cutadapt - Online di Cloud

PROGRAM:

NAMA

cutadapt - halaman manual untuk cutadapt 1.8.3

DESKRIPSI

cutadapt versi 1.8.3 Hak Cipta © 2010-2015 Marcel Martin[email dilindungi]>

cutadapt menghapus urutan adaptor dari pembacaan urutan throughput tinggi.

Pemakaian:
menyesuaikan diri -a ADAPTER [opsi] [-o output.fastq] input.fastq

Untuk berpasangan-akhir berbunyi:
menyesuaikan diri -a MENYESUAIKAN1 -A ADAPT2 [opsi] -o keluar1.fastq -p keluar2.fastq masuk1.fastq
in2.fastq

Ganti "ADAPTER" dengan urutan sebenarnya dari adaptor 3' Anda. Karakter wildcard IUPAC
didukung. Komplemen terbalik *tidak* dicari secara otomatis. Semua dibaca dari
input.fastq akan ditulis ke output.fastq dengan urutan adaptor dihapus. Adaptor
pencocokan adalah toleransi kesalahan. Beberapa urutan adaptor dapat diberikan (gunakan lebih lanjut -a
pilihan), tetapi hanya adaptor yang paling cocok yang akan dihapus.

Masukan mungkin juga dalam format FASTA. Input dan output terkompresi didukung dan
otomatis terdeteksi dari nama file (.gz, .xz, .bz2). Gunakan nama file '-' untuk standar
input output. Tanpa -o pilihan, output dikirim ke output standar.

Beberapa Lainnya tersedia fitur adalah:
* Berbagai jenis adaptor lainnya (adaptor 5', adaptor "campuran" 5'/3', dll.) *
Memangkas jumlah basis yang tetap * Pemangkasan kualitas * Pemangkasan ruang warna terbaca *
Memfilter bacaan menurut berbagai kriteria

Gunakan "cutadapt --membantu" untuk melihat semua opsi baris perintah. Lihat
http://cutadapt.readthedocs.org/ untuk dokumentasi lengkap.

PILIHAN

--Versi: kapan
tampilkan nomor versi program dan keluar

-h, --membantu
tunjukkan pesan bantuan ini dan keluar

-f FORMAT, --format=FORMAT
Format berkas masukan; dapat berupa 'fasta', 'fastq' atau 'sra-fastq'. Diabaikan ketika
membaca file csfasta/qual (default: deteksi otomatis dari ekstensi nama file).

Opsi yang memengaruhi cara adaptor ditemukan:

Masing-masing dari tiga parameter berikut (-a, -b, -g) dapat digunakan beberapa kali dan
dalam kombinasi apa pun untuk mencari seluruh rangkaian adaptor yang mungkin berbeda
jenis. Hanya adaptor yang paling cocok yang dipangkas dari setiap pembacaan (tetapi lihat:
--waktu pilihan). Alih-alih memberikan adaptor secara langsung, Anda juga dapat menulis
file:FILE dan urutan adaptor akan dibaca dari FILE yang diberikan (yang harus
dalam format FAST).

-a ADAPTOR, --adaptor=ADAPTOR
Urutan adaptor yang diikat ke ujung 3'. Adaptor itu sendiri dan
apa pun yang mengikuti dipangkas. Jika urutan adaptor diakhiri dengan '$'
karakter, adaptor ditambatkan ke akhir pembacaan dan hanya ditemukan jika a
akhiran bacaan.

-g ADAPTOR, --depan=ADAPTOR
Urutan adaptor yang diikat ke ujung 5'. Jika urutan adaptor
dimulai dengan karakter '^', adaptor 'berlabuh'. Adaptor berlabuh harus
muncul secara keseluruhan di ujung 5' bacaan (ini adalah awalan dari bacaan). A
adaptor tidak berlabuh mungkin muncul sebagian di ujung 5', atau mungkin terjadi di dalam
Baca. Jika ditemukan dalam pembacaan, urutan sebelum adaptor juga
dipangkas. Dalam semua kasus, adaptor itu sendiri dipangkas.

-b ADAPTOR, --di mana saja=ADAPTOR
Urutan adaptor yang diikat ke ujung 5' atau 3'. Jika adaptornya
ditemukan di dalam bacaan atau tumpang tindih dengan ujung 3' dari bacaan, perilakunya adalah
sama untuk -a pilihan. Jika adaptor tumpang tindih dengan ujung 5' (awal dari
baca), bagian awal dari pembacaan yang cocok dengan adaptor dipangkas, tetapi
apa pun yang mengikuti disimpan.

