genome-music-galaxyp - Online di Cloud

PROGRAM:

NAMA

genome music galaxy - Jalankan rangkaian lengkap alat MuSiC secara berurutan.

VERSION

Dokumen ini menjelaskan genom music galaxy versi 0.04 (2016-01-01 pukul 23:10:18)

RINGKASAN

genome music galaxy [--output-dir=?] --bam-list=? --output-bundel=? --roi-file=?
--referensi-urutan=? --maf-file=? --pathway-file=? [--numeric-clinical-data-file=?]
[--categorical-clinical-data-file=?] [--mutation-matrix-file=?] [--permutation=?]
[--kedalaman-min-normal=?] [--kedalaman-tumor-min=?] [--peta-min-kedalaman=?] [--pertunjukan-dilewati]
[--genes-to-ignore=?] [--bmr=?] [--max-proximity=?] [--bmr-modifier-file=?]
[--metode-pengujian-data-numerik=?] [--skip-low-mr-genes] [--max-fdr=?]
[--genetic-data-type=?] [--wu-annotation-headers] [--bmr-groups=?]
[--sparate-truncations] [--merge-concurrent-muts] [--skip-non-coding] [--skip-silent]
[--min-mut-gen-per-path=?] [--glm-model-file=?] [--processors=?] [--aa-range=?]
[--nuc-range=?] [--reference-build=?] [--show-known-hits] [--glm-clinical-data-file=?]
[--gunakan-maf-in-glm] [--omimaa-dir=?] [--cosmic-dir=?] [--verbose]
[--file-matriks-korelasi-klinis=?]

Alat ini mengambil sebagai parameter semua informasi yang diperlukan untuk menjalankan masing-masing alat. NS
contoh penggunaan adalah:

... putar musik \
--bam-list masukan/bams_to_analyze.txt \
--input file-data-numerik-klinis/numerik_klinis_data.csv \
--maf-file masukan/myMAF.tsv \
--keluaran-dir play_output_dir \
--masukan file jalur/pathway_db \
--input urutan-referensi/refseq/all_sequences.fa \
--roi-file masukan/all_coding_regions.bed \
--gen tipe-data-genetik

DIBUTUHKAN ARGUMEN

daftar bam Teks
Daftar file BAM yang dibatasi tab [sample_name normal_bam tumor_bam]

keluaran-bundel Teks
Lokasi di mana Galaxy ingin bundel keluaran Musik disimpan

file roi Teks
Daftar ROI yang dibatasi tab [chr start stop gene_name]

referensi-urutan Teks
Jalur ke urutan referensi dalam format FASTA

file-maf Teks
Daftar mutasi menggunakan spesifikasi TCGA MAF v2.3

jalur-file Teks
File informasi jalur yang dibatasi tab

OPSIONAL ARGUMEN

keluaran-dir
Direktori tempat file output dan subdirektori akan ditulis

Nilai default '' jika tidak ditentukan

file-data-klinis-numerik Teks
Tabel sampel (y) vs. kategori data klinis numerik (x)

file-data-klinis-kategoris Teks
Tabel sampel (y) vs kategori data klinis kategoris (x)

mutasi-matriks-file Teks
Secara opsional, simpan matriks sampel-vs-gen yang digunakan selama penghitungan.

permutasi Jumlah
Jumlah permutasi yang digunakan untuk menentukan nilai-P

normal-min-kedalaman Bilangan bulat
Kedalaman baca minimum untuk mempertimbangkan basis BAM Normal seperti yang dicakup

tumor-min-kedalaman Bilangan bulat
Kedalaman baca minimum untuk mempertimbangkan basis BAM Tumor sebagai tercakup

min-mapq Bilangan bulat
Kualitas pemetaan minimum bacaan yang perlu dipertimbangkan untuk penghitungan kedalaman baca

acara-dilewati Boolean
Laporkan setiap mutasi yang dilewati, bukan hanya berapa banyak

Nilai default 'false' (--noshow-skipped) jika tidak ditentukan

noshow-dilewati Boolean
Jadikan acara yang dilewati 'salah'

gen-untuk-diabaikan Teks
Daftar gen yang dipisahkan koma untuk diabaikan untuk tingkat mutasi latar belakang

bmr Jumlah
Tingkat mutasi latar belakang di wilayah yang ditargetkan

max-kedekatan Teks
Jarak AA maksimum antara 2 mutasi

bmr-pengubah-file Teks
Daftar tab delimited dari nilai per gen yang memodifikasi BMR sebelum pengujian [gene_name
bmr_modifier]

metode-tes-data-numerik Teks
Baik 'cor' untuk Pearson Correlation atau 'wilcox' untuk Wilcoxon Rank-Sum Test untuk
data klinis numerik.

