freecontact - Online di Cloud

PROGRAM:

NAMA

freecontact - prediktor kontak protein cepat

RINGKASAN

kontak gratis [OPSI]

freecontact --parprof [evfold|psikov|psikov-sd] < alignment.aln > contacts.out

/usr/share/freecontact/a2m2aln --query '^RASH_HUMAN/(\d+)' < alignment.fa | kontak gratis
--parprof evfold > kontak.out

kontak bebas --ali=ALIFILE --menerapkan-gapth=BOOL --clusterpc=NUM --densitas=NUM --cov20=BOOL
--estimasi-ivcov=BOOL --celah =NUM --icme-timeout=NUM --format-input=[datar|xml]
--mincontsep=NUM --format-keluaran=[evfold|pfrmat_rr|bioxsd] --pseudocnt=NUM
--pscount-berat=NUM --rho=NUM --benang=NUM --veczw=BOOL

kontak gratis --help --debug --quiet --version

DESKRIPSI

FreeContact adalah prediktor kontak residu protein yang dioptimalkan untuk kecepatan. GratisKontak bisa
berfungsi sebagai drop-in yang dipercepat untuk prediktor kontak yang diterbitkan EVfold-mfDCA dari
DS. Markus dkk. (2011) [1], dan PSICOV dari D. Jones et al. (2011) [2].

FreeContact dipercepat dengan kombinasi instruksi vektor, banyak utas, dan
implementasi lebih cepat dari bagian-bagian penting. Bergantung pada penyelarasan, percepatan 8 kali lipat atau lebih tinggi
yang mungkin.

Sebuah keselarasan yang cukup besar diperlukan untuk hasil yang berarti. Minimal,
keselarasan dengan urutan efektif (setelah pembobotan) menghitung lebih besar dari panjang
urutan kueri harus digunakan. Penjajaran dengan puluhan ribu urutan (efektif)
dianggap masukan yang baik.

bodoh(1) atau hhblits(1) dapat digunakan untuk menghasilkan keberpihakan, misalnya.

[1] PLoS Satu. 2011;6(12):e28766. doi: 10.1371/journal.pone.0028766. Epub 2011 7 Desember
Struktur 3D protein dihitung dari variasi urutan evolusi. Marks DS, Colwell LJ,
Sheridan R, Hopf TA, Pagnani A, Zecchina R, Sander C.

[2] Bioinformatika. 2012 15 Januari;28(2):184-90. Epub 2011 Nov 17. PSICOV: tepat
prediksi kontak struktural menggunakan estimasi kovarians invers sparse pada kelipatan besar
keselarasan urutan. Jones DT, Buchan DW, Cozzetto D, Pontil M.

Memasukkan
Format berikut didukung:

datar
Format file input sederhana berikut digunakan:

# kuerimulai=5
# query=QUERYwithinsertionSEQUENCEWITHNOGAPSORINSERTIONS
URUTAN QUERYDENGANNOGAPSORINSERTIONS
-SELESAI --- URUTAN--DENGAN-GAPS-----
LAIN-SELURUH------------Urutan

Baris header '#' bersifat opsional. Garis header digunakan untuk menghitung residu kontak
nomor dan untuk mencari residu kueri masing-masing untuk format keluaran tertentu.

Jika tidak ada kueri yang ditentukan, urutan pertama dalam perataan digunakan sebagai kueri
urutan. Urutan kueri tidak boleh berisi celah dalam perataan.

Semua baris perataan harus memiliki panjang yang sama, dan hanya boleh berisi
[ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ-]. [B] dipetakan ke [D], [Z] dipetakan ke [E], [JOUX] adalah
dipetakan ke [X]. [X] hanya cocok dengan dirinya sendiri untuk keseluruhan program.

Penjajaran input A2M dapat dikonversi ke format di atas menggunakan
/usr/share/freecontact/a2m2aln. a2m2aln dapat digunakan untuk menyalurkan pelurusan secara langsung
ke dalam kontak bebas.

xml Dokumen XML dengan satuhttp://rostlab.org/freecontact/xsd"/>
elemen, didefinisikan dalam skema FreeContact [4] yang berasal dari BioXSD [5].

Contoh: /usr/share/doc/freecontact/contoh/PF00071_v25_1000.xml.

Keluaran
Format keluaran EVfold-mfDCA atau PSICOV asli digunakan secara default saat
profil parameter dipilih.

terjadi (EVfold-mfDCA)
5 K 6 L 0.332129 3.59798
| | | | | + skor kontak norma terkoreksi (CN)
| | | | + skor informasi timbal balik (MI)
| | | + kode residu asam amino kontak
| | + nomor kontak residu
| + kode residu asam amino kontak
+ nomor kontak residu

Kontak diurutkan berdasarkan nomor residu.

pfrmat_rr (PSICOV)
Format prediksi pemisahan residu-residu CASP (PFRMAT RR) [3]:

55 67 0 8 10.840280
| | | | + skor kontak
| | +-+ range [Å] dari jarak Cb-Cb yang diprediksi untuk pasangan residu
| | (C-alfa untuk glisin)
| | Kedua bidang ini invarian dalam output.
| + nomor kontak residu
+ nomor kontak residu

Kontak diurutkan berdasarkan skor, menurun.