-e TINGKAT KESALAHAN, --tingkat kesalahan=TINGKAT KESALAHAN
Tingkat kesalahan maksimum yang diizinkan (jumlah kesalahan dibagi dengan panjang pencocokan
wilayah) (default: 0.1)

--tanpa-indels
Jangan izinkan indel dalam penjajaran (izinkan hanya ketidakcocokan). Saat ini saja
didukung untuk adaptor berlabuh. (default: izinkan ketidakcocokan dan indel)

-n MENGHITUNG, --waktu=COUNT
Coba lepas adaptor paling banyak COUNT kali. Berguna saat adaptor ditambahkan
beberapa kali (default: 1).

-O PANJANG, --tumpang tindih=LENGTH
Panjang tumpang tindih minimum. Jika tumpang tindih antara pembacaan dan adaptor lebih pendek
dari LENGTH, pembacaan tidak diubah. Ini mengurangi no. dari pangkalan yang dipangkas murni
karena kecocokan adaptor acak pendek (default: 3).

--cocok-baca-wildcard
Izinkan wildcard IUPAC dalam pembacaan (default: False).

-N, --no-match-adapter-wildcard
Jangan menafsirkan wildcard IUPAC di adaptor.

Opsi untuk memfilter bacaan yang diproses:

--buang-dipangkas, --membuang
Buang bacaan yang berisi adaptor alih-alih memangkasnya. Juga gunakan -O in
untuk menghindari membuang terlalu banyak bacaan yang cocok secara acak!

--buang-belum dipangkas, --dipangkas-saja
Buang bacaan yang tidak berisi adaptor.

-m PANJANG, --minimum-panjang=LENGTH
Buang bacaan terpangkas yang lebih pendek dari LENGTH. Bacaan yang terlalu pendek bahkan
sebelum pelepasan adaptor juga dibuang. Di ruang warna, primer awal tidak
dihitung (default: 0).

-M PANJANG, --panjang maksimum=LENGTH
Buang bacaan terpangkas yang lebih panjang dari LENGTH. Bacaan yang terlalu panjang bahkan
sebelum pelepasan adaptor juga dibuang. Di ruang warna, primer awal tidak
dihitung (default: tidak ada batas).

--tanpa-pangkas
Cocokkan dan arahkan kembali bacaan ke output/output yang belum dipotong seperti biasa, tetapi jangan hapus
adaptor.

--maks-n=LENGTH
Proporsi maksimum N yang diperbolehkan dalam pembacaan. Angka < 1 akan diperlakukan sebagai
proporsi sementara angka > 1 akan diperlakukan sebagai jumlah maksimum N's
terkandung.

--mask-adaptor
Adaptor topeng dengan karakter 'N' alih-alih memangkasnya.

Opsi yang memengaruhi apa yang menghasilkan output ke mana:

--diam
Jangan mencetak laporan di akhir.

-o MENGAJUKAN, --keluaran=FILE
Tulis bacaan yang dimodifikasi ke FILE. Format FASTQ atau FASTA dipilih tergantung pada input.
Laporan ringkasan dikirim ke output standar. Gunakan '{name}' di FILE untuk melakukan demultipleks
membaca ke dalam beberapa file. (default: bacaan yang dipangkas ditulis ke output standar)

--info-file=FILE
Tulis informasi tentang setiap pembacaan dan adaptornya cocok ke dalam FILE. Lihat
dokumentasi untuk format file.

-r MENGAJUKAN, --sisa-file=FILE
Saat adaptor cocok di tengah pembacaan, tulis sisanya (setelah
adaptor) ke dalam FILE.

--file karakter pengganti=FILE
Ketika adaptor memiliki basis wildcard ('N), tulis basis adaptor yang cocok dengan wildcard
posisi ke FILE. Ketika ada indel di keselarasan, ini sering tidak
tepat.

--output-terlalu-pendek=FILE
Tulis bacaan yang terlalu pendek (sesuai dengan panjang yang ditentukan oleh -m) ke FILE.
(default: buang bacaan)

--output terlalu panjang=FILE
Tulis bacaan yang terlalu panjang (sesuai dengan panjang yang ditentukan oleh -M) ke FILE.
(default: buang bacaan)

--output yang tidak dipangkas=FILE
Tulis bacaan yang tidak berisi adaptor ke FILE. (default: output ke file yang sama
sebagai bacaan yang dipangkas)

Modifikasi tambahan untuk bacaan:

-u PANJANG, --memotong=LENGTH
Hapus basis LENGTH dari awal atau akhir setiap pembacaan. Jika LENGTH positif,
dasar dihapus dari awal setiap membaca. Jika LENGTH negatif,
basis dihapus dari akhir setiap membaca. Opsi ini dapat ditentukan dua kali jika
PANJANG memiliki tanda yang berbeda.