Nilai default 'cor' jika tidak ditentukan

lewati-rendah-mr-gen Boolean
Lewati pengujian gen dengan MR lebih rendah dari MR latar belakang

Nilai default 'true' jika tidak ditentukan

noskip-rendah-mr-gen Boolean
Jadikan skip-low-mr-genes 'salah'

max-fdr Jumlah
Tingkat penemuan palsu maksimum yang diizinkan untuk suatu gen dianggap sebagai SMG

Nilai default '0.2' jika tidak ditentukan

tipe-data genetik Teks
Data dalam file matriks harus berupa data jenis "gen" atau "varian"

wu-anotasi-header Boolean
Gunakan ini sebagai default untuk wustl format anotasi header

nowu-anotasi-header Boolean
Jadikan wu-annotation-header 'salah'

bmr-grup Bilangan bulat
Jumlah kelompok sampel dengan BMR yang sebanding

Nilai default '1' jika tidak ditentukan

terpisah-pemotongan Boolean
Mutasi pemotongan kelompok sebagai kategori terpisah

Nilai default 'false' (--noseparate-truncations) jika tidak ditentukan

pemotongan hidung Boolean
Jadikan pemotongan terpisah 'salah'

gabung-bersama-muts Boolean
Beberapa mutasi gen dalam sampel yang sama diperlakukan sebagai 1

Nilai default 'false' (--nomerge-concurrent-muts) jika tidak ditentukan

nomerge-bersamaan-muts Boolean
Jadikan merge-concurrent-muts 'salah'

lewati-non-coding Boolean
Lewati mutasi non-coding dari file MAF yang disediakan

Nilai default 'true' jika tidak ditentukan

noskip-non-coding Boolean
Jadikan skip-non-coding 'salah'

lewati diam Boolean
Lewati mutasi senyap dari file MAF yang disediakan

Nilai default 'true' jika tidak ditentukan

noskip-diam Boolean
Jadikan skip-silent 'salah'

min-mut-gen-per-jalur Bilangan bulat
Jalur dengan gen bermutasi lebih sedikit dari ini akan diabaikan

Nilai default '1' jika tidak ditentukan

glm-model-file Teks
File yang menguraikan jenis model, variabel respons, kovarian, dll. untuk GLM
analisis. (Lihat deskripsi).

prosesor Bilangan bulat
Jumlah prosesor yang akan digunakan di SMG (membutuhkan paket 'foreach' dan 'doMC' R)

Nilai default '1' jika tidak ditentukan

jarak-aa Bilangan bulat
Setel seberapa dekat kecocokan 'hampir' saat mencari asam amino di dekat hits

Nilai default '2' jika tidak ditentukan

jangkauan inti Bilangan bulat
Setel seberapa dekat kecocokan 'dekat' saat mencari posisi nukleotida di dekat hit

Nilai default '5' jika tidak ditentukan

referensi-build Teks
Masukkan "Build36" atau "Build37"

Nilai default 'Build37' jika tidak ditentukan

acara-dikenal-hit Boolean
Ketika sebuah temuan baru, tunjukkan AA yang diketahui dalam gen itu

Nilai default 'true' jika tidak ditentukan

tidak ada yang diketahui-hits Boolean
Jadikan acara terkenal-hit 'salah'

glm-klinis-data-file Teks
Ciri-ciri klinis, profil mutasi, data klinis campuran lainnya (Lihat DESKRIPSI).

gunakan-maf-in-glm Boolean
Setel tanda ini untuk menggunakan matriks varian yang dibuat dari file MAF sebagai input varian untuk
analisis GLM.

Nilai default 'false' (--nouse-maf-in-glm) jika tidak ditentukan

nouse-maf-in-glm Boolean
Jadikan penggunaan-maf-in-glm 'salah'

omimaa-dir xtra
hapus folder database mutasi asam amino

kosmik-dir xtra
folder basis data mutasi asam amino kosmik

bertele-tele Boolean
nyalakan untuk menampilkan hasil kerja yang lebih besar

Nilai default 'true' jika tidak ditentukan

tidak berlebihan Boolean
Jadikan verbose 'salah'

klinis-korelasi-matriks-file Teks
Secara opsional, simpan matriks sampel-vs-gen yang digunakan secara internal selama penghitungan.

DESKRIPSI

Perintah ini dapat digunakan untuk menjalankan semua alat analisis MuSiC pada sekumpulan data. Tolong
lihat alat individual untuk deskripsi parameter lebih lanjut.

PENULIS

Thomas B. Mooney, MS

KREDIT

Silakan lihat kredit untuk genom-musik(1).

Gunakan genome-music-galaxyp online menggunakan layanan onworks.net