daligner - Online di Cloud

PROGRAM:

NAMA

daligner - pelurus baca panjang

RINGKASAN

penggaris [-vbAI][-kint(14)] [-wint(6)] [-hint(35)] [-tint] [-Mint] [-eganda (.70)]
[-lint(1000)] [-sint(100)] [-Hint] [-mjalur]+ subjek:db|dam target:db|bendungan ...

DESKRIPSI

Bandingkan urutan yang dipangkas subyek blokir terhadap mereka yang ada di daftar target blok
mencari keberpihakan lokal yang melibatkan setidaknya -l pasangan basa (default 1000) atau lebih,
yang memiliki tingkat korelasi rata-rata -e (standar 70%). Keberpihakan lokal ditemukan
akan menjadi output dalam pengkodean jarang di mana titik jejak pada penyelarasan dicatat setiap
-s pasangan basa dari a-read (default 100bp). Bacaan dibandingkan di kedua orientasi dan
keberpihakan lokal yang memenuhi kriteria adalah output ke salah satu dari beberapa file yang dibuat dijelaskan
di bawah. Itu -v opsi mengaktifkan mode pelaporan verbose yang memberikan statistik pada masing-masing
langkah utama dari perhitungan.

Opsi -k, -h, dan -w mengontrol pencarian filtrasi awal untuk kemungkinan kecocokan
antara membaca. Secara khusus, kode pencarian kami mencari sepasang pita lebar diagonal
2^w (default 2^6 = 64) yang berisi kumpulan k-mers yang sama persis (default 14)
antara dua bacaan, sehingga jumlah total basis yang dicakup oleh hit k-mer adalah h
(standar 35). k tidak boleh lebih besar dari 32 dalam implementasi saat ini. jika -b Option
diatur, maka penggaris mengasumsikan data memiliki bias komposisi yang kuat (misalnya >65% AT
kaya), dan dengan biaya sedikit lebih banyak waktu, secara dinamis menyesuaikan ukuran k-mer tergantung pada
bias komposisi, sehingga mer yang digunakan memiliki spesifisitas efektif 4^k.

Jika ada satu atau lebih trek interval yang ditentukan dengan -m pilihan, maka bacaan dari
DB atau DB yang menggunakan topeng adalah topeng lembut dengan penyatuan interval
dari semua trek interval yang berlaku, yaitu setiap k-mer yang berisi basis apa pun di salah satu dari
interval bertopeng diabaikan untuk tujuan penyemaian pertandingan. Sebuah trek interval
adalah trek, seperti trek "debu" yang dibuat oleh DBdust, yang mengkodekan serangkaian interval
atas DB yang belum dipangkas atau yang dipangkas.

Selalu, beberapa k-mers secara signifikan terwakili (misalnya berjalan homopolimer).
K-mer ini membuat jumlah pasangan k-mer yang cocok dan tidak tertangani akan
menyebabkan daligner membanjiri memori fisik yang tersedia. Salah satu cara untuk mengatasinya adalah dengan
secara eksplisit mengatur -t parameter yang menekan penggunaan k-mer apa pun yang terjadi lebih banyak
dari t kali di blok subjek atau target. Namun, cara yang lebih baik untuk menangani
situasinya adalah membiarkan program secara otomatis memilih nilai t yang memenuhi tertentu
batas penggunaan memori yang ditentukan (dalam Gb) oleh -M parameter. Secara default penggaris akan menggunakan
jumlah memori fisik sebagai pilihan untuk -M. Jika Anda ingin menggunakan lebih sedikit, katakan hanya 8Gb
pada node cluster HPC 24Gb karena Anda ingin menjalankan 3 penggaris pekerjaan pada node, maka
menentukan -M8. Menentukan -M0 pada dasarnya menunjukkan bahwa Anda tidak ingin penggaris untuk diri sendiri
sesuaikan penekanan k-mer agar sesuai dengan jumlah memori tertentu.

Untuk setiap subjek, pasangan target blok, katakanlah X dan Y, program melaporkan keberpihakan di mana:
a-read di X dan b-read di Y, dan sebaliknya. Namun, jika -A pilihannya adalah
set ("A" untuk "asimetris") kemudian hanya tumpang tindih di mana a-read berada di X dan b-read adalah
di Y dilaporkan, dan jika X = Y, selanjutnya hanya melaporkan tumpang tindih di mana
indeks a-read lebih kecil dari indeks b-read. Dalam kedua kasus, jika -I opsi diatur ("Saya"
untuk "identitas") maka ketika X = Y, tumpang tindih antara bagian yang berbeda dari pembacaan yang sama akan
juga ditemukan dan dilaporkan.

Setiap kesejajaran yang ditemukan dicatat sebagai -- a[ab,ae] x bo[bb,be] -- di mana a dan b adalah
indeks (dalam DB yang dipangkas) dari bacaan yang tumpang tindih, o menunjukkan apakah b-read adalah
dari untai yang sama atau berlawanan, dan [ab,ae] dan [bb,be] adalah interval dari a dan bo,
masing-masing, yang menyelaraskan. Program menempatkan catatan penyelarasan ini dalam file yang namanya
adalah dalam bentuk XY[C|N]#.las di mana C menunjukkan bahwa b-bacaan saling melengkapi dan N
menunjukkan mereka tidak (kedua perbandingan dilakukan) dan # adalah utas yang terdeteksi
dan menuliskan kumpulan keberpihakan yang terdapat dalam file. Itu filenya
XYO#.las berisi perataan yang dihasilkan oleh utas # yang a-readnya berasal dari X dan
b-read berasal dari Y dan dalam orientasi O. Perintahnya penggaris -A X Y menghasilkan 2 * NTHREAD
file utas XY?.las dan penggaris X Y menghasilkan file 4*NTHREAD XY?.las dan YX?.las
(kecuali kalau X=Y dalam hal ini hanya file NTHREAD, XX?.las, yang diproduksi).

Secara default, penggaris membandingkan semua tumpang tindih antara pembacaan dalam database yang lebih besar
dari batas minimum yang ditetapkan saat DB atau DB dipisah, biasanya 1 atau 2 Kbp. Namun,
pipa perakitan HGAP hanya ingin mengoreksi pembacaan besar, katakanlah 8 Kbp atau lebih, dan sebagainya
hanya membutuhkan tumpang tindih di mana a-read adalah salah satu bacaan besar. Dengan mengatur -H
parameter untuk mengatakan N, satu mengubah penggaris sehingga hanya melaporkan tumpang tindih di mana a-read
panjangnya lebih dari N pasangan basa.

Meskipun pengaturan parameter default bagus untuk data mentah Pacbio, penggaris dapat digunakan
untuk menemukan keberpihakan secara efisien dalam pembacaan yang dikoreksi atau pembacaan yang kurang bising lainnya. Untuk
contoh, untuk memetakan aplikasi terhadap .dams, kami menjalankan

penggaris -k20 -h60 -e. 85

dan pada pembacaan yang dikoreksi, kami biasanya menjalankan

penggaris -k25 -w5 -h60 -e. 95 -s500

dan pada pengaturan ini sangat cepat.

Gunakan daligner online menggunakan layanan onworks.net