cmfetch - Online di Cloud

PROGRAM:

NAMA

cmfetch - mengambil model kovarians dari file

RINGKASAN

cmfetch [pilihan]
(mengambil CM bernama )

cmfetch -f [pilihan]
(mengambil semua CM yang terdaftar di )

cmfetch --indeks [pilihan]
(indeks untuk mengambil)

DESKRIPSI

Mengambil satu atau lebih CM dari sebuah (database Rfam yang besar, misalnya).

Untuk mengaktifkan pengambilan yang sangat cepat, indeks pertama, menggunakan cmfetch --indeks. Indeks
adalah file biner bernama .ssi.

Mode default adalah untuk mengambil satu CM dengan nama atau aksesi, yang disebut . Untuk
contoh:

% cmambil Rfam.cm tRNA
% cmambil Rfam.cm RF00005

Dengan -f opsi, a berisi daftar satu atau lebih kunci dibaca sebagai gantinya.
Bidang pertama yang dibatasi spasi putih pada setiap baris non-komentar non-kosong dari
digunakan sebagai , dan data yang tersisa di telepon diabaikan. Hal ini memungkinkan berbagai
dari file data yang dibatasi spasi untuk digunakan sebagai S.

Ketika menggunakan -f dan , if telah diindeks, kunci diambil di
urutan mereka terjadi di , tapi jika tidak diindeks, kunci diambil di
urutan kemunculannya dalam . Ini adalah efek samping dari implementasi yang
memungkinkan beberapa kunci untuk diambil bahkan jika adalah aliran yang tidak dapat diputar ulang, seperti
pipa masukan standar.

Dalam penggunaan normal (tanpa --indeks or -f pilihan), mungkin '-' (tanda hubung), yang artinya
membaca masukan dari stdin bukannya file. Dengan --indeks pilihan, mungkin tidak
'-'; tidak masuk akal untuk mengindeks aliran input standar. Dengan -f pilihan, baik
or (tetapi tidak keduanya) mungkin '-'. Hal ini sering sangat berguna untuk membaca
dari input standar, karena ini memungkinkan penggunaan untuk menggunakan baris perintah arbitrer
permintaan untuk membuat daftar nama atau aksesi CM, lalu mengambil semuanya ke file baru,
hanya dengan satu perintah.

Secara default, CM dicetak ke output standar dalam format Infernal-1.1.

PILIHAN

-h Membantu; cetak pengingat singkat tentang penggunaan baris perintah dan semua opsi yang tersedia.

-f Argumen baris perintah kedua adalah a bukannya tunggal . Grafik
bidang pertama pada setiap baris digunakan sebagai pengambilan (nama CM
atau aksesi). Baris kosong dan baris komentar (yang dimulai dengan # karakter) adalah
diabaikan.

-o Keluarkan CM ke file bukannya ke output standar.

-O Keluarkan CM ke file individual bernama bukannya keluaran standar. Dengan
-f pilihan, ini dapat mengakibatkan banyak file yang dibuat.

--indeks
Alih-alih mengambil satu atau lebih profil dari , indeks untuk
pengambilan di masa depan. Ini menciptakan .ssi berkas indeks biner.

Gunakan cmfetch online menggunakan layanan onworks.net