cmalign - Online di Cloud

PROGRAM:

NAMA

cmalign - menyelaraskan urutan ke model kovarians

RINGKASAN

sejajarkan
[pilihan]

DESKRIPSI

sejajarkan menyelaraskan urutan RNA dalam ke model kovarians (CM) di .
Perataan baru adalah output ke stdout dalam format Stockholm, tetapi dapat diarahkan ke file
pada pengatur terkenal. Pengatur ini menawarkan bantuan hukum kepada traderapabila trader berselisih dengan broker yang terdaftar dengan mereka. -o .

Salah satu or (tapi tidak keduanya) mungkin '-' (tanda hubung), yang berarti membaca ini
masukan dari stdin bukannya file.

File urutan harus dalam format FASTA atau Genbank.

sejajarkan menggunakan teknik pita HMM untuk mempercepat penyelarasan secara default seperti yang dijelaskan
di bawah ini untuk --diikat pilihan. Banding HMM dapat dimatikan dengan --tidak terikat .

Secara default, sejajarkan menghitung keselarasan dengan akurasi maksimum yang diharapkan yaitu
konsisten dengan batasan (pita) yang diturunkan dari HMM, menggunakan versi berpita dari
Algoritma akurasi optimal Durbin/Holmes. Perilaku ini dapat diubah dengan --cyk or
--Sampel Pilihan.

sejajarkan membutuhkan perhatian khusus untuk menyelaraskan urutan terpotong dengan benar, di mana beberapa nukleotida
dari awal (5') dan/atau akhir (3') dari sekuens biologis panjang penuh sebenarnya adalah:
tidak ada dalam urutan input (lihat DL Kolbe dan SR Eddy, Bioinformatika, 25:1236-1243,
2009). Perilaku ini aktif secara default, tetapi dapat dimatikan dengan --tidakrunc. Di sebelumnya
versi dari sejajarkan itu --sub opsi diperlukan untuk menangani terpotong dengan tepat
urutan. NS --sub opsi masih tersedia dalam versi ini, tetapi metode default baru
untuk menangani urutan terpotong harus sama baiknya atau lebih unggul dari metode sub di hampir
semua kasus.

Grafik --mapali opsi memungkinkan penyertaan penyelarasan pelatihan tetap yang digunakan untuk membangun
CM dari file dalam keselarasan output dari sejajarkan.

Dimungkinkan untuk menggabungkan dua atau lebih keberpihakan yang dibuat oleh CM yang sama menggunakan Easel
MiniApp esl-alimerge (termasuk dalam subdirektori kuda-kuda/miniapps/ dari Infernal). Sebelumnya
versi dari sejajarkan termasuk opsi untuk menggabungkan keberpihakan tetapi tidak digunakan lagi
perkembangan dari esl-alimerge, yang secara signifikan lebih hemat memori.

Secara default, sejajarkan akan menampilkan perataan ke stdout. Penjajaran dapat diarahkan
ke file keluaran pada pengatur terkenal. Pengatur ini menawarkan bantuan hukum kepada traderapabila trader berselisih dengan broker yang terdaftar dengan mereka. -o pilihan. Dengan -Hai, informasi pada masing-masing selaras
urutan, termasuk skor dan batas penyelarasan model akan dicetak ke stdout (lebih lanjut
di bawah ini).

Penyelarasan output akan dalam format Stockholm secara default. Ini dapat diubah menjadi Pfam,
menyelaraskan format FASTA (AFA), A2M, Clustal, atau Phylip menggunakan --format pilihan,
dimana adalah nama format yang diinginkan. Sebagai kasus khusus, jika penyelarasan keluaran
besar (lebih dari 10,000 urutan atau lebih dari 10,000,000 total nukleotida) daripada
format output akan menjadi format Pfam, dengan setiap urutan muncul pada satu baris, untuk
alasan efisiensi memori. Untuk penjajaran yang lebih besar dari ini, gunakan --Leaved akan memaksa
format Stockholm interleaved, tetapi pengguna harus menyadari bahwa ini mungkin memerlukan banyak
ingatan. --Leaved hanya akan berfungsi untuk penyelarasan hingga 100,000 urutan atau 100,000,000
jumlah nukleotida.

