fastml - Online di Cloud

PROGRAM:

NAMA

fastml - kemungkinan maksimum rekonstruksi urutan asam amino leluhur

RINGKASAN

fastml [pilihan]

DESKRIPSI

FastML adalah alat bioinformatika untuk rekonstruksi sekuens leluhur berdasarkan
hubungan filogenetik antara urutan homolog. FastML menjalankan beberapa algoritma yang
merekonstruksi urutan leluhur dengan penekanan pada rekonstruksi yang akurat dari keduanya
indel dan karakter. Untuk rekonstruksi karakter, FastML . yang dijelaskan sebelumnya
algoritma digunakan untuk secara efisien menyimpulkan urutan leluhur yang paling mungkin untuk masing-masing
simpul internal pohon. Baik bersama dan rekonstruksi marjinal disediakan. Untuk
rekonstruksi indel, urutannya pertama kali dikodekan sesuai dengan peristiwa indel yang terdeteksi
dalam multiple sequence alignment (MSA) dan kemudian model kemungkinan yang canggih
digunakan untuk merekonstruksi negara indel leluhur. Hasilnya adalah yang paling mungkin
urutan, bersama-sama dengan probabilitas posterior untuk setiap karakter dan indel pada masing-masing
posisi urutan untuk setiap simpul internal pohon. FastML bersifat umum dan dapat diterapkan
untuk semua jenis urutan molekul (nukleotida, protein, atau urutan kodon).

PILIHAN

-h membantu

-s file input urutan (misalnya gunakan -s emySequences/eseq.txt)

-t file input pohon (jika pohon tidak diberikan, tetangga yang bergabung dengan pohon dihitung).

-g Asumsikan di antara model variasi tingkat situs (Gamma) [Secara default program
akan mengasumsikan model yang homogen. sangat cepat, tetapi kurang akurat!]

-m nama model

-mj [JTT]

-ml LG

-Bapak mtREV (untuk genom mitokondria)

-md HARI

-mw WAG

-mc cpREV (untuk genom kloroplas)

-ma Jukes and Cantor (JC) untuk asam amino

-M N Jukes dan Cantor (JC) untuk nukleotida

-mh Model HKY untuk nukleotida

-mg Model nucgtr untuk nukleotida

-mt tamura92 Model untuk nukleotida

-saya model kodon M5 yang

-saya matriks kodon empiris

Mengontrol opsi keluaran:

-x keluaran file pohon dalam format Newick [tree.newick.txt]

-y keluaran file pohon dalam format ANCESTOR [tree.ancestor.txt]

-j file keluaran urutan gabungan [seq.joint.txt]

-k file output urutan marjinal [seq.marginal.txt]

-d file keluaran probabilitas bersama [prob.joint.txt]

-e file keluaran probabilitas marjinal [prob.marginal.txt]

-q format output urutan leluhur. (-qc = [KLUSTAL], -qf = CEPAT,
-qm = MOLFI, -qs = MAS, -qp = PHLIYP, -qn = Perhubungan)

Opsi lanjutan:

-a Ambang untuk menghitung lagi probabilitas marjinal [0.9]

-b Jangan optimalkan panjang cabang pada pohon awal
[secara default, cabang dan alfa adalah ML yang dioptimalkan dari data]

-c jumlah kategori Gamma diskrit untuk distribusi gamma [8]

-f jangan menghitung rekonstruksi Bersama (baik jika algoritma cabang dan terikat membutuhkan
terlalu banyak waktu, dan tujuannya adalah untuk menghitung rekonstruksi marjinal dengan Gamma).

-z Ikatan yang digunakan. -zs - terikat berdasarkan jumlah. -zm berdasarkan maks. -zb [keduanya]

-p parameter alpha pengguna dari distribusi gamma [jika alpha tidak diberikan, alpha dan
cabang akan dievaluasi dari data (override -b)

Gunakan fastml online menggunakan layanan onworks.net