Ini adalah perintah cpgplote yang dapat dijalankan di penyedia hosting gratis OnWorks menggunakan salah satu dari beberapa workstation online gratis kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows atau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NAMA
cpgplot - Identifikasi dan plot pulau CpG dalam urutan nukleotida
RINGKASAN
cpgplot -urutan seqall -jendela bilangan bulat -minlen bilangan bulat -minoe mengapung -minpc mengapung
-file keluar file keluar -merencanakan toggle -grafik xygraf -obsexp boolean -cg boolean
-pc boolean -mengalahkan prestasi
cpgplot -bantu
DESKRIPSI
cpgplot adalah program baris perintah dari EMBOSS (“European Molecular Biology Open
Paket Perangkat Lunak"). Ini adalah bagian dari grup perintah "Nucleic:CpG Islands".
PILIHAN
Memasukkan bagian
-urutan seqall
Wajib bagian
-jendela bilangan bulat
Persentase konten CG dan frekuensi CG yang diamati dihitung dalam a
jendela yang ukurannya diatur oleh parameter ini. Jendela dipindahkan ke bawah urutan dan
statistik ini dihitung pada setiap posisi di mana jendela dipindahkan. Bawaan
nilai: 100
-minlen bilangan bulat
Ini menetapkan panjang minimum pulau CpG sebelum dilaporkan.
Nilai default: 200
-minoe mengapung
Ini menetapkan rata-rata minimum yang diamati dengan rasio yang diharapkan dari C plus G ke CpG dalam satu set
dari 10 jendela yang diperlukan sebelum pulau CpG dilaporkan. Nilai default: 0.6
-minpc mengapung
Ini menetapkan persentase rata-rata minimum G plus C satu set 10 jendela yang
diperlukan sebelum pulau CpG dilaporkan. Nilai bawaan: 50.
Keluaran bagian
-file keluar file keluar
Ini menetapkan nama file yang menyimpan laporan nama urutan input, CpG
parameter pulau dan detail output dari pulau CpG yang ditemukan.
-merencanakan toggle
Nilai default: Y
-grafik xygraf
-obsexp boolean
Jika ini disetel ke true maka grafik rasio yang diamati terhadap ekspektasi C ditambah G ke
CpG dalam jendela ditampilkan. Nilai default: Y
-cg boolean
Jika ini disetel ke true maka grafik daerah yang telah ditentukan adalah
Pulau CpG ditampilkan. Nilai default: Y
-pc boolean
Jika ini disetel ke true maka grafik persentase C ditambah G dalam sebuah jendela adalah
ditampilkan. Nilai default: Y
-mengalahkan prestasi
File untuk fitur keluaran
Gunakan cpgplote online menggunakan layanan onworks.net