Jika format penyelarasan keluaran adalah Stockholm atau Pfam, penyelarasan keluaran akan menjadi
dijelaskan dengan probabilitas posterior yang memperkirakan tingkat kepercayaan masing-masing selaras
nukleotida. Anotasi ini muncul sebagai baris yang dimulai dengan "#=GR PP", satu per
urutan, masing-masing tepat di bawah urutan selaras yang sesuai " ".
Karakter dalam baris PP memiliki 12 kemungkinan nilai: "0-9", "*", atau ".". Jika ".", posisinya
sesuai dengan celah dalam urutan. Nilai "0" menunjukkan probabilitas posterior
antara 0.0 dan 0.05, "1" menunjukkan antara 0.05 dan 0.15, "2" menunjukkan antara 0.15 dan
0.25 dan seterusnya hingga "9" yang menunjukkan antara 0.85 dan 0.95. Nilai "*" menunjukkan a
probabilitas posterior antara 0.95 dan 1.0. Probabilitas posterior yang lebih tinggi sesuai
untuk keyakinan yang lebih besar bahwa nukleotida selaras milik tempat ia muncul di
penyelarasan. Dengan --tanpa pita, perhitungan probabilitas posterior mempertimbangkan semua
kemungkinan penyelarasan urutan target ke CM. Tanpa --tidak terikat (yaitu secara default
mode), perhitungan hanya mempertimbangkan kemungkinan penyelarasan dalam pita HMM. Lebih jauh,
probabilitas posterior tergantung pada mode pemotongan dari penyelarasan. Untuk
contoh, jika penyelarasan urutan dipotong 5', nilai PP "9" menunjukkan antara
0.85 dan 0.95 dari semua keberpihakan terpotong 5 'termasuk nukleotida yang diberikan pada
posisi. Anotasi posterior dapat dimatikan dengan --tidak masalah pilihan. Jika --kecil
diaktifkan, anotasi posterior juga harus dimatikan menggunakan --tidak masalah.

Output tabel yang dicetak ke stdout jika -o opsi yang digunakan termasuk satu baris
per urutan dan dua belas bidang per baris: "idx": indeks urutan dalam input
file, "nama seq": nama urutan; "panjang": panjang urutan; "cm dari" dan
"cm to": posisi awal dan akhir model dari perataan; "trunc": "tidak" jika urutannya
tidak terpotong, "5'" jika awal deret terpotong 5', "3'" jika akhir deret terpotong
urutan terpotong, dan "5'&3'" jika awal dan akhir terpotong;
"bit sc": skor bit penyelarasan, "rata-rata pp" probabilitas posterior rata-rata
semua nukleotida selaras dalam keselarasan; "band calc", "alignment" dan "total": waktu
dalam hitungan detik diperlukan untuk menghitung pita HMM, menghitung penyelarasan, dan menyelesaikan
pengolahan urutan, masing-masing; "mem (Mb)": ukuran dalam Mb semua dinamis
matriks pemrograman yang diperlukan untuk menyelaraskan urutan. Data tabular ini dapat disimpan
untuk mengajukan pada pengatur terkenal. Pengatur ini menawarkan bantuan hukum kepada traderapabila trader berselisih dengan broker yang terdaftar dengan mereka. --file .

PILIHAN

-h Membantu; cetak pengingat singkat tentang penggunaan baris perintah dan opsi yang tersedia.

-o Simpan perataan dalam format Stockholm ke file . Standarnya adalah menulisnya
ke keluaran standar.

-g Konfigurasikan model untuk penyelarasan global model kueri ke target
urutan. Secara default, model dikonfigurasi untuk perataan lokal. Lokal
penyelarasan dapat berisi penyisipan dan penghapusan besar yang disebut "ujung lokal" di
struktur untuk dihukum berbeda dari indels normal. Ini dijelaskan sebagai
kolom "~" di garis RF dari penyelarasan output. NS -g pilihan dapat digunakan untuk
larang tujuan lokal ini. NS -g pilihan diperlukan jika --sub pilihan juga
bekas.

PILIHAN UNTUK PENGENDALIAN THE PENJAJARAN ALGORITMA

--optac
Sejajarkan urutan menggunakan algoritma akurasi optimal Durbin/Holmes. Ini adalah
bawaan. Penyelarasan akurasi yang optimal akan dibatasi oleh pita HMM untuk
percepatan kecuali --tidak terikat opsi diaktifkan. Akurasi optimal
algoritma menentukan keselarasan yang memaksimalkan probabilitas posterior dari
nukleotida yang selaras di dalamnya. Probabilitas posterior ditentukan dengan menggunakan
(mungkin HMM banded) varian dari algoritma Inside dan Outside.

