, 1 untuk dipilih secara seragam
pohon coalescent dan 2 untuk pohon UPGMA (default)
-w FILE
Gunakan file Newick untuk pohon awal
-a NUM Menetapkan parameter pertama dari distribusi beta sebelumnya dari nu
-b NUM Menetapkan parameter kedua dari distribusi beta sebelumnya dari nu
-U Gunakan prior yang seragam untuk rho, theta, dan delta
-B Jalankan dalam mode BURST
-C Jalankan dalam mode UPGMA dengan prosedur bootstrap situs demi situs
-c Jalankan dalam mode UPGMA dengan prosedur bootstrap fragmen demi fragmen
-S NUM Mengatur benih untuk generator nomor acak ke NUM
-E NUM Mengatur tingkat pertumbuhan eksponensial (default adalah 0)
-I Abaikan blok pertama dalam perataan
-L Bersihkan perataan sebelum menjalankan ClonalFrame
-l Jarak minimum antara dua situs referensi (default adalah 50)
-v Modus verbose
Gunakan ClonalFrame online menggunakan layanan onworks.net
