Ini adalah perintah gaeval yang dapat dijalankan di penyedia hosting gratis OnWorks menggunakan salah satu dari beberapa workstation online gratis kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows atau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NAMA
gaeval - hitung skor cakupan dan intergritas untuk model gen berdasarkan transkrip
keberpihakan
RINGKASAN
gaeval [Pilihan] keberpihakan.gff3 gen.gff3 [moregenes.gff3 ...]
DESKRIPSI
Opsi dasar:
-h|--bantuan
cetak pesan bantuan ini dan keluar
-v|--versi
cetak nomor versi dan keluar
Bobot untuk menghitung skor integritas (harus bertambah hingga 1.0):
-a|--alfa: GANDA
intron dikonfirmasi, atau % panjang CDS yang diharapkan untuk gen ekson tunggal; standarnya adalah 0.6
-b|--beta: GANDA
cakupan ekson; standarnya adalah 0.3
-g|--gamma: GANDA
% panjang 5' UTR yang diharapkan; standarnya adalah 0.05
-e|--epsilon: GANDA
% panjang 3' UTR yang diharapkan; standarnya adalah 0.05
Panjang fitur yang diharapkan untuk menghitung skor integritas:
-c|--exp-cds: INT
panjang CDS yang diharapkan (dalam bp); standarnya adalah 400
-5|--exp-5putr:INT
panjang 5' UTR yang diharapkan; standarnya adalah 200
-3|--exp-3putr:INT
panjang 3' UTR yang diharapkan; standarnya adalah 100
Gunakan gaeval online menggunakan layanan onworks.net