--cyk Jangan gunakan penjajaran akurasi optimal Durbin/Holmes untuk menyelaraskan urutan,
alih-alih gunakan algoritma CYK yang menentukan skor optimal (maksimum
kemungkinan) penyelarasan urutan ke model, mengingat pita HMM (kecuali
--tidak terikat juga diaktifkan).

--Sampel
Contoh keselarasan dari distribusi posterior keberpihakan. Bagian belakang
distribusi ditentukan menggunakan pita HMM (kecuali jika --tanpa pita) varian dari
Algoritma dalam.

--benih
Benih generator nomor acak dengan , bilangan bulat >= 0. Opsi ini hanya dapat
digunakan dalam kombinasi dengan --Sampel. If tidak nol, pengambilan sampel stokastik dari
keberpihakan akan dapat direproduksi; perintah yang sama akan memberikan hasil yang sama. Jika
adalah 0, generator bilangan acak diunggulkan secara sewenang-wenang, dan stokastik
pengambilan sampel dapat bervariasi dari menjalankan ke menjalankan perintah yang sama. Benih default adalah 181.

--tidakrunc
Matikan algoritme perataan terpotong. Semua urutan dalam file input akan menjadi
diasumsikan panjang penuh, kecuali --sub juga digunakan, dalam hal ini program dapat
masih menangani urutan terpotong tetapi akan menggunakan strategi alternatif untuk mereka
penjajaran.

--sub Nyalakan prosedur konstruksi dan penyelarasan sub model. Untuk setiap urutan,
HMM pertama kali digunakan untuk memprediksi kolom konsensus awal dan akhir model, dan yang baru
sub CM dibangun yang hanya memodelkan kolom konsensus dari awal hingga akhir. NS
urutan kemudian disejajarkan dengan sub CM ini. Penyelarasan sub adalah metode yang lebih tua dari
default untuk menyelaraskan urutan yang mungkin terpotong. Secara default, sejajarkan
menggunakan algoritma DP khusus untuk menangani urutan terpotong yang seharusnya lebih
akurat daripada sub metode dalam banyak kasus. --sub masih termasuk sebagai pilihan
terutama untuk pengujian terhadap penanganan urutan terpotong default ini. Ini "sub CM"
prosedurnya tidak sama dengan "sub CM" yang dijelaskan oleh Weinberg dan Ruzzo.

PILIHAN UNTUK PENGENDALIAN SPEED DAN MEMORY PERSYARATAN

--diikat
Opsi ini diaktifkan secara default. Percepat penyelarasan dengan memangkas wilayah
dari matriks CM DP yang dianggap dapat diabaikan oleh HMM. Pertama, setiap urutan adalah
mencetak dengan CM rencana 9 HMM berasal dari CM menggunakan Maju dan Mundur HMM
algoritma untuk menghitung probabilitas posterior bahwa setiap nukleotida sejajar dengan masing-masing
keadaan HMM. Probabilitas posterior ini digunakan untuk menurunkan kendala
(pita) pada matriks CM DP. Akhirnya, urutan target disejajarkan dengan CM
menggunakan matriks DP berpita, di mana sel-sel di luar pita diabaikan.
Biasanya sebagian besar matriks DP penuh terletak di luar pita (seringkali lebih dari 95%),
membuat teknik ini lebih cepat karena lebih sedikit perhitungan DP yang diperlukan, dan lebih banyak lagi
memori efisien karena hanya sel-sel dalam band yang perlu dialokasikan.

Yang penting, HMM banding mengorbankan jaminan penentuan secara optimal
keselarasan akurat atau optimal, yang akan terlewatkan jika terletak di luar pita.
Parameter tau adalah jumlah massa probabilitas yang dianggap dapat diabaikan selama
perhitungan pita HMM; nilai tau yang lebih rendah menghasilkan percepatan yang lebih besar tetapi juga lebih besar
kemungkinan kehilangan keselarasan optimal. Tau default adalah 1E-7, ditentukan
secara empiris sebagai tradeoff yang baik antara sensitivitas dan kecepatan, meskipun nilai ini dapat
diubah dengan --tau pilihan. Tingkat percepatan meningkat dengan
baik panjang maupun tingkat konservasi sekuen primer famili. Sebagai contoh,
dengan tau default 1E-7, model tRNA (konservasi urutan primer rendah dengan
panjang sekitar 75 nukleotida) menunjukkan percepatan sekitar 10X, dan rRNA bakteri SSU
model (konservasi urutan primer tinggi dengan panjang sekitar 1500 nukleotida)
menunjukkan sekitar 700X. Banding HMM dapat dimatikan dengan --tidak terikat .