-q [5'CUTOFF,]3'CUTOFF, --pengurangan kualitas=[5'CUTOFF,]3'CUTOFF
Pangkas alas berkualitas rendah dari ujung bacaan 5' dan/atau 3' sebelum melepas adaptor. Jika
satu nilai diberikan, hanya ujung 3' yang dipangkas. Jika dua titik potong yang dipisahkan koma adalah
diberikan, ujung 5' dipangkas dengan potongan pertama, ujung 3' dengan yang kedua. NS
algoritmanya sama dengan yang digunakan oleh BWA (lihat dokumentasi). (default: tidak
pemangkasan)

--kualitas-dasar=KUALITAS_BASE
Asumsikan bahwa nilai kualitas dikodekan sebagai ascii(kualitas + KUALITAS_BASE). NS
default (33) biasanya benar, kecuali untuk bacaan yang dihasilkan oleh beberapa versi
Pipa Illumina, di mana ini harus diatur ke 64. (Default: 33)

--trim-n
Potong N di ujung bacaan.

-x AWALAN, --awalan=AWALAN
Tambahkan awalan ini untuk membaca nama

-y AKHIRAN, --akhiran=AKHIRAN
Tambahkan akhiran ini untuk membaca nama

--strip-akhiran=STRIP_SUFFIX
Hapus akhiran ini dari nama yang dibaca jika ada. Dapat diberikan berkali-kali.

-c, --ruang warna
Mode ruang warna: Pangkas juga warna yang berdekatan dengan adaptor yang ditemukan.

-d, --kode ganda
Saat berada di ruang warna, enkodekan warna ganda (peta 0,1,2,3,4 ke A,C,G,T,N).

-t, --trim-primer
Saat berada di ruang warna, rapikan dasar primer dan warna pertama (yang merupakan transisi
nukleotida pertama)

--strip-f3
Untuk ruang warna: Hapus akhiran _F3 dari nama baca

--maq, --bwa
Output ruang warna yang kompatibel dengan MAQ dan BWA. Ini memungkinkan -c, -d, -t, --strip-f3 dan
-y '/1'.

--panjang-tag=MENANDAI
Cari TAG diikuti dengan angka desimal di kolom deskripsi bacaan.
Ganti angka desimal dengan panjang yang benar dari bacaan yang dipangkas. Untuk
contoh, gunakan --panjang-tag 'length=' untuk mengoreksi bidang seperti 'length=123'.

--tanpa-nol-cap
Jangan ubah nilai kualitas negatif menjadi nol. Nilai kualitas ruang warna dari -1
akan muncul sebagai spasi dalam file FASTQ keluaran. Karena banyak alat memiliki masalah
dengan itu, kualitas negatif diubah menjadi nol saat memangkas data ruang warna.
Gunakan opsi ini untuk menjaga kualitas negatif.

-z, --nol-cap
Ubah nilai kualitas negatif menjadi nol. Ini diaktifkan secara default ketika
-c//- colorspace juga diaktifkan. Gunakan opsi di atas untuk menonaktifkannya.

Opsi ujung berpasangan.:

The -AOpsi //G/-B/-U berfungsi seperti mereka -a/-b/-g/-u rekan-rekan.

-A ADAPTOR
Adaptor 3' akan dilepas dari pembacaan kedua secara berpasangan.

-G ADAPTOR
Adaptor 5' akan dilepas dari pembacaan kedua secara berpasangan.

-B ADAPTOR
Adaptor 5'/3 harus dilepas dari pembacaan kedua secara berpasangan.

-U LENGTH
Hapus basis LENGTH dari awal atau akhir setiap pembacaan (lihat --memotong).

-p MENGAJUKAN, --keluaran berpasangan=FILE
Tulis pembacaan kedua secara berpasangan ke FILE.

--output-dipasangkan-tidak dipangkas=FILE
Tulis pembacaan kedua secara berpasangan ke FILE ini ketika tidak ada adaptor yang ditemukan di yang pertama
Baca. Gunakan opsi ini bersama dengan --output yang tidak dipangkas saat memangkas pairend
membaca. (Default: output ke file yang sama dengan bacaan yang dipangkas.)

Gunakan cutadapt online menggunakan layanan onworks.net