Ini adalah perintah formatrpsdb yang dapat dijalankan di penyedia hosting gratis OnWorks menggunakan salah satu dari beberapa workstation online gratis kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows atau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NAMA
formatrpsdb - Membangun database untuk RPS Blast
RINGKASAN
formatrpsdb [-] [-E N] [-G N] [-S X] [-U str] [-b] [-f X] -i nama file [-l nama file]
[-n str] [-o] [-t str] [-v N]
DESKRIPSI
formatrpsdb adalah utilitas yang mengubah kumpulan urutan input menjadi database
cocok untuk digunakan dengan Reverse Position Specific (RPS) Blast. Setiap urutan masukan,
bersama-sama dengan matriks penilaian posisi-spesifik (PSSM), adalah ASN.1 dikodekan menjadi a
PssmWithParameters (atau `scoremat') objek dan berada di file terpisah. Skor
objek dapat dibuat menggunakan blastpgp. formatrpsdb diberikan daftar file-file ini dan
menghasilkan database yang sesuai.
formatrpsdb dirancang untuk melakukan pekerjaan formatdb, makemat dan peniru
secara bersamaan, tanpa menghasilkan banyak file perantara, utilitas ini
perlu membuat database RPS Blast. Selanjutnya, objek scoremat lebih umum
digunakan daripada format biner yang dibutuhkan makemat. Diharapkan manipulasi langsung dari
objek scoremat akan mendorong konversi koleksi urutan yang lebih beragam menjadi RPS
Basis data ledakan.
Basis data yang dihasilkan oleh formatrpsdb adalah biner yang kompatibel dengan basis data yang dihasilkan oleh
formatdb/makemat/peniru, meskipun file database secara umum tidak akan byte-for-
byte identik.
PILIHAN
Ringkasan opsi disertakan di bawah ini.
- Cetak pesan penggunaan
-E N Penalti perpanjangan celah (jika tidak ditentukan dalam scoremat; default = 1)
-G N Penalti pembukaan celah (jika tidak ditentukan dalam scoremat; default = 11)
-S X Untuk skor yang hanya berisi frekuensi residu, faktor penskalaan harus diterapkan
saat membuat PSSM (default = 100)
-U str Mendasari matriks skor (jika tidak ditentukan dalam scoremat; default = BLOSUM62)
-b File Scoremat adalah biner (vs. teks) ASN1.
-f X Ambang batas untuk memperluas klik untuk basis data RPS (default = 11)
-i nama file
File input yang berisi daftar nama file ASN.1 Scoremat
-l nama file
Nama file log (default = formatrpsdb.log)
-n str Nama dasar database output (sama dengan file input jika tidak ditentukan)
-o Buat file indeks untuk database
-t str Judul untuk file database
-v N Ukuran volume basis data dalam jutaan huruf (default = 0, yang sebenarnya berarti tidak
membatasi)
Gunakan formatrpsdb online menggunakan layanan onworks.net