--tau
Atur probabilitas kehilangan ekor yang digunakan selama perhitungan pita HMM ke . Ini adalah
jumlah massa probabilitas dalam probabilitas posterior HMM yaitu
dianggap diabaikan. Nilai defaultnya adalah 1E-7. Secara umum, nilai yang lebih tinggi akan
menghasilkan akselerasi yang lebih besar, tetapi meningkatkan kemungkinan kehilangan yang optimal
keselarasan karena pita HMM.

--ukuran mx
Setel ukuran matriks DP total maksimum yang diizinkan ke megabyte. Secara default ini
ukurannya 1028Mb. Ini harus cukup besar untuk sebagian besar keberpihakan,
namun jika tidak sejajarkan akan mencoba mengencangkan pita HMM secara iteratif
digunakan untuk membatasi keselarasan dengan menaikkan parameter tau dan menghitung ulang
pita sampai ukuran matriks total yang dibutuhkan turun di bawah megabyte atau maksimum
nilai tau yang diizinkan (0.05 secara default, tetapi dapat diubah dengan --makstau) tercapai. Pada
setiap iterasi pengetatan pita, tau dikalikan dengan 2.0. Pengencangan pita
strategi dapat dimatikan dengan --tetapatau pilihan. Jika tau maksimum adalah
tercapai dan ukuran matriks yang dibutuhkan masih melebihi atau jika pita HMM tidak
sedang digunakan dan ukuran matriks yang dibutuhkan melebihi kemudian sejajarkan akan keluar
sebelum waktunya dan laporkan pesan kesalahan bahwa matriks melebihi maksimum
ukuran yang diperbolehkan. Dalam hal ini, --ukuran mx dapat digunakan untuk menaikkan batas ukuran atau
tau maksimum dapat dinaikkan dengan --maxtau. Batas biasanya akan terlampaui
ketika --tidak terikat opsi digunakan tanpa --kecil pilihan, tetapi masih bisa terjadi
ketika --tidak terikat tidak digunakan. Perhatikan bahwa jika sejajarkan sedang dijalankan beberapa
utas pada mesin multicore maka setiap utas mungkin memiliki matriks yang dialokasikan up
untuk ukuran Mb pada waktu tertentu.

--tetapatau
Matikan strategi pengencangan pita HMM yang dijelaskan dalam penjelasan
--ukuran mx opsi di atas.

--maxtau
Tetapkan nilai maksimum yang diizinkan untuk tau selama pengencangan pita, yang dijelaskan dalam
penjelasan tentang --ukuran mx di atas, untuk . Secara default nilai ini adalah 0.05.

--tidak terikat
Menonaktifkan pita HMM. Penyelarasan yang dikembalikan dijamin menjadi yang global
yang akurat secara optimal (secara default) atau yang mencetak secara optimal secara global (jika --cyk
diaktifkan). NS --kecil opsi direkomendasikan dalam kombinasi dengan opsi ini,
karena penyelarasan standar tanpa pita HMM membutuhkan banyak memori (lihat
--kecil ).

--kecil
Gunakan algoritma penyelarasan bagi dan taklukkan CYK yang dijelaskan dalam SR Eddy, BMC
Bioinformatika 3:18, 2002. The --tidak terikat opsi harus digunakan dalam kombinasi dengan
pilihan ini. Juga, dianjurkan setiap kali --tidak terikat digunakan itu --kecil is
juga digunakan karena penyelarasan CM standar tanpa pita HMM membutuhkan banyak
memori, terutama untuk RNA besar. --kecil memungkinkan penyelarasan CM dalam praktik
batas memori, mengurangi memori yang diperlukan untuk penyelarasan LSU rRNA, yang terbesar
RNA yang diketahui, dari 150 Gb hingga kurang dari 300 Mb. Opsi ini hanya dapat digunakan di
kombinasi dengan --tanpa pita, --tidak berjalan, dan --cyk.

OPSIONAL KELUARAN FILE

--file
Buang skor penyelarasan per-urutan dan informasi timig ke file . Format
file ini dijelaskan di atas (ini adalah data yang sama dalam format yang sama dengan tabel
keluaran stdout ketika -o opsi yang digunakan).

--tfile
Buang traceback urutan tabel untuk setiap urutan individu ke file .
Terutama berguna untuk debugging.

--ifile
Buang informasi sisipan per-urutan ke file . Format filenya adalah
dijelaskan oleh "#" - baris komentar awalan yang disertakan di bagian atas file . Grafik
memasukkan informasi valid bahkan ketika --cocok saja opsi digunakan.

--elfile
Buang status EL per urutan (akhir lokal) masukkan informasi ke file . Format
dari file dijelaskan oleh "#" -baris komentar awalan yang disertakan di bagian atas
fillet . Informasi penyisipan EL valid bahkan ketika --cocok saja pilihannya adalah
bekas.

LAIN PILIHAN

--mapali
Membaca perataan dari file digunakan untuk membangun model menyelaraskannya sebagai satu
keberatan dengan CM; misalnya keselarasan dalam diadakan tetap. Ini memungkinkan Anda untuk
menyelaraskan urutan ke model dengan sejajarkan dan melihatnya dalam konteks yang ada
beberapa keselarasan terpercaya. harus menjadi file penyelarasan tempat CM dibuat
dari. Program memverifikasi bahwa checksum file cocok dengan file tersebut
digunakan untuk membuat CM. Opsi yang mirip dengan yang ini disebut --denganali in
versi sebelumnya dari sejajarkan.

--mapstr
Harus digunakan dalam kombinasi dengan --mapali . Menyebarkan informasi struktural
untuk setiap pseudoknot yang ada di untuk penyelarasan keluaran. Pilihan yang mirip dengan
yang ini disebut --dengan str di versi sebelumnya dari sejajarkan.

--informasi
Nyatakan bahwa input dalam format . Jangan menjalankan format Babelfish
autodeteksi. Ini agak meningkatkan keandalan program, karena
Babelfish bisa membuat kesalahan; sangat direkomendasikan untuk tanpa pengawasan, high-
throughput berjalan dari Infernal. Format yang dapat diterima adalah: FASTA, GENBANK, dan DDBJ.
tidak peka huruf besar/kecil.

--format
Tentukan format penyelarasan output sebagai . Format yang dapat diterima adalah: Pfam, AFA,
A2M, Clustal, dan Phylip. AFA selaras fasta. Hanya keselarasan Pfam dan Stockholm
format akan mencakup anotasi struktur konsensus dan probabilitas posterior
anotasi residu selaras.

--keluar
Keluarkan penyelarasan sebagai penyelarasan urutan DNA, bukan yang RNA.

--tidak masalah
Jangan membubuhi keterangan penyelarasan keluaran dengan probabilitas posterior.

--cocok saja
Hanya sertakan kolom yang cocok dalam perataan output, jangan sertakan penyisipan apa pun
dibandingkan dengan model konsensus. Opsi ini mungkin berguna saat membuat sangat besar
penyelarasan yang membutuhkan banyak memori dan ruang disk, yang sebagian besar diperlukan
hanya untuk menangani kolom sisipan yang merupakan celah di sebagian besar urutan.

--Leaved
Keluarkan perataan dalam format Stockholm yang disisipkan dengan lebar tetap yang mungkin
lebih nyaman untuk pemeriksaan. Ini adalah format penyelarasan output default dari
versi sebelumnya dari sejajarkan. Perhatikan bahwa sejajarkan membutuhkan lebih banyak memori saat ini
opsi digunakan. Untuk alasan ini, --Leaved hanya akan berfungsi untuk penyelarasan hingga
100,000 urutan atau total 100,000,000 nukleotida selaras.

--regresi
Simpan salinan tambahan dari penyelarasan output tanpa informasi penulis ke file
.

--bertele-tele
Keluarkan informasi tambahan dalam keluaran skor tabel (keluarkan ke stdout jika -o
digunakan, atau untuk if --file digunakan). Ini terutama berguna untuk pengujian dan
debug.

--cpu
Tentukan itu pekerja CPU paralel digunakan. Jika ditetapkan sebagai "0", maka
program akan dijalankan dalam mode serial, tanpa menggunakan utas. Anda juga dapat mengontrol
nomor ini dengan menetapkan variabel lingkungan, INFERNAL_NCPU. Opsi ini akan
hanya tersedia jika mesin tempat Infernal dibangun mampu menggunakan
Threading POSIX (lihat bagian Instalasi dari panduan pengguna untuk lebih lanjut
informasi).

--mpi Jalankan sebagai program paralel MPI. Opsi ini hanya akan tersedia jika Infernal memiliki
telah dikonfigurasi dan dibangun dengan flag "--enable-mpi" (lihat Instalasi
bagian dari panduan pengguna untuk informasi lebih lanjut).

Gunakan cmalign online menggunakan layanan onworks.net