DBshow - Online di Cloud

PROGRAM:

NAMA

DBshow - tampilan bacaan yang disimpan dalam database Dazzler

RINGKASAN

Pertunjukan DB [-unqUQ] [-wint(80)] [-mjalur]+ jalur:db|dam [ membaca: FILE | membaca: jangkauan ... ]

DESKRIPSI

Menampilkan bacaan yang diminta dalam database path.db atau path.bendungan. Secara default perintah
berlaku untuk database yang dipangkas, tetapi jika -u diatur maka seluruh DB digunakan. Jika tidak membaca
argumen diberikan kemudian setiap pembacaan dalam database atau blok database ditampilkan.
Jika tidak, file input atau daftar rentang bilangan bulat yang disediakan memberikan posisi ordinal
di bagian db yang dimuat secara aktif. Dalam hal file, itu hanya harus berisi
indeks baca, satu per baris. Dalam kasus lain, rentang baca adalah bilangan bulat tunggal atau
simbol $, dalam hal ini rentang baca hanya terdiri dari pembacaan itu (bacaan terakhir dalam
database jika $). Satu juga dapat memberikan dua bilangan bulat positif yang dipisahkan oleh tanda hubung ke
menunjukkan rentang bilangan bulat, di mana lagi $ mewakili indeks pembacaan terakhir di
aktif dimuat db. Misalnya, tampilan 1 3-5 $ membaca 1, 3, 4, 5, dan yang terakhir dibaca
db yang aktif Sebagai contoh lain, 1-$ menampilkan setiap pembacaan dalam db aktif (the
bawaan).

Secara default, file .fasta dari urutan baca ditampilkan. jika -q pilihan ditetapkan,
kemudian aliran QV juga ditampilkan dalam modifikasi non-standar dari format fasta.
Jika -n opsi diatur maka urutan DNA adalah tidak ditampilkan. jika -Q pilihan diatur
kemudian file .quiva ditampilkan dan dalam hal ini: -n dan -m opsi mungkin tidak disetel (dan
itu -q dan -w pilihan tidak berpengaruh).

Jika satu atau lebih topeng disetel dengan -m pilihan maka interval trek juga
ditampilkan dalam baris header tambahan dan pangkalan dalam interval ditampilkan di
kasus sebaliknya yang digunakan untuk semua basis lainnya. Secara default urutan outputnya adalah
dalam huruf kecil dan 80 karakter per baris. NS -U opsi menentukan huruf besar harus digunakan,
dan karakter per baris, atau lebar baris, dapat diatur ke nilai positif apa pun dengan -w
.

File .fasta atau .quiva yang dihasilkan dapat diubah menjadi DB dengan fasta2DB(1) dan
quiva2DB(1) (jika -q dan -n opsi tidak disetel dan tidak ada -m opsi diatur), memberikan satu a
cara sederhana untuk membuat DB dari subset bacaan untuk tujuan pengujian.

Gunakan DBshow online menggunakan layanan onworks.net