compalign - Online di Cloud

PROGRAM:

NAMA

compalign - membandingkan dua keberpihakan ganda

RINGKASAN

menyelaraskan [-pilihan]

DESKRIPSI

menyelaraskan menghitung "identitas" pecahan antara penyelarasan tepercaya dan pengujian
penyelarasan. Kedua file harus berisi urutan yang persis sama, persis sama
ketertiban.

Identitas keberpihakan barisan berganda didefinisikan sebagai identitas rata-rata atas
semua N(N-1)/2 keberpihakan berpasangan.

Identitas pecahan dari dua set keberpihakan berpasangan pada gilirannya didefinisikan sebagai berikut:
(untuk urutan yang diketahui sejajar k1 dan k2, dan urutan tes yang disejajarkan t1 dan t2):

kolom yang cocok / kolom total

di mana total kolom = jumlah total kolom yang ada
simbol yang valid (nongap) di k1 atau k2;

kolom yang cocok = jumlah kolom di mana salah satu dari
berikut ini benar:

k1 dan k2 keduanya memiliki simbol yang valid pada kolom tertentu; t1 dan t2
memiliki simbol yang sama sejajar dalam kolom t1/t2
penyelarasan;

k1 memiliki simbol yang sejajar dengan celah di k2; bahwa simbol di t1 adalah
juga selaras dengan celah;

k2 memiliki simbol yang sejajar dengan celah di k1; bahwa simbol di t2 adalah
juga disejajarkan dengan celah.

Karena skor untuk semua pasangan yang mungkin dihitung, algoritmenya adalah orde (N^2)L untuk
N urutan panjang L; set urutan besar akan memakan waktu cukup lama.

PILIHAN

Pilihan yang tersedia:

-h Cetak bantuan singkat dan info penggunaan.

-c Hanya bandingkan di bawah struktur konsensus #=CS yang ditandai.

--informasi
Tentukan bahwa kedua perataan dalam format (MSF, misalnya).

--diam
Menekan header verbose (digunakan dalam pengujian regresi).

Gunakan compalign online menggunakan layanan onworks.net