cmbuild - Online di Cloud

PROGRAM:

NAMA

cmbuild - buat model kovarians dari urutan ganda RNA yang dianotasi secara struktural
keselarasan

RINGKASAN

com.cmbuild [pilihan]

DESKRIPSI

Untuk setiap penyelarasan beberapa urutan di buat model kovarians dan simpan ke
file baru .

File penyelarasan harus dalam format Stockholm atau SELEX, dan harus berisi konsensus
anotasi struktur sekunder. com.cmbuild menggunakan struktur konsensus untuk menentukan
arsitektur CM.

mungkin '-' (tanda hubung), yang berarti membaca masukan ini dari stdin bukannya file.
Untuk menggunakan '-', Anda juga harus menentukan format file perataan dengan --informasi , seperti dalam
--informasi Stockholm (karena keterbatasan saat ini dalam implementasi kami, file MSA
format tidak dapat dideteksi secara otomatis dalam aliran input yang tidak dapat diputar ulang.)

mungkin tidak '-' (stdout), karena mengirim file CM ke stdout akan bertentangan
dengan output teks lain dari program.

Selain menulis CM ke , com.cmbuild juga menampilkan satu baris untuk masing-masing
model yang dibuat untuk stdout. Setiap baris memiliki bidang berikut: "aln": indeks dari
keselarasan yang digunakan untuk membangun CM; "idx": indeks CM di ; "nama":
nama CM; "nseq": jumlah urutan dalam perataan yang digunakan untuk membangun CM;
"eff_nseq": jumlah urutan efektif yang digunakan untuk membangun model; "alen": panjangnya
dari keselarasan yang digunakan untuk membangun CM; "clen": jumlah kolom dari perataan
didefinisikan sebagai kolom konsensus (kecocokan); "bps": jumlah pasangan basa dalam CM; "bif":
jumlah bifurkasi dalam CM; "rel entropi: CM": total entropi relatif dari
model dibagi dengan jumlah kolom konsensus; "rel entropi: HMM": total relatif
entropi model mengabaikan struktur sekunder dibagi dengan jumlah konsensus
kolom. "description": deskripsi model/alignment.

PILIHAN

-h Membantu; cetak pengingat singkat tentang penggunaan baris perintah dan opsi yang tersedia.

-n Beri nama CM baru . Standarnya adalah menggunakan nama perataan (jika ada
hadir di ), atau, jika tidak, nama . If
mengandung lebih dari satu keselarasan, -n tidak bekerja, dan setiap keselarasan
harus memiliki nama yang tertera di (seperti dalam anotasi Stockholm #=GF ID).

-F mengizinkan untuk ditimpa. Tanpa opsi ini, jika sudah
ada, com.cmbuild keluar dengan kesalahan.

-o Arahkan output ringkasan ke file , daripada ke stdout.

-O Setelah setiap model dibuat, simpan kembali penyelarasan sumber beranotasi ke file
dalam format Stockholm. Urutan diberi catatan dengan bobot urutan relatif apa
ditugaskan. Penjajaran juga dijelaskan dengan garis anotasi referensi
menunjukkan kolom mana yang ditetapkan sebagai konsensus. Jika penyelarasan sumber memiliki
anotasi referensi ("#=GC RF") akan diganti dengan residu konsensus dari
model untuk kolom konsensus dan '.' untuk menyisipkan kolom, kecuali jika --tangan
opsi digunakan untuk menentukan posisi konsensus, dalam hal ini akan menjadi
tidak berubah.

--membantu Bantuan cetak, seperti halnya -h , tetapi juga menyertakan opsi ahli yang tidak
ditampilkan dengan -h . Opsi ahli ini diharapkan tidak relevan untuk
sebagian besar pengguna dan tidak dijelaskan di halaman manual. Satu-satunya
sumber daya untuk memahami apa yang sebenarnya mereka lakukan adalah satu baris singkat
deskripsi output ketika --membantu diaktifkan, dan kode sumbernya.

PILIHAN PENGENDALIAN MODEL KONSTRUKSI

Opsi ini mengontrol bagaimana kolom konsensus didefinisikan dalam perataan.

--cepat Tetapkan kolom konsensus secara otomatis sebagai kolom yang memiliki pecahan >= symfrac of
residu sebagai lawan gap. (Lihat di bawah untuk --symfrac pilihan.) Ini adalah
standar.