[3]http://predictioncenter.org/casp10/index.cgi?halaman=format>

bioxsd
Dokumen XML dengan satuhttp://rostlab.org/freecontact/xsd"/>
elemen, didefinisikan dalam skema FreeContact [4] yang berasal dari BioXSD [5].

Contoh: /usr/share/doc/freecontact/contoh/PF00071_v25_1000.evfold.50.xml.

Catatan: karena BioXSD sedang dalam pengembangan aktif bekerja sama dengan FreeContact,
Skema FreeContact sebenarnya dapat diturunkan dari versi yang belum tersedia di [5].

[4]

[5]http://bioxsd.org>

Output mungkin tidak mencantumkan semua kontak yang mungkin.

REFERENSI

Dikirim. FreeContact: prediksi kontak residu-residu langsung yang cepat dan gratis.
Kaján L, Sustik MA, Marks DS, Hopf TA, Kalaš M, Rost B.

PILIHAN

-a [ --utas ] argumen
Utas untuk digunakan [0-). 0 berarti sebanyak core.

--menerapkan-gapth arg
Jika benar, kecualikan kolom dan baris residu dengan frekuensi celah berbobot > --celah
dari matriks kovarians [Boolean].

-c [ --clustpc ] argumen
Persentase pengelompokan BLOSUM [0-100].

--cov20 argumen
Jika benar, tinggalkan satu asam amino dari matriks kovarians, sehingga tidak ditentukan secara berlebihan
[Boolean].

-d [ --densitas ] arg
Kepadatan matriks presisi target [0-1]. Mengatur 0 untuk tidak mengontrol kepadatan.

--debug
Aktifkan debug.

--estimasi-ivcov arg
Gunakan estimasi matriks kovarians terbalik daripada inversi matriks [Boolean].

-f [ --ali ] argumen (=-)
File perataan [jalur]. Jika '-', masukan standar. Bawaan: '-'.

-g [ --gapth ] argumen
Ambang frekuensi celah tertimbang (0-1].

-h [ --bantuan ]
Buat pesan bantuan ini.

-i [ --input-format ] arg (=datar)
Format masukan [datar|xml].

--icme-timeout argumen (=1800)
Batas waktu estimasi matriks kovarians terbalik dalam detik [0-). Diterapkan untuk setiap iversion
menelepon secara mandiri. Jika terjadi timeout, program keluar dengan status 2.

--mincontsep argumen
Pemisahan pasangan residu kontak urutan-bijaksana minimum diberikan dalam asam amino sebagai
(ji>=arg). 1 untuk residu yang berdekatan. [1-).

-o [ --output-format ] argumen
Format keluaran [evfold|pfrmat_rr|bioxsd].

--parprof argumen (= bawaan)
Profil parameter (opsional) [default|evfold|psikov]. Profil default adalah terjadi.

Argumen baris perintah dapat digunakan untuk mengganti nilai profil.

terjadi
Memicu mode kompatibilitas EVfold-mfDCA [1].

psikov
Memicu mode kompatibilitas PSICOV [2].

psikov-sd
Memicu PSICOV [2] mode default yang masuk akal: rho default tetap, tidak ada kontrol kepadatan.

-w [ --pscount-weight ] argumen
Berat pseudocount [0-1].

-p [ --pseudocnt ] argumen
Hitungan semu [0-).

--semangat
Cetak parameter efektif pada kesalahan standar. Gunakan opsi ini untuk melihat parameter apa
kontak gratis(1) dijalankan dengan detail. Ini sangat berguna ketika --parprof
opsi digunakan dalam kombinasi dengan opsi lain.

--rho argumen
Nilai awal parameter regularisasi Glasso [0-). Jika negatif, pilih nilai
otomatis.

--arg tenang (=0)
Cetak apa-apa selain pesan kesalahan pada kesalahan standar. Tidak mempengaruhi --debug.

--veczw arg
Gunakan pembobotan urutan vektor jika tersedia [Boolean].

--Versi: kapan
Versi cetak.

EXIT STATUS

0 Tidak ada kesalahan - sukses.

1 Kesalahan yang tidak spesifik.

2 Batas waktu (lihat --icme-batas waktu) terjadi.

CONTOH

/usr/share/freecontact/a2m2aln --query '^RASH_HUMAN/(\d+)' < '/usr/share/doc/freecontact/examples/PF00071_v25_1000.fa' | \
freecontact --parprof evfold > PF00071_v25_1000.evfold

freecontact --parprof evfold -i xml -o bioxsd < '/usr/share/doc/freecontact/examples/PF00071_v25_1000.xml' > PF00071_v25_1000.evfold.xml

freecontact --parprof psikov < /usr/share/doc/freecontact/examples/demo_1000.aln > demo_1000.psikov

CATATAN

Untuk kinerja optimal, gunakan Perangkat Lunak Aljabar Linier yang Disetel Secara Otomatis (ATLAS)
perpustakaan dikompilasi on itu mesin dimana freecontact dijalankan.

Gunakan freecontact online menggunakan layanan onworks.net