clustalw - Online di Cloud

PROGRAM:

NAMA

clustalw - Beberapa keselarasan asam nukleat dan urutan protein

RINGKASAN

kluster [-masuk] file.ext [PILIHAN]

kluster [-bantu | -bantuan penuh]

DESKRIPSI

Clustal W adalah program penyelarasan ganda tujuan umum untuk DNA atau protein.

Program melakukan penyelarasan simultan dari banyak urutan nukleotida atau asam amino. Dia
biasanya dijalankan secara interaktif, menyediakan menu dan bantuan online. Jika Anda lebih suka menggunakan
dalam mode baris perintah (batch), Anda harus memberikan beberapa opsi, minimum adalah
-masuk.

PILIHAN

DATA (urutan)
-infile=file.ext
Urutan masukan.

-profil1=file.ext dan -profil2=file.ext
Profil (penjajaran lama)

KATA KERJA (melakukan hal-hal)
-pilihan
Daftar parameter baris perintah.

-bantu or -memeriksa
Garis besar params baris perintah.

-bantuan penuh
Keluarkan konten bantuan penuh.

-meluruskan
Lakukan penyelarasan ganda penuh.

-pohon
Hitung pohon NJ.

-pim
Keluaran matriks identitas persen (sambil menghitung pohon).

-bootstrap=n
Bootstrap pohon NJ (n= jumlah bootstrap; def. = 1000).

-mengubah
Keluarkan urutan input dalam format file yang berbeda.

PARAMETER (mengatur hal-hal)
Umum pengaturan:
-interaktif
Baca baris perintah, lalu masuk ke menu interaktif normal.

-pohon cepat
Gunakan algoritma FAST untuk pohon panduan keselarasan.

-tipe=
PROTEIN or DNA urutan

-negatif
Penjajaran protein dengan nilai negatif dalam matriks.

-file keluar=
Nama file perataan urutan.

-keluaran=
GCG, DEG, FILIP, PIR or NEXUS.

-pesanan keluaran=
INPUT or SEjajar

-kasus
MENURUNKAN or ATAS (hanya untuk keluaran GDE).

-seqnos=
MATI or ON (hanya untuk keluaran Cluster).

-seqnos_range=
MATI or ON (BARU: untuk semua format keluaran).

-rentang=m,n
Rentang urutan untuk menulis mulai m untuk m+n.

-maxseqlen=n
Panjang urutan input maksimum yang diizinkan.

-diam
Kurangi output konsol ke minimum.

-statistik=fillet
Catat beberapa statistik keberpihakan ke fillet.

Cepat Berpasangan Penjajaran:
-tuple=n
Ukuran kata.

-topdiag=n
Jumlah diag terbaik.

-jendela=n
Jendela di sekitar diag terbaik.

-celah berpasangan=n
Penalti celah.

-skor
PERSEN or MUTLAK.

Lambat Berpasangan Penjajaran:
-pwmatriks=
:Matriks berat protein=BLOS, PAM, AKAN BERJALAN, ID or nama file

-pwdnamatrix=
Matriks bobot DNA =BLOSIUB, BLOSCLUSTAW atau BLOSnama file.

-pwgapopen=f
Penalti pembuka celah.

-pwgapext=f
Hukuman perpanjangan celah.

kelipatan Penjajaran:
-pohon baru=
File untuk pohon panduan baru.

-gunakanpohon=
File untuk pohon panduan lama.

-matriks=
Matriks berat protein =BLOS, PAM, AKAN BERJALAN, ID or nama file.

-dnamatriks=
Matriks bobot DNA =IUB, CLUSTA or nama file.

-celah terbuka=f
Penalti pembuka celah.

-gapext=f
Hukuman perpanjangan celah.

-engap
Tidak ada pena pemisah celah ujung.

-gapdis=n
Pena pemisah celah. jangkauan.

-tidak ada celah
Kesenjangan khusus residu dimatikan.

-nohgap
Kesenjangan hidrofilik terputus.

-hgapresidus=
Daftar res hidrofilik.

-maksdiv=n
Persen identitas untuk penundaan.

-tipe=
PROTEIN or DNA

-transweight =f
Pembobotan transisi.

-iterasi=
NONE or POHON or PENJAJARAN.

-angka =n
Jumlah maksimum iterasi yang harus dilakukan.

Profil Penjajaran:
-Profil
Gabungkan dua perataan dengan perataan profil.

-pohon baru1=
File untuk pohon panduan baru untuk profil1.

-pohon baru2=
File untuk pohon panduan baru untuk profil2.

-usetree1=
File untuk pohon panduan lama untuk profil1.

-usetree2=
File untuk pohon panduan lama untuk profil2.

Urutan untuk Profil Penjajaran:
-urutan
Tambahkan urutan profile2 secara berurutan ke perataan profile1.

-pohon baru=
File untuk pohon panduan baru.

-gunakanpohon=
File untuk pohon panduan lama.

Structure Penjajaran:
-nosecstr1
Jangan gunakan topeng penalti celah struktur sekunder untuk profil 1.

-nosecstr2
Jangan gunakan topeng penalti celah struktur sekunder untuk profil 2.

-sektrout=STRUKTUR or TOPENG or KEDUA or NONE
Output dalam file penyelarasan.

-celah helix=n
Penalti celah untuk residu inti heliks.

-celah terdampar=n
Penalti celah untuk residu inti untai.

celah celah =n
Penalti celah untuk daerah loop.

-terminal gap=n
Penalti celah untuk struktur termini.

-helixendin=n
Jumlah residu di dalam heliks untuk diperlakukan sebagai terminal.

-helixendout=n
Jumlah residu di luar heliks untuk diperlakukan sebagai terminal.

-strandendin=n
Jumlah residu di dalam untai yang akan diperlakukan sebagai terminal.

-trandendout=n
Jumlah residu di luar untai yang akan diperlakukan sebagai terminal.

Pohon:
-pohon keluaran=nj OR philip OR dist OR perhubungan

-benih=n
Nomor benih untuk bootstrap.

-kimura
Gunakan koreksi Kimura.

-tossgap
Abaikan posisi dengan celah.

-label boot=simpul
Posisi nilai bootstrap dalam tampilan pohon.

-pengelompokan=
NJ atau UPGMA.

Gunakan clustalw online menggunakan layanan onworks.net