--tangan Gunakan anotasi koordinat referensi (#=garis RF GC, di Stockholm) untuk menentukan
kolom adalah konsensus, dan yang merupakan sisipan. Setiap karakter non-celah menunjukkan a
kolom konsensus. (Misalnya, tandai kolom konsensus dengan "x", dan masukkan kolom
dengan ".".) Opsi ini disebut --rf di versi Infernal sebelumnya (0.1
melalui 1.0.2).

--symfrac
Tentukan ambang batas fraksi residu yang diperlukan untuk menentukan kolom konsensus ketika
tidak menggunakan --tangan. Standarnya adalah 0.5. Pecahan lambang pada setiap kolom adalah
dihitung setelah memperhitungkan pembobotan urutan relatif. Menyetel ini ke
0.0 berarti bahwa setiap kolom penyelarasan akan ditetapkan sebagai konsensus, yang mungkin
berguna dalam beberapa kasus. Menyetelnya ke 1.0 berarti hanya kolom yang menyertakan 0 celah
akan ditetapkan sebagai konsensus. Opsi ini menggantikan --kesenjangan Option
dari versi Infernal sebelumnya (0.1 hingga 1.0.2), dengan sama dengan (1.0 -
). Misalnya untuk mereproduksi perilaku untuk perintah com.cmbuild --kesenjangan 0.8
di versi sebelumnya, gunakan com.cmbuild --symfrac 0.2 dengan versi ini.

--tidak Abaikan anotasi struktur sekunder, jika ada, di dan buat CM dengan
pasangan basa nol. Model ini akan mirip dengan profil HMM dan cmsearch dan
cmscan program akan menggunakan algoritma HMM yang lebih cepat daripada yang CM untuk ini
model. Selain itu, model basepair nol tidak perlu dikalibrasi dengan kalibrasi cm
sebelum berlari cmsearch dengan itu. Itu --tidak opsi harus digunakan jika tidak ada
anotasi struktur sekunder dalam .

--penelitian
Parameterisasi skor emisi ala RSEARCH, menggunakan matriks RIBOSUM dalam file .
Dengan --penelitian diaktifkan, semua keberpihakan di harus berisi tepat satu
urutan atau --panggilan opsi juga harus diaktifkan. Semua posisi di setiap urutan
akan dianggap sebagai "kolom" konsensus. Sebenarnya, skor emisi untuk ini
model tidak akan identik dengan skor RIBOSUM karena perbedaan pemodelan
strategi antara Infernal dan RSEARCH, tetapi mereka akan semirip mungkin.
File matriks RIBOSUM disertakan dengan Infernal di subdirektori "matriks/" dari
direktori "infernal-xxx" tingkat atas. Matriks RIBOSUM adalah skor substitusi
matriks yang dilatih khusus untuk RNA struktural dengan untai tunggal terpisah
residu dan skor substitusi pasangan basa. Untuk informasi lebih lanjut lihat RSEARCH
publikasi (Klein dan Eddy, BMC Bioinformatics 4:44, 2003).

LAIN MODEL KONSTRUKSI PILIHAN

--batal
Baca model nol dari . Model nol mendefinisikan probabilitas setiap RNA
nukleotida dalam urutan latar belakang, standarnya adalah menggunakan 0.25 untuk setiap nukleotida.
Format file null ditentukan dalam panduan pengguna.

--sebelumnya
Baca Dirichlet sebelumnya dari , mengganti campuran bawaan Dirichlet. NS
format file sebelumnya ditentukan dalam panduan pengguna.

penggunaan --membantu untuk melihat opsi konstruksi model tambahan, jika tidak, tidak berdokumen.

PILIHAN PENGENDALIAN RELATIF BERAT

com.cmbuild menggunakan algoritma pembobotan urutan ad hoc untuk menurunkan bobot yang terkait erat
urutan dan upweight yang terkait jauh. Ini memiliki efek membuat model lebih sedikit
bias oleh representasi filogenetik yang tidak merata. Misalnya, dua urutan identik akan
biasanya masing-masing menerima setengah bobot yang akan diterima oleh satu urutan. Opsi ini mengontrol
algoritma mana yang digunakan.

--wpb Gunakan skema pembobotan urutan berbasis posisi Henikoff [Henikoff dan Henikoff,
J. Mol. Biol. 243:574, 1994]. Ini adalah default.

--wgsc Gunakan algoritma pembobotan Gerstein/Sonnhammer/Chothia [Gerstein et al, J. Mol.
biol. 235:1067, 1994].

--tidak ada
Matikan pembobotan urutan; misalnya secara eksplisit mengatur semua bobot urutan ke 1.0.

--wdiberikan
Gunakan bobot urutan seperti yang diberikan dalam anotasi di file penyelarasan input. Jika tidak
bobot diberikan, anggap semuanya 1.0. Defaultnya adalah menentukan new
bobot urutan oleh algoritma Gerstein/Sonnhammer/Chothia, mengabaikan
bobot beranotasi.

--wblosum
Gunakan algoritme pemfilteran BLOSUM untuk menimbang urutan, alih-alih default
pembobotan GSC. Kelompokkan urutan pada identitas persentase tertentu (lihat --lebar);
menetapkan setiap cluster bobot total 1.0, didistribusikan secara merata di antara anggota
dari klaster itu.

--lebar
Mengontrol perilaku dari --wblosum opsi pembobotan dengan mengatur persen
identitas untuk mengelompokkan penyelarasan ke .

PILIHAN PENGENDALIAN EFEKTIF URUTAN NOMOR

Setelah bobot relatif ditentukan, mereka dinormalisasi untuk menjumlahkan total efektif
nomor urut, eff_nseq. Jumlah ini mungkin jumlah sebenarnya dari urutan dalam
keselarasan, tetapi hampir selalu lebih kecil dari itu. Pembobotan entropi default
metode (--ent) mengurangi nomor urut efektif untuk mengurangi konten informasi
(entropi relatif, atau skor rata-rata yang diharapkan pada homolog sejati) per posisi konsensus. NS
entropi relatif target dikendalikan oleh fungsi dua parameter, di mana dua
parameter dapat diatur dengan --sebelum dan --esigma.

--ent Gunakan strategi pembobotan entropi untuk menentukan nomor urut efektif yang
memberikan entropi relatif keadaan kecocokan rata-rata target. Opsi ini adalah default, dan
dapat dimatikan dengan --enon. Target default berarti status kecocokan relatif
entropi adalah 0.59 bit untuk model dengan setidaknya 1 pasangan basis dan 0.38 bit untuk model
dengan nol pasangan basa, tetapi diubah dengan --sebelum. Default 0.59 atau 0.38 bit adalah
otomatis berubah jika total entropi relatif model (dijumlahkan cocok
menyatakan entropi relatif) kurang dari cutoff, yaitu 6.0 bit secara default, tetapi
dapat diubah dengan ahli, tidak berdokumen --mantan pilihan. Jika Anda benar-benar ingin
bermain dengan opsi itu, lihat kode sumbernya.

--enon
Matikan strategi pembobotan entropi. Nomor urut efektif hanyalah
jumlah urutan dalam keselarasan.

--sebelum
Tetapkan entropi relatif status kecocokan target sebagai . Secara default target
entropi relatif per posisi kecocokan adalah 0.59 bit untuk model dengan setidaknya 1
basepair dan 0.38 untuk model dengan basepair nol.

--eminseq
Tentukan nomor urut efektif minimum yang diizinkan sebagai .

--ehmmre
Tetapkan entropi relatif status kecocokan rata-rata target HMM sebagai . Entropi untuk
status kecocokan basepairing dihitung menggunakan emisi basepair terpinggirkan
kemungkinan.

--set
Tetapkan nomor urut efektif untuk pembobotan entropi sebagai .

PILIHAN PENGENDALIAN FILTER P7 HMM KONSTRUKSI

Untuk setiap CM yang com.cmbuild konstruksi, filter p7 HMM yang menyertai dibangun dari input
keselarasan juga. Opsi ini mengontrol konstruksi HMM filter:

--p7ere
Tetapkan entropi relatif keadaan kecocokan rata-rata target untuk filter p7 HMM sebagai . By
default entropi relatif target per posisi kecocokan adalah 0.38 bit.

--p7ml Gunakan kemungkinan maksimum p7 HMM yang dibangun dari CM sebagai filter HMM. HMM ini akan
semirip mungkin dengan CM (sementara tentu tidak mengetahui sekunder
struktur).

penggunaan --membantu untuk melihat opsi konstruksi HMM filter tambahan, jika tidak tidak berdokumen, filter.

PILIHAN PENGENDALIAN FILTER P7 HMM KALIBRASI

Setelah membangun setiap filter HMM, com.cmbuild menentukan parameter nilai-E yang sesuai untuk digunakan
selama penyaringan cmsearch dan cmscan dengan mengambil sampel satu set urutan dan mencarinya
dengan setiap konfigurasi dan algoritma filter HMM.

--EmN Atur jumlah urutan sampel untuk kalibrasi HMM filter MSV lokal ke .
200 secara default.

--EvN Atur jumlah urutan sampel untuk kalibrasi HMM filter Viterbi lokal ke
. 200 secara default.

--ElfN Atur jumlah urutan sampel untuk kalibrasi HMM filter Maju lokal ke
. 200 secara default.

--Misalnya Tetapkan jumlah urutan sampel untuk kalibrasi HMM filter Maju glocal
untuk . 200 secara default.

penggunaan --membantu untuk melihat opsi kalibrasi HMM filter tambahan, jika tidak, tidak terdokumentasi.

PILIHAN UNTUK PENGILANGAN THE INPUT PENJAJARAN

--menyaring
Mencoba untuk memperbaiki keselarasan sebelum membangun CM menggunakan ekspektasi-
maksimalisasi (EM). Sebuah CM pertama dibangun dari keselarasan awal seperti biasa. Kemudian,
urutan dalam penyelarasan diselaraskan kembali secara optimal (dengan CYK . berpita HMM
algoritma, optimal berarti optimal diberikan band) ke CM, dan CM baru dibangun
dari keselarasan yang dihasilkan. Urutan kemudian disesuaikan kembali ke CM baru, dan a
CM baru dibangun dari keselarasan itu. Hal ini berlanjut sampai konvergensi,
khususnya ketika keberpihakan untuk dua iterasi berturut-turut tidak
berbeda secara signifikan (jumlah bit skor dari semua urutan dalam
keselarasan berubah kurang dari 1% antara dua iterasi berturut-turut). Akhir
keselarasan (penyelarasan yang digunakan untuk membangun CM yang ditulis ke ) is
tertulis kepada .

-l Dengan --menyaring, nyalakan algoritma penyelarasan lokal, yang memungkinkan penyelarasan untuk
span dua atau lebih subsequence jika perlu (misalnya jika struktur query
model dan urutan target hanya dibagikan sebagian), memungkinkan ukuran besar tertentu
penyisipan dan penghapusan dalam struktur akan dihukum berbeda dari biasanya
indel. Standarnya adalah menyelaraskan model kueri secara global ke urutan target.

--gibbs
Memodifikasi perilaku --menyaring jadi sampling Gibbs digunakan sebagai pengganti EM. NS
perbedaannya adalah bahwa selama tahap penyelarasan, penyelarasan tidak selalu
optimal, alih-alih penyelarasan (parsetree) untuk setiap urutan diambil sampelnya dari
distribusi posterior keberpihakan sebagaimana ditentukan oleh algoritma Inside. Karena
langkah pengambilan sampel ini --gibbs adalah non-deterministik, jadi berjalan berbeda dengan yang sama
keselarasan dapat menghasilkan hasil yang berbeda. Ini tidak benar ketika --menyaring digunakan
tanpa --gibbs opsi, dalam hal ini penyelarasan akhir dan CM akan selalu menjadi
sama. Kapan --gibbs diaktifkan, --benih opsi dapat digunakan untuk menyemai
generator nomor acak diprediksi, membuat hasil direproduksi. Tujuan dari
itu --gibbs pilihannya adalah membantu kurator penyelarasan RNA ahli memperbaiki struktur
keselarasan dengan memungkinkan mereka untuk mengamati keberpihakan skor tinggi alternatif.

--benih
Benih generator nomor acak dengan , bilangan bulat >= 0. Opsi ini hanya dapat
digunakan dalam kombinasi dengan --gibbs. If tidak nol, pengambilan sampel stokastik dari
keberpihakan akan dapat direproduksi; perintah yang sama akan memberikan hasil yang sama. Jika
adalah 0, generator bilangan acak diunggulkan secara sewenang-wenang, dan stokastik
pengambilan sampel dapat bervariasi dari menjalankan ke menjalankan perintah yang sama. Benih default adalah 0.

--cyk Dengan --menyaring, sesuaikan dengan algoritma CYK. Secara default akurasi optimal
algoritma digunakan. Ada informasi lebih lanjut tentang ini di sejajarkan halaman manual.

--tidakrunc
Dengan --menyaring, matikan algoritma perataan terpotong. Masih ada lagi
informasi tentang ini di sejajarkan halaman manual.

penggunaan --membantu untuk melihat opsi penyempurnaan penyelarasan tambahan, jika tidak tidak berdokumen, sebagai
serta opsi dan opsi file keluaran lainnya untuk membuat beberapa model untuk satu
penjajaran.

Gunakan cmbuild online menggunakan layanan onworks.